The occurrence of orange leaf phyto

The occurrence of orange leaf phytoplasmas in India has not
previously been reported. However, recently the occurrence of
phytoplasmas in the Cauvery Delta areas and other rice
growing areas were noticed for first time. An extensive survey
has been conducted in the Cauvery Delta, Lower Bhavani
project Delta, Parambikulam Aliyar Delta, Periyar Vaigai
Project Delta and Thamiraparani Delta zones. The plants
exhibited typical symptoms with orange yellow discoloured
leaves which were distributed sporadically in the field
(Fig. 1). The symptoms were suspected to be phytoplasma as
testing for Rice Tungro Disease (RTD) with PCR gave negative
results and the bacterial blight pathogen could not be isolated.
Subsequently we attempted to identify the causal agent by
using nested PCR using phytoplasma specific primers.
Leaf samples were collected from four symptomatic plants
of each of the rice varieties ADT 43, CO 39 and White Ponni
(collected from TNAU farms, Coimbatore district) and BPT
5204 (from the Erode district) and used for the present study. A
modified CTAB method (Warokka et al. 2006) was used for the
extraction of total DNA from leaf samples of rice for detecting
phytoplasmas. Nested-PCR assays with the universal primer
pair P1/P7 followed by the universal primer pair R16F2/R2,
designed to amplify a portion of the 16S rRNA gene (Lee et al.
1993; Gundersen and Lee 1996) were employed. One
microlitre of DNA was used for first round amplification with
primer pair P1/P7 and 0.5 μl of first round product was used as
template in nested-PCR without dilution with phytoplasma
specific primers R16F2n/R16R2. A total of 35 thermal cycles
were carried out which included denaturation for 1 min (2 min
for first cycle) at 94 °C, annealing for 2 min at 50 °C and
extension for 3 min (10 min in final cycle) at 72 °C. DNA
fragments ca. 1.2 kb in size were amplified by nested-PCR
(Fig. 2) from DNA extracts of symptomatic leaves from the
infected plants but not from the DNA of healthy leaves. The
nested-PCR was repeated thrice using the same samples. The
DNA fragments were gel purified using a gel extraction kit
(Qiagen, New Delhi, India) and cloned in plasmid (pGEMT®
vector- Promega). The Plasmid DNAwas directly sequenced in
both orientations at SciGenom Labs Pvt Ltd, Kerala, India and

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การเกิดขึ้นของ phytoplasmas ในอินเดียไม่มีใบไม้สีส้มก่อนหน้านี้ การรายงาน อย่างไรก็ตาม เมื่อเร็ว ๆ นี้การเกิดขึ้นของphytoplasmas ในพื้นที่เดลต้า Cauvery และข้าวอื่น ๆพื้นที่เติบโตถูกพบครั้งแรก การสำรวจอย่างละเอียดในเดลต้า Cauvery, Bhavani ล่างโครงการ Delta เดลต้า Parambikulam Aliyar, Periyar Vaigaiโซนโครงการ Delta และเดลต้า Thamiraparani พืชจัดแสดงอาการทั่วไป มีสีเหลืองส้ม discolouredใบซึ่งได้กระจาย sporadically ในฟิลด์(Fig. 1) อาการสงสัยว่าเป็น phytoplasma เป็นทดสอบสำหรับข้าว Tungro โรค (RTD) กับ PCR ให้ลบผลและการศึกษาโรคไม่สามารถแยกต่อมาเราพยายามที่จะระบุตัวแทนเชิงสาเหตุด้วยใช้ PCR ที่ใช้ไพรเมอร์เฉพาะ phytoplasma ซ้อนตัวอย่างใบถูกเก็บรวบรวมจากอาการพืช 4แต่ละพันธุ์ข้าว ADT 43, CO 39 และ Ponni สีขาว(รวบรวมจากฟาร์ม TNAU เขตคอมบาทอรี่) และ BPT5204 (จากอำเภอ Erode) และใช้ในการศึกษาปัจจุบัน Aปรับเปลี่ยนวิธี CTAB (Warokka et al. 2006) ใช้สำหรับการสกัดดีเอ็นเอทั้งหมดจากตัวอย่างใบข้าวสำหรับการตรวจสอบphytoplasmas Assays PCR ซ้อนกับพื้นสากลคู่ P1/P7 ตาม ด้วยรองพื้นสากลคู่ R16F2/R2ออกแบบมาเพื่อขยายส่วนของยีนใน rRNA 16S (Lee et al1993 Gundersen และ 1996 ลี) ได้ว่าจ้าง หนึ่งใช้สำหรับขยายรอบแรกกับ microlitre ของดีเอ็นเอใช้เป็นรองพื้นคู่ P1/P7 และ 0.5 μl ของรอบแรกแบบซ้อน PCR โดยไม่ต้องเจือจางกับ phytoplasmaเฉพาะไพรเมอร์ R16F2n/R16R2 จำนวน 35 ความร้อนรอบได้ดำเนินการซึ่งรวม denaturation ใน 1 นาที (2 นาทีสำหรับรอบแรก) ที่ 94 ° C การอบเหนียวสำหรับ 2 นาทีที่ 50 ° C และส่วนขยายใน 3 นาที (10 นาทีในรอบสุดท้าย) ที่ 72 องศาเซลเซียส ดีเอ็นเอบางส่วนของ ca 1.2 กิโลไบต์ในขนาดที่ขยาย โดย PCR ซ้อน(Fig. 2) จากดีเอ็นเอบางส่วนของอาการออกจากการพืชที่ติดเชื้อแต่ไม่ใช่ จากดีเอ็นเอของใบไม้ที่มีสุขภาพดี ที่PCR ซ้อนถูกซ้ำสามครั้งโดยใช้ตัวอย่างเดียวกัน ที่ชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่บริสุทธิ์ใช้ชุดสกัดเจเจ(Qiagen นิวเดลี อินเดีย) และโคลนใน plasmid (pGEMT ®เวกเตอร์-Promega) DNAwas Plasmid ที่เรียงลำดับโดยตรงในทั้งสองแนวที่ SciGenom Labs Pvt Ltd, Kerala อินเดีย และ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเกิดขึ้นของไฟโตพลาสมาใบสีส้มในอินเดียยังไม่ได้
รับการรายงานก่อนหน้านี้ อย่างไรก็ตามเมื่อเร็ว ๆ นี้การเกิดขึ้นของ
ไฟโตพลาสมาในพื้นที่ Cauvery เดลต้าและข้าวอื่น ๆ
พื้นที่ปลูกถูกสังเกตเห็นเป็นครั้งแรก การสำรวจที่กว้างขวาง
ได้รับการดำเนินการใน Cauvery เดลต้าล่างวานิ
โครงการเดลต้า Parambikulam Aliyar Delta, เปริย่า Vaigai
โครงการเดลต้าและ Thamiraparani โซนเดลต้า พืชที่
แสดงอาการทั่วไปที่มีสีส้มสีเหลือง
ใบที่มีการกระจายประปรายในสนาม
(รูปที่ 1). อาการที่ถูกสงสัยว่าจะเป็น phytoplasma
ทดสอบข้าว Tungro โรค (RTD) ด้วยวิธี PCR เชิงลบให้
ผลและทำลายเชื้อโรคแบคทีเรียไม่สามารถแยกได้.
ต่อจากนั้นเราพยายามที่จะระบุสาเหตุโดย
ใช้วิธี PCR ที่ซ้อนกันโดยใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจง phytoplasma.
ตัวอย่างใบ ถูกเก็บรวบรวมจากสี่พืชที่มีอาการ
ของแต่ละพันธุ์ข้าว ADT 43, 39 และ CO ขาว PONNI
(เก็บมาจากฟาร์ม TNAU อำเภอ Coimbatore) และ BPT
5204 (จากย่านกัดเซาะ) และใช้สำหรับการศึกษาปัจจุบัน
การปรับเปลี่ยนวิธี CTAB (Warokka et al. 2006) ที่ใช้สำหรับ
การสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างรวมใบข้าวสำหรับการตรวจสอบ
ไฟโตพลาสมา ตรวจซ้อน-PCR ด้วยไพรเมอร์สากล
คู่ P1 / P7 ตามด้วยไพรเมอร์สากลคู่ R16F2 / R2 การ
ออกแบบมาเพื่อขยายส่วนของยีน 16S rRNA (Lee et al.
1993; Gundersen และลี 1996) ถูกว่าจ้าง หนึ่ง
ไมโครลิตรของดีเอ็นเอที่ใช้สำหรับการขยายรอบแรกกับ
คู่ไพรเมอร์ P1 / P7 และ 0.5 ไมโครลิตรของผลิตภัณฑ์รอบแรกถูกใช้เป็น
แม่แบบในการซ้อนกัน-PCR โดยไม่ต้องเจือจางด้วย phytoplasma
ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจง R16F2n / R16R2 ทั้งหมด 35 รอบความร้อน
ได้ดำเนินการซึ่งรวมถึงการสูญเสียสภาพธรรมชาติเป็นเวลา 1 นาที (2 นาที
สำหรับรอบแรก) ที่ 94 องศาเซลเซียสอบเป็นเวลา 2 นาทีที่ 50 องศาเซลเซียสและ
ขยายเป็นเวลา 3 นาที (10 นาทีในรอบสุดท้าย) ที่ 72 ° ซี ดีเอ็นเอ
เศษแคลิฟอร์เนีย 1.2 กิโลไบต์ในขนาดที่ถูกขยายโดยที่ซ้อนกัน-PCR
(รูปที่. 2) จากสารสกัดดีเอ็นเอของใบที่มีอาการจาก
พืชที่ติดเชื้อ แต่ไม่ได้มาจากดีเอ็นเอของใบมีสุขภาพดี
ที่ซ้อนกัน-PCR ซ้ำสามครั้งโดยใช้ตัวอย่างเดียวกัน
ดีเอ็นเอถูกเจลบริสุทธิ์โดยใช้ชุดการสกัดเจล
(Qiagen, นิวเดลี, อินเดีย) และโคลนในพลาสมิด (pGEMT®
vector- Promega) พลาสมิด DNAwas ติดใจโดยตรงใน
การหมุนทั้งที่ SciGenom Labs Pvt Ltd, เกรละอินเดียและ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเกิด phytoplasmas ใบสีส้มในอินเดียไม่
ก่อนหน้านี้ได้รับการรายงาน อย่างไรก็ตาม ล่าสุดเกิด
phytoplasmas ในพื้นที่สามเหลี่ยมปากแม่น้ำ Cauvery และ
พื้นที่ปลูกข้าวอื่น ๆถูกสังเกตเป็นครั้งแรก ครอบคลุมการสำรวจ
มีวัตถุประสงค์ใน Delta Cauvery ล่าง Bhavani
โครงการ Delta parambikulam Parabmikulam Aliyar Delta , Periyar vaigai
โครงการ Delta และ thamiraparani เดลต้า โซนพืชที่แสดงอาการโดยทั่วไปกับสีเหลืองส้ม

ใบซึ่งกระจายอยู่เป็นระยะ ๆ กะดำกะด่างในฟิลด์
( รูปที่ 1 ) อาการที่สงสัยว่าจะเป็น โรคไฟโตพลาสมา
ทดสอบไวรัสข้าว ( RTD ) กับวิธี PCR ให้ผลลบ
และเชื้อโรคไหม้แบคทีเรียไม่สามารถแยก .
ต่อมาเราพยายามที่จะระบุสาเหตุโรคโดย
โดยใช้วิธี PCR โดยใช้ไพร์เมอร์จำเพาะเชื้อไฟโตพลาสมาที่ซ้อนกัน .
ตัวอย่างใบรวบรวมจากสี่อาการพืช
ของข้าวพันธุ์ ADT 43 , CO และสีขาว PONNI
( รวบรวมจากฟาร์ม tnau Coimbatore District ) และบีพีที
1 ( จากตำบลชะ ) และใช้ในการศึกษาปัจจุบัน เป็นวิธี ctab
ดัดแปลง ( warokka et al . 2549 ) ถูกใช้สำหรับ
การสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างใบข้าวทั้งหมด สำหรับการตรวจจับ
phytoplasmas . วิธีซ้อน ) กับสากลคู่ไพรเมอร์
P1 / p7 ตามสากล ไพรเมอร์คู่ r16f2 / R2
ออกแบบเพื่อขยายส่วนของ 16S rRNA ยีน ( ลี et al .
1993 ; กันเดอร์เซน และ ลี ปี 1996 ) งาน หนึ่ง
ไมโครลิตรของดีเอ็นเอถูกใช้เพื่อขยายรอบแรกกับไพรเมอร์คู่และ / p7 P1
05 μ l สินค้ารอบแรกที่ถูกใช้เป็นแม่แบบในที่ซ้อนกันโดยไม่ต้องเจือจาง )

โดยเฉพาะกับเชื้อไฟโตพลาสมา r16f2n / r16r2 . ทั้งหมด 35 ความร้อนรอบ
ทดลองซึ่งรวมถึง ( 1 นาที 2 นาที
สำหรับรอบแรก ) ที่ 94 ° C , อบอ่อนสำหรับ 2 นาทีที่ 50 ° C
ส่งเสริม 3 นาที ( 10 นาทีในรอบสุดท้าย ) ที่ 72 องศา ประมาณ 1.2 กิโลเบสในดีเอ็นเอ
ขนาดกำลังขยายโดยวิธี PCR
ซ้อนกัน( รูปที่ 2 ) จากสารสกัดใบที่มีดีเอ็นเอจาก
พืชที่ติดเชื้อแต่ไม่ใช่จากดีเอ็นเอของใบที่มีสุขภาพดี
ซ้อนกัน 3 ครั้ง โดยใช้ตัวอย่างเดียวกัน
ดีเอ็นเอเป็นเจลบริสุทธิ์ใช้เจลสกัดชุด
( เพิ่ม , นิวเดลี , อินเดีย ) และโคลนในพลาสมิด ( pgemt ®
เวกเตอร์ -- promega ) การ dnawas พลาสมิดโดยตรงในทิศทางที่ทั้งสองนี้
scigenom Labs Pvt จำกัดเกรละ อินเดีย และ