To estimate the phylogenetic relati

To estimate the phylogenetic relationships among the 23 darter
species and two outgroups (Perca flavescens and Sander vitreus),
we compiled sequence data available on GenBank (see electronic
supplementary material, table S1) for three loci. The
loci included the mitochondrial cytochrome b (Cytb), nuclear
S7 ribosomal protein intron 1 (S7) and nuclear recombination
activating protein 1 (RAG1) exon 3. We first ran a partition
homogeneity test implemented in PAUP 4.0b10 to test for topological
incongruence among the loci [15]. Using each locus as a
single partition across 100 replicates that each had 100 replicates
of random taxon addition, we did not identify any significant
incongruence among the loci ( p ¼ 0.20). Therefore, we performed
a concatenated analysis of all three loci with sequence
alignments and models of molecular evolution taken from
Near et al. [10]. Using BEAST v. 1.7.5 [15], we ran a Bayesian
analysis on the dataset partitioned by gene for 10 million generations
with sampling every 5000 generations. We used TRACER
v. 1.5 [16] to estimate the effective sample size (ESS) of
parameters in the MCMC. ESS values more than 200 were
considered adequate.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การประเมินความสัมพันธ์ phylogenetic ระหว่าง 23 darterพันธุ์และสอง outgroups (Perca flavescens และแซนเดอร์ vitreus),เรารวบรวมข้อมูลลำดับใน GenBank (ดูอิเล็กทรอนิกส์เสริมวัสดุ ตาราง S1) สำหรับ loci ที่สาม ที่loci รวมตัว mitochondrial cytochrome b (Cytb), นิวเคลียร์Intron โปรตีน ribosomal S7 1 (S7) และนิวเคลียร์ recombinationโปรตีน 1 (RAG1) ที่เปิดใช้งาน exon 3 เราวิ่งก่อนพาร์ติชันดำเนินการใน 4.0b10 PAUP การทดสอบทดสอบ homogeneity topologicalincongruence ระหว่าง loci [15] ใช้แต่ละโลกัสโพลเป็นการพาร์ติชันเดียวข้าม 100 เหมือนกับว่า แต่ละได้เหมือนกับ 100ของ taxon สุ่มนี้ เราไม่ระบุก็สำคัญincongruence ระหว่าง loci (p ¼ 0.20) ดังนั้น เราทำวิเคราะห์แบบต่อ loci สามทั้งหมดด้วยลำดับจัดแนวและรูปแบบของวิวัฒนาการระดับโมเลกุลที่นำมาจากAl. ร้อยเอ็ดใกล้ [10] เราใช้สัตว์ลักษณะ 1.7.5 คำ [15] v. วิ่งเป็นทฤษฎีวิเคราะห์ชุดข้อมูลที่แบ่งพาร์ติชัน โดยยีนสำหรับรุ่น 10 ล้านมีการสุ่มตัวอย่างทุกรุ่น 5000 เราใช้การติดตามv. 1.5 [16] การประมาณขนาดตัวอย่างมีประสิทธิภาพ (ESS) ของพารามิเตอร์ในการ MCMC ค่า ESS มากกว่า 200 ได้ถือว่าเพียงพอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในการประมาณความสัมพันธ์ phylogenetic หมู่ 23
อ้ายงั่วชนิดและสองoutgroups (Perca วัสเซนส์และ vitreus ซานเดอร์)
ที่เรารวบรวมข้อมูลลำดับที่มีอยู่ใน GenBank
(ดูอิเล็กทรอนิกส์วัสดุเสริมตารางS1) สามตำแหน่ง
ตำแหน่งรวม cytochrome ขยล (Cytb)
นิวเคลียร์โปรตีนS7 โซมอล intron 1 (S7)
และรวมตัวกันอีกนิวเคลียร์เปิดใช้โปรตีนที่1 (ยีน RAG1) เอกซ์ซอน 3.
เราวิ่งพาร์ทิชันทดสอบความสม่ำเสมอของการดำเนินการในPAUP 4.0b10 การทดสอบสำหรับทอพอโลยี
incongruence หมู่ ตำแหน่งเมื่อ [15] การใช้สถานที่แต่ละที่เป็นพาร์ติชั่นเดียวใน 100 การลอกเลียนแบบที่แต่ละคนมี 100
ซ้ำนอกจากนี้แท็กซอนสุ่มเราไม่ได้ระบุอย่างมีนัยสำคัญใด ๆ incongruence หมู่ตำแหน่ง (p ¼ 0.20) ดังนั้นเราจึงดำเนินการวิเคราะห์การตัดแบ่งของทั้งสามตำแหน่งกับลำดับการจัดแนวและรูปแบบของการวิวัฒนาการที่นำมาจากโมเลกุลใกล้et al, [10] ใช้ BEAST v. 1.7.5 [15] เราวิ่งคชกรรมวิเคราะห์ชุดข้อมูลแบ่งพาร์ติชันโดยยีน10 ล้านคนรุ่นที่มีการสุ่มตัวอย่างทุกรุ่น5000 เราใช้ TRACER โวลต์ 1.5 [16] ในการประมาณขนาดของกลุ่มตัวอย่างที่มีประสิทธิภาพ (ESS) ของพารามิเตอร์ในMCMC ค่า ESS กว่า 200 ถูกถือว่าเพียงพอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ประเมิน ซึ่งความสัมพันธ์ระหว่าง 23 อ้ายงั่ว
ชนิดสอง outgroups ( perca flavescens และ Sander หอย ) ,
เรารวบรวมข้อมูลที่มีอยู่ในลำดับขนาด ( ดูอิเล็กทรอนิกส์
วัสดุเสริม , ตาราง S1 ) 3 ตำแหน่ง .
รวมของไมโตคอนเดรีย - B ( cytb ) นิวเคลียร์
S7 ไรโบโซมอลโปรตีน iNtRON 1 ( S7 ) และนิวเคลียร์การ
กระตุ้นโปรตีน 1 ( rag1 ) ชนิด 3 ในครั้งแรกที่เรารันพาร์ทิชันวิธีการทดสอบที่ใช้ใน 4.0b10
ยาจกเพื่อทดสอบความพึงพอใจในทางทอพอโลยี
[ 15 ] การใช้แต่ละโลกัสเป็นพาร์ทิชันเดียว
100 กว่า ซ้ำที่ละ 100 ซ้ำ
นอกจากนี้ชนิดสุ่ม เราไม่ได้ระบุใด ๆอย่างมีนัยสำคัญ
ความพึงพอใจในหมู่โลไซ ( P ¼ 0.20 ) ดังนั้นเราจึงทำการ
มีทั้งหมดสามทางมาวิเคราะห์กับลำดับการวิวัฒนาการและรูปแบบของโมเลกุล

ถ่ายจากใกล้ et al . [ 10 ] การใช้สัตว์ . 1.7.5 [ 15 ] เราวิ่งการวิเคราะห์คชกรรม
ใน DataSet กั้นโดยยีน 10 ล้านรุ่น
ทุกรุ่น 5000 คน เราใช้ติดตาม
V 1.5 [ 16 ] เพื่อประมาณขนาดตัวอย่างที่มีประสิทธิภาพ ( ESS )
พารามิเตอร์ใน MCMC .นางค่ามากกว่า 200 ถูก
ถือว่าเพียงพอ