Accepted by R. Pethiyagoda: 22 Jun.

Accepted by R. Pethiyagoda: 22 Jun. 2010; published: 3 Aug. 2010 1
ZOOTAXA
ISSN 1175-5326 (print edition)
Copyright © 2010 · Magnolia Press ISSN 1175-5334 (online edition)
Zootaxa 2557: 1–18 (2010)
www.mapress.com/zootaxa/ Article
A new species of Lepidocephalichthys (Teleostei: Cobitidae)
with distinctive sexual dimorphism and comments on
relationships in southern lineages of Cobitidae
JUSTIN C. HAVIRD1,2, LAWRENCE M. PAGE2,6, WEERAPONGSE TANGJITJAROEN3,
CHAVALIT VIDTHAYANON4, CHAIWUT GRUDPAN5, & SURIYA UDDUANG5
1Florida Museum of Natural History, University of Florida, Dickinson Hall, Gainesville, FL 32611, USA. E-mail: [e-mail]
2Department of Zoology, University of Florida, 211 Bartram Hall, Gainesville, FL 32611, USA
3Department of Equine Science, Faculty of Veterinary Medicine, Chiang Mai University,Chonlapratan Rd, Mae Hea, Muang, Chiang Mai, Thailand, 50100
4The Northeastern Research Institute for Petrified Wood and Mineral Resources, Nakorn Ratchasima Rajabhat University, 184 Moo 7 Tambon Suranaree, Mouang District, Nakorn Ratchasima, Thailand, 30000
5Department of Fisheries, Faculty of Agriculture, Ubonratchathani University 85, Sathollamark Rd., Warinchamrap, Ubon Ratchathani, Thailand, 34190
6Corresponding author. E-mail: [e-mail]
Abstract
Lepidocephalichthys (Telostei:Cobitidae) is diagnosed as being unique among cobitids in having the 7–8th pectoral rays of mature males modified. Recently collected material from Thailand included a new species of Lepidocephalichthys in which mature males have a large (extending over ~75% of the fin-ray length) dorsally projecting and serrated flange and a ventrally projecting flange. The ventrally projecting structure is unique among cobitids. An expanded phylogenetic analysis of cobitids, including previously published sequences and new material including the new species, reinforces the monophyly of Lepidocephalichthys. Relationships within southern lineages of cobitids, and the unusual habitat of the new species are discussed.
Key words: Cypriniformes, loaches, phylogenetics, dichromatism, Thailand, Vietnam, Mun River, Mekong
Introduction
Species of Lepidocephalichthys (Cobitidae) are small, spined loaches with sexually dimorphic pectoral fins. They are widely distributed throughout South and Southeast Asia, including the islands of Java and Borneo. Recent systematic studies on Lepidocephalichthys have included a taxonomic revision of the genus (Havird & Page 2010) and an analysis of phylogenetic relationships within Cobitidae (Šlechtová et al. 2008). Šlechtová et al. (2008) examined relationships among cobitids using the mitochondrial cytochrome b gene (cyt b) and the nuclear recombination activation gene-1 (RAG-1). Both datasets supported a large monophyletic lineage referred to as the ‘northern clade’ and including species of Cobitis, Iksookimia, Niwaella, Kichulchoia, Koreocobitis, Misgurnus, Paramisgurnus and Sabanejewia. Most genera in this clade were not found to be monophyletic. Genera that fell outside the northern clade (Acanthopsoides, Acantopsis, Canthophrys, Kottelatlimia, Lepidocephalichthys, Lepidocephalus, Neoeurirrhichthys and Pangio) did not form a monophyletic group and were referred to as the ‘southern lineages.’ These genera were recovered as monophyletic groups based on mitochondrial (with the exception of Acanthopsoides) as well as nuclear DNA data. Lepidocephalichthys was found to be sister to Pangio in the RAG1 analysis, a relationship not recovered in earlier analyses of morphological data (Nalbant 1963, 1994; Sawada 1982).
Although several morphological characters distinguish genera in the southern lineages, sexually
dimorphic traits are among the most useful (Table 1). In particular, mature males have modifications of the
2 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia Press HAVIRD ET AL.
Zootaxa A NEW SPECIES OF LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 © 2010 Magnolia Press · 3
pectoral-fin rays, forming a structure termed the lamina circularis, which varies among genera. Lepidocephalichthys is diagnosed as having the 7–8th pectoral-fin rays modified in mature males (Havird & Page 2010). In cobitids, variation exists in the location of the lamina circularis, the number of rays modified, and shape of the structure formed.
Here we describe a new species of Lepidocephalichthys from the Mekong River drainage with highly
distinctive sexually dimorphic pectoral fins. We also present an expanded phylogeny of the southern lineages
of cobitids to confirm the generic placement of the new species. A discussion of relationships and sexual
dimorphism within cobitids is provided.
Methods
Lengths were measured to the nearest 0.1 mm using digital calipers. Most measurements and counts follow Hubbs and Lagler (1964), with modifications as described in Havird & Page (2010). Specimens were classified as adults if they had a standard length (SL) equal to or greater than the SL of the smallest specimen with modified pectoral fins (Table 2). Smaller specimens were classified as juveniles and were not included in morphometric analyses. Adults were interpreted as male if they had modified pectoral fins and as female if they lacked modifications. Since the sexes of most specimens could not be confirmed via dissection due to small sample sizes, some specimens classified as females may be immature males. Sexually dimorphic characteristics are those of adult males vs. those of large individuals without modified pectoral fins (most of which are likely females).
TABLE 2. Adult standard length (SL, mm) and relative pectoral-fin lengths (% SL) for cobitids with large sample sizes. Minimum adult SL is for the smallest specimen with a lamina circularis. Acantopsis spp. refers to pooled data for three described (A. choirorhynchos, A. dialuzona, and A. octoactinotos) and several undescribed species. See Havird and Page (2010) for data on previously described Lepidocephalichthys. P = p-value comparing male and female pectoral-fin lengths calculated with a Student’s two-tailed, unpaired t-test assuming equal variance.
Institutional abbreviations are listed at http://www.asih.org/codons.pdf. In total, 490 specimens of cobitids
were examined, mostly within the southern lineages. Specimens examined in the recent review of
Lepidocephalichthys (Havird & Page 2010) were used in this study but are not listed in Material Examined
(unless novel GenBank numbers are given). Catalog numbers of specimens examined are followed by number
of specimens and range in SL in parentheses. A tilde (~) before geographic coordinates indicates that they
were estimated from general locality data. All statistics were calculated using Microsoft Excel 2003.
Species
Min
Adult SL
Mean
Max
Male pectoral fin length
Female pectoral fin length
P
Acanthopsoides molobrion
32.0
45.9
62.5
14.2 (n = 11)
11.6 (n = 15)
< 0.001
Acantopsis spp.
39.0
98.6
153.4
16.6 (n = 14)
14.8 (n = 30)
0.001
Kottelatlimia pristes
23.6
31.1
42.9
18.9 (n = 49)
15.8 (n = 39)
< 0.001
Lepidocephalichthys zeppelini
14.1
19.4
25.8
23.3 (n = 37)
20.2 (n = 91)
< 0.001
Pangio cuneovirgata
27.1
32.9
38.9
8.8 (n = 14)
7.3 (n = 14)
< 0.001
Pangio doriae
59.8
70.5
91.2
5.2 (n = 7)
3.2 (n = 5)
0.002
Pangio kuhlii
38.6
50.2
67.2
9.5 (n = 13)
7.3 (n = 15)
< 0.001
Pangio malayana
36.7
40.7
47.1
8.9 (n = 13)
7.0 (n = 7)
< 0.001
Pangio mauraniformis
36.3
43.9
48.9
10.8 (n = 12)
7.2 (n = 7)
< 0.001
Pangio piperata
33.5
40.7
48.4
10.8 (n = 13)
7.6 (n = 15)
< 0.001
Pangio semicincta
42.8
50.8
62.7
9.5 (n = 7)
7.5 (n = 5)
0.015
Pangio shelfordii
39.6
48.4
57.6
10.7 (n = 11)
7.5 (n = 8)
< 0.001
4 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia Press HAVIRD ET AL.
Zootaxa A NEW SPECIES OF LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 © 2010 Magnolia Press · 5
6 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia Press HAVIRD ET AL.
Because the sexually dimorphic pectoral fin of the new species is unique among cobitids, we performed a phylogenetic analysis with sequences from across Cobitidae to confirm that the new species grouped within Lepidocephalichthys. Recently collected cobitid tissues from Thailand, Sumatra, and Malaysia (Table 3) were analyzed along with published sequences (including outgroups) from Šlechtová et al. (2008). Whole genomic DNA was extracted from fin clips preserved in ethanol using a 5% Chelex solution and 3 μl of prteinase K with overnight digestion. An approximately 1140 bp region including the complete mitochondrial cyt b gene was amplified and sequenced using the primer pair Glu-L.Ca14337–14359 and Thr-H.Ca15568–15548 (Šlechtová et al. 2008). Approximately 910 bp of the RAG1 gene were amplified and sequenced using the primers RAG-1F and RAG-RV1 (Šlechtová et al. 2008). PCR cycling parameters were those used by Šlechtová et al. (2006) for cyt b and Šlechtová et al. (2007) for RAG1.
Bands were visualized with ethidium bromide staining on 1% agarose gels to verify that primers amplified fragments of the appropriate sizes. PCR products were sequenced at the Interdisciplinary Center for Biotechnology Research (ICBR), University of Florida, Gainesville. Chromatograms were viewed and consensus sequences were assembled using CodonCode Aligner. Final alignments were generated using Clustal X2 (Larkin et al. 2007) and corrected manually by eye.
A Bayesian phylogeny was generated using MrBayes, version 3.1.2 (Ronquist & Huelsenbeck 2003) with five million generations and 45,000 trees sampled after a 10% burn-in for two runs. Posterior probabilities were used as an indication of node support. The cyt b and RAG1 analyses were partitioned by codon position, and each position was subjected to Modeltest version 3.7 (Posada & Crandall 1998) to determine the best-fit model of sequence evolution using the Akaike Information Criterion. The GTR + I + G model was chosen for each cyt b position. For the RAG1 dataset, the GTR + I + G, HKY + I, and K81uf + G models were chosen for the first, second, and third positions, respectively.
A parsimony analysis was also performed using PAUP 4.0b10 (Swofford 2002)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยอมรับ โดย R. Pethiyagoda: 22 มิย 2010. ประกาศ: 3 2010 ส.ค. 1ZOOTAXAนอก 1175-5326 (ฉบับพิมพ์)ลิขสิทธิ์ © 2010 · แมกนอกกด 1175-5334 (ฉบับออนไลน์)Zootaxa 2557:1-18 (2010)บทความใน www.mapress.com/zootaxa/สายพันธุ์ใหม่ของ Lepidocephalichthys (Teleostei: วงศ์ปลาหมู)dimorphism โดดเด่นทางเพศและความคิดเห็นเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในภาคใต้เชื้อชาติของวงศ์ปลาหมูจัสติน C. HAVIRD1, 2 ลอว์เรนซ์ม. PAGE2, 6, WEERAPONGSE TANGJITJAROEN3VIDTHAYANON4 ชวลิต CHAIWUT GRUDPAN5, & UDDUANG5 สุริยา1Florida พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติวิทยา มหาวิทยาลัยฟลอริดา ฮอลล์สัน เกนส์วิลล์ FL 32611 สหรัฐอเมริกา อีเมล์: [e-mail]2Department สัตววิทยา มหาวิทยาลัยฟลอริดา คริสโตเบลล์ 211 ฮอลล์ เกนส์วิลล์ FL 32611 สหรัฐอเมริกา3Department เพาะพันธุ์วิทยาศาสตร์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ถนน Chonlapratan, Hea แม่ เมือง เชียงใหม่ ไทย 501004The อีสาน สถาบันวิจัยสุ รนารีตำบล 184 หมู่ 7 ของซากดึกดำบรรพ์ไม้และทรัพยากรแร่ นครนครราชสีมามหาวิทยาลัยราชภัฏ อำเภอเมือง นครราชสีมา ประเทศ ไทย 300005Department ประมง คณะเกษตร มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี 85, Sathollamark Rd. วารินชำราบ อุบลราชธานี ไทย 34190ผู้ 6Corresponding อีเมล์: [e-mail]บทคัดย่อLepidocephalichthys (Telostei:Cobitidae) จะได้รับการวินิจฉัยเป็นเอกลักษณ์เฉพาะ cobitids มีรังสี pectoral 7 – 8 ของผู้ใหญ่เพศชายที่ปรับเปลี่ยน ล่าสุด รวบรวมวัสดุจากไทยรวมสายพันธุ์ใหม่ที่ชายผู้ใหญ่มีความขนาดใหญ่ (ขยายกว่า ~ 75% ของความยาวหูเรย์) dorsally ประเมิน Lepidocephalichthys serrated แปลน และแปลน ventrally ประเมิน โครงสร้าง ventrally ประเมินจะไม่ซ้ำกันระหว่าง cobitids ขยาย phylogenetic การวิเคราะห์ cobitids ลำดับก่อนหน้านี้เผยแพร่และวัสดุใหม่รวมถึงสายพันธุ์ใหม่ reinforces monophyly ของ Lepidocephalichthys อธิบายความสัมพันธ์ภายในเชื้อชาติที่ภาคใต้ของ cobitids และอยู่อาศัยปกติของสายพันธุ์ใหม่คำสำคัญ: อันดับปลาตะเพียน loaches วงศ์วานวิวัฒนาการ dichromatism ไทย เวียดนาม แม่ น้ำมูล แม่น้ำโขงแนะนำพันธุ์ Lepidocephalichthys (วงศ์ปลาหมู) มีขนาดเล็ก spined loaches มีครีบ pectoral dimorphic ทางเพศ พวกเขานำไปเผยแพร่ทั่วทั้งเอเชียใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ รวมถึงเกาะชวาและเกาะบอร์เนียว ศึกษาระบบล่า Lepidocephalichthys ได้รวมการแก้ไขอนุกรมวิธานของพืชสกุล (Havird & หน้า 2010) และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ phylogenetic ภายในวงศ์ปลาหมู (Šlechtová et al. 2008) Šlechtová et al. (2008) กล่าวถึงความสัมพันธ์ระหว่างยีน b ของ mitochondrial cytochrome (cyt b) และนิวเคลียร์ recombination เปิดยีน-1 (ผ้าขี้ริ้ว-1) cobitids ลินเนจ monophyletic ขนาดใหญ่เรียกว่า 'เหนือ clade' และพันธุ์ Cobitis, Iksookimia, Niwaella, Kichulchoia, Koreocobitis, Misgurnus, Paramisgurnus และ Sabanejewia รวมทั้ง datasets ได้ ไม่พบสกุลส่วนใหญ่ใน clade นี้จะ monophyletic สกุลที่ตกนอกเหนือ clade (Acanthopsoides สกุลปลารากกล้วย Canthophrys, Kottelatlimia, Lepidocephalichthys, Lepidocephalus, Neoeurirrhichthys และสกุลปลาปล้องอ้อย) ได้จัดกลุ่ม monophyletic และถูกเรียกว่าเป็นการ 'ใต้เชื้อชาติ' สกุลนี้ได้กู้เป็นกลุ่ม monophyletic ที่ยึดตามข้อมูลดีเอ็นเอเช่นนิวเคลียร์เป็น mitochondrial (ยกเว้น Acanthopsoides) พบ Lepidocephalichthys ให้ น้องสาวไปสกุลปลาปล้องอ้อยในการวิเคราะห์ RAG1 ความสัมพันธ์ที่ไม่ได้กู้ในก่อนหน้านี้วิเคราะห์ข้อมูลสัณฐาน (Nalbant 1963, 1994 วาดะ 1982)แม้ว่าหลายสัณฐานตัวแยกสกุลในเชื้อชาติภาคใต้ ทางเพศลักษณะ dimorphic เป็นหนึ่งมีประโยชน์มากที่สุด (ตารางที่ 1) โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ผู้ใหญ่ชายได้ปรับเปลี่ยนการ2 · Zootaxa 2557 © 2010 แมกกด HAVIRD ET ALZootaxa พันธุ์ LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 ใหม่·กด © 2010 แมกโนเลีย 3รังสี pectoral fin ขึ้นรูปโครงสร้างเรียกว่า circularis lamina ซึ่งแตกต่างกันไปในหมู่สกุล Lepidocephalichthys มีการวินิจฉัยว่ามีรังสี pectoral fin 7 – 8 ที่ปรับเปลี่ยนในผู้ใหญ่เพศชาย (Havird & หน้า 2010) ใน cobitids การเปลี่ยนแปลงอยู่ในตำแหน่งของ lamina circularis จำนวนรังสีที่แก้ไข และรูปร่างของโครงสร้างที่เกิดขึ้นที่นี่เราอธิบายชนิดใหม่ Lepidocephalichthys จากการระบายน้ำแม่น้ำโขงมีสูงโดดเด่นทางเพศ dimorphic pectoral ครีบ นอกจากนี้เรายังมี phylogeny การขยายของเชื้อชาติภาคใต้ของ cobitids เพื่อยืนยันตำแหน่งทั่วไปของสายพันธุ์ใหม่ การสนทนา ความสัมพันธ์ และทางเพศdimorphism ภายใน cobitids ที่มีให้วิธีการมีวัดความยาวมม. 0.1 ที่ใกล้ที่สุดใช้ calipers ดิจิตอล ส่วนใหญ่การวัดและนับตาม Lagler (1964), และ Hubbs มาแก้ไขตามที่อธิบายไว้ใน Havird และหน้า (2010) ไว้เป็นตัวอย่างถูกจัดประเภทเป็นผู้ใหญ่ถ้ามีมาตรฐานยาว (SL) เท่ากับ หรือมากกว่า SL ของเล็กที่สุดมีครีบ pectoral แก้ไข (ตาราง 2) ไว้เป็นตัวอย่างที่มีขนาดเล็กถูกจัดประเภทเป็น juveniles และไม่รวมอยู่ใน morphometric วิเคราะห์ ผู้ใหญ่ถูกแปล เป็นเพศชายถ้าพวกเขาได้ปรับเปลี่ยน pectoral ครีบ และ เป็นเพศหญิงถ้าพวกเขาขาดการปรับเปลี่ยน เนื่องจากไม่สามารถยืนยันเพศของไว้เป็นตัวอย่างส่วนใหญ่ผ่านการชำแหละเนื่องจากขนาดตัวอย่างขนาดเล็ก บางไว้เป็นตัวอย่างที่เป็นหญิงอาจชาย immature ลักษณะทางเพศ dimorphic เป็นของผู้ใหญ่เพศชายเทียบกับบรรดาบุคคลขนาดใหญ่ไม่มีครีบ pectoral แก้ไข (ซึ่งส่วนใหญ่เป็นหญิงที่มีแนวโน้ม)ตารางที่ 2 ความยาวมาตรฐานสำหรับผู้ใหญ่ (SL, mm) และญาติ pectoral fin ยาว (% SL) สำหรับ cobitids มีขนาดตัวอย่างขนาดใหญ่ ขั้นต่ำผู้ใหญ่ SL สำหรับตัวอย่างน้อยที่สุดด้วย lamina circularis ได้ สกุลปลารากกล้วยโอหมายถึงข้อมูลรวมสำหรับสามอธิบาย (A. choirorhynchos, A. dialuzona และ A. octoactinotos) และหลาย undescribed พันธุ์ ดู Havird และหน้า (2010) ข้อมูลบน Lepidocephalichthys อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ P =ชาย และหญิง pectoral fin ยาวคำนวณของนักเรียนสองหาง unpaired t-ทดสอบสมมติว่าความแปรปรวนเท่ากันการเปรียบเทียบค่า pตัวย่อสถาบันตั้งอยู่ที่ http://www.asih.org/codons.pdf รวม 490 specimens ของ cobitidsได้ตรวจสอบ ส่วนใหญ่ภายในเชื้อชาติทางใต้ ไว้เป็นตัวอย่างในการทบทวนล่าสุดLepidocephalichthys (Havird & 2010 หน้า) ใช้ในการศึกษานี้ แต่ไม่อยู่ในการตรวจสอบวัสดุ(ยกเว้นหมายเลข GenBank นวนิยายจะได้รับ) แค็ตตาล็อกจำนวนไว้เป็นตัวอย่างในการตรวจสอบตามหมายเลขไว้เป็นตัวอย่างและช่วงใน SL ในวงเล็บ มีเครื่องหมายตัวหนอน (~) ก่อนพิกัดทางภูมิศาสตร์หมายถึงพวกเขาถูกประเมินจากข้อมูลท้องถิ่นทั่วไป สถิติทั้งหมดถูกคำนวณโดยใช้ Microsoft Excel 2003สปีชีส์นาทีผู้ใหญ่ SLหมายความว่าสูงสุดความยาวชาย pectoral finความยาวหญิง pectoral finPAcanthopsoides molobrion32.045.962.514.2 (n = 11)11.6 (n = 15)< 0.001สกุลปลารากกล้วยโอ39.098.6153.416.6 (n = 14)14.8 (n = 30)0.001Kottelatlimia pristes23.631 1 ล้าน42.918.9 (n = 49)15.8 (n = 39)< 0.001Lepidocephalichthys zeppelini14.1 สา19.425.823.3 (n = 37)20.2 (n = 91)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย cuneovirgata27.132.938.98.8 (n = 14)7.3 (n = 14)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย doriae59.870.591.25.2 (n = 7)3.2 (n = 5)0.002สกุลปลาปล้องอ้อย kuhlii38.650.2 สา67.29.5 (n = 13)7.3 (n = 15)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย malayana36.7ระหว่าง 40.747.18.9 นอก (n = 13)7.0 (n = 7)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย mauraniformis36.343.948.910.8 (n = 12)7.2 (n = 7)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย piperata33.5ระหว่าง 40.748.410.8 (n = 13)7.6 (n = 15)< 0.001สกุลปลาปล้องอ้อย semicincta42.850.862.79.5 (n = 7)7.5 (n = 5)0.015สกุลปลาปล้องอ้อย shelfordii39.648.457.610.7 (n = 11)7.5 (n = 8)< 0.0014 · Zootaxa 2557 © 2010 แมกกด HAVIRD ET ALZootaxa พันธุ์ LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 ใหม่·กด © 2010 แมกโนเลีย 56 · Zootaxa 2557 © 2010 แมกกด HAVIRD ET ALเนื่องจากหู pectoral dimorphic ทางเพศพันธุ์ใหม่ที่มีเอกลักษณ์เฉพาะ cobitids เราทำการวิเคราะห์ phylogenetic มีลำดับจากในวงศ์ปลาหมูเพื่อยืนยันว่า สปีชีส์ใหม่จัดกลุ่มภายใน Lepidocephalichthys มีวิเคราะห์เนื้อเยื่อ cobitid รวบรวมล่าสุดจากประเทศไทย เกาะสุมาตรา และมาเลเซีย (ตาราง 3) พร้อมกับประกาศลำดับ (เช่น outgroups) จาก Šlechtová et al. (2008) ทั้งหมด genomic DNA ที่สกัดจากคลิปที่หูในเอทานอลโดยใช้โซลูชัน Chelex 5% และ 3 μl ของ prteinase K กับย่อยอาหารค้างคืน การพักประมาณ 1140 bp รวมถึงยีน b cyt mitochondrial สมบูรณ์ถูกขยาย และเรียงลำดับการใช้รองพื้นคู่ Glu L.Ca14337–14359 และ Thr-H.Ca15568–15548 (Šlechtová et al. 2008) ประมาณ 910 bp ของยีน RAG1 ถูกขยาย และเรียงลำดับโดยใช้ไพรเมอร์ 1F ผ้าขี้ริ้วและผ้าขี้ริ้ว-RV1 (Šlechtová et al. 2008) PCR ขี่พารามิเตอร์ถูกใช้ โดย Šlechtová et al. (2006) สำหรับ cyt b และ Šlechtová et al. (2007) สำหรับ RAG1วงมี visualized กับโบรไมด์ ethidium ย้อมสีบน agarose 1% เพื่อตรวจสอบว่า ไพรเมอร์ขยายชิ้นส่วนของขนาดที่เหมาะสม ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกเรียงลำดับ Interdisciplinary ศูนย์วิจัยเทคโนโลยีชีวภาพ (ICBR), มหาวิทยาลัยฟลอริดา เกนส์วิลล์ Chromatograms ได้ดู และลำดับมติที่ประกอบใช้ CodonCode Aligner จัดแนวสุดท้ายสร้างขึ้นโดยใช้ Clustal X 2 (ลาร์คินร้อยเอ็ด al. 2007) และแก้ไขด้วยตนเอง โดยตาPhylogeny ทฤษฎีถูกสร้างโดยใช้ MrBayes รุ่น 3.1.2 (Ronquist & Huelsenbeck 2003) รุ่น 5 ล้านและต้นไม้ 45000 ตัวอย่างหลังจาก 10% เผาไหม้ในการทำงานสอง กิจกรรมหลังถูกใช้เป็นตัวบ่งชี้ของการสนับสนุนการโหน Cyt b และ RAG1 วิเคราะห์ถูกกั้น โดยรหัสพันธุกรรมตำแหน่ง และแต่ละตำแหน่งถูกต้อง Modeltest รุ่น 3.7 (อิ่มและ Crandall 1998) เพื่อกำหนดรูปแบบให้พอดีดีที่สุดของวิวัฒนาการลำดับใช้เกณฑ์ข้อมูล Akaike GTR ฉัน + รุ่น G ถูกเลือกสำหรับแต่ละ cyt b ตำแหน่ง สำหรับชุดข้อมูล RAG1, GTR ฉัน + G, HKY +, และ K81uf + G รุ่นที่ถูกเลือกในครั้งแรก ที่สอง และสามตำแหน่ง ตามลำดับยังทำการวิเคราะห์ parsimony ใช้ PAUP 4.0b10 (Swofford 2002)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ได้รับการยืนยันโดยอาร์ Pethiyagoda. 22 มิถุนายน 2010; ตีพิมพ์: 3 สิงหาคม 2010 1
ZOOTAXA
ISSN 1175-5326 (ฉบับพิมพ์)
ลิขสิทธิ์© 2010 ·กดแมกโนเลีย ISSN 1175-5334 (ฉบับออนไลน์)
Zootaxa 2557: 1-18 (2010)
บทความ www.mapress.com/zootaxa/
ใหม่ สายพันธุ์ของ Lepidocephalichthys (Teleostei: Cobitidae)
กับพฟิสซึ่ทางเพศที่โดดเด่นและความคิดเห็นเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในทางตอนใต้ของ lineages Cobitidae จัสตินซี HAVIRD1,2 อเรนซ์เอ็ม PAGE2,6, WEERAPONGSE TANGJITJAROEN3, ชวลิต VIDTHAYANON4, ชัยวุฒิ GRUDPAN5 และสุริยา UDDUANG5 พิพิธภัณฑ์ 1Florida ประวัติศาสตร์ธรรมชาติมหาวิทยาลัยฟลอริดาดิกคินสันฮอลล์, เกนส์วิลอริด้า 32611, USA E-mail: [e-mail] 2 ภาควิชาสัตววิทยามหาวิทยาลัยฟลอริดา 211 Bartram ฮอลล์, เกนส์วิลอริด้า 32611, USA 3Department ของม้าศาสตร์คณะสัตวแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ชลประทานถกาดแม่เหียะอำเภอเมืองจังหวัด เชียงใหม่ 50100 เกาะไซปรัส 4 ภาคตะวันออกเฉียงเหนือสถาบันวิจัยไม้กลายเป็นหินและทรัพยากรธรณีนครราชสีมามหาวิทยาลัยราชภัฏ 184 หมู่ที่ 7 ตำบลสุรนารี, ม่วงอำเภอนครราชสีมา, ไทย, 30000 5Department ประมงคณะเกษตรศาสตร์มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี 85, Sathollamark ถ . วารินชำราบ, อุบลราชธานี, ไทย, 34190 เขียน 6Corresponding E-mail: [e-mail] บทคัดย่อLepidocephalichthys (Telostei: Cobitidae) ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นที่ไม่ซ้ำกันในหมู่ cobitids ในการมีรังสีทรวงอก 7-8th ของเพศชายที่เป็นผู้ใหญ่มีการปรับเปลี่ยน เมื่อเร็ว ๆ นี้ที่เก็บรวบรวมวัสดุจากประเทศไทยรวมถึงสายพันธุ์ใหม่ของ Lepidocephalichthys ที่เพศชายเป็นผู้ใหญ่มีขนาดใหญ่ (ยื่นออกไปเหนือ ~ 75% ของความยาวครีบ-ray) โสมฉายและหน้าแปลนหยักและหน้าแปลนฉายช่องท้อง โครงสร้างฉายช่องท้องจะไม่ซ้ำกันในหมู่ cobitids การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการขยายตัวของ cobitids รวมทั้งลำดับการตีพิมพ์และวัสดุใหม่รวมทั้งสายพันธุ์ใหม่ตอกย้ำ monophyly ของ Lepidocephalichthys ความสัมพันธ์ภายใน lineages ใต้ของ cobitids และที่อยู่อาศัยที่ผิดปกติของสายพันธุ์ใหม่ที่จะกล่าวถึง. คำสำคัญ: ปรินิฟอร์ม, loaches, phylogenetics, dichromatism, ไทย, เวียดนาม, มูลแม่น้ำโขงการแนะนำชนิดของLepidocephalichthys (Cobitidae) มีขนาดเล็กทื่อ loaches กับ ทางเพศ dimorphic ครีบอก พวกเขามีการกระจายอย่างกว้างขวางทั่วภาคใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้รวมทั้งหมู่เกาะชวาและเกาะบอร์เนียว ระบบการศึกษาล่าสุดเกี่ยวกับ Lepidocephalichthys ได้รวมการแก้ไขอนุกรมวิธานของพืชและสัตว์ (Havird หน้าและ 2010) และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการภายใน Cobitidae (Šlechtová et al. 2008) Šlechtová et al, (2008) การตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง cobitids ใช้ cytochrome ขยีนยล (CYT ข) และรวมตัวกันอีกนิวเคลียร์ยืนยันการใช้งานยีน-1 (RAG-1) ชุดข้อมูลทั้งสองได้รับการสนับสนุนเชื้อสายไฟย์เลติขนาดใหญ่เรียกว่า 'ภาคเหนือ clade และรวมทั้งชนิดของ Cobitis, Iksookimia, Niwaella, Kichulchoia, Koreocobitis, Misgurnus, Paramisgurnus และ Sabanejewia จำพวกมากที่สุดใน clade นี้ไม่พบว่ามีไฟย์เลติ จำพวกที่ตกนอกทางตอนเหนือของ clade (Acanthopsoides, Acantopsis, Canthophrys, Kottelatlimia, Lepidocephalichthys, Lepidocephalus, Neoeurirrhichthys และ Pangio) ไม่ได้ในรูปแบบกลุ่มไฟย์เลติและถูกเรียกว่า 'lineages ภาคใต้. จำพวกเหล่านี้หายเป็นกลุ่มขึ้นอยู่กับไฟย์เลติยล (ยกเว้น Acanthopsoides) เช่นเดียวกับข้อมูลดีเอ็นเอนิวเคลียร์ Lepidocephalichthys ถูกพบว่าเป็นน้องสาวของ Pangio ในการวิเคราะห์ยีน RAG1 ความสัมพันธ์ไม่หายในการวิเคราะห์ก่อนหน้านี้ข้อมูลทางสัณฐานวิทยา (Nalbant 1963, 1994; Sawada 1982). แม้ว่าลักษณะทางสัณฐานวิทยาหลายแยกแยะจำพวกใน lineages ใต้ทางเพศลักษณะdimorphic อยู่ในหมู่ มีประโยชน์มากที่สุด (ตารางที่ 1) โดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ชายที่เป็นผู้ใหญ่มีการปรับเปลี่ยนของ2 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia กด HAVIRD et al. Zootaxa ใหม่ชนิด LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 © 2010 Magnolia กด· 3 รังสีครีบอกครีบสร้างโครงสร้างที่เรียกว่า circularis แผ่นที่แตกต่างกันระหว่าง จำพวก Lepidocephalichthys ได้รับการวินิจฉัยว่ามีรังสีครีบอกครีบ 7-8th การแก้ไขในเพศชายที่เป็นผู้ใหญ่ (Havird & หน้า 2010) ใน cobitids การเปลี่ยนแปลงที่มีอยู่ในสถานที่ตั้งของ circularis แผ่นจำนวนรังสีแก้ไขและรูปร่างของโครงสร้างที่เกิดขึ้น. ที่นี่เราจะอธิบายสายพันธุ์ใหม่ของ Lepidocephalichthys การระบายน้ำจากแม่น้ำโขงที่มีความสูงที่โดดเด่นทางเพศdimorphic ครีบอก นอกจากนี้เรายังนำเสนอเชื้อชาติขยายตัวของ lineages ทางตอนใต้ของcobitids เพื่อยืนยันตำแหน่งทั่วไปของสายพันธุ์ใหม่ การอภิปรายของความสัมพันธ์และทางเพศพฟิสซึ่ภายใน cobitids มีให้. วิธีการความยาววัดที่ใกล้ที่สุด 0.1 มิลลิเมตรโดยใช้เครื่องวัดเส้นผ่าศูนย์กลางดิจิตอล วัดส่วนใหญ่และจำนวนตาม Hubbs และ Lagler (1964) มีการปรับเปลี่ยนตามที่อธิบายไว้ใน Havird และหน้า (2010) ตัวอย่างที่ถูกจัดให้เป็นผู้ใหญ่ถ้าพวกเขามีความยาวมาตรฐาน (SL) เท่ากับหรือมากกว่า SL ของชิ้นงานที่เล็กที่สุดที่มีการปรับเปลี่ยนครีบอก (ตารางที่ 2) ตัวอย่างที่มีขนาดเล็กถูกจัดให้เป็นหนุ่มสาวและไม่ได้รวมอยู่ในการวิเคราะห์เมตริก ผู้ใหญ่ถูกตีความว่าเป็นชายถ้าพวกเขาได้มีการปรับเปลี่ยนครีบอกและในขณะที่เพศหญิงถ้าพวกเขาขาดการปรับเปลี่ยน เนื่องจากเพศของตัวอย่างส่วนใหญ่ไม่ได้รับการยืนยันผ่านทางผ่าเนื่องจากขนาดกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็กบางตัวอย่างจำแนกเป็นเพศหญิงเพศชายอาจจะยังไม่บรรลุนิติภาวะ ลักษณะทางเพศสัมพันธ์ dimorphic เป็นของผู้ใหญ่เพศชายเมื่อเทียบกับผู้ที่อยู่ของบุคคลที่มีขนาดใหญ่ได้โดยไม่ต้องมีการปรับเปลี่ยนครีบอก (ซึ่งส่วนใหญ่เป็นเพศหญิงมีแนวโน้ม). ตาราง 2. ผู้ใหญ่ความยาวมาตรฐาน (เบน, มิลลิเมตร) และความยาวครีบอกครีบญาติ (% SL) สำหรับ cobitids ที่มีขนาดตัวอย่างที่มีขนาดใหญ่ SL ผู้ใหญ่ขั้นต่ำสำหรับชิ้นงานที่มีขนาดเล็กที่สุดที่มี circularis แผ่น เอสพีพี Acantopsis หมายถึงข้อมูลที่รวบรวมสามอธิบาย (ก choirorhynchos, dialuzona เอและ octoactinotos เอ) และสายพันธุ์ undescribed หลาย ดู Havird และหน้า (2010) สำหรับข้อมูลเกี่ยวกับการอธิบายไว้ก่อนหน้า Lepidocephalichthys p = p-value เปรียบเทียบชายและหญิงมีความยาวครีบครีบอกคำนวณกับนักศึกษาสองด้าน, unpaired t-test สมมติแปรปรวนเท่ากับ. ตัวย่อที่สถาบันมีการระบุไว้ใน http://www.asih.org/codons.pdf ทั้งหมด 490 ตัวอย่าง cobitids มีการตรวจสอบส่วนใหญ่ภายใน lineages ภาคใต้ ตัวอย่างการตรวจสอบในการตรวจสอบล่าสุดของLepidocephalichthys (Havird & หน้า 2010) ถูกนำมาใช้ในการศึกษานี้ แต่ไม่ได้อยู่ในการตรวจสอบวัสดุ(ยกเว้นกรณีที่ตัวเลขนวนิยาย GenBank จะได้รับ) ตัวเลขแคตตาล็อกของตัวอย่างการตรวจสอบจะตามด้วยหมายเลขของตัวอย่างและในช่วง SL ในวงเล็บ ตัวหนอน (~) ก่อนที่จะบ่งชี้พิกัดทางภูมิศาสตร์ที่พวกเขาได้รับการประเมินจากข้อมูลสถานที่ทั่วไป สถิติทั้งหมดได้รับการคำนวณโดยใช้โปรแกรม Microsoft Excel 2003 สายพันธุ์มิผู้ใหญ่SL หมายถึงแม็กซ์ชายครีบอกครีบยาวที่มีความยาวครีบหญิงหน้าอกP Acanthopsoides molobrion 32.0 45.9 62.5 14.2 (n = 11) 11.6 (n = 15) <0.001 Acantopsis spp. 39.0 98.6 153.4 16.6 (n = 14) 14.8 (n = 30) 0.001 Kottelatlimia pristes 23.6 31.1 42.9 18.9 (n = 49) 15.8 (n = 39) <0.001 Lepidocephalichthys zeppelini 14.1 19.4 25.8 23.3 (n = 37) 20.2 (n = 91) <0.001 Pangio cuneovirgata 27.1 32.9 38.9 8.8 (n = 14) 7.3 (n = 14) <0.001 Pangio doriae 59.8 70.5 91.2 5.2 (n = 7) 3.2 (n = 5) 0.002 Pangio kuhlii 38.6 50.2 67.2 9.5 (n = 13) 7.3 ( n = 15) <0.001 Pangio malayana 36.7 40.7 47.1 8.9 (n = 13) 7.0 (n = 7) <0.001 Pangio mauraniformis 36.3 43.9 48.9 10.8 (n = 12) 7.2 (n = 7) <0.001 Pangio piperata 33.5 40.7 48.4 10.8 (n = 13) 7.6 (n = 15) <0.001 Pangio semicincta 42.8 50.8 62.7 9.5 (n = 7) 7.5 (n = 5) 0.015 Pangio shelfordii 39.6 48.4 57.6 10.7 (n = 11) 7.5 (n = 8) <0.001 4 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia กด HAVIRD et al. Zootaxa ใหม่ชนิด LEPIDOCEPHALICHTHYS 2557 © 2010 Magnolia กด· 5 6 · Zootaxa 2557 © 2010 Magnolia กด HAVIRD et al. เพราะครีบอกแต๊ะอั๋ง dimorphic ของสายพันธุ์ใหม่ที่ไม่ซ้ำกันในหมู่ cobitids เราดำเนินการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการกับลำดับจากทั่ว Cobitidae เพื่อยืนยันว่าสายพันธุ์ใหม่จัดกลุ่มภายใน Lepidocephalichthys เมื่อเร็ว ๆ นี้ที่เก็บรวบรวมเนื้อเยื่อ cobitid จากประเทศไทยเกาะสุมาตราและมาเลเซีย (ตารางที่ 3) วิเคราะห์พร้อมกับลำดับการตีพิมพ์ (รวม outgroups) จากŠlechtová et al, (2008) ดีเอ็นเอทั้งหมดถูกสกัดจากคลิปครีบเก็บรักษาไว้ในเอทานอลโดยใช้วิธีการแก้ปัญหา 5% และ 3 Chelex ไมโครลิตรของ prteinase K กับการย่อยอาหารในชั่วข้ามคืน ประมาณ 1,140 bp ภูมิภาครวมทั้ง CYT ยลสมบูรณ์ขยีนถูกขยายติดใจใช้ไพรเมอร์คู่ Glu-L.Ca14337-14359 และ Thr-H.Ca15568-15548 (Šlechtová et al. 2008) ประมาณ 910 bp ของยีนยีน RAG1 ถูกขยายและลำดับขั้นตอนการใช้ไพรเมอร์ RAG-1F และ RAG-RV1 (Šlechtová et al. 2008) PCR พารามิเตอร์การขี่จักรยานที่ถูกที่ใช้โดยŠlechtová et al, (2006) สำหรับ CYT ขและŠlechtová et al, (2007) สำหรับยีน RAG1. คลื่นที่ได้รับการมองเห็นด้วยการย้อมสีโบรไมด์ ethidium เมื่อวันที่ 1% agarose เจลเพื่อตรวจสอบว่าไพรเมอร์ขยายชิ้นส่วนที่มีขนาดที่เหมาะสม ผลิตภัณฑ์ PCR มีลำดับขั้นตอนที่ศูนย์สหวิทยาการเพื่อการวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพ (ICBR) มหาวิทยาลัยฟลอริดาเกนส์ chromatograms ถูกมองและลำดับฉันทามติได้ชุมนุมโดยใช้ CodonCode Aligner การจัดแนวสุดท้ายที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ Clustal X2 (เฟร็ดดี้ et al. 2007) และได้รับการแก้ไขด้วยตนเองได้ด้วยตา. เชื้อชาติเบย์ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ MrBayes รุ่น 3.1.2 (Ronquist และ Huelsenbeck 2003) ที่มีห้าล้านรุ่นและต้นไม้ 45,000 ตัวอย่างหลังจากที่ 10% การเผาไหม้ในสองวิ่ง ความน่าจะเป็นหลังถูกนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้ของการสนับสนุนโหนด เดอะบี CYT และการวิเคราะห์ยีน RAG1 ถูกแบ่งพาร์ติชันโดยตำแหน่ง codon และตำแหน่งแต่ละคนถูกยัดเยียดให้รุ่น Modeltest 3.7 (ด้าและแครนดอล 1998) เพื่อตรวจสอบรุ่นที่ดีที่สุดพอดีของวิวัฒนาการตามลำดับโดยใช้ข้อมูล Akaike เกณฑ์ วิ่ง + I + G รูปแบบเป็นทางเลือกสำหรับแต่ละ CYT ตำแหน่งข สำหรับชุดยีน RAG1 ที่ GTR + I + G, HKY + I และ K81uf + รุ่น G ได้รับการแต่งตั้งเป็นครั้งแรกที่สองและตำแหน่งที่สามตามลำดับ. การวิเคราะห์ความประหยัดก็ยังดำเนินการโดยใช้ PAUP 4.0b10 (Swofford 2002)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ได้รับการยอมรับโดย pethiyagoda 22 มิ.ย. 2010 ; เผยแพร่ : 3 สิงหาคม 2010 1

ชื่อ 1175-5326 ซูแทกซา ( ฉบับพิมพ์ )
ลิขสิทธิ์สงวนลิขสิทธิ์ 2010 ด้วยแมกโนเลียกดชื่อ 1175-5334 ( ฉบับออนไลน์ )
ซูแทกซา 2557 : 1 – 18 ( 2010 )

บทความ www.mapress.com/zootaxa/ พันธุ์ใหม่ของ lepidocephalichthys ( teleostei : Cobitidae )
ด้วยที่โดดเด่น เรื่องขนาดและความคิดเห็นเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในภาคใต้เชื้อชาติ

วงศ์ปลาหมูจัสติน ซี. havird1,2 ลอว์เรนซ์ ม. page2,6 weerapongse tangjitjaroen3
ชวลิต vidthayanon4 , , , grudpan5 &ชัยวุฒิ , สุริยา udduang5
1florida พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ธรรมชาติ มหาวิทยาลัยฟลอริดา ดิกคินสัน ฮอลล์ , Gainesville , FL 32611 , USA e-mail : jhavird @ UFL . edu
ภาควิชาสัตววิทยา มหาวิทยาลัยฟลอริดา , 211 บาร์แทรม Hall , Gainesville , ฟลอริด้า 32611 USA
3department ของโครงการวิทยาศาสตร์คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ chonlapratan Rd , แม่แฮ อ. เมือง จ.เชียงใหม่ 50100
4the อีสาน สถาบันวิจัยไม้กลายเป็นหินและทรัพยากรธรณี มหาวิทยาลัยราชภัฏนครราชสีมา 184 หมู่ที่ 7 ตำบลสุรนารี mouang ตำบล นครราชสีมา ประเทศไทย 30000
5department ประมง คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี 85 ,sathollamark ถนนราบ อุบลราชธานี 34190
6corresponding , ผู้เขียน อีเมล : lpage1 @ UFL . lepidocephalichthys EDU

( telostei บทคัดย่อ : Cobitidae ) วินิจฉัยว่าเป็นลักษณะเฉพาะของ cobitids มี 7 – 8 หน้าอกรังสีของผู้ใหญ่เพศชาย แก้ไขrecently collected สิทธิ์ from thailand included a ผล species ของ lepidocephalichthys in which mature males เวลา a เป็นก้อน ( extending ที่จะเข้าแฟม % ของ the fin ray length ) dorsally projecting ของฝาก ( a การหารเหมือน ventrally projecting flange . ส่วนครีบท้องยื่นโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของ cobitids . การขยายตัวของ cobitids การวิเคราะห์ phylogenetic ,