centrifugation or filtration should be avoided due to the co-removal
of cells and their gDNA by these approaches. The report by Siddiqui
et al. indicated that small-sized micro-beads appeared to
yield more gDNA from urine samples than large-sized ones [25].
Hence, it is reasonable to speculate that the performance could
be further improved using nano-sized particles as solid extraction
phases.
Consequently, the present study was undertaken to develop a
robust urine genomic DNA extraction method using nano-sized
magnetic solid phases, applicable for both fresh and sedimentcontaining
(previously frozen) urine specimens. We noted that
urine sediment induced by freezing could be rapidly and efficiently
dissolved with the addition of EDTA (and adjusting solution pH),
thus allowing any sedimented cells to be re-suspended for binding
by carboxyl-group modified magnetic nanoparticles (CMNPs).
The quality of extracted DNA is assessed by its yield, molecular
weight, and the ability to serve as a substrate for PCR amplification.
Accordingly, gDNA extracted by CMNPs was of high quality
as successful amplification was achieved with sample volumes as
small as 50 l of urine. This simple, rapid, yet sensitive and environmentally
friendly gDNA extraction method is particularly suitable
for routine laboratory use, and could form the basis of automated
urine extraction systems for various diagnostic purposes.
2. Materials and methods
2.1. Chemicals and reagents
All chemicals and reagents (DNA isolation and analysis) were
of analytical or molecular biology grade, respectively, and were
obtained from commercial sources. Carboxyl-group modified magnetic
nanoparticles were prepared according to our previously
reported method [27]. FeSO4 and FeCl3 were used to prepare bare
Fe3O4 nanoparticles prior to their coating with poly(methacrylic
acid) through polymerization of monomer methacrylic acid in
toluene. The coated CMNPs were washed successively with acetone,
ethanol, and water prior to dispersal in TE buffer (10 mM Tris,
1 mM EDTA, pH 8.0) at a concentration of 10 mg/ml. Particle size
of the CMNPs, as determined by transmission electron microscopy
(TEM), was around 10 nm, as illustrated by both TEM and scanning
electron microscopy (SEM) images (Fig. 2A and B).
2.2. Urine sample collection
Morning void urine samples were collected in 100 ml sterile
tubes from healthy adult male and female volunteers. The freshly
collected urine was immediately mixed with EDTA to a final concentration
of 10 mM, with a portion of the samples kept at 4 ◦C
and processed within 4 h, while the remaining aliquots were stored
at
−20 ◦C. Whole blood (with 23 mM citric acid, 80 mM d-glucose,
45 mM sodium citrate, pH 5.5 as an anti-coagulant) was taken from
healthy donors and served as a reference sample for human gDNA.
Unless otherwise stated, the urine samples used for optimization
of DNA extraction and PCR reactions were of female origin, stored
at
−20 ◦C, and thawed at room temperature before use.
2.3. Cell enrichment from urine
Frozen urine was thawed at room temperature with the sample
pH adjusted to around 6.0–7.1 using 1 M NaOH. Any visual sediment
in the urine quickly vanished after pipetting the solution 2–3
times. Urine samples were then transferred to a 1.5 ml tube containing
CMNPs and 0.6 vol of binding buffer (30% PEG6000, 2 M NaCl).
The volume of beads was 10% of the urine volume. The mixture was
incubated at room temperature for 5 min to form cell-nanoparticle
complexes, which were then immobilized on a PromegaTM magnetic
separation stand, after which the supernatant was aspirated
and discarded. TEM was used to characterize the urine cells captured
by CMNPs, with images obtained using a Hitachi H-600
microscope operating at 75 kV.
2.4. DNA isolation
The immobilized urine cells were lysed by adding 10 l of lysis
buffer (3 M NaI; 5 M urea; 40 g/l Triton X-100; 10 mM EDTA, 25 mM
Tris–HCl, pH 6.5) prior to incubation at room temperature for
3 min. To facilitate binding of the released DNA to the nanoparticles,
20 l of isopropanol was added to the suspension for a
further 5 min at room temperature. After magnetic separation of
the DNA–nanoparticle complexes, the supernatant was discarded,
and the immobilized DNA was rinsed twice with 50 l of cold 70%
ethanol solution. After removal and evaporation of the ethanol, the
DNA was eluted in 20 l TE buffer (10 mM EDTA, 25 mM Tris–HCl,
pH 8.0) at room temperature for 10 min. The MNPs were then
immobilized with the supernatant transferred to a DNase/RNase
free EP tube.
In a control study, gDNA was isolated from pelleted urine cells
(1500
×
g, 5 min) using a modified phenol/chloroform method [10]:
pelleted cells were washed with TNE buffer (10 mM Tris, 100 mM
EDTA and 100 mM NaCl, pH 8.0) and re-centrifuged followed by
the addition of 600 l of lysing solution (1% SDS in TNE buffer). The
mixture was incubated for 1 h at 55 ◦C, followed by the addition of
proteinase K to a final concentration of 100 g/ml. After incubation
for another 3 h at 55 ◦C, the lysate was extracted once with phenol,
twice with phenol–chloroform–isoamyl alcohol (25:24:1), and
finally once with chloroform. DNA was precipitated in a mixture of
0.1 vol 3 M sodium acetate (pH 5.2) and 0.6 vol isopropanol. After
washing with 70% ethanol, the DNA was resuspended in 30 l of TE
buffer. Positive control DNA for PCR use was isolated from 100 l of
blood using the magnetic nanoparticle-based method reported by
Xie [14]. Negative isolation control was performed using binding
buffer only. The isolated gDNA was analyzed on a 0.8% agarose gel
stained with GoldView (SBS Genetech, China).
centrifugation หรือกรองควรหลีกเลี่ยงเนื่องจากการกำจัด co
และ gDNA ตนตามแนวทางเหล่านี้ รายงานมีดศิดดีกีย์
et al. ระบุว่า ขนาดเล็กไมโครประคำปรากฏให้
ผลผลิต gDNA เพิ่มเติมจากตัวอย่างปัสสาวะมากกว่าคนขนาดใหญ่ [25] .
จึงเหมาะสมคะเนว่า ประสิทธิภาพอาจ
สามารถเพิ่มเติมปรับปรุงโดยใช้อนุภาคขนาดนาโนสกัดแข็ง
ระยะ
ดัง การศึกษาปัจจุบันได้ดำเนินการพัฒนาเป็น
ปัสสาวะแข็งแกร่ง genomic DNA สกัดวิธีใช้ขนาดนาโน
แม่เหล็กแข็งระยะ สำหรับสดและ sedimentcontaining
(previously frozen) ปัสสาวะไว้เป็นตัวอย่าง เราสังเกตที่
ตะกอนปัสสาวะที่เกิดจากการแช่แข็งอาจจะรวดเร็ว และมีประสิทธิภาพ
ส่วนยุบบวกของ EDTA (ปรับค่า pH โซลูชัน),
จึง ช่วยให้เซลล์ใด ๆ sedimented ที่ถูกหยุดชั่วคราวสำหรับผูกใหม่
carboxyl กลุ่มปรับเปลี่ยนแม่เหล็กเก็บกัก (CMNPs) .
มีประเมินคุณภาพของดีเอ็นเอที่แยก โดยผลผลิตของ โมเลกุล
น้ำหนัก และความสามารถในการใช้เป็นพื้นผิวสำหรับขยาย PCR
ตาม gDNA สกัด โดย CMNPs มีคุณภาพ
เป็นขยายความสำเร็จสำเร็จ ด้วยวอลุ่มอย่างเป็น
ขนาดเล็กเป็น l 50 ของปัสสาวะ นี้ง่าย รวดเร็ว แต่มีความสำคัญ และสภาพแวดล้อม
gDNA เยี่ยมสกัดด้วยวิธีเหมาะอย่างยิ่ง
สำหรับใช้ปฏิบัติงานประจำ และสามารถเป็นพื้นฐานของอัตโนมัติ
ปัสสาวะสกัดระบบต่าง ๆ วิเคราะห์วัตถุประสงค์การ
2 วัสดุและวิธีการ
2.1 สารเคมีและ reagents
เคมีและ reagents (วิเคราะห์และแยกดีเอ็นเอ) ทั้งหมด
ของชีววิทยาระดับโมเลกุล หรือวิเคราะห์ เกรด ตามลำดับ และถูก
ได้รับจากแหล่งทางการค้า Carboxyl กลุ่มปรับเปลี่ยนแม่เหล็ก
เก็บกักได้เตรียมตามของเราก่อนหน้านี้
รายงานวิธี [27] FeSO4 และ FeCl3 ใช้ในการเตรียมเปลือย
เก็บกัก Fe3O4 ก่อนการเคลือบด้วย poly(methacrylic
acid) ผ่าน polymerization กรดน้ำยา methacrylic
โทลูอีน CMNPs เคลือบถูกล้างติด ๆ กัน ด้วยอะซิโตน,
เอทานอล และน้ำก่อน dispersal ในบัฟเฟอร์ TE (10 มม.ตรี,
1 mM EDTA ค่า pH 8.0) ที่ความเข้มข้น 10 มก. / ml ขนาดอนุภาค
ของ CMNPs, microscopy
(TEM) ส่งอิเล็กตรอน ถูกประมาณ 10 nm ตามทั้งยการและการสแกน
ภาพ microscopy อิเล็กตรอน (SEM) (Fig. 2A และ B) .
2.2 เก็บตัวอย่างปัสสาวะ
ตัวอย่างปัสสาวะโมฆะเช้าถูกเก็บรวบรวมใน 100 ml ใส่
ท่อจากผู้ใหญ่ชาย และหญิงอาสาสมัครสุขภาพ สด
รวบรวมปัสสาวะทันทีได้ถูกผสมกับ EDTA จะเข้มข้นสุดท้าย
10 มม. มีส่วนของตัวอย่างที่เก็บไว้ที่ 4 ◦C
และประมวลผลภายใน 4 h ขณะ aliquots ที่เหลือถูกเก็บไว้
ที่
−20 ◦C เลือดทั้งหมด (มีกรดซิตริก 23 มม. 80 mM d-กลูโคส,
45 mM โซเดียมซิเตรต ค่า pH 5.5 เป็น coagulant ที่ต่อต้าน) ได้มาจาก
ผู้บริจาคมีสุขภาพดีและเป็นตัวอย่างอ้างอิงสำหรับมนุษย์ gDNA.
เว้นแต่ระบุไว้เป็นอย่างอื่น ตัวอย่างปัสสาวะที่ใช้สำหรับการปรับ
สกัดดีเอ็นเอและ PCR ปฏิกิริยาได้กำเนิดหญิง เก็บ
ที่
−20 ◦C และ thawed ที่อุณหภูมิห้องก่อนที่จะใช้
2.3 เซลล์ขอจากปัสสาวะ
ปัสสาวะแช่แข็งถูก thawed ที่อุณหภูมิห้องกับตัวอย่าง
pH ปรับปรุงสถาน 6.0–7.1 ใช้ 1 M NaOH ตะกอนใด ๆ ภาพ
ในปัสสาวะรวดเร็วศาสดาหลัง pipetting กิตโซลูชัน
ครั้ง ตัวอย่างปัสสาวะได้แล้วโอนย้ายไปเป็น 1.5 ml หลอดประกอบด้วย
CMNPs และ vol 0.6 ผูกบัฟเฟอร์ (30% PEG6000, 2 M NaCl) .
ปริมาตรของลูกปัดมี 10% ของปริมาตรปัสสาวะ ส่วนผสมถูก
incubated อุณหภูมิห้องสำหรับ 5 นาทีในรูปแบบเซลล์ nanoparticle
คอมเพล็กซ์ ซึ่งถูกตรึงแล้วใน PromegaTM มีแม่เหล็ก
แยกขา หลังจาก supernatant aspirated
และละทิ้ง ยการใช้ลักษณะปัสสาวะเซลล์จับ
โดย CMNPs มีภาพรับใช้ 600-H ที่ฮิตาชิ
กล้องจุลทรรศน์ปฏิบัติที่ 75 เควี.
2.4 แยกดีเอ็นเอ
เซลล์เอนไซม์ปัสสาวะถูก lysed โดยเพิ่ม 10 l lysis
บัฟเฟอร์ (ใน M 3 ยูเรีย 5 เมตร 40 g/l ไตรตั้น X-100; 10 mM EDTA, 25 มม.
Tris–HCl, pH 6.5) ก่อนบ่มที่อุณหภูมิห้องใน
3 นาที เพื่ออำนวยความสะดวกการรวมดีเอ็นเอที่นำออกใช้เพื่อเก็บกัก,
isopropanol 20 ลิตรเพื่อระงับการเพิ่มการ
ไป 5 นาทีที่อุณหภูมิห้อง หลังจากแยกแม่เหล็กของ
DNA–nanoparticle คอมเพล็กซ์ supernatant ถูกละทิ้ง,
และดีเอ็นเอเอนไซม์ถูก rinsed สองกับ l 50 เย็น 70%
เอทานอลโซลูชั่น หลังจากการถอดและการระเหยของเอทานอล การ
ดีเอ็นเอถูก eluted ในบัฟเฟอร์ TE 20 l (10 mM EDTA, 25 มม. Tris–HCl,
ค่า pH 8.0) ที่อุณหภูมิห้องใน 10 นาที MNPs ถูกแล้ว
หากับ supernatant ที่โอนย้ายไปยังที่ DNase RNase
ฟรีหลอด EP.
ในการควบคุมศึกษา gDNA ถูกแยกจากเซลล์ปัสสาวะ pelleted
(1500
การ
g, 5 นาที) ใช้วิธีวางแก้ไขคลอโรฟอร์ม [10]:
pelleted เซลล์ถูกล้าง ด้วยบัฟเฟอร์สนอง TNE (ตรี 100 มม. 10 มม.
EDTA และ 100 มม. NaCl ค่า pH 8.0) และใหม่ centrifuged ตาม
แห่ง l 600 lysing โซลูชั่น (1% SDS ในบัฟเฟอร์สนอง TNE) ใน
ผสมถูก incubated สำหรับ h 1 ที่ ◦C 55 ตาม ด้วยการเพิ่ม
proteinase K กับความเข้มข้นสุดท้ายของ 100 g/ml หลังจากบ่ม
สำหรับอีก 3 h ที่ 55 ◦C, lysate ที่ถูกสกัดครั้งเดียวกับวาง,
สองกับแอลกอฮอล์ phenol–chloroform–isoamyl (25:24:1), และ
สุดท้ายครั้งเดียว ด้วยคลอโรฟอร์ม มีการตกตะกอนดีเอ็นเอในส่วนผสมของ
0.1 vol 3 M โซเดียม acetate (pH 5.2) และ 0.6 vol isopropanol หลังจาก
ซักผ้า ด้วย 70% เอทานอล ดีเอ็นเอถูก resuspended ใน 30 ลิตรของ TE
บัฟเฟอร์ บวกควบคุม DNA PCR ใช้ถูกแยกต่างหากจาก 100 l
เลือดโดยใช้แม่เหล็กตาม nanoparticle วิธีรายงานโดย
เจีย [14] ควบคุมแยกลบทำใช้ผูก
กันชนเท่านั้น GDNA แยกถูกวิเคราะห์บน agarose เจ 0.8%
สีกับ GoldView (SBS Genetech จีน)
การแปล กรุณารอสักครู่..
centrifugation or filtration should be avoided due to the co-removal
of cells and their gDNA by these approaches. The report by Siddiqui
et al. indicated that small-sized micro-beads appeared to
yield more gDNA from urine samples than large-sized ones [25].
Hence, it is reasonable to speculate that the performance could
be further improved using nano-sized particles as solid extraction
phases.
Consequently, the present study was undertaken to develop a
robust urine genomic DNA extraction method using nano-sized
magnetic solid phases, applicable for both fresh and sedimentcontaining
(previously frozen) urine specimens. We noted that
urine sediment induced by freezing could be rapidly and efficiently
dissolved with the addition of EDTA (and adjusting solution pH),
thus allowing any sedimented cells to be re-suspended for binding
by carboxyl-group modified magnetic nanoparticles (CMNPs).
The quality of extracted DNA is assessed by its yield, molecular
weight, and the ability to serve as a substrate for PCR amplification.
Accordingly, gDNA extracted by CMNPs was of high quality
as successful amplification was achieved with sample volumes as
small as 50 l of urine. This simple, rapid, yet sensitive and environmentally
friendly gDNA extraction method is particularly suitable
for routine laboratory use, and could form the basis of automated
urine extraction systems for various diagnostic purposes.
2. Materials and methods
2.1. Chemicals and reagents
All chemicals and reagents (DNA isolation and analysis) were
of analytical or molecular biology grade, respectively, and were
obtained from commercial sources. Carboxyl-group modified magnetic
nanoparticles were prepared according to our previously
reported method [27]. FeSO4 and FeCl3 were used to prepare bare
Fe3O4 nanoparticles prior to their coating with poly(methacrylic
acid) through polymerization of monomer methacrylic acid in
toluene. The coated CMNPs were washed successively with acetone,
ethanol, and water prior to dispersal in TE buffer (10 mM Tris,
1 mM EDTA, pH 8.0) at a concentration of 10 mg/ml. Particle size
of the CMNPs, as determined by transmission electron microscopy
(TEM), was around 10 nm, as illustrated by both TEM and scanning
electron microscopy (SEM) images (Fig. 2A and B).
2.2. Urine sample collection
Morning void urine samples were collected in 100 ml sterile
tubes from healthy adult male and female volunteers. The freshly
collected urine was immediately mixed with EDTA to a final concentration
of 10 mM, with a portion of the samples kept at 4 ◦C
and processed within 4 h, while the remaining aliquots were stored
at
−20 ◦C. Whole blood (with 23 mM citric acid, 80 mM d-glucose,
45 mM sodium citrate, pH 5.5 as an anti-coagulant) was taken from
healthy donors and served as a reference sample for human gDNA.
Unless otherwise stated, the urine samples used for optimization
of DNA extraction and PCR reactions were of female origin, stored
at
−20 ◦C, and thawed at room temperature before use.
2.3. Cell enrichment from urine
Frozen urine was thawed at room temperature with the sample
pH adjusted to around 6.0–7.1 using 1 M NaOH. Any visual sediment
in the urine quickly vanished after pipetting the solution 2–3
times. Urine samples were then transferred to a 1.5 ml tube containing
CMNPs and 0.6 vol of binding buffer (30% PEG6000, 2 M NaCl).
The volume of beads was 10% of the urine volume. The mixture was
incubated at room temperature for 5 min to form cell-nanoparticle
complexes, which were then immobilized on a PromegaTM magnetic
separation stand, after which the supernatant was aspirated
and discarded. TEM was used to characterize the urine cells captured
by CMNPs, with images obtained using a Hitachi H-600
microscope operating at 75 kV.
2.4. DNA isolation
The immobilized urine cells were lysed by adding 10 l of lysis
buffer (3 M NaI; 5 M urea; 40 g/l Triton X-100; 10 mM EDTA, 25 mM
Tris–HCl, pH 6.5) prior to incubation at room temperature for
3 min. To facilitate binding of the released DNA to the nanoparticles,
20 l of isopropanol was added to the suspension for a
further 5 min at room temperature. After magnetic separation of
the DNA–nanoparticle complexes, the supernatant was discarded,
and the immobilized DNA was rinsed twice with 50 l of cold 70%
ethanol solution. After removal and evaporation of the ethanol, the
DNA was eluted in 20 l TE buffer (10 mM EDTA, 25 mM Tris–HCl,
pH 8.0) at room temperature for 10 min. The MNPs were then
immobilized with the supernatant transferred to a DNase/RNase
free EP tube.
In a control study, gDNA was isolated from pelleted urine cells
(1500
×
g, 5 min) using a modified phenol/chloroform method [10]:
pelleted cells were washed with TNE buffer (10 mM Tris, 100 mM
EDTA and 100 mM NaCl, pH 8.0) and re-centrifuged followed by
the addition of 600 l of lysing solution (1% SDS in TNE buffer). The
mixture was incubated for 1 h at 55 ◦C, followed by the addition of
proteinase K to a final concentration of 100 g/ml. After incubation
for another 3 h at 55 ◦C, the lysate was extracted once with phenol,
twice with phenol–chloroform–isoamyl alcohol (25:24:1), and
finally once with chloroform. DNA was precipitated in a mixture of
0.1 vol 3 M sodium acetate (pH 5.2) and 0.6 vol isopropanol. After
washing with 70% ethanol, the DNA was resuspended in 30 l of TE
buffer. Positive control DNA for PCR use was isolated from 100 l of
blood using the magnetic nanoparticle-based method reported by
Xie [14]. Negative isolation control was performed using binding
buffer only. The isolated gDNA was analyzed on a 0.8% agarose gel
stained with GoldView (SBS Genetech, China).
การแปล กรุณารอสักครู่..
ปั่นหรือกรองควรหลีกเลี่ยงเนื่องจากการจำกัดการกำจัด
ของเซลล์และ gdna ของพวกเขาโดยวิธีการเหล่านี้ รายงานโดย siddiqui
et al . พบว่าไมโครลูกปัดขนาดเล็กปรากฏ
ผลผลิต gdna เพิ่มเติมจากตัวอย่างปัสสาวะมากกว่า [ 25 ] ขนาดใหญ่ .
ดังนั้นจึงเหมาะสมที่จะคาดการณ์ว่า ประสิทธิภาพอาจจะปรับปรุงเพิ่มเติมการใช้อนุภาคนาโนขนาด
เป็นขั้นตอนการสกัดของแข็งดังนั้นการศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาวิธีการสกัดดีเอ็นเอที่แข็งแกร่งปัสสาวะ
ใช้นาโนเฟสของแข็งแม่เหล็ก สามารถใช้ได้ทั้งสดและ sedimentcontaining
( แช่แข็งก่อนหน้านี้ ) ตัวอย่างปัสสาวะ เราสังเกตว่าปัสสาวะตะกอนที่เกิดจากการแช่แข็ง
ละลายได้อย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพด้วยนอกจาก EDTA ( และปรับพีเอช )
จึงอนุญาตให้ใด ๆ sedimented เซลล์จะ re ระงับผูกพัน
โดยหมู่คาร์บอกซิลแก้ไขอนุภาคนาโนแม่เหล็ก ( cmnps ) .
คุณภาพสกัด ดีเอ็นเอ จะประเมินจากผลตอบแทนของ โมเลกุล
, และความสามารถในการใช้เป็นสารตั้งต้นสำหรับ PCR ( .
ตาม gdna สกัดโดย cmnps เป็น
คุณภาพสูงที่ประสบความสำเร็จ พบว่ามีปริมาณการเพิ่มตัวอย่าง
ขนาดเล็กเป็น 50 L ของปัสสาวะ นี้ง่าย รวดเร็ว และเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม แต่ยังไว
gdna วิธีสกัดมีความเหมาะสมสำหรับใช้ในห้องปฏิบัติการตามปกติ และจะเป็นพื้นฐานของอัตโนมัติ
ปัสสาวะการสกัดระบบเพื่อการวินิจฉัยต่าง ๆ .
2 วัสดุและวิธีการ
2.1 . เคมีและสารเคมีสารเคมีและสารเคมี (
) แยกดีเอ็นเอและการวิเคราะห์ )วิเคราะห์หรือระดับอณูชีววิทยา ตามลำดับ และมี
หาได้จากแหล่งการค้า หมู่คาร์บอกซิลแก้ไขอนุภาคนาโนแม่เหล็ก
เตรียมตามของเราก่อนหน้านี้
รายงานวิธี [ 27 ] และ feso4 FeCl3 ใช้เพื่อเตรียมคลอด
fe3o4 นาโนก่อนที่จะเคลือบด้วยพอลิ ( เมทา
acid ) ผ่านพอลิเมอร์ที่เกิดใน
โทลูอีน .การ cmnps เคลือบถูกล้างอย่างต่อเนื่องด้วยอะซิโตน เอทานอลและน้ำ
, ก่อนที่จะกระจายไปยังบัฟเฟอร์ ( 10 มม. นอกจากนี้
1 mM EDTA pH 8.0 ) ที่ความเข้มข้น 10 มก. / มล. ขนาดอนุภาค
ของ cmnps ตามที่กำหนด โดยส่งกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน
( TEM ) , ประมาณ 10 นาโนเมตร ที่แสดงโดยทั้งสองแบบและการสแกนภาพกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนชนิดส่องกราด ( SEM )
( รูปที่ 2A และ b )
2.2 .
การเก็บตัวอย่างปัสสาวะตัวอย่างปัสสาวะที่ถูกเก็บในตอนเช้า 100 ml เป็นหมัน
ท่อจากสุขภาพผู้ใหญ่และอาสาสมัครหญิง สด
เก็บปัสสาวะทันทีผสม EDTA ไป
ความเข้มข้นสุดท้าย 10 มม. เป็นส่วนหนึ่งของตัวอย่างเก็บที่ 4 ◦ C
และประมวลผลภายใน 4 ชั่วโมง ขณะที่เหลือเก็บไว้เฉยๆ
− 20 ◦ซี. เลือดทั้งหมด ( 23 มิลลิเมตร กรดซิตริก , ดี กูลโคส , 80 mm
ซิเตรตโซเดียม 45 มม. , pH 5.5 เป็นตัวป้องกันการตกตะกอน ) ได้มาจากผู้บริจาคมีสุขภาพดี และทำหน้าที่เป็น
gdna ตัวอย่างสำหรับมนุษย์ ยกเว้นที่ระบุไว้เป็นอย่างอื่น ในตัวอย่างปัสสาวะที่ใช้สำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพของการสกัดดีเอ็นเอและยีน
ปฏิกิริยาของหญิงที่มาเก็บไว้
ที่− 20 ◦ C และละลายที่ห้อง อุณหภูมิก่อนใช้
2.3 เซลล์เสริมจากปัสสาวะ
แช่แข็งปัสสาวะถูกละลายที่อุณหภูมิห้องตัวอย่าง
ปรับ pH ประมาณ 6.0 – 7.1 ใช้ 1 M NaOH ภาพตะกอนในปัสสาวะได้อย่างรวดเร็วหายไปหลังจาก
pipetting โซลูชั่นที่ 2 – 3
ครั้ง ตัวอย่างปัสสาวะแล้วย้ายไป 1.5 ml หลอดบรรจุ
cmnps 0.6 โวลของผูกบัฟเฟอร์ ( 30% peg6000 2 M NaCl ) .
เสียงของลูกปัดเป็น 10% ของปริมาณปัสสาวะ . ส่วนผสม
บ่มไว้ที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 5 นาทีในรูปแบบมือถือสำหรับ
complexes ซึ่งแล้วตรึงบน promegatm แม่เหล็ก
แยกยืน ซึ่งหลังจากที่นำคือ aspirated
และละทิ้ง แบบใช้ลักษณะเซลล์ปัสสาวะจับ
โดย cmnps กับภาพที่ได้รับการจัดเก็บ h-600
กล้องจุลทรรศน์ผ่าตัด 75 KV .
2.4 .
แยกดีเอ็นเอตรึงเซลล์มี lysed ปัสสาวะโดยการเพิ่ม 10 l การสลาย
บัฟเฟอร์ ( 3 เมตร 5 เมตรใน ; ยูเรีย ; 40 กรัมต่อลิตรและ Triton X-100 ; 10 mM EDTA , 25 mm
ทริส– HCl , pH 6.5 ) ก่อนที่จะบ่มที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 3 นาทีเพื่อความสะดวก
ข้อผูกพันของดีเอ็นเอเพื่อออก อนุภาคนาโน
20 ลิตร , ไอโซโพรพานอลได้เพิ่มการระงับสําหรับ
ต่อไป 5 นาทีที่อุณหภูมิห้อง หลังจากการแยกแม่เหล็ก
ดีเอ็นเอ–สำหรับเชิงซ้อน , น่านถูกทอดทิ้ง
และตรึงดีเอ็นเอถูกล้างสองครั้งกับ 50 L ของสารละลายเอทานอล 70%
เย็น หลังจากการกำจัดและการระเหยของเอทานอล
ดีเอ็นเอตัวอย่างใน 20 L TE บัฟเฟอร์ ( 10 mM EDTA , 25 มม. นอกจากนี้ – HCL
pH 8.0 ) ที่อุณหภูมิห้องเป็นเวลา 10 นาทีแล้ว
mnps ตรึงกับที่นำส่งไปตรวจหา ADNase / เลส
ฟรี EP หลอดในการควบคุมการศึกษา gdna ถูกแยกจากปัสสาวะ ( 1500 เซลล์เม็ด
×
g 5 นาที ) ที่ใช้แก้ไขวิธีฟีนอล / คลอโรฟอร์ม [ 10 ] :
เม็ดเซลล์ถูกล้างด้วย tne บัฟเฟอร์ ( 10 มม. นอกจากนี้ 100 mm
EDTA และ 100 mM NaCl , pH 8.0 ) และระดับรองลงมา คือ
เพิ่ม 600 ลิตรต่อ โซลูชั่น ( 1% SDS ใน tne บัฟเฟอร์ )
ผสมบ่มที่ 55 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 1 ชั่วโมง ◦ตามด้วยนอกเหนือจาก
โปร K สุดท้ายความเข้มข้น 100 กรัม / มล. หลังจากบ่ม
อีก 3 ชั่วโมง 55 ◦ C , lysate สกัดครั้งเดียวกับฟีนอล ,
2 ครั้งกับ ฟีนอลและคลอโรฟอร์ม - แอลกอฮอล์ในปริมาณ ( 25:24:1 ) และ
สุดท้ายเมื่อด้วยคลอโรฟอร์ม ดีเอ็นเอตกตะกอนในสารละลายของ
0.1 Vol 3 M โซเดียมอะซิเตต ( pH 5.2 ) และไอโซโพรพานอล 0.6 โวล . หลังจากล้างด้วยแอลกอฮอล์ 70 %
,ดีเอ็นเอ resuspended ใน 30 l te
บัฟเฟอร์ ดีเอ็นเอควบคุมบวกสำหรับ PCR ใช้แยกจาก 100 ลิตรของเลือดโดยใช้อนุภาคนาโนแม่เหล็กตาม
วิธีการรายงานโดย Xie [ 14 ] การควบคุมการแยกลบได้โดยใช้ผูกพัน
บัฟเฟอร์เท่านั้น การแยกวิเคราะห์ใน gdna 0.8% เจล
เปื้อน goldview ( SBS genetech , จีน )
การแปล กรุณารอสักครู่..