GEO2R is an interactive web tool th

GEO2R is an interactive web tool that allows users to compare two or more groups of Samples in a GEO Series in order to identify genes that are differentially expressed across experimental conditions. Results are presented as a table of genes ordered by significance.

GEO2R performs comparisons on original submitter-supplied processed data tables using the GEOquery and limma R packages from the Bioconductor project. Bioconductor is an open source software project based on the R programming language that provides tools for the analysis of high-throughput genomic data. The GEOquery R package parses GEO data into R data structures that can be used by other R packages. The limma (Linear Models for Microarray Analysis) R package has emerged as one of the most widely used statistical tests for identifying differentially expressed genes. It handles a wide range of experimental designs and data types and applies multiple-testing corrections on P-values to help correct for the occurrence of false positives. Thus, GEO2R provides a simple interface that allows users to perform R statistical analysis without command line expertise.

Unlike GEO's other DataSet analysis tools, GEO2R does not rely on curated DataSets and interrogates the original Series Matrix data file directly. This allows a greater proportion of GEO data to be analyzed in a timely manner. However, it is important to realize that this tool can access and analyze almost any GEO Series, regardless of data type and quality, so the user must be aware of GEO2R Limitations and caveats.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GEO2R เป็นเครื่องมือเว็บแบบโต้ตอบที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถเปรียบเทียบอย่าง น้อย 2 กลุ่มตัวอย่างในชุดแก้วเพื่อระบุยีนที่จะแสดง differentially ในเงื่อนไขการทดลอง มีแสดงผลเป็นตารางของยีนที่เรียงตามความสำคัญGEO2R ทำตารางข้อมูลเปรียบเทียบกับต้นฉบับที่ให้ผู้ที่ดำเนินการโดยใช้แพคเกจอาร์ GEOquery และ limma จากโครงการ Bioconductor Bioconductor เป็นโครงการซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ซในภาษาเขียนโปรแกรม R ที่มีเครื่องมือสำหรับวิเคราะห์ข้อมูล genomic อัตราความเร็วสูง แพคเกจ GEOquery R วิเคราะห์ข้อมูลภูมิศาสตร์เป็นโครงสร้างข้อมูล R ที่สามารถใช้แพคเกจอื่น ๆ R แพคเกจอาร์ limma (เชิงเส้นแบบจำลองสำหรับวิเคราะห์ Microarray) ได้ผงาดขึ้นเป็นหนึ่งในการทดสอบสถิติที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการระบุ differentially แสดงยีน จะจัดการกับความหลากหลายของการออกแบบการทดลอง และข้อมูลชนิด และใช้ทดสอบหลายแก้ไข P-ค่าการช่วยสำหรับการเกิดทำงานผิดพลาดไม่ถูกต้อง ดังนั้น GEO2R มีอินเตอร์เฟซง่ายที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถทำการวิเคราะห์ทางสถิติ R ไม่ มีความเชี่ยวชาญของบรรทัดคำสั่งซึ่งแตกต่างจากภูมิศาสตร์ของชุดข้อมูลวิเคราะห์เครื่องมืออื่น ๆ GEO2R สามารถพึ่ง curated DataSets และ interrogates แฟ้มข้อมูลเมตริกซ์ชุดเดิมโดยตรง นี้ช่วยให้สัดส่วนที่มากขึ้นของข้อมูลทางภูมิศาสตร์จะวิเคราะห์ได้อย่างทันท่วงที อย่างไรก็ตาม มันจะต้องตระหนักว่า เครื่องมือนี้สามารถเข้าถึง และวิเคราะห์เกือบทุกชุดแก้ว โดยไม่คำนึงถึงชนิดของข้อมูลและคุณภาพ เพื่อให้ผู้ใช้ต้องตระหนักถึงข้อจำกัดของ GEO2R และกังวล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

GEO2R เป็นเครื่องมือเว็บแบบโต้ตอบที่ช่วยให้ผู้ใช้สามารถเปรียบเทียบสองหรือมากกว่ากลุ่มตัวอย่างในซีรีส์ GEO เพื่อที่จะระบุยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันทั่วเงื่อนไขการทดลอง ผลการค้นหาจะนำเสนอเป็นตารางของยีนที่ได้รับคำสั่งจากความสำคัญ. GEO2R ดำเนินการเปรียบเทียบกับต้นฉบับที่ส่งจัดตารางการประมวลผลข้อมูลโดยใช้ GEOquery และแพคเกจ Limma R จากโครงการ Bioconductor Bioconductor เป็นโครงการที่มาเปิดซอฟต์แวร์ที่อยู่บนพื้นฐานของการเขียนโปรแกรมภาษา R ที่มีเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์สูง throughput ข้อมูลจีโนม แพคเกจ GEOquery R แยกวิเคราะห์ข้อมูล GEO เข้า R โครงสร้างข้อมูลที่สามารถนำมาใช้โดยแพคเกจอื่น ๆ R Limma (รุ่นเชิงเส้นสำหรับการวิเคราะห์ Microarray) แพคเกจ R ได้กลายเป็นหนึ่งในที่สุดที่ใช้กันอย่างแพร่หลายการทดสอบทางสถิติสำหรับการระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน สามารถจัดการกับความหลากหลายของการออกแบบการทดลองและชนิดข้อมูลและใช้แก้ไขหลายการทดสอบบน P-ค่าที่ถูกต้องจะช่วยให้การเกิดผลบวกเท็จ ดังนั้น GEO2R มีอินเตอร์เฟซที่เรียบง่ายที่ช่วยให้ผู้ใช้ดำเนินการวิเคราะห์ทางสถิติ R โดยไม่มีความเชี่ยวชาญบรรทัดคำสั่ง. ซึ่งแตกต่างจาก GEO ของเครื่องมือในการวิเคราะห์ชุดข้อมูลอื่น ๆ GEO2R ไม่พึ่งพาชุดข้อมูล curated และ interrogates เดิมชุดเมทริกซ์แฟ้มข้อมูลโดยตรง นี้จะช่วยให้สัดส่วนมากขึ้นของข้อมูล GEO ที่จะวิเคราะห์ในเวลาที่เหมาะสม แต่ก็เป็นสิ่งสำคัญที่ต้องตระหนักว่าเครื่องมือนี้สามารถเข้าถึงและวิเคราะห์เกือบทุก GEO ซีรีส์โดยไม่คำนึงถึงชนิดของข้อมูลที่มีคุณภาพและเพื่อให้ผู้ใช้จะต้องตระหนักถึงข้อ จำกัด และ GEO2R ประการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

geo2r เป็นแบบโต้ตอบเว็บเครื่องมือที่ช่วยให้ผู้ใช้เพื่อเปรียบเทียบสอง หรือมากกว่าสองกลุ่มในกอชุดเพื่อระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกันในเงื่อนไขการทดลอง ผลลัพธ์จะแสดงเป็นตารางของยีนให้ความสำคัญ

geo2r การส่งต้นฉบับมาเปรียบเทียบการประมวลผลตารางข้อมูลที่ใช้ geoquery limma R และแพคเกจจากโครงการ bioconductor . bioconductor เป็นแหล่งเปิดโครงการซอฟต์แวร์ขึ้นอยู่กับ R ภาษาการเขียนโปรแกรมที่มีเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์จีโนมช่วยข้อมูลชุดวิเคราะห์ข้อมูลทางภูมิศาสตร์ใน R R geoquery โครงสร้างข้อมูลที่สามารถใช้โดยชุด R อื่น ๆ การ limma ( แบบจำลองเชิงเส้นการวิเคราะห์ microarray ) R แพคเกจมีชุมนุมเป็นหนึ่งในที่สุดที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสถิติทดสอบสำหรับการระบุยีนที่แสดงออกแตกต่างกัน .มันจัดการที่หลากหลายของประเภทการออกแบบการทดลองและข้อมูลและใช้หลายการทดสอบการแก้ไขใน p-values ช่วยที่ถูกต้องสำหรับการแจ้งเท็จ ดังนั้น geo2r ให้ง่ายอินเตอร์เฟซที่ช่วยให้ผู้ใช้เพื่อดำเนินการวิเคราะห์ทางสถิติ R โดยไม่มีความเชี่ยวชาญบรรทัดคำสั่ง

ไม่เหมือนกออื่น ๆการวิเคราะห์ข้อมูลเครื่องมือgeo2r ไม่ได้พึ่งพาและ curated ข้อมูลและสอบสวนชุดข้อมูลเมทริกซ์ต้นฉบับไฟล์โดยตรง นี้จะช่วยให้สัดส่วนที่มากขึ้นของข้อมูลทางภูมิศาสตร์ มาวิเคราะห์ ได้ทันเวลา อย่างไรก็ตาม , มันเป็นสิ่งสำคัญที่ต้องตระหนักว่าเครื่องมือนี้สามารถเข้าถึงและวิเคราะห์เกือบทุกกอ ชุด ไม่ว่าชนิดของข้อมูลและคุณภาพ ดังนั้นผู้ใช้จะต้องทราบถึงข้อจำกัดและ geo2r caveats .