Functional Groups of Drought-Induci

Functional Groups of Drought-Inducible genes
To understand the functional implications of the droughtresponsive
genes, we performed enrichment analysis of
gene ontology (GO) terms for different biological processes,
molecular functions, and cellular components (Supplemental
Table 4 and Supplemental Figure 5). Distinct functional in more than one sample, such as nitrate assimilation
(GO:0042128), response to osmotic stress (GO:0006970), and
response to desiccation (GO:0009269) (Supplemental Table 4).
Other processes were only enriched in one particular stage,
including spermatogenesis (GO:0007283) and pyridoxine
biosynthesis (GO:0008615) in the 2–3-mm transcriptome,
gluconeogenesis (GO:0006094) in the 3–4-mm transcriptome,
mismatch repair (GO:0006298) in the 4–5-mm transcriptome,
and glycogen biosynthesis (GO:005978) in the 5–7-mm
transcriptome (Supplemental Table 4). Consistently with the
abnormal starch deposition, genes related to carbohydrate
metabolism showed significant enrichment; for example,
four genes annotated for cellular glucan metabolism
(GO:0006073) were repressed by drought in the 2–3-mm rice
florets (Supplemental Table 5). Another four carbohydrate
metabolic genes (GO:0005975) showed drought-repressed
expression in the 4–5-mm florets (Supplemental Table 5).
Additionally, two gluconeogenesis genes (GO:0006094) were
up-regulated in 3–4-mm florets (Supplemental Table 4). We
also found that five photosynthetic genes (GO:0015979)
(Supplemental Table 5) were significantly repressed in 3–4-mm florets, consistently with the previous reports that
drought stress inhibits plant photosynthesis (Farooq et al.,
2009; Gu et al., 2012).
Among the 1716 drought-responsive genes were 83 genes
belonging to 32 families encoding transcription factors (TFs)
(Supplemental Table 6). Thirty-nine TF genes showed significant
increase, while 44 were significantly down-regulated
under drought stress, suggesting that they play important
roles in regulating drought-responsive gene expression.
Notably, four MIKCc-type MADS-box TFs were up-regulated
by drought stress (see discussion later). The rice homolog
of the Arabidopsis floral gene LEAFY, called RFL, promotes
flowering and controls plant architecture (Rao et al., 2008).
Here, RFL was significantly induced by drought treatment
in 2–3-mm florets, suggesting that RFL might be important
for the early response of rice to water stress during floral
development.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยีนหมู่ของภัยแล้ง-Inducibleเข้าใจผลกระทบของ droughtresponsive ทำงานยีน เราทำการวิเคราะห์เพิ่มคุณค่าเงื่อนไขภววิทยา (GO) ยีนสำหรับกระบวนการทางชีวภาพที่แตกต่างกันฟังก์ชันโมเลกุล และส่วนประกอบของเซลล์ (Supplementalตาราง 4 และ 5 รูปเพิ่มเติม) ทำงานในหลายอย่าง เช่นไนเตรทผสม Distinct(ไป: 0042128), ตอบสนองต่อความเครียดน้ำ (ไป: 0006970), และตอบสนองการผึ่งแห้ง (ไป: 0009269) (เพิ่มเติมตาราง 4)กระบวนการอื่น ๆ มีเพียงอุดมในหนึ่งขั้นตอนใดการสร้างสเปิร์ม (ไป: 0007283) และไพริดอกซิการสังเคราะห์ (ไป: 0008615) ใน transcriptome 2 – 3 มม.สร้างกลูโคส (ไป: 0006094) ใน transcriptome 3 – 4 มม.ซ่อมแซมไม่ตรง (ไป: 0006298) ใน transcriptome 4 – 5 มม.และ (ไป: 005978) การสังเคราะห์ไกลโคเจนในมม. 5-7transcriptome (เพิ่มเติมตาราง 4) อย่างต่อเนื่องด้วยการปกติแป้งสะสม ยีนที่เกี่ยวข้องกับคาร์โบไฮเดรตเผาผลาญแสดงเพิ่มคุณค่าสำคัญ เช่นคำอธิบายประกอบสำหรับเผาผลาญเซลลูลาร์กลูแคน 4 ยีน(ไป: 0006073) ถูกอัดอั้น โดยภัยแล้งข้าว 2 – 3 มม.florets (เพิ่มเติมตาราง 5) คาร์โบไฮเดรต 4 อีกเผาผลาญยีน (ไป: 0005975) แสดงให้เห็นว่าภัยแล้งอัดอั้นนิพจน์ใน 4 – 5 มม. florets (เพิ่มเติมตาราง 5)นอกจากนี้ มีสองยีนสร้างกลูโคส (ไป: 0006094)ค่าควบคุมใน 3 – 4 มม. florets (4 ตารางเพิ่มเติม) เรานอกจากนี้ยัง พบว่า 5 ยีนสังเคราะห์แสง (ไป: 0015979)(เพิ่มเติมตาราง 5) มากที่อัดอั้นใน 3 – 4 มม. florets อย่างสม่ำเสมอกับก่อนหน้ารายงานที่ภัยแล้งความเครียดยับยั้งการสังเคราะห์แสงของพืช (สิ่งอำนวยความ et al.,2009 กู et al. 2012)ระหว่าง 1716 ยีนที่ตอบสนองต่อภัยแล้งได้ยีน 83เป็นของครอบครัว 32 เข้ารหัสถอดรหัสปัจจัย (TFs)(6 ตารางเพิ่มเติม) สามสิบเก้า TF ยีนแสดงให้เห็นว่าสำคัญเพิ่มขึ้น ในขณะที่ 44 มีของควบคุมอย่างมีนัยสำคัญลงปัญหาภัยแล้ง การแนะนำว่า เล่นสำคัญบทบาทในการควบคุมยีนที่ตอบสนองต่อภัยแล้งสะดุดตา TFs MADS กล่องชนิด MIKCc สี่ถูกกำหนดขึ้นความเครียดภัยแล้ง (ดูคำอธิบายในภายหลัง) Homolog ข้าวของ Arabidopsis การ ยีนดอกไม้ LEAFY เรียก RFL ส่งเสริมออกดอกและควบคุมโรงงานสถาปัตยกรรม (Rao et al. 2008)ที่นี่ RFL มากเกิดภัยแล้งรักษาใน 2 – 3 มม. florets แนะนำที่ RFL อาจสำคัญสำหรับการตอบสนองช่วงข้าวน้ำความเครียดระหว่างดอกไม้การพัฒนา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กลุ่มการทำงานของยีนแล้ง inducible
เพื่อให้เข้าใจถึงผลกระทบการทำงานของ droughtresponsive
ยีนเราดำเนินการวิเคราะห์การเพิ่มปริมาณของ
อภิปรัชญายีน (GO) ข้อกำหนดสำหรับกระบวนการที่แตกต่างทางชีวภาพ,
ฟังก์ชั่นโมเลกุลและส่วนประกอบโทรศัพท์มือถือ (เพิ่มเติม
ตารางที่ 4 และเสริมรูปที่ 5) ที่แตกต่างกันในการทำงานมากกว่าหนึ่งตัวอย่างเช่นไนเตรตการดูดซึม
(GO: 0042128) ตอบสนองต่อความเครียดออสโมติก (GO: 0006970) และ
การตอบสนองต่อการผึ่งให้แห้ง (GO: 0009269) (เพิ่มเติมตารางที่ 4).
กระบวนการอื่น ๆ ที่อุดมไปเพียงหนึ่งใน ขั้นตอนโดยเฉพาะอย่างยิ่ง
รวมทั้งสเปิร์ม (Go: 0007283) และไพริดอกซิ
สังเคราะห์ (GO: 0008615) ในอีก 2-3 มมยีน,
gluconeogenesis (GO: 0006094) ใน 3-4 มมยีน,
การซ่อมแซมไม่ตรงกัน (GO: 0006298) ใน 4-5 มมยีน,
และไกลโคเจนการสังเคราะห์ (GO: 005978) ในวันที่ 5-7 มม
ยีน (ตารางที่เสริม 4) อย่างต่อเนื่องกับ
การสะสมแป้งผิดปกติของยีนที่เกี่ยวข้องกับคาร์โบไฮเดรต
การเผาผลาญแสดงให้เห็นว่าการเพิ่มปริมาณอย่างมีนัยสำคัญ ตัวอย่างเช่น
สี่ยีนข้อเขียนสำหรับการเผาผลาญเซลลูลาร์กลูแคน
(GO: 0006073) กำลังอัดอั้นจากภัยแล้งในข้าว 2-3 มม
ดอกย่อย (เพิ่มเติมตารางที่ 5) อีกสี่คาร์โบไฮเดรต
ยีนการเผาผลาญ (GO: 0005975) แสดงให้เห็นว่าภัยแล้งอัดอั้น
แสดงออกในดอกย่อย 4-5 มิลลิเมตร (เพิ่มเติมตารางที่ 5).
นอกจากนี้สองยีน gluconeogenesis (GO: 0006094) มี
ขึ้นควบคุมในดอกย่อย 3-4 มม (ตารางที่เสริม 4) เรา
ยังพบว่าห้ายีนสังเคราะห์ (GO: 0015979)
(เพิ่มเติมตารางที่ 5) ได้รับการปราบปรามอย่างมีนัยสำคัญในดอกย่อย 3-4 มมสอดคล้องกับรายงานก่อนหน้านี้ที่ว่า
. ความเครียดภัยแล้งยับยั้งการสังเคราะห์แสงของพืช (Farooq, et al,
2009; Gu, et al ., 2012).
ท่ามกลาง 1716 ยีนแล้งตอบสนองเป็น 83 ยีน
ที่อยู่ใน 32 ครอบครัวเข้ารหัสถอดความปัจจัย (TFS)
(ตารางที่เสริม 6) สามสิบเก้ายีน TF อย่างมีนัยสำคัญ
เพิ่มขึ้นในขณะที่ 44 อย่างมีนัยสำคัญควบคุมลง
ภายใต้ความเครียดภัยแล้งบอกว่าพวกเขาเล่นที่สำคัญ
บทบาทในการควบคุมภัยแล้งที่ตอบสนองต่อการแสดงออกของยีน.
ยวดสี่ MIKCc ชนิด TFS MADS กล่องขึ้นควบคุม
จากภัยแล้ง ความเครียด (ดูการอภิปรายในภายหลัง) homolog ข้าว
ของ Arabidopsis ใบยีนดอกไม้เรียกว่า RFL ส่งเสริม
การออกดอกและการควบคุมสถาปัตยกรรมพืช (ราว et al., 2008).
ที่นี่ RFL ถูกชักนำมีนัยสำคัญโดยการรักษาความแห้งแล้ง
ในดอกย่อย 2-3 มมบอกว่าอาจจะมี RFL ที่สำคัญ
สำหรับการตอบสนองในช่วงต้นข้าวขาดน้ำในช่วงดอกไม้
พัฒนา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หมู่ฟังก์ชันของภัยแล้ง inducible ยีนเพื่อเข้าใจความหมายการทำงานของ droughtresponsiveยีนที่เราทำการวิเคราะห์การยีนอภิปรัชญา ( ไป ) ข้อกำหนดสำหรับกระบวนการทางชีวภาพที่แตกต่างกันหน้าที่และส่วนประกอบของเซลล์ระดับโมเลกุล ( เสริมตารางที่ 4 และเสริมรูปที่ 5 ) แตกต่างกันตามหน้าที่ในมากกว่าหนึ่งตัวอย่าง เช่น ไนเตรทสูง( ไป : 0042128 ) , การตอบสนองต่อความเครียดออสโมซิส ( ไป : 0006970 )การผึ่งให้แห้ง ( ไป : 0009269 ) ( โต๊ะเสริม 4 )กระบวนการอื่น ๆเป็นเพียงอุดมในหนึ่งโดยเฉพาะเวทีรวมถึงการสร้างมโนภาพ ( ไป : 0007283 ) และไพริดอกซีนชีวสังเคราะห์ ( ไป : 0008615 ) ใน 2 –ทราน ริปโตม 3-mm ,กลูโคนีโอเจเนซิส ( ไป : 0006094 ) ใน 3 –ทราน ริปโตม 4-mm ,ซ่อมไม่ตรงกัน ( ไป : 0006298 ) ใน 4 –ทราน ริปโตม 5-mm ,ไกลโคเจนและชีวสังเคราะห์ ( ไป : 005978 ) ใน 5 – 7-mmทราน ริปโตม ( โต๊ะเสริม 4 ) อย่างต่อเนื่องกับยีนที่เกี่ยวข้องกับการสะสมแป้งหรือคาร์โบไฮเดรตการเผาผลาญอาหารเพิ่มอย่างมีนัยสำคัญ ตัวอย่างเช่นสี่ยีนแสดงของเซลล์เมแทบอลิซึม กลูแคน( ไป : 0006073 ) ถูกกดดันจากภัยแล้งในช่วง 2 – 3-mm ข้าวดอก ( โต๊ะเสริม 5 ) อีกสี่คาร์โบไฮเดรตการเผาผลาญของยีน ( ไป : 0005975 ) พบแล้งอดกลั้นการแสดงออกใน 4 – 5-mm florets ( โต๊ะเสริม 5 )นอกจากนี้ สองยีนกลูโคนีโอเจเนซิส ( ไป : 0006094 ) ได้แก่คา 3 ดอก 4-mm ( โต๊ะเสริม ( 4 ) เรานอกจากนี้ยังพบว่า 1 ใน 5 ของยีน ( ไป : 0015979 )( โต๊ะเสริม 5 ) อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติที่ 4-mm อดกลั้นใน 3 ดอก กล่าวสอดคล้องกับรายงานก่อนหน้านี้ว่าภาวะแล้ง ยับยั้งการสังเคราะห์แสงของพืช ( Farooq et al . ,2009 ; กู et al . , 2012 )ท่ามกลางความแห้งแล้ง 83 ยีนยีน 1716 ตอบเป็นของ 32 ครอบครัวการเข้ารหัสการถอดรหัส ( TFS ) ปัจจัย( ตารางภาคผนวก 6 ) สามสิบเก้า TF ยีนอย่างมีนัยสำคัญเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ในขณะที่ 44 ลงระเบียบภายใต้ แล้งบอกว่าพวกเขาเล่นที่สำคัญบทบาทในการควบคุมการแสดงออกของยีนที่ตอบสนองต่อความแห้งแล้ง .บริษัทสี่ mikcc ประเภท Mads กล่อง TFS ถูกกระตุ้นโดยแล้ง ( ดูการอภิปรายในภายหลัง ) ข้าว homologของดอกไม้ Arabidopsis ยีนใบ เรียกว่า rfl ส่งเสริมการออกดอกและการควบคุมสิ่งก่อสร้างพืช ( Rao et al . , 2008 )ที่นี่ rfl อย่างมีนัยสำคัญเนื่องจากการแล้งในอีก 2 – 3-mm ดอก บอกว่า rfl อาจเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการตอบสนองแรกของข้าวต่อน้ำความเครียดในดอกไม้การพัฒนา