fused to a portion of the diagnosti

fused to a portion of the diagnostic gene for dissimilatory sulfite reduction (dsrB)
to probe for functional information. Cells were trapped in 10-μm-diameter
polyacrylamide beads50. Poisson statistics predict that only 0.45% of beads will
contain more than one cell. The DNA trapped within the beads was used as the
template for PCR inside an emulsion51. The first set of primers for 16S rRNA gene
amplification include U515F and 1492R and the fusion reaction was nested within the
16S gene using E786R. The dsrB gene primers were adapted fromWagner et al.52 and
slightly modified to fit the needs of the molecular construct. Sequences and the results
of a traditional dsrB survey are provided in the original publication. The dsrB gene is
highly conserved across known sulfate reducers53, but it is possible that there are
variants of the gene that are prevalent in the lake that these primers did not amplify,
in which case the following analysis would contain false negatives (that is, OTUs that
can reduce sulfate but did not produce 16S-dsrB amplicons). Comparison of the
dsrB-16S rRNA gene fusion assay to a bulk dsrB gene survey in the original
previous analysis demonstrates significant overlap26, showing the fusion PCR
assay targets a wide variety of reductive dsrB genes from the Deltaproteobacteria
dsrB supercluster.
Accession codes. All clone sequences have been submitted to GenBank (accession
nos. KC192376 to KC192544). Illumina data have been submitted to the Sequence
Read Archive under study accession no. PRJNA217938.
Received 5 October 2015; accepted 30 June 2016;
published 15 August 2016

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลอมรวมกับส่วนของยีนวินิจฉัยลดซัลไฟต์ dissimilatory (dsrB)การค้นหาข้อมูลทำงาน เซลล์ติดอยู่ใน 10 μ m เส้นผ่าศูนย์กลางตรวจสอบวิเคราะห์ beads50 Poisson สถิติคาดการณ์ว่า จะเพียง 0.45% ของลูกปัดประกอบด้วยเซลล์มากกว่าหนึ่งเซลล์ ใช้ดีเอ็นเอที่ติดอยู่ภายในเม็ดเป็นการแม่แบบสำหรับ PCR ในการ emulsion51 ชุดแรกของไพรเมอร์สำหรับยีน 16S rRNAขยาย U515F และ 1492R และปฏิกิริยาฟิวชั่นถูกซ้อนอยู่ภายในการ16S ยีนที่ใช้ E786R ไพรเมอร์ของยีน dsrB ถูกดัดแปลง fromWagner et al.52 และแก้ไขเล็กน้อยให้พอดีกับความต้องการของโครงสร้างโมเลกุล ลำดับและผลการของการสำรวจแบบ dsrB ไว้ในสิ่งพิมพ์ต้นฉบับ คือยีน dsrBอนุรักษ์สูงข้ามซัลเฟตรู้จัก reducers53 แต่เป็นไปได้ว่า มีสายพันธุ์ยีนที่อยู่ในทะเลสาบที่ไพรเมอร์เหล่านี้ได้ขยาย แพร่หลายในกรณีนี้ การวิเคราะห์ดังต่อไปนี้จะประกอบด้วยลวง (OTUs คือ ที่สามารถลดซัลเฟต แต่ไม่ไม่ผลิต 16S dsrB amplicons) เปรียบเทียบการdsrB 16S rRNA ยีนฟิวชั่น assay การสำรวจจำนวนมาก dsrB ยีนในต้นฉบับอธิบายวิเคราะห์ก่อนหน้าสำคัญ overlap26 แสดงฟิวชั่น PCRวิเคราะห์เป้าหมายความหลากหลายของยีน Deltaproteobacteria กล้าหาญ dsrBกลุ่มกระจุกดาราจักร dsrBรหัสภาคยานุวัติ ลำดับโคลนทั้งหมดได้ถูกส่งไป GenBank (ภาคยานุวัติชุดหมายเลข KC192376 กับ KC192544) ได้ส่งข้อมูล Illumina กับลำดับอ่านเก็บการศึกษาทะเบียนไม่มี PRJNA217938รับ 5 2015 ตุลาคม รับ 30 2559 มิถุนายนเผยแพร่เมื่อ 15 2559 สิงหาคม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หลอมรวมเพื่อเป็นส่วนหนึ่งของการแสดงออกของยีนวินิจฉัยสำหรับ dissimilatory ลดซัลไฟต์ (dsrB บริการ)
การสอบสวนเพื่อหาข้อมูลการทำงาน เซลล์ที่ถูกขังอยู่ใน 10 ไมครอนเส้นผ่าศูนย์กลาง
polyacrylamide beads50 สถิติ Poisson คาดการณ์ว่ามีเพียง 0.45% ของเม็ดจะ
มีมากกว่าหนึ่งเซลล์ ดีเอ็นเอติดอยู่ภายในเม็ดถูกใช้เป็น
แม่แบบสำหรับ PCR ภายใน emulsion51 ชุดแรกของไพรเมอร์สำหรับ 16S rRNA ยีน
ขยายรวมถึง U515F และ 1492R และปฏิกิริยาฟิวชั่นที่ถูกซ้อนกันภายใน
ยีน 16S ใช้ E786R dsrB ไพรเมอร์ถูกดัดแปลงยีน fromWagner et al.52 และ
แก้ไขเล็กน้อยเพื่อให้พอดีกับความต้องการของโครงสร้างโมเลกุล ลำดับและผล
การสำรวจ dsrB แบบดั้งเดิมที่มีให้ในสิ่งพิมพ์เดิม ยีน dsrB เป็น
ป่าสงวนทั่ว reducers53 ซัลเฟตเป็นที่รู้จัก แต่ก็เป็นไปได้ว่ามี
สายพันธุ์ของยีนที่เป็นที่แพร่หลายในทะเลสาบที่ไพรเมอร์เหล่านี้ไม่ได้ขยาย,
ซึ่งในกรณีนี้การวิเคราะห์ต่อไปนี้จะมีปลอมเนกาทีฟ (นั่นคือ Otus ที่
สามารถลดซัลเฟต แต่ไม่ได้ผลิต amplicons 16S-dsrB) เปรียบเทียบ
dsrB-16S rRNA ยีนฟิวชั่นการทดสอบการสำรวจยีน dsrB กลุ่มในต้นฉบับ
วิเคราะห์ก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นถึง overlap26 อย่างมีนัยสำคัญที่แสดงให้เห็นฟิวชั่น PCR
ทดสอบเป้าหมายที่หลากหลายของยีน dsrB ลดลงจาก Deltaproteobacteria
Supercluster dsrB.
รหัสภาคยานุวัติ ทั้งหมดลำดับโคลนได้ถูกส่งไป GenBank (ภาคยานุวัติ
Nos. KC192376 เพื่อ KC192544) ข้อมูล Illumina ได้ถูกส่งไปลำดับ
อ่านเอกสารเก่าภายใต้การเข้าศึกษาไม่มี . PRJNA217938
ได้รับ 5 ตุลาคม 2015; ได้รับการยอมรับ 30 มิถุนายน 2016;
ตีพิมพ์ 15 สิงหาคม 2016

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผสมกับส่วนของยีนในการวินิจฉัยเพื่อลดปริมาณซัลไฟต์ dissimilatory ( dsrb )เพื่อสืบหาข้อมูลการทํางาน เซลล์ที่ติดอยู่ใน 10 - μ m-diameterสาร beads50 . สถิติจราจรคาดการณ์ว่าเฉพาะ 0.45% ของลูกปัดจะประกอบด้วยมากกว่าหนึ่งเซลล์ ดีเอ็นเอที่ติดอยู่ภายใน ลูกปัดที่ใช้เป็นแม่แบบสำหรับตรวจภายใน emulsion51 . ชุดแรกของไพรเมอร์สำหรับ 16S rRNA ยีนและแบบรวม u515f 1492r และปฏิกิริยาฟิวชั่นคือซ้อนกันภายในการใช้ยีน 16S e786r . dsrb ยีนโดยดัดแปลง fromwagner et al.52 และการแก้ไขเล็กน้อยเพื่อให้พอดีกับความต้องการของโมเลกุลที่สร้าง ลำดับและผลจากการสำรวจ dsrb ดั้งเดิมไว้ในเอกสารต้นฉบับ การ dsrb ยีนคือข้าม reducers53 ซัลเฟตที่มีการอนุรักษ์ว่า แต่มันเป็นไปได้ว่ามีพันธุ์ของยีนที่แพร่หลายในทะเลสาบที่ไพรเมอร์เหล่านี้ไม่ได้ขยายซึ่งในกรณีต่อไปนี้จะประกอบด้วยการวิเคราะห์เชิงลบเท็จ ( นั่นคือ ในที่สามารถลดซัลเฟตแต่ไม่ผลิต ( dsrb amplicons ) การเปรียบเทียบของdsrb-16s rRNA ยีนฟิวชั่น assay เพื่อยีน dsrb กลุ่มสำรวจในต้นฉบับการวิเคราะห์แสดงให้เห็นถึงความ overlap26 ก่อนหน้า แสดงโดย ฟิวชั่นโดยเป้าหมายที่หลากหลายของการลดลง dsrb ยีนจาก deltaproteobacteriadsrb กลุ่มกระจุกดาราจักร .รหัสหนังสือ . ลำดับโคลนทั้งหมดได้ถูกส่งไปยัง 5% ( สูเลขที่ kc192376 เพื่อ kc192544 ) Illumina ข้อมูลได้รับการส่งไปยังลำดับอ่านเอกสารการศึกษาเข้าไม่ prjna217938 .ได้รับ 5 ตุลาคม 2015 ; ยอมรับ 30 มิถุนายน 2016 ;เผยแพร่ 15 สิงหาคม 2552