shows the five most abundant transc

shows the five most abundant transcripts for each of the three libraries. The SSH procedure conducted on phenanthrene exposed animals appeared efficient. Of the top five phenanthrene clusters three show high similarities to monooxygenases of the cytochrome P450 enzyme family, which are known to be involved in phase I biotransformation of lipophilic substances such as phenanthrene [36]. The two other clusters show homology to other monooxygenases, and might be involved in phase I metabolism as well. The results for the cadmium library are less straightforward. Two of the five most abundant clusters remain un-annotated, and two clusters show resemblance to accessions that are not from animal origin. Note that one of those two latter clusters (cluster Fcc00170) occurred in all three libraries (Table 3). As with the 'bacterial clusters', those clusters are currently not discarded from the database and are submitted to GenBank. Supplementary experiments will be conducted to determine the exact origin of those clusters, and whether or not they represent contaminants.

The absence of highly expressed house-keeping genes among the five most abundant transcripts in the normalized library, suggests that the normalization procedure was successful. Without normalization more highly abundant transcripts, like tubulins, ribosomal proteins and actins, would have been sequenced (e.g. [37]). Although these sequences are present in the dataset, they do not form the list of most abundantly sequenced transcripts. For example, more than 40 ribosomal protein sequences were obtained (e.g. cluster Fcc02740), but most of these were represented by only one or two ESTs.

The prot4EST [38] script was applied to infer protein sequences (excluding the DECODER program). Putative open reading frames of the total dataset ranged between 23 and 440 amino-acids, and had an average length of 115 amino-acids. The amino acid sequences were annotated with Gene Ontology terms (GO; http://​geneontology.​org) using the PartiGene [27] annot8r_blast2GO script (Schmid and Blaxter, personal comm.; [39]). An overview of the results of these analyses is given in Table 5. Of the 6212 contigs 1126 contigs (~18%) were assigned at least one GO term (expect-value < 10-25; 1025 contigs when excluding the 140 clusters originating from yeast and human mRNA from the analysis). The Partigene [27] PERL scripts were used to store all the information in a web-accessible relational database [17]. All processed ESTs, excluding the ones marked as human and yeast contamination, were submitted to dbEST (accession numbers: – ).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แสดงหลักฐานมากที่สุดห้าสำหรับแต่ละไลบรารีสาม การ SSH ในฟีแนนทรีนสัมผัสสัตว์ปรากฏมีประสิทธิภาพ ของฟีแนนทรีนห้าอันดับแรก กลุ่มสามแสดงสูงเหมือนการ monooxygenases เจาะจง P450 เอนไซม์ครอบครัว ซึ่งเป็นที่รู้จักกันในระยะที่ biotransformation สาร lipophilic เช่นฟีแนนทรีน [36] สองอื่น ๆ คลัสเตอร์แสดง homology เพื่อ monooxygenases อื่น ๆ และอาจจะเกี่ยวข้องในเฟสผมเผาผลาญเช่นกัน ผลลัพธ์สำหรับไลบรารีของแคดเมียมจะน้อยตรงไปตรงมา สองของคลัสเตอร์มากที่สุดห้ายังไม่ได้ใส่คำอธิบายประกอบ และกลุ่มที่สองแสดงกับ accessions ที่ไม่ได้มาจากสัตว์อยู่ หมายเหตุว่า คลัสเตอร์ (คลัสเตอร์ Fcc00170) สองหลังอย่างใดอย่างหนึ่งเกิดขึ้นในไลบรารีสามทั้งหมด (ตาราง 3) กับการ' แบคทีเรีย' คลัสเตอร์มีอยู่ไม่ถูกละทิ้งจากฐานข้อมูล และส่งการ GenBank การทดลองเสริมจะดำเนินการตรวจสอบมาที่แน่นอนของคลัสเตอร์ และมันเป็นสิ่งปนเปื้อนหรือไม่การขาดยีนที่แสดงออกมากเก็บบ้านในหนังสือมากที่สุดห้าในไลบรารีมาตรฐาน แสดงให้เห็นว่า กระบวนการฟื้นฟูประสบความสำเร็จ โดยไม่ต้องปรับสภาพ เพิ่มเติมใบแสดงผลที่สูงมาก เช่น tubulins โปรตีน ribosomal และ actins จะมีการเรียงลำดับ (เช่น [37]) ลำดับเหล่านี้จะอยู่ในชุดข้อมูล พวกเขาฟอร์มรายการหนังสือมากที่สุดตามลำดับ เช่น ลำดับ ribosomal โปรตีนมากกว่า 40 รับ (เช่นคลัสเตอร์ Fcc02740), แต่ส่วนใหญ่เหล่านี้แทน ESTs เพียงหนึ่ง หรือสองProt4EST [38] สคริปต์ใช้สรุปลำดับโปรตีน (ยกเว้นโปรแกรมถอดรหัส) อ้างว่าฝาเปิดอ่านเฟรมของชุดข้อมูลทั้งหมดอยู่ในช่วงระหว่าง 23 และ 440 มิโนกรด และมีความยาวเฉลี่ย 115 กรดอะมิโน ลำดับกรดอะมิโนมีคำอธิบายประกอบกับเงื่อนไข Gene ภววิทยา (ไป http:// geneontology. org) ใช้สคริปต์ annot8r_blast2GO PartiGene [27] (ทิฐิและ Blaxter การสื่อสารส่วนตัว [39]) . ภาพรวมของผลลัพธ์ของการวิเคราะห์ถูกกำหนดในตาราง 5 ของ 6212 contigs 1126 contigs (~ 18%) กำหนดระยะที่น้อยไป (คาดว่าค่า < 10 - 25; 1025 contigs เมื่อไม่รวมกลุ่ม 140 ที่เกิดจากยีสต์และ mRNA มนุษย์จากการวิเคราะห์) Partigene [27] สคริปต์ PERL ถูกนำมาใช้ในการเก็บข้อมูลทั้งหมดในเว็บสามารถเข้าถึงฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์ [17] ทั้งหมดประมวลผล ESTs ไม่รวมทำเครื่องหมายเป็นมนุษย์ และยีสต์ปนเปื้อน ส่งมาที่ dbEST (เลขทะเบียน: –)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แสดงให้เห็นถึงห้ายีนที่อุดมสมบูรณ์มากที่สุดสำหรับแต่ละสามห้องสมุด ขั้นตอนการดำเนินการ SSH ในสัตว์สัมผัสฟีแนนทรีปรากฏมีประสิทธิภาพ ห้าอันดับแรกของกลุ่มฟีแนนทรีสามแสดงความคล้ายคลึงกันสูงเพื่อ monooxygenases ของครอบครัวเอนไซม์ cytochrome P450 ซึ่งเป็นที่รู้จักกันจะมีส่วนร่วมในขั้นตอนที่ผมเปลี่ยนรูปทางชีวภาพของสาร lipophilic เช่นฟีแนนทรี [36] ทั้งสองกลุ่มอื่น ๆ ที่คล้ายคลึงกันเพื่อแสดง monooxygenases อื่น ๆ และอาจจะมีส่วนร่วมในขั้นตอนการเผาผลาญอาหารที่ฉันได้เป็นอย่างดี ผลห้องสมุดแคดเมียมจะตรงไปตรงมาน้อย สองในห้ากลุ่มที่มีมากที่สุดยังคงยกเลิกข้อเขียนและสองกลุ่มแสดงความคล้ายคลึงกับสายที่ไม่ได้มาจากสัตว์ โปรดทราบว่าหนึ่งในบรรดาสองกลุ่มหลัง (คลัสเตอร์ Fcc00170) ที่เกิดขึ้นในทั้งสามห้องสมุด (ตารางที่ 3) เช่นเดียวกับ 'กลุ่มแบคทีเรีย' กลุ่มผู้ที่ยังไม่ได้ทิ้งจากฐานข้อมูลและถูกส่งไปยัง GenBank การทดลองเสริมจะต้องดำเนินการเพื่อตรวจสอบที่มาที่แน่นอนของกลุ่มเหล่านั้นหรือไม่และพวกเขาเป็นตัวแทนสารปนเปื้อน. กรณีที่ไม่มีการแสดงความสูงยีนบ้านเก็บในห้ายีนที่มีมากที่สุดในห้องสมุดปกติแสดงให้เห็นว่าขั้นตอนการฟื้นฟูที่ประสบความสำเร็จ โดยไม่ต้องฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ของยีนที่สูงมากขึ้นเช่นทูบูลินโปรตีนโซมอลและ actins จะได้รับการจัดลำดับ (เช่น [37]) แม้ว่าลำดับเหล่านี้มีอยู่ในชุดข้อมูลที่พวกเขาไม่ได้แบบรายชื่อของยีนที่ติดใจมากที่สุดอุดมบริบูรณ์ไปด้วย ยกตัวอย่างเช่นมากกว่า 40 โปรตีนโซมอลที่ได้รับ (เช่นคลัสเตอร์ Fcc02740) แต่ส่วนใหญ่เหล่านี้เป็นตัวแทนเพียงหนึ่งหรือสอง ESTs. prot4EST [38] สคริปต์ถูกนำมาใช้เพื่อสรุปลำดับโปรตีน (ไม่รวมโปรแกรมถอดรหัส) สมมุติเฟรมเปิดอ่านของชุดข้อมูลที่รวมอยู่ในช่วงระหว่างวันที่ 23 และ 440 กรดอะมิโนและมีความยาวเฉลี่ยของ 115 กรดอะมิโน ลำดับกรดอะมิโนที่ถูกกำกับด้วยแง่ยีนอภิปรัชญา (ไป; http: //. geneontology org) โดยใช้ PartiGene [27] annot8r_blast2GO สคริปต์ (ชมิดและ Blaxter, Comm ส่วนบุคคล .; [39]) ภาพรวมของผลการวิเคราะห์เหล่านี้จะได้รับในตารางที่ 5 ของ contigs 6212 1126 contigs (~ 18%) ที่ได้รับมอบหมายอย่างน้อยหนึ่งไประยะ (คาดว่ามูลค่า <10-25; 1025 contigs เมื่อไม่รวม 140 กลุ่มที่มาจาก ยีสต์และ mRNA ของมนุษย์จากการวิเคราะห์) Partigene [27] สคริปต์ Perl ถูกนำมาใช้ในการจัดเก็บข้อมูลทั้งหมดในฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์บนเว็บที่สามารถเข้าถึงได้ [17] ESTs ประมวลผลทั้งหมดไม่รวมคนที่ทำเครื่องหมายเป็นมนุษย์และการปนเปื้อนยีสต์ถูกส่งไป dbEST (หมายเลขภาคยานุวัติ: -)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แสดง 5 ชุกชุมมากที่สุดบันทึกสำหรับแต่ละสามห้องสมุด ขั้นตอนการดำเนินการเกี่ยวกับ SSH ฟีแนนทรีนสัมผัสสัตว์ที่ปรากฏประสิทธิภาพ ห้าอันดับแรกของฟีแนนทรีนกลุ่มสามแสดงความคล้ายคลึงกันสูงของเอนไซม์ไซโตโครมพี monooxygenases ครอบครัวซึ่งเป็นที่รู้จักที่จะมีส่วนร่วมในขั้นตอนการสารลิโพฟิลิกเช่นฟีแนนทรีน [ 36 ] อีกสองกลุ่ม โชว์ตัว monooxygenases อื่น และอาจจะเกี่ยวข้องกับขั้นตอนการเผาผลาญได้เป็นอย่างดี ผลลัพธ์สำหรับแคดเมียม ห้องสมุดก็ตรงไปตรงมาน้อย สองในห้าชุกชุมมากที่สุดกลุ่มยังคงอยู่และบันทึกย่อ และสองกลุ่มแสดงความคล้ายคลึงกับสายพันธุ์ที่ไม่ได้มาจากสัตว์ โปรดทราบว่าหนึ่งในสองคนนั้น หลังกลุ่ม ( Cluster fcc00170 ) ที่เกิดขึ้นในทั้งสามห้องสมุด ( ตารางที่ 3 ) เช่นเดียวกับ " แบคทีเรียกลุ่ม กลุ่มที่ยังไม่ได้ทิ้ง จากฐานข้อมูล และถูกส่งไปยังขนาด . การทดลองเสริมจะถูกดำเนินการเพื่อตรวจสอบแหล่งกำเนิดที่แน่นอนของกลุ่มเหล่านั้นและหรือไม่พวกเขาเป็นตัวแทนของสารปนเปื้อนการขาดหายไปของยีนที่แสดงออกในการรักษาสูง บ้านห้าชุกชุมมากที่สุด transcripts ในมาตรฐานห้องสมุด , แสดงให้เห็นว่าขั้นตอนการฟื้นฟูที่ประสบความสำเร็จ โดยการฟื้นฟูอย่างชุกชุม บันทึก เช่น tubulins โปรตีน Protein และ actins , จะได้รับนี้ ( เช่น [ 37 ] ) แม้ว่าลำดับเหล่านี้มีอยู่ในข้อมูลที่พวกเขาไม่ฟอร์มรายการมากที่สุด ลำดับการรายงาน ตัวอย่างเช่น มากกว่า 40 ไรโบโซมอลโปรตีน ลำดับได้ ( เช่น กลุ่ม fcc02740 ) , แต่ส่วนมากของเหล่านี้ถูกแสดงโดยเพียงหนึ่งหรือสองฐานข้อมูล .การ prot4est [ 38 ] บทประยุกต์ สรุปว่าลำดับโปรตีน ( ไม่รวมโปรแกรมถอดรหัส ) ซึ่งเปิดอ่านกรอบของข้อมูลทั้งหมดมีค่าอยู่ระหว่าง 23 และ 440 กรดอะมิโนและมีความยาวเฉลี่ย 115 กรดอะมิโน ลำดับกรดอะมิโนถูกบันทึกย่อกับยีนอภิปรัชญาแง่ ( ไป ; http : / / ​ยีน . ​ org ) ใช้ partigene [ 27 ] annot8r_blast2go สคริปต์ ( > blaxter และส่วนบุคคล , การสื่อสาร ; [ 39 ] ) ภาพรวมของผลลัพธ์ที่ได้จากการวิเคราะห์เหล่านี้ จะได้รับใน ตารางที่ 5 ของ 6212 สูงนะครับสูง ( ~ 18% ) ได้รับอย่างน้อยหนึ่งไประยะ ( คาดว่าค่า < 10-25 สูง ; แต่เมื่อรวม 140 กลุ่มที่เกิดจากยีสต์และการแสดงออกของมนุษย์ จากการวิเคราะห์ ) การ partigene [ 27 ] Perl สคริปต์ถูกใช้เพื่อเก็บข้อมูลทั้งหมดในเว็บสามารถเข้าถึงฐานข้อมูลเชิงสัมพันธ์ [ 17 ] การประมวลผลฐานข้อมูลทั้งหมด ยกเว้นคนที่ทำเครื่องหมายเป็นมลภาวะ มนุษย์ และ ยีสต์ ได้ถูกส่งไปยัง dbest ( หนังสือตัวเลข : ) )