Li et al. (2007). The sequences obt

Li et al. (2007). The sequences obtained were compared
with available 16S rRNA gene sequences of cultured species
from GenBank via the BLAST program and the EzTaxon-e
server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; Kim et al. 2012).
Multiple alignments with sequences of the most closely
related taxa and calculations of levels of sequence similarities
were carried out by using CLUSTAL_X (Thompson
et al. 1997). Phylogenetic analyses were performed by using
the software packages MEGA version 5.0 (Tamura et al.
2011) with three algorithms, the neighbour-joining (Saitou
and Nei 1987), maximum-likelihood (Felsenstein 1981) and
maximum-parsimony (Fitch 1971) methods. Kimura’s two
parameter model was used to calculate evolutionary distance
matrices of the neighbour-joining method (Kimura
1980). Bootstrap analysis (1,000 resampling) was used to
evaluate the topology of phylogenetic trees (Felsenstein
1985). DNA–DNA reassociations were performed according
to the fluorometric micro-well method (Ezaki et al.
1989; Christensen et al. 2000), and the hybridizations were
performed with eight replications. Determinations of the
genomic DNA G + C contents were performed by HPLC
(SPD-10AV; Shimadzu) as described by Mesbah et al
: 0.98–1.02 mm in width and 2.7–3.0 mm
in length), motile by means of peritrichous flagella (Supplementary
Figs. S1-2). Capsules were observed around
cells of the two strains by light microscopy, and electron
microscopy ellipsoidal spores were formed in sporangia
and in a subterminal position in cells. The results of
Biolog GEN III MicroPlate™, API 20NE and API 50CH
tests for the isolates and the reference strain and the differences
among them are shown in Table 1. All the phenotypic
data of strains Y24T and H9T were in accordance with their
assignments to the genus Paenibacillus, and the differences
were also obviously observed by the comparison with their
related type strain.
Chemotaxonomic characteristics
The chemical analyses indicated that both strains Y24T and
H9T contained meso-diaminopimelic acid as the diagnostic
diamino acid, aspartic acid, alanine, glutamic acid and
serine were also detected in the cell wall hydrolysates. The
major whole-cell sugars were fructose, mannose, galactose,
glucose and ribose. The major polar lipids presented in
Table 1 Differential phenotypic characteristics for strains Y24T and
H9T and phylogenetically related species of the genus Paenibacillus
All the strains were positive for Tweens 20, 40, 80, catalase, H2S,
starch, milk coagulation and peptonization. Methyl red tests, Nitrate
reduction and Voges–Proskauer tests were positive. All strains contained
MK-7 as the predominant menaquinone. 1, Y24T
; 2, H9T
; 3,
P. hunanensis FeL05T
. Data for all the strains were from this study
unless being indicated
Plus (+) denotes positive reaction, minus (−) denotes negative reaction
a Data from Liu et al. (2010)
Characteristic 1 2 3
Colony pigmentation Pink Pink Yellow
Temperature range (°C) 4–45 4–42 4–44
pH 4–9 4–8 4–8
Oxidation of (GEN III MicroPlate):
N-Acetyl-β-d-mannosamine − − +
N

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Li et al. (2007) มีการเปรียบเทียบลำดับที่ได้รับมีว่าง 16S rRNA ยีนลำดับพันธุ์อ่างจาก GenBank ผ่านโปรแกรมระเบิดและอี EzTaxonเซิร์ฟเวอร์ (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; คิม et al. 2012)จัดแนวหลาย มีลำดับของที่สุดtaxa ที่เกี่ยวข้องและคำนวณระดับของลำดับความเหมือนได้ดำเนินการโดย CLUSTAL_X (ทอมป์สันร้อยเอ็ด al. 1997) วิเคราะห์ phylogenetic ดำเนินโดยซอฟต์แวร์แพคเกจร็อคเวอร์ชัน 5.0 (Tamura et al2011) มี 3 อัลกอริทึม เพื่อนบ้านรวม (Saitouและ Nei 1987), สูงสุดโอกาส (Felsenstein 1981) และวิธีสูงสุด-parsimony (ฟิทช์ 1971) คิมุระโยของสองรูปแบบพารามิเตอร์ถูกใช้เพื่อคำนวณระยะทางวิวัฒนาการเมทริกซ์วิธีรวมเพื่อนบ้าน (คิมุระโย1980) การวิเคราะห์เริ่มต้นระบบ (1000 เปลี่ยนความละเอียดของ) ที่ใช้ในการประเมินโครงสร้างของต้นไม้ phylogenetic (Felsensteinปี 1985) . reassociations ดีเอ็นเอดีเอ็นเอได้ดำเนินการตามวิธีดีไมโคร fluorometric (Ezaki et al1989 คริสเตนเซ่นและ al. 2000), และ hybridizations ที่ดำเนินการกับระยะแปด Determinations ของการgenomic DNA G + C เนื้อหาถูกดำเนินการ โดย HPLC(SPD-10AV Shimadzu) ตามที่อธิบายไว้โดย Mesbah et al: 0.98 – 1.02 มม.ใน 2.7-3.0 มม.และความกว้างความยาว), motile โดยหมายถึง peritrichous flagella (Supplementaryมะเดื่อ S1-2) แคปซูลถูกสังเกตรอบ ๆเซลล์สายพันธุ์สอง microscopy แสง และอิเล็กตรอนเพาะเฟิร์น ellipsoidal microscopy ถูกก่อตั้งขึ้นใน sporangiaและ ในตำแหน่ง subterminal ในเซลล์ ผลลัพธ์ของBiolog GEN III MicroPlate ™ API 20NE และ API 50CHทดสอบการแยกสายพันธุ์อ้างอิง และความแตกต่างในหมู่พวกเขาจะแสดงในตารางที่ 1 ทั้งหมดไทป์ข้อมูลของสายพันธุ์ Y24T และ H9T สอดคล้องกับความกำหนดพืชสกุล Paenibacillus และความแตกต่างสุภัคยังเห็นได้ชัด โดยการเปรียบเทียบกับของพวกเขาต้องใช้ชนิดที่เกี่ยวข้องลักษณะ chemotaxonomicวิเคราะห์เคมีบ่งชี้ว่า ทั้งสองสายพันธุ์ Y24T และH9T ประกอบด้วยกรดเมโสหน้า diaminopimelic เป็นการวินิจฉัยdiamino กรด aspartic กรด อะลานีน กลูตาเมต และนอกจากนี้ยังพบแถใน hydrolysates ผนังเซลล์ ที่สำคัญเซลล์ทั้งน้ำตาลฟรักโทส mannose กา แล็กโทสกลูโคสและ ribose โครงการขั้วหลักในตารางที่ 1 ส่วนไทป์ลักษณะสำหรับสายพันธุ์ Y24T และH9T และ phylogenetically ที่เกี่ยวข้องกับชนิดของพืชสกุล Paenibacillusสายพันธุ์ทั้งหมดมีค่าบวกสำหรับ Tweens 20, 40, 80, catalase ไข่เน่าแป้ง โรงนม และ peptonization ทดสอบสีแดง methyl ไนเตรตลดและการทดสอบ Voges-Proskauer ได้ค่าบวก สายพันธุ์ทั้งหมดที่มีอยู่MK-7 เป็น menaquinone กัน 1, Y24T; 2, H9T; 3P. hunanensis FeL05T. ข้อมูลสายพันธุ์ทั้งหมดที่ได้จากการศึกษาเว้นแต่จะระบุบวก (+) แสดงปฏิกิริยาเชิงบวก ลบ (−) แสดงปฏิกิริยาเชิงลบข้อมูลจากหลิว et al. (2010)คุณลักษณะ 1 2 3ผิวคล้ำโคโลนีสีชมพูสีชมพูสีเหลืองในช่วงอุณหภูมิ (° C) 4 – 45 4 – 42 4-44pH 4 – 9 4 – 8 4 – 8ออกซิเดชัน (GEN III MicroPlate):−− N-Acetyl-β-d-mannosamine +N

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Li et al, (2007) ลำดับที่ได้ถูกนำมาเปรียบเทียบ
กับที่มีอยู่ 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์ที่เพาะเลี้ยง
จาก GenBank ผ่านโปรแกรม BLAST และ EzTaxon อี
เซิร์ฟเวอร์ (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; คิม et al, 2012.).
การจัดแนวหลายด้วย ลำดับของอย่างใกล้ชิดที่สุด
แท็กซ่าที่เกี่ยวข้องและการคำนวณของระดับความคล้ายคลึงกันของลำดับ
ได้ดำเนินการโดยใช้ CLUSTAL_X (ธ อมป์สัน
et al. 1997) Phylogenetic วิเคราะห์ได้ดำเนินการโดยใช้
ซอฟแวร์รุ่น MEGA 5.0 (ทามูระ et al.
2011) มีสามขั้นตอนวิธีเพื่อนบ้านเข้า (Saitou
และ Nei 1987), โอกาสสูงสุด (Felsenstein 1981) และ
สูงสุดประหยัด (ฟิทช์ 1971) วิธีการ . คิมูระสอง
รูปแบบพารามิเตอร์ถูกใช้ในการคำนวณระยะทางวิวัฒนาการ
ของการฝึกอบรมวิธีการเพื่อนบ้านเข้า (คิมูระ
1980) การวิเคราะห์ Bootstrap (1,000 resampling) ถูกใช้ในการ
ประเมินโครงสร้างของต้นไม้ (Felsenstein
1985) reassociations ดีเอ็นเอดีเอ็นเอได้ดำเนินการตาม
วิธีการที่จะไมโครดีฟลูออโร (ซากิ et al.
1989; คริ et al, 2000.) และ hybridizations ถูก
ดำเนินการกับแปดซ้ำ การตรวจวัดของ
ดีเอ็นเอ G + C ได้รับการดำเนินการโดยวิธี HPLC
(SPD-10AV; Shimadzu) ตามที่อธิบายไว้โดย Mesbah และคณะ
: 0.98-1.02 มิลลิเมตรความกว้างและ 2.7-3.0 มิลลิเมตร
ยาว) เคลื่อนที่โดยใช้วิธีการ peritrichous flagella (เสริม
มะเดื่อ. S1-2) แคปซูลถูกตั้งข้อสังเกตรอบ
เซลล์ของทั้งสองสายพันธุ์โดยใช้กล้องจุลทรรศน์แสงและอิเล็กตรอน
สปอร์รูปวงรีกล้องจุลทรรศน์กำลังก่อตัวขึ้นใน sporangia
และอยู่ในตำแหน่งที่ปลายย่อยในเซลล์ ผลของการ
Biolog GEN III microplate ™, 20NE API และ API 50CH
การทดสอบสำหรับเชื้อและความเครียดอ้างอิงและความแตกต่าง
ในหมู่พวกเขาจะแสดงในตารางที่ 1 ทั้งหมดฟีโนไทป์
ข้อมูลของสายพันธุ์ Y24T H9T และเป็นไปตามที่พวกเขา
ได้รับมอบหมายไป สกุล Paenibacillus และความแตกต่าง
ก็ยังสังเกตเห็นได้ชัดเมื่อเทียบกับของพวกเขา
สายพันธุ์ชนิดที่เกี่ยวข้อง.
ลักษณะ chemotaxonomic
วิเคราะห์ทางเคมีแสดงให้เห็นว่าทั้งสองสายพันธุ์ Y24T และ
กรด Meso-diaminopimelic H9T มีอยู่เป็นวินิจฉัย
กรด Diamino กรด aspartic, อะลานีน, กรดกลูตามิกและ
ซีรีนได้รับการตรวจพบยังอยู่ในไฮโดรไลเซผนังเซลล์
น้ำตาลทั้งเซลล์ที่สำคัญเป็นฟรุกโตส, แมนโนส, กาแลค,
กลูโคสและน้ำตาล ไขมันขั้วโลกที่สำคัญที่นำเสนอใน
ลักษณะฟีโนไทป์ตารางที่ 1 ที่แตกต่างกันสำหรับสายพันธุ์ Y24T และ
H9T และสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้อง phylogenetically ของสกุล Paenibacillus
ทุกสายพันธุ์ที่เป็นบวกสำหรับ Tweens 20, 40, 80, catalase, H2S,
แป้งแข็งตัวนมและ peptonization Methyl ทดสอบสีแดง, ไนเตรต
ลดลงและการทดสอบ Voges-Proskauer เป็นบวก ทุกสายพันธุ์มี
MK-7 menaquinone เด่น 1 Y24T
; 2 H9T
; 3,
P. hunanensis
FeL05T ข้อมูลสำหรับทุกสายพันธุ์มาจากการศึกษาครั้งนี้
ได้รับการยกเว้นในกรณีที่ระบุ
บวก (+) หมายถึงปฏิกิริยาบวกลบ (-) หมายถึงปฏิกิริยาทางลบ
ข้อมูลจากหลิวและคณะ (2010)
ลักษณะ 1 2 3
อาณานิคมคล้ำสีชมพูสีชมพูสีเหลือง
ช่วงอุณหภูมิ (° C) 4-45 4-42 4-44
พีเอช 4-9 4-8 4-8
ออกซิเดชันของ (GEN III microplate):
N-Acetyl-β -d-mannosamine - - +
ไม่มี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

Li et al . ( 2007 ) การเปรียบเทียบลำดับเบส 16S rRNA ยีน
พร้อมลำดับของการเพาะเลี้ยงชนิด
จากระเบิดขนาดผ่านโปรแกรมและ eztaxon-e
Server ( http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ ; Kim et al . 2012 ) .
แนวร่วมหลายกับลำดับของความสูงและการคำนวณที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่สุด

มีความคล้ายคลึงกันของลำดับของระดับการใช้ clustal_x ( ทอมป์สัน
et al .1997 ) การวิเคราะห์ ซึ่งได้ใช้แพคเกจซอฟต์แวร์ที่เมกา
รุ่น 5.0 ( ทามูระ et al .
2011 ) สามขั้นตอนวิธีการเพื่อนบ้านร่วม ( ไซโตะ
เนยและ 1987 ) ความน่าจะเป็นสูงสุด ( felsenstein 1981 ) และสูงสุด ( 1971
ตระหนี่ ( ) วิธีการ คิมูระสอง
พารามิเตอร์ของแบบจำลองสำหรับคำนวณค่าระยะทางที่เมทริกซ์ของวิวัฒนาการ
เพื่อนบ้านร่วมวิธี ( คิมูระ
1980 )การวิเคราะห์บู ( 1000 สุ่มซ้ำ ) ถูกใช้เพื่อประเมินโครงสร้างของต้นไม้ phylogenetic
( felsenstein
1985 ) ดีเอ็นเอ ( DNA reassociations มีการปฏิบัติตามเพื่อ fluorometric วิธีดี
ไมโคร ( เอซากิ et al .
1989 ; Christensen et al . 2000 ) , และมีการ hybridizations
8 ซ้ำ รวมทั้ง
genomic DNA G C เนื้อหาได้ 2
( spd-10av ;Shimadzu ) ตามที่อธิบายไว้โดย mesbah et al
: 0.98 และ 1.02 มิลลิเมตรกว้าง 2.7 และ 3.0 mm
ในความยาว ) , มือถือ โดย peritrichous แฟลกเจลลา ( เสริม
Figs s1-2 ) แคปซูลจำนวนรอบ
เซลล์ของทั้งสองสายพันธุ์ด้วยกล้องจุลทรรศน์แสงและกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน
ทรงรีสปอร์เกิดในสปอแรงเกีย
และในตำแหน่ง subterminal ในเซลล์ ผล
biolog Gen III ™พื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย ,20ne API และการทดสอบ 50ch
API สำหรับสายพันธุ์และสายพันธุ์อ้างอิงและความแตกต่าง
ในหมู่พวกเขาจะแสดงในตารางที่ 1 ข้อมูลทั้งหมดของสายพันธุ์และคุณสมบัติ
y24t h9t สอดคล้องกับงานของพวกเขา
ในจีนัส paenibacillus และความแตกต่าง
ยังเห็นได้ชัด สังเกตได้จากการเปรียบเทียบกับของพวกเขาที่เกี่ยวข้องกับความเครียดชนิด
.

chemotaxonomic คุณลักษณะการวิเคราะห์ทางเคมีพบว่าทั้งสองสายพันธุ์ y24t และ
h9t ที่มีอยู่มีโซได มิโนพิมีลิกเป็นวินิจฉัย
diamino กรด , กรดอะลานีน , กรดกลูตามิกและ
เซรีนยังตรวจพบในผนังเซลล์ของ .
ที่สำคัญของเซลล์มีทั้งน้ำตาลฟรุกโตสและกลูโคสกาแลคโตส
แมนหน้าตัวเมีย . เมเจอร์เสนอ
ขั้วโลกลิพิดตารางที่ 1 ค่าคุณสมบัติด้านสายพันธุ์และสายพันธุ์และ y24t
h9t phylogenetically เกี่ยวข้องกับสกุล paenibacillus
ทุกสายพันธุ์ บวกสำหรับ tweens 20 , 40 , 80 , Catalase , h2s
แป้ง , นม , น้ำ และ peptonization . การทดสอบการลดไนเตรท และสารสีแดง ,
proskauer Voges –การทดสอบเป็นบวก ทุกสายพันธุ์ที่มีอยู่
mk-7 เป็นเมนาควิโนนเด่น 1 , y24t
; 2h9t
3
P hunanensis fel05t

ข้อมูลทั้งหมดที่ได้จากการศึกษานี้ โดยนอกจากการพบ

บวก ( ) หมายถึงปฏิกิริยาบวก ลบ ( − ) แสดงปฏิกิริยาลบ
เป็นข้อมูลจาก Liu et al . ( 2010 )
3
2 ลักษณะ 1 สี ชมพู เหลือง อาณานิคม
ช่วงอุณหภูมิ ( ° C ) 4 – 4 – 4 – 45 42 44
pH 4 – 9 4 – 8 4 – 8
ปฏิกิริยาออกซิเดชัน ( Gen 3 พื้นที่ภาคเหนือของประเทศไทย ) :
n-acetyl - บีตา - d-mannosamine −−
n