การรับประทานแทนนินมากเกินไปจะทำให้ฟันกลายสภาพเปลี่ยนเป็นสีขาวอมเหลือง ที่สร้างปัญหามากกว่านั้นคือปริมาณโกโก้ที่เติมลงในช็อกโกแลตไม่ได้มีมากอย่างที่เข้าใจกัน มีแต่น้ำตาลกับกลิ่นเป็นหลัก การรับประทานช็อกโกแลตแท่งมากๆจึงอาจทำให้ฟันผุเพราะฤทธิ์ของน้ำตาลได้ ช็อกโกแลตมีสารคาเฟอีนค่อนข้างสูง ทั้งยังมีสารที่มีฤทธิ์ใกล้เคียงกับกาเฟอีน คือ แซนทีนไทโอโบรมีน (xanthine thiobromine) ซึ่งมีมากถึง 232 ถึง 272 มิลลิกรัมต่อช็อกโกแลต 100 กรัม หากดื่มช็อกโกแลตร้อนสักถ้วยหรือรับประทานช็อกโกแลตขนาดกลางสักแท่ง หรือบิสกิตช็อกโกแลตสักสองชิ้น ร่างกายจะได้รับสารคล้ายกาเฟอีนที่ว่านี้มากเป็นสองเท่าของการดื่มกาแฟหนึ่งถ้วย ช็อกโกแลตมี สารออกซาเลต (oxalate) ในปริมาณไม่น้อย และสารนี้อาจรวมตัวกับแคลเซียมในเลือดเกิดตกตะกอนในกระเพาะปัสสาวะ ทำให้เกิดนิ่วขึ้นได้