Automatic genome annotation using t

Automatic genome annotation using the RAST server (3), based on the CLC Genomics Workbench-derived contigs, gave a 39% subsystem coverage for 5,251 putative coding sequences. An analysis of the average nucleotide identity (9) across complete genome sequences of P. polymyxa strains (E681 and SC2) and draft sequences of P. polymyxa ATCC 842T and P. peoriae KCTC 3763T revealed that P. peoriae KCTC 3763T is closer to E681. In the draft sequences, we were able to identify gene clusters for the biosynthesis of tridecaptin and a novel heptapeptide antibiotic that is similar to hexapeptide fusaricidin antibiotics, along with several contigs harboring NRPS genes encoding unknown products. We were also able to determine several genes for extracellular carbohydrases, including an amylase, a xylanase, a cellulase, and several glucanases, which may be responsible for the utilization of plant-derived polysaccharides in the rhizosphere.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อธิบายพันธุอัตโนมัติโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ RAST (3), ตาม contigs มาโต๊ะ Genomics CLC ให้คลุม 39% ระบบย่อยต่าง ๆ 5,251 อ้างว่าฝาเขียนลำดับ ทำตัวนิวคลีโอไทด์โดยเฉลี่ย (9) ในการวิเคราะห์ลำดับพันธุของ P. polymyxa สายพันธุ์ (E681 และ SC2) และลำดับร่างของ P. polymyxa ATCC 842T และ P. peoriae KCTC 3763T เปิดเผยว่า peoriae P. KCTC 3763T อยู่ใกล้กับ E681 ในลำดับร่าง เราไม่สามารถระบุกลุ่มยีนสำหรับสังเคราะห์ tridecaptin และยาปฏิชีวนะ heptapeptide นวนิยายที่คล้ายกับยาปฏิชีวนะ hexapeptide fusaricidin พร้อมด้วย contigs หลายยีน NRPS รหัสผลิตภัณฑ์ที่ไม่รู้จักเก็บงำ เราไม่สามารถกำหนดหลายยีนสำหรับสาร carbohydrases รวมทั้งมี amylase ไซลาเนส cellulase แบบ และหลาย glucanases ซึ่งอาจรับผิดชอบสำหรับการใช้ประโยชน์ของพืชมาไรด์ในไรโซสเฟียร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำอธิบายประกอบจีโนมโดยอัตโนมัติโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ RAST (3) ตาม contigs CLC ฟังก์ชั่นปรับแต่งมาให้ความคุ้มครองระบบย่อย 39% สำหรับ 5,251 ลำดับการถอดรหัสสมมุติ การวิเคราะห์เบื่อหน่ายตัวตนเฉลี่ย (9) ข้ามลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของสายพันธุ์พี polymyxa (E681 และ SC2) และร่างลำดับของพี polymyxa ATCC 842T พี peoriae KCTC 3763T เปิดเผยว่าพี peoriae KCTC 3763T อยู่ใกล้กับ E681 . วนเวียนอยู่ในร่างเราก็สามารถที่จะระบุกลุ่มยีนที่ควบคุมการสังเคราะห์ tridecaptin และยาปฏิชีวนะ heptapeptide นวนิยายที่คล้ายกับ Hexapeptide fusaricidin ยาปฏิชีวนะพร้อมด้วยอีกหลาย contigs เก็บงำยีน NRPS เข้ารหัสผลิตภัณฑ์ที่ไม่รู้จัก เราก็มีความสามารถในการตรวจสอบยีนหลายประการสำหรับ carbohydrases extracellular รวมทั้งอะไมเลสซึ่งเป็นไซลาเนส, เซลลูเลสและหลาย glucanases ซึ่งอาจจะเป็นผู้รับผิดชอบในการใช้ประโยชน์จาก polysaccharides มาโรงงานในบริเวณรากที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บันทึกย่อโดยอัตโนมัติโดยใช้เซิร์ฟเวอร์ RAST ( 3 ) ตามศูนย์ Genomics โต๊ะได้สูง ให้ความคุ้มครองนี้เป็น 39% สำหรับ 5251 การแสดงออกนะครับ ลำดับ การวิเคราะห์ลำดับเบสของตนโดยสมบูรณ์ ( 9 ) ในจีโนมลำดับของหน้า polymyxa สายพันธุ์ ( และ e681 SC2 ) และร่างลำดับของหน้า polymyxa ATCC 842t และ P . peoriae kctc 3763t เปิดเผยว่า หน้า peoriae kctc 3763t อยู่ใกล้ e681 . ในร่างลำดับเราสามารถระบุยีนกลุ่มสำหรับการสังเคราะห์ tridecaptin นิยาย heptapeptide ยาปฏิชีวนะที่คล้ายกับ hexapeptide fusaricidin ยาปฏิชีวนะ พร้อมกับหลายสูงที่ nrps ยีนเข้ารหัสผลิตภัณฑ์ที่ไม่รู้จัก เรายังสามารถที่จะตรวจสอบหลายยีนและเอนไซม์ที่ย่อยคาร์โบไฮเดรท รวมทั้งเป็นเลส , เอนไซม์ , เอนไซม์ , และหลาย glucanases ซึ่งอาจเกี่ยวข้องกับการใช้ของพืชซึ่ง polysaccharides ในราก .