Analysis of DGGE profilesRT-PCR-DGG

Analysis of DGGE profiles
RT-PCR-DGGE banding profiles were analysed on the basis of
presence and absence of bands at certain positions in each lane.
Using the program DendroUPGMA (http://genomes.urv.cat/
UPGMA/) [47] a similarity matrix and a resulting dendrogram were constructed using the Pearson coefficient of correlation. The
gel was digitalized and the band intensities evaluated using the
program Bionumerics 7.5 (Applied Maths). In order to analyse the
bacterial community the Simpson index of diversity were calculated
as well as the richness of the community. For each lane the
Simpson index was calculated with D ¼ 1  Ppi2
, where pi represents
the relative intensity of bacterial amount in i. This index of
diversity is weighted towards most abundant species. Values can
range from 0 to 1 and increasing values indicate an increasing diversity.
The number of bands in a lane was defined as the species
richness in this community

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ของ DGGERT-PCR-DGGE แถบโปรไฟล์ได้วิเคราะห์บนพื้นฐานของสถานะการออนไลน์และการขาดงานของวงดนตรีที่บางตำแหน่งในแต่ละเลนใช้โปรแกรม DendroUPGMA (http://genomes.urv.cat/UPGMA /) [47] เมทริกซ์คล้ายและ dendrogram ได้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ความสัมพันธ์ของค่าสัมประสิทธิ์เพียร์สัน การเจลเป็นดิจิทัล และความเข้มของวงถูกประเมินโดยใช้การโปรแกรม Bionumerics 7.5 (ใช้คณิตศาสตร์) เพื่อวิเคราะห์การคำนวณดัชนีซิมป์สันความหลากหลายของแบคทีเรียชุมชนรวมทั้งความอุดมสมบูรณ์ของชุมชน สำหรับเลนแต่ละคำนวณดัชนีซิมป์สันกับ D ¼ 1 Ppi2พายแทนที่ความเข้มสัมพัทธ์ของจำนวนแบคทีเรียในฉัน ดัชนีของความหลากหลายคือน้ำหนักต่อสายพันธุ์มากที่สุด ค่าสามารถช่วงตั้งแต่ 0 ถึงค่า 1 และเพิ่มขึ้นแสดงว่า มีความหลากหลายเพิ่มขึ้นกำหนดหมายเลขของวงในเลนที่เป็นสายพันธุ์ร่ำรวยในชุมชนนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ DGGE โปรไฟล์
RT-PCR-DGGE โปรไฟล์แถบถูกนำมาวิเคราะห์บนพื้นฐานของ
การแสดงตนและไม่มีตัวตนของวงดนตรีที่บางตำแหน่งในแต่ละช่องทาง.
การใช้โปรแกรมที่ DendroUPGMA (http://genomes.urv.cat/
UPGMA /) [47] เมทริกซ์คล้ายคลึงกันและ dendrogram ส่งผลให้ได้รับการสร้างขึ้นโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ของเพียร์สัน
เจลเป็นดิจิตอลและความเข้มของวงได้รับการประเมินโดยใช้
โปรแกรม Bionumerics 7.5 (ประยุกต์คณิตศาสตร์) เพื่อวิเคราะห์
ชุมชนแบคทีเรียดัชนีซิมป์สันของความหลากหลายนี้จะถูกคำนวณ
เช่นเดียวกับความร่ำรวยของชุมชน สำหรับแต่ละเลน
ดัชนีซิมป์สันที่คำนวณได้กับ D ¼ 1? Ppi2
ที่ Pi แสดงให้เห็นถึง
ความเข้มของญาติของจำนวนแบคทีเรียในฉัน ดัชนีนี้
ความหลากหลายจะมีน้ำหนักต่อสายพันธุ์ที่มีมากที่สุด ค่าสามารถ
ช่วง 0-1 และค่านิยมที่เพิ่มขึ้นบ่งบอกถึงความหลากหลายเพิ่มมากขึ้น.
จำนวนวงดนตรีในช่องทางที่ได้รับการกำหนดให้เป็นสายพันธุ์ที่
มีชีวิตชีวาในชุมชนแห่งนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทดลองการวิเคราะห์โปรไฟล์rt-pcr-dgge แถบโปรไฟล์วิเคราะห์บนพื้นฐานของการแสดงและการขาดงานของแถบที่ตำแหน่งที่แน่นอนในแต่ละเลนการใช้โปรแกรม dendroupgma ( http://genomes.urv.cat/วิธี / ) [ 47 ] เมทริกซ์ความเหมือนและพันธุกรรมที่เกิดขึ้นโดยใช้สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ของสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ ที่เจลเป็น digitalized และวงดนตรีเข้มประเมินโดยใช้โปรแกรม bionumerics 7.5 ( คณิตศาสตร์ประยุกต์ ) เพื่อวิเคราะห์แบคทีเรียชุมชนซิมป์สันดัชนีความหลากหลายได้จากการคำนวณรวมทั้งความอุดมสมบูรณ์ของชุมชน ในแต่ละเลนซิมป์สันดัชนีคำนวณกับ D ¼ 1 ppi2ที่พีแทนความเข้มสัมพัทธ์ของแบคทีเรียด้วยยอดเงินในดัชนีของความหลากหลายคือน้ำหนักต่อชนิดชุกชุมที่สุด ค่าสามารถช่วงจาก 0 ถึง 1 และเพิ่มค่าบ่งชี้การเพิ่มความหลากหลายจำนวนวงดนตรีในเลนถูกกำหนดเป็นชนิดส่วนในชุมชน