The total DNA and RNA extracted dir

The total DNA and RNA extracted directly from the feces were employed to amplify the V3 and V9 regions of the 16S rRNA genes, and PCR products of approximately 250 bp, which were analyzed by means of DGGE, were obtained. The DNA based DGGE analysis of the V3 region on average resulted in 22.5 bands per sample (min 7, max 31), while 14 bands per sample (min 3, max 25) (S2 Fig) were obtained for the V9 region. For the RNA based DGGE analysis, an average of 9.8 (min 3, max 18) and 7.4 (min 2, max 22) bands per sample was observed for the V3 and V9 regions, respectively (S3 Fig). A combined data matrix of the fingerprints was produced using the two couples of primers. The similarity matrix generated through the Bionumerics software for the DNA and RNA samples was used to build a PLS-DA, as a function of the nucleic acids, and the results showed a clear separation between the RNA and DNA samples (Fig 2). As far as the dietary habits are concerned, it was only by using RNA data that it was possible to observe a gradient of samples which indicated a certain degree of separation of the omnivore from the non-omnivore subjects (Fig 3), and for this reason, the DGGE profiles obtained from the RNA were subsequently considered. Analyzing the data from each geographical site separately, no differentiation was found between the three types of diet, although some separation was observed between diets in the samples from Torino (S4 Fig). Regardless of the dietary habits, the PLS models showed a separation of samples between Parma and the other recruitment sites (Fig 4). When the samples were grouped on the basis of dietary habits, the PLS-DA models showed a trend of differentiation according to the geographical origin of the samples in the omnivore and vegan subjects (at least for Bari, Parma and Bologna), while the samples from Torino were only clearly separated in the case of the ovo-lacto-vegetarian population (Fig 5).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การรวมดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอที่แยกจากอุจจาระถูกจ้างขยายภาค V3 และ V9 ของยีน 16S rRNA และผลิตภัณฑ์ PCR ประมาณ 250 bp ซึ่งได้วิเคราะห์โดยวิธี DGGE ได้รับการ ดีเอ็นเอที่ตาม DGGE วิเคราะห์ภาค V3 เฉลี่ยใน 22.5 วงต่อตัวอย่าง (min 7, 31 สูงสุด), ในขณะที่วง 14 ต่อตัวอย่าง (min 3 สูงสุด 25) (S2 ฟิก) ได้รับมาสำหรับภูมิภาค V9 สำหรับอาร์เอ็นเอที่ใช้การวิเคราะห์ DGGE โดยเฉลี่ย 9.8 (นาที 3 สูงสุด 18) และ 7.4 (ขั้นต่ำ 2 สูงสุด 22) วงต่ออย่างถูกตรวจสอบสำหรับภูมิภาค V3 และ V9 ตามลำดับ (ฟิก S3) เมตริกซ์การรวมข้อมูลของลายนิ้วมือถูกผลิตใช้คู่ที่สองของไพรเมอร์ เมทริกซ์คล้ายที่สร้างขึ้นโดยใช้ซอฟต์แวร์ Bionumerics สำหรับตัวอย่างดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอที่ใช้ในการสร้างความกรุณาดา เป็นฟังก์ชันของกรดนิวคลีอิก และผลลัพธ์ที่แสดงให้เห็นว่าแยกชัดเจนระหว่างอาร์เอ็นเอและดีเอ็นเอตัวอย่าง (ฟิก 2) เป็นที่อุปนิสัยจะมีความกังวล ก็เท่านั้น โดยใช้ข้อมูลอาร์เอ็นเอที่ได้ไปสังเกตการไล่ระดับสีของตัวอย่างที่ระบุระดับของการแยกของ omnivore ที่จากหัวข้อไม่ใช่ omnivore (ฟิก 3), และด้วยเหตุนี้ ค่า DGGE ที่ได้รับจากอาร์เอ็นเอได้มาถือ วิเคราะห์ข้อมูลจากแต่ละไซต์ทางภูมิศาสตร์แยก สร้างความแตกต่างไม่พบระหว่างสามชนิดของอาหาร ถึงแม้ว่าบางแยกถูกตรวจสอบระหว่างอาหารในตัวอย่างจาก Torino (S4 ฟิก) ว่าอุปนิสัย รุ่นกรุณาแสดงให้เห็นการแยกตัวอย่างระหว่างปาร์มาและการสรรหาบุคลากรเว็บไซต์อื่น ๆ (ฟิก 4) เมื่อตัวอย่างถูกจัดกลุ่มตามอุปนิสัย รูปดากรุณาแสดงให้เห็นแนวโน้มของการสร้างความแตกต่างตามมาทางภูมิศาสตร์ของตัวอย่างในเรื่อง omnivore และมังสวิรัติ (น้อยบา ปาร์มา และโลน่า), ใน ขณะที่ตัวอย่างจาก Torino เฉพาะชัดเจนในกรณีของประชากรอาหารมังสวิรัติ lacto ovo (ฟิก 5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดีเอ็นเอรวมและ RNA ที่สกัดโดยตรงจากอุจจาระที่ถูกว่าจ้างเพื่อขยายภูมิภาค V3 และ V9 ของยีน 16S rRNA และผลิตภัณฑ์ PCR ประมาณ 250 bp ซึ่งถูกนำมาวิเคราะห์โดยใช้วิธีการ DGGE, ได้รับ ตามการวิเคราะห์ดีเอ็นเอ DGGE ของภูมิภาค V3 โดยเฉลี่ย 22.5 ส่งผลให้วงดนตรีต่อตัวอย่าง (ต่ำสุด 7, สูงสุด 31) ในขณะที่ 14 วงดนตรีที่ต่อตัวอย่าง (นาที 3, สูงสุด 25) (S2 รูป) ที่ได้รับสำหรับภูมิภาค V9 สำหรับอาร์เอ็นเอตามการวิเคราะห์ DGGE เฉลี่ย 9.8 (ต่ำสุด 3, สูงสุด 18) และ 7.4 (ต่ำสุด 2, สูงสุด 22) วงดนตรีที่ต่อตัวอย่างเป็นข้อสังเกตสำหรับภูมิภาค V3 และ V9 ตามลำดับ (รูปที่ S3) เมทริกซ์รวมข้อมูลลายนิ้วมือที่ผลิตโดยใช้สองคู่ของไพรเมอร์ เมทริกซ์คล้ายคลึงกันสร้างขึ้นผ่านซอฟแวร์สำหรับ Bionumerics ดีเอ็นเออาร์เอ็นเอและตัวอย่างถูกใช้ในการสร้าง PLS-DA เป็นฟังก์ชั่นของกรดนิวคลีอิกและผลการศึกษาพบแยกชัดเจนระหว่างอาร์เอ็นเอและตัวอย่างดีเอ็นเอ (รูปที่ 2) เท่าที่พฤติกรรมการบริโภคอาหารที่มีความกังวลว่ามันเป็นเพียงโดยใช้ข้อมูลที่อาร์เอ็นเอว่ามันเป็นไปได้ที่จะสังเกตการไล่ระดับสีของตัวอย่างที่ระบุไว้ในระดับหนึ่งของการแยกของทุกอย่างจากอาสาสมัครที่ไม่ได้ทุกอย่าง (รูปที่ 3) และด้วยเหตุนี้ เหตุผลโปรไฟล์ DGGE ที่ได้รับจากอาร์เอ็นเอได้รับการพิจารณาในภายหลัง การวิเคราะห์ข้อมูลจากแต่ละเว็บไซต์ทางแยกความแตกต่างไม่พบระหว่างสามประเภทของอาหารที่แม้จะแยกบางส่วนพบว่าระหว่างการรับประทานอาหารในตัวอย่างจากโตริโน่ (S4 รูป) โดยไม่คำนึงถึงพฤติกรรมการบริโภคอาหารที่มีรูปแบบ PLS แสดงให้เห็นว่าการแยกตัวอย่างระหว่างปาร์ม่าและเว็บไซต์รับสมัครอื่น ๆ (รูปที่ 4) เมื่อกลุ่มตัวอย่างถูกแบ่งบนพื้นฐานของพฤติกรรมการบริโภคอาหารที่มีรูปแบบ PLS-DA พบว่ามีแนวโน้มของความแตกต่างไปตามแหล่งกำเนิดทางภูมิศาสตร์ของกลุ่มตัวอย่างในทุกอย่างและวิชามังสวิรัติ (อย่างน้อยสำหรับบารี, ปาร์ม่าและโบโลญญา) ในขณะที่กลุ่มตัวอย่าง จากโตริโน่เป็นเพียงการแยกออกจากกันอย่างชัดเจนในกรณีของประชากร Ovo-lacto มังสวิรัติ (รูปที่ 5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การรวมดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอที่สกัดได้โดยตรงจากอุจจาระที่ถูกจ้างมาเพื่อขยาย V3 และภูมิภาคของยีน 16S rRNA V9 และ PCR สินค้าประมาณ 250 BP ซึ่งวิเคราะห์โดยวิธีการของการทดลองกลุ่มตัวอย่าง . การวิเคราะห์ดีเอ็นเอ จากการทดลองของภูมิภาค V3 เฉลี่ย ( 22.5 วงต่อตัว ( Min 7 31 Max ) ในขณะที่วงต่อ 14 ตัวอย่าง ( นาที 325 max ) ( S2 มะเดื่อ ) ที่ได้รับสำหรับ V9 ภูมิภาค สำหรับการวิเคราะห์การทดลองยีนโดยเฉลี่ย 9.8 ( นาทีที่ 3 18 สูงสุด ) และ 7.4 ( นาทีที่ 2 22 สูงสุด ) วงต่อกลุ่มตัวอย่างพบว่าสำหรับ V3 V9 และภูมิภาคตามลำดับ ( S3 มะเดื่อ ) รวมข้อมูลเมทริกซ์ของลายนิ้วมือที่ผลิตโดยใช้คู่ไพรเมอร์ .ความเหมือนของเมทริกซ์ที่สร้างขึ้นผ่านซอฟต์แวร์ bionumerics สำหรับดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอตัวอย่างถูกใช้เพื่อสร้าง pls-da เป็นฟังก์ชันของกรดนิวคลีอิก และพบการแยกชัดเจนระหว่าง RNA และ DNA ตัวอย่าง ( รูปที่ 2 ) เท่าที่บริโภคนิสัย มีความกังวลมันเป็นเพียงโดยการใช้ข้อมูลนี้ว่ามันเป็นไปได้ที่จะสังเกตการไล่ระดับของตัวอย่างที่พบในระดับหนึ่งของการแยกของเขมือบจากไม่เขมือบวิชา ( ตารางที่ 3 ) และสำหรับเหตุผลนี้ ได้มาจากการทดลองรูปแบบยีนเป็นภายหลังการพิจารณา การวิเคราะห์ข้อมูลจากแต่ละทางภูมิศาสตร์เว็บไซต์ แยกจากกัน ไม่พบความแตกต่างระหว่างสามชนิดของอาหารแม้ว่าบางแยกจากระหว่างอาหารในตัวอย่างจากโตริโน่ ( S4 มะเดื่อ ) ไม่ว่านิสัยอาหาร , pls รูปแบบแสดงการแยกของตัวอย่างระหว่างปาร์มาและเว็บไซต์อื่น ๆ การสรรหาบุคลากร ( รูปที่ 4 ) เมื่อตัวอย่างที่จัดบนพื้นฐานของนิสัยอาหารแสดงแนวโน้มที่ pls-da รุ่นแยกย่อยตามแหล่งภูมิศาสตร์ของตัวอย่างในการเขมือบและเจคน ( อย่างน้อยก็สำหรับบารี , ปาร์ม่า และ โบโลญญา ) ในขณะที่ตัวอย่างจาก โตริโน่ แค่แยกกันอย่างชัดเจนในกรณีของ ovo มังสวิรัติประชากรแลคโต ( ตารางที่ 5 )