multiple loci are analyzed separate

multiple loci are analyzed separately and the resulting trees are
combined to form a consensus tree (reviewed in Bininda-Emonds,
2004). While it has been known for some time that gene trees can
be incongruent with one another and the species tree (e.g., see,
Goodman et al., 1979), these ‘‘supermatrix’’ and ‘‘supertree’’ methods
(we will from here on refer to these as ‘‘consensus methods’’)
assume that capturing the most common phylogenetic signal or
tree will produce a gene tree that accurately represents species
relationships. Within this framework, gene tree incongruence is
viewed as an obstacle in the search for true species relationships.
The consensus method approach has been used extensively in
recent studies to infer primate phylogenetic relationships from
multi-locus data (including Horvath et al., 2008; Wildman et al.,
2009; Jameson et al., 2011; Perelman et al., 2011; Wang et al.,
2012). For example, Perelman and colleagues (2011) included as
many as 191 primate species across 54 genes and 34,941 orthologous
base pairs in their study and Jameson and colleagues (2011)
sampled eight primate species across more than 1000 genes and
one million orthologous base pairs. As a result, we now have a near
fully resolved, well-supported, and taxonomically complete genuslevel
phylogenetic tree for the living primates (Perelman et al.,
2011). But is this phylogeny an accurate representation of primate
species relationships?
Over the past few years, it has become apparent that consensus
methods have theoretical limitations and drawbacks when it
comes to the analysis of large multi-locus datasets (Degnan and
Rosenberg, 2009; Edwards, 2009). For example, obtaining a false
phylogenetic signal through the use of supermatrix methods can
occur if substantial amounts of sequence in the dataset are from
linked parts of the genome and/or have faster rates of evolution
than other parts, thus swamping out potential true phylogenetic
signal found at other loci. Results from the supermatrix method
are also highly influenced by the selection of alleles in the concatenation
process, which is often not taken into account (Weisrock
et al., 2012). Furthermore, results from consensus approaches can
be confounded by gene tree incongruence due to past hybridization
and can fail to uncover such subtleties in the evolutionary
history of species. Lastly, consensus methods may lead to very
well-supported and well-resolved relationships that are not concordant
with the species tree. This can happen at nodes with short
branch lengths and/or large ancestral effective population sizes
because such nodes are expected to contain gene trees that are frequently
discordant from the species tree due to incomplete lineage
sorting (reviewied in Degnan and Rosenberg (2009) and Edwa

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลาย loci จะวิเคราะห์แยกต่างหาก และต้นไม้ผลมีรวมแบบฉันทามติต้นไม้ (ดูได้ใน Bininda-Emonds2004) . ในขณะที่รู้จักเวลาที่ยีนต้นไม้มีสานุศิษย์อีกคนหนึ่งและต้นพันธุ์ (ดูเช่นGoodman et al. 1979), วิธีการเหล่านี้ '' supermatrix'' และ '' supertree''(เราจะจากนี้ดูเป็น ''วิธีฉันทามติ '')สมมติว่าจับสัญญาณ phylogenetic ทั่วไป หรือต้นไม้จะผลิตต้นไม้ยีนที่แสดงถึงสายพันธุ์ที่ถูกต้องความสัมพันธ์ ภายในกรอบนี้ มียีนต้นไม้ incongruenceดูเป็นอุปสรรคในการค้นหาสำหรับความสัมพันธ์ชนิดจริงวิธีวิธีฉันทามติมีการใช้อย่างกว้างขวางในการสรุปความสัมพันธ์ phylogenetic เจ้าคณะจากการศึกษาล่าสุดข้อมูลหลายโลกัสโพล (รวมนางฮอร์วาท et al. 2008 Wildman et al.,2009 เจมสัน et al. 2011 อรี et al. 2011 Wang et al.,2012) . เช่น อรีและเพื่อนร่วมงาน (2011) รวมเป็นเป็นสายพันธุ์เจ้าคณะ 191 54 ยีนและ 34,941 orthologousฐานคู่ในศึกษา และเจมสัน และเพื่อนร่วมงาน (2011)ตัวอย่างสายพันธุ์เจ้าคณะแปดในยีนมากกว่า 1000 และorthologous หนึ่งล้านฐานคู่ ดังนั้น ตอนนี้เรามีความใกล้genuslevel ได้รับการแก้ไขอย่างสมบูรณ์ ดี และสนับสนุนสมบูรณ์จัดหมวดหมู่ต้นไม้ phylogenetic คอร์เทกซ์อยู่ (อรี et al.,2011) แต่เป็นการแสดงความถูกต้องของเจ้าคณะมหานี้ชนิดความสัมพันธ์ตลอดปีผ่านมา มันกลายเป็นชัดมติที่มีทฤษฎีข้อจำกัดและข้อเสียเมื่อนั้นมาถึงการวิเคราะห์ชุดข้อมูลขนาดใหญ่หลายโลกัสโพล (Degnan และสมุทรปราการ 2009 เอ็ดเวิร์ด 2009) เช่น รับเป็นเท็จสามารถ phylogenetic สัญญาณโดยใช้วิธี supermatrixเกิดขึ้นได้ถ้าพบจำนวนของลำดับในชุดข้อมูลจากเชื่อมโยงส่วนของจีโน หรือมีอัตราเร็วของวิวัฒนาการกว่าส่วนอื่น ๆ จึง swamping ออกมีศักยภาพจริง phylogeneticสัญญาณ loci อื่น ๆ ผลลัพธ์จากวิธี supermatrixยังสูงได้รับอิทธิพลจากการเลือกของ alleles ในการเรียงต่อกันกระบวนการ ซึ่งมักจะไม่นำเข้าบัญชี (Weisrocket al. 2012) นอกจากนี้ ผลจากมติวิธีสามารถมี confounded โดยยีนต้นไม้ incongruence เนื่องจากผ่านมา hybridizationและสามารถล้มเหลวในการเปิดเผยดังกล่าวรายละเอียดปลีกย่อยในการวิวัฒนาการประวัติของสายพันธุ์ ในที่สุด วิธีฉันทามติอาจจะมากความสัมพันธ์ที่ดีสนับสนุน และแก้ไขปัญหาอย่างดีที่ไม่ concordantมีต้นไม้พันธุ์ นี้สามารถเกิดขึ้นที่โหนมีสั้นสาขาความยาวหรือขนาดของบรรพบุรุษมีประสิทธิภาพมากเนื่องจากโหนดังกล่าวจะต้องประกอบด้วยยีนต้นบ่อยไม่ปรองดองกันจากต้นพันธุ์เนื่องจากเชื้อสายสมบูรณ์เรียงลำดับ (reviewied Degnan, Edwa และสมุทรปราการ (2009)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หลายตำแหน่งจะวิเคราะห์แยกและเป็นผลไม้รวมฐานเสียงต้นไม้ ( ดูใน emonds bininda ,2004 ) ในขณะที่มันได้รับทราบมานานแล้วว่า ยีนต้นสามารถเป็นซึ่งไม่ลงรอยกันกับคนอื่นและชนิดของต้นไม้ เช่น เห็นกู๊ดแมน et al . , 1979 ) "supermatrix เหล่านี้ " " " และ " " "supertree " " วิธีการ( เราจะจากที่นี่ที่อ้างถึงเหล่านี้เป็น "consensus " วิธีการ " " )สมมติว่า การจับสัญญาณชนิดที่พบมากที่สุดหรือต้นไม้จะผลิตของต้นไม้ที่ถูกต้องแทน ชนิดความสัมพันธ์ ภายในกรอบนี้ ความพึงพอใจต้นไม้ยีนคือมองว่าเป็นอุปสรรคในการค้นหาเป็นจริงชนิดของความสัมพันธ์วิธีการรับวิธีการได้รับใช้อย่างกว้างขวางในการศึกษาล่าสุดสรุปว่าลิงวิวัฒนาการความสัมพันธ์จากข้อมูลหลายด้าน รวมถึงฮอร์วาธ et al . , 2008 ; ไวลด์เมิน et al . ,2009 ; เจมสัน et al . , 2011 ; เพเรลมาน et al . , 2011 ; Wang et al . ,2012 ) ตัวอย่างเช่น เพเรลแมนและเพื่อนร่วมงาน ( 2011 ) รวมเป็นชนิด สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายเป็น 191 ข้าม 54 ยีนและ 34941 orthologousคู่เบสในการศึกษาและเจมิสันและเพื่อนร่วมงานของพวกเขา ( 2011 )ตัวอย่าง 8 ชนิดเจ้าคณะทั่วประเทศกว่า 1 , 000 ยีน และหนึ่งล้านคู่เบส orthologous . เป็นผลให้เราได้ใกล้การแก้ไขอย่างเต็มที่และสมบูรณ์ genuslevel taxonomically สนับสนุนได้ดีphylogenetic ต้นไม้สำหรับชีวิตสัตว์ ( เพเรลมาน et al . ,2011 ) แต่นี้เป็นระบบเชื้อชาติเป็นตัวแทนที่ถูกต้องของลิงชนิดความสัมพันธ์ช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมามันได้กลายเป็นที่ชัดเจนว่า เอกฉันท์วิธีมีข้อจำกัดทางทฤษฎีและข้อเสียเมื่อมันมาถึงการวิเคราะห์ข้อมูล ( degnan ขนาดใหญ่หลายความเชื่อและโรเซนเบิร์ก , 2009 ; Edwards , 2009 ) ตัวอย่างเช่น การปลอมซึ่งสัญญาณที่ผ่านการใช้วิธีการ supermatrix สามารถเกิดขึ้นหากอย่างมากปริมาณของลำดับในชุดข้อมูลจากเชื่อมชิ้นส่วนของโครโมโซมและ / หรือมีอัตราเร็วของวิวัฒนาการมากกว่าส่วนอื่น ดังนั้น swamping ศักยภาพที่แท้จริง ซึ่งออกสัญญาณที่พบในรูปแบบอื่น ๆ ผลลัพธ์ที่ได้จากวิธี supermatrixยังได้รับอิทธิพลอย่างมากโดยการเลือกความถี่ในการต่อสายอักขระกระบวนการ ซึ่งมักจะไม่เข้าบัญชี ( weisrocket al . , 2012 ) นอกจากนี้ ผลจากมติแนวทางสามารถอับอายโดยยีนต้นไม้ความพึงพอใจเนื่องจากที่ผ่านมา hybridizationและล้มเหลวในการค้นพบดังกล่าว รายละเอียดปลีกย่อยในวิวัฒนาการประวัติของสายพันธุ์ สุดท้ายวิธีฉันทามติอาจนำไปสู่มากดีได้รับการสนับสนุน และแก้ไขความสัมพันธ์ที่ไม่สอดคล้องกันกับชนิดของต้นไม้ นี้สามารถเกิดขึ้นเมื่อโหนดที่มีสั้น ๆความยาวกิ่งและ / หรือขนาดใหญ่ของบรรพบุรุษที่มีขนาดประชากรเพราะจุดดังกล่าวคาดว่าจะมียีนต้นไม้นั้นอยู่บ่อย ๆเสียงแตกจากพรรณไม้วงศ์เนื่องจากไม่สมบูรณ์การเรียงลำดับ ( reviewied ใน degnan และโรเซนเบิร์ก ( 2009 ) และ edwa