LUDI focuses on the hydrogen bonds

LUDI focuses on the hydrogen bonds and hydrophobic contacts which could be formed
between the ligand and protein. Its central concept are interaction sites, which are discrete
positions in space suitable for forming hydrogen bonds or for filling a hydrophobic pocket
[57]. A set of interaction sites is generated either by searching the database or using the
rules. The fragment is then fitted onto the interaction sites and evaluated by distance criteria.
The final step is the connection of some or all of the fitted fragments to a single molecule.
Stochastic methods search the conformational space by randomly modifying a ligand
conformation or a population of ligands. Monte Carlo (MC) and genetic algorithms are two
typical algorithms that belong to the class of stochastic methods.
Monte Carlo (MC) [58, 59] methods generate poses of the ligand through bond rotation,
rigid-body translation or rotation. The conformation obtained by this transformation is tested
with an energy- based selection criterion. If it passes the criterion, it will be saved and
further modified to generate next conformation. The iterations will proceed until the predefined
quantity of conformations is collected. The main advantage of MC is that the change
can be quite large allowing the ligand to cross the energy barriers on the potential energy
surface, a point that isn’t achieved easily by molecular dynamics based simulation methods.
Examples of applying the Monte Carlo methods include an earlier version of AutoDock
[60], ICM [61], QXP [62] and Affinity [63].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

LUDI เน้นพันธบัตรไฮโดรเจนและ hydrophobic ติดต่อที่อาจเกิดขึ้นระหว่างลิแกนด์และโปรตีน แนวคิดของเซ็นทรัลเว็บไซต์โต้ตอบ ที่แยกกันตำแหน่งในพื้นที่ที่เหมาะ สำหรับบรรจุกระเป๋า hydrophobic หรือขึ้นรูปพันธบัตรไฮโดรเจน[57] สร้างชุดของไซต์โต้ตอบได้ โดยการค้นหาฐานข้อมูล หรือใช้การกฎการ ส่วนจะติดตั้งบนเว็บไซต์โต้ตอบแล้ว และประเมินตามเกณฑ์ระยะทางขั้นตอนสุดท้ายคือ การเชื่อมต่อบางส่วนหรือทั้งหมดของบางส่วนของโมเลกุลเดียวที่จัดวิธีการแบบเฟ้นสุ่มค้นพื้นที่ conformational โดยได้ปรับเปลี่ยนเป็นลิแกนด์conformation หรือประชากร ligands มอน Carlo (MC) และอัลกอริทึมทางพันธุกรรมโดยทั่วไปอัลกอริทึมที่อยู่ในคลาสโทแคสติกวิธีการมอน Carlo (MC) [58, 59] วิธีสร้างของลิแกนด์ผ่านการหมุนพันธะร่างกายแข็งแปลหรือหมุน ทดสอบ conformation ได้ โดยการแปลงนี้และการพลังงานตามเกณฑ์การเลือก ถ้ามันผ่านเงื่อนไข มันจะถูกบันทึก และเพิ่มเติม ปรับเปลี่ยนเพื่อสร้าง conformation ถัดไป ซ้ำยังจะดำเนินต่อไปจนถึงที่กำหนดไว้ล่วงหน้ามีเก็บจำนวน conformations ประโยชน์หลักของ MC คือการเปลี่ยนแปลงอาจมีขนาดใหญ่มากทำให้ลิแกนด์ข้ามอุปสรรคพลังงานในพลังงานศักย์ผิว จุดที่ไม่ประสบความสำเร็จได้อย่างง่ายดาย โดย dynamics โมเลกุลโดยวิธีการจำลองตัวอย่างการใช้วิธีการมอน Carlo รวมรุ่น AutoDock[60], ICM [61], QXP [62] และ [63] ความเกี่ยวข้องกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

LUDI มุ่งเน้นไปที่พันธะไฮโดรเจนและรายชื่อที่ไม่ชอบน้ำที่อาจจะเกิดขึ้น
ระหว่างแกนด์และโปรตีน แนวคิดของการทำงานร่วมกันเป็นเว็บไซต์ที่มีความต่อเนื่อง
ตำแหน่งในพื้นที่ที่เหมาะสมสำหรับการสร้างพันธะไฮโดรเจนหรือสำหรับการกรอกกระเป๋าไม่ชอบน้ำ
[57] ชุดของเว็บไซต์ปฏิสัมพันธ์ถูกสร้างขึ้นอย่างใดอย่างหนึ่งโดยการค้นหาฐานข้อมูลหรือใช้
กฎ ส่วนการติดตั้งแล้วบนเว็บไซต์การปฏิสัมพันธ์และการประเมินตามเกณฑ์ระยะ.
ขั้นตอนสุดท้ายคือการเชื่อมต่อของบางส่วนหรือทั้งหมดของชิ้นส่วนติดตั้งเพื่อโมเลกุลเดี่ยว.
วิธี Stochastic ค้นหาพื้นที่โครงสร้างโดยการสุ่มการปรับเปลี่ยนแกนด์
หรือโครงสร้างประชากร แกนด์ Monte Carlo (MC) และขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรมเป็นสอง
ขั้นตอนวิธีการทั่วไปที่อยู่ในชั้นเรียนของวิธีการสุ่ม.
Monte Carlo (MC) [58, 59] วิธีการสร้างการโพสท่าของแกนด์ผ่านการหมุนพันธบัตร
แปลแข็งร่างกายหรือการหมุน โครงสร้างที่ได้รับจากการเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ได้รับการทดสอบ
กับเกณฑ์ในการเลือกพลังงานที่ใช้ ถ้ามันผ่านเกณฑ์ก็จะถูกบันทึกไว้และ
แก้ไขเพิ่มเติมในการสร้างโครงสร้างต่อไป ซ้ำจะดำเนินการต่อไปจนกว่าจะมีการกำหนดไว้ล่วงหน้า
ปริมาณของ conformations มีการเก็บรวบรวม ประโยชน์หลักของพิธีกรคือว่าการเปลี่ยนแปลง
จะค่อนข้างมีขนาดใหญ่ช่วยให้แกนด์ที่จะข้ามอุปสรรคพลังงานในพลังงานที่มีศักยภาพ
พื้นผิว, จุดที่ไม่ได้ประสบความสำเร็จได้อย่างง่ายดายโดยการเปลี่ยนแปลงของโมเลกุลตามวิธีการจำลอง.
ตัวอย่างของการใช้วิธีการที่มอนติคาร์รวมถึง รุ่นก่อนหน้าของ AutoDock
[60] ICM ​​[61], QXP [62] และ Affinity [63]