Fig. 2. Decision tree of the entire

Fig. 2. Decision tree of the entire CoSYPS Path Food workflow. The CoSYPS Path Food detection system is multi-genera (Listeria and Salmonella) and multi-level (Genus, species and subspecies)
SYBR®Green qPCR system. Each level of detection is performed by two qPCR assays: iap-50 and prs-2 for Listeria spp. (except L. grayi); hlyA-177 and hlyA-146 from
L. monocytogenes; invA-5 and rpoD-20 for Salmonella spp.; iroB-192 and iroB-12 for Salmonella enterica; and safC-10, safC-13 and STM096 for Salmonella enterica enterica. Regarding the
positive (+) or negative (−) signal observed with each assay, the presumptively present strain is identified. More details in (Barbau-Piednoir et al., 2013a,b). Abbreviations for the
genes are as follows: iap: invasion-associated protein, prs: phosphoribosylpyrophosphate synthetase, hlyA: Listeriolysin O, invA: invasine gene, rpoD: RNA-polymerase sigma factor,
iroB: C-glycosyltransferase, safC: Salmonella atypical fimbriae outer membrane usher protein and STM0296: putative cytoplasmic protein AAL19253.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Fig. 2 ต้นไม้การตัดสินใจของฟังก์ชัน CoSYPS เส้นทางอาหาร ระบบตรวจสอบอาหารเส้นทาง CoSYPS มีหลายสกุล (ออลิและซัล) และหลายระดับ (สกุล ชนิด และชนิดย่อย)ระบบ qPCR SYBR ®เขียว แต่ละระดับของการตรวจสอบดำเนินการ โดยสอง qPCR assays: ให้ 50 และพีอาร์เอส-2 สำหรับออลิโอ (ยกเว้น L. grayi); hlyA 177 และ hlyA-146 จากL. monocytogenes invA-5 และ rpoD-20 สำหรับสายโอ iroB 192 และ iroB-12 ซัล enterica และ safC-10, safC 13 และ STM096 สำหรับซัล enterica enterica เกี่ยวกับการบวก (+) หรือลบ (−) สัญญาณสังเกต ด้วยวิเคราะห์แต่ละ ระบุสายพันธุ์ presumptively มีการ รายละเอียดเพิ่มเติม (al. et Barbau Piednoir, 2013a, b) คำย่อสำหรับการยีนจะเป็นดังนี้: ให้: โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการบุกรุก พีอาร์เอส: phosphoribosylpyrophosphate synthetase, hlyA: Listeriolysin O, invA: ยีน invasine, rpoD: อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรสซิกปัจจัยiroB: C-glycosyltransferase, safC: โปรตีนซัล fimbriae อักเสบเยื่อนอกอัชเชอร์และ STM0296: โปรตีน cytoplasmic putative AAL19253

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รูป 2. ต้นไม้การตัดสินใจของทั้ง CoSYPS เส้นทางเวิร์กโฟลว์อาหาร ระบบเส้นทางอาหาร CoSYPS การตรวจสอบมีหลายจำพวก (Listeria และ Salmonella) และหลายระดับ (ประเภทชนิดและชนิดย่อย)
ระบบSYBR®Green qPCR ระดับของการตรวจสอบแต่ละครั้งจะถูกดำเนินการโดยทั้งสองชุดตรวจ qPCR: IAP-50 และ PRS-2 Listeria spp (ยกเว้นลิตร grayi); hlya-177 และ hlya-146
จากลิตร monocytogenes; invA-5 และ rpoD-20 สำหรับ Salmonella spp .; iroB-192 และ iroB-12 สำหรับ Salmonella enterica; และ SAFC-10, SAFC-13 และ STM096 Salmonella enterica สำหรับ enterica เกี่ยวกับการบวก (+) หรือลบ (-) สัญญาณสังเกตกับการทดสอบแต่ละสายพันธุ์ปัจจุบัน presumptively ระบุ
รายละเอียดเพิ่มเติมใน (Barbau-Piednoir et al., 2013a, ข) ตัวย่อสำหรับยีนดังต่อไปนี้: IAP โปรตีนบุกรุกที่เกี่ยวข้อง, PRS: synthetase phosphoribosylpyrophosphate, hlya: Listeriolysin โอ invA: ยีน invasine, rpoD: RNA-โพลิเมอร์ปัจจัยซิก iroB: C-ไกลโคซิ, SAFC: Salmonella ผิดปกตินอก fimbriae เมมเบรนโปรตีนและนำ STM0296 โปรตีนนิวเคลียสสมมุติ AAL19253

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รูปที่ 2 โครงสร้างการตัดสินใจของทั้ง cosyps เส้นทางอาหารเวิร์กโฟลว์ . การ cosyps เส้นทางอาหาร ระบบตรวจจับหลายสกุล ( Salmonella Listeria ) และหลายระดับ ( ชนิดประเภทและชนิดย่อย )
®ระบบ qpcr SYBR Green ระดับของการตรวจสอบแต่ละครั้งจะแสดงโดยสอง qpcr ) : iap-50 prs-2 สำหรับและ Listeria spp . ( ยกเว้น . grayi ) ; และจาก hlya-177 hlya-146
L monocytogenes ;และสำหรับ inva-5 rpod-20 ซัลโมเนลลา และเชื้อ ; irob-192 irob-12 สำหรับ enterica และ safc-10 safc-13 stm096 สำหรับ Salmonella , และ enterica enterica . เกี่ยวกับ
บวก ( ) หรือลบ ( − ) สัญญาณสังเกตแต่ละวิเคราะห์สายพันธุ์ presumptively ปัจจุบันอยู่ที่ระบุ รายละเอียดเพิ่มเติม ( barbau piednoir et al . , 2013A , B ) อักษรย่อสำหรับ
ยีนมีดังนี้ : IAP :การบุกรุกที่เกี่ยวข้องโปรตีน PRS : phosphoribosylpyrophosphate เทส hlya : listeriolysin , o , inva : invasine ยีน rpod : อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรสซิกม่าปัจจัย
irob : c-glycosyltransferase safc : , Salmonella ผิดปรกติฟิมเบรีย เยื่อหุ้มชั้นนอกนำโปรตีน และกรดอะมิโนโปรตีน stm0296 : พบ aal19253 .