3. Results and DiscussionDocking of

3. Results and Discussion
Docking of small molecule compounds into the binding site of a receptor and estimating the binding affinity of
the complex is an important part of the structure based drug design process. AutoDock Vina is a open-source
program for drug discovery, molecular docking and virtual screening, offering multicore capability, high
performance and enhanced accuracy and ease tof use. The parameters chosen for the docking can be judged by the
docking tool’s ability to reproduce the binding mode of a ligand to protein, when the structure of the ligand–protein
complex is known. The criterion usually used is the all atom root mean square deviation (RMSD) between the
docked position and the crystallographically observed binding position of the ligand, and success is typically
regarded as being less than 2Å9
.
In this study, the native ligand was CP320626 (5-chloro-1H-indole-2-carboxylic acid [1-(4-fluorbenzyl)-2-(4-
hydroxypiperidin-1yl)-2-oxoethyl] amide). This compound has been identified as a potent inhibitor of human liver
glycogen phosphorylase. CP320626 is also a potent inhibitor of human muscle glycogen phosphorylase.
Oikonomakos et al. elucidated the structural basis of the inhibition mechanism of CP320626, by determination the
complex of rabbit muscle glycogen phosphorylase with CP3206261
. Figure 2 showed the model of interaction
between CP320626 and binding site of glycogen phosphorylase. Amino acids residues of glycogen phosphorylase
which involved in interaction with CP320626 were Glu190A, Arg60A and Lys191A. A hydrogen bond was occured
between carbonyl group of Glu190A as hydrogen bond acceptor and –NH of indole ring as hydrogen bond donor.
Between cationic center of Arg60A and anionic center of CP320626, an electrostatic interaction was formed.
Prathipati et al. reported that the mayor interaction between CP320626 and the enzyme are hydrophobic interactions
between the indole-aromatic ring and hydrophobic residues such as Pro229, Trp189, and Trp67 which is represented
by a hydrophobic feature on the indole-ring1
.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผล และการอภิปรายวางของสารประกอบโมเลกุลเล็กในเว็บไซต์รวมของการรับและประมาณการผูกความสัมพันธ์ของคอมเพล็กซ์เป็นส่วนสำคัญของกระบวนการออกแบบยาตามโครงสร้าง วีนา AutoDock เป็นแหล่ง เปิดโปรแกรมสำหรับค้นหายาเสพติด เทียบโมเลกุล และคัด กรองเสมือน นำเสนอความสามารถแบบหลายแกน สูงประสิทธิภาพ และความแม่นยำสูงขึ้น และใช้งานง่าย tof พารามิเตอร์ที่เลือกสำหรับการเชื่อมต่อสามารถตัดสินโดยการเทียบความสามารถของเครื่องมือเพื่อสร้างโหมดการผูกของลิแกนด์ให้โปรตีน เมื่อโครงสร้างของลิแกนด์ – โปรตีนคอมเพล็กซ์เป็นที่รู้จักกัน เกณฑ์ที่ใช้มักจะเป็นทุกอะตอมสแควร์หมายถึงรากความเบี่ยงเบน (RMSD) ระหว่างการย้ายตำแหน่งและตำแหน่งสังเกต crystallographically ผูกของลิแกนด์ และความสำเร็จโดยปกติถือว่าอยู่ต่ำกว่า 2Å9.ในการศึกษานี้ ลิแกนด์ดั้งเดิมคือ CP320626 (กรด 5-chloro-1H-indole-2-carboxylic [1- (4-fluorbenzyl) -2-(4-hydroxypiperidin-1yl)-2-oxoethyl] amide) พบว่าสารนี้เป็นสารยับยั้งการมีศักยภาพของตับมนุษย์phosphorylase เจน CP320626 ยังเป็นการยับยั้งที่มีศักยภาพของ phosphorylase ไกลโคเจนในกล้ามเนื้อมนุษย์Oikonomakos et al.อธิบายโครงสร้างพื้นฐานของกลไกการยับยั้งของ CP320626 โดยการกำหนดซับซ้อนของ phosphorylase เจนกล้ามเนื้อกระต่ายด้วย CP3206261. รูปที่ 2 แสดงให้เห็นว่ารูปแบบของการโต้ตอบระหว่าง CP320626 และรวมเว็บไซต์ของ phosphorylase ไกลโคเจน ตกค้างของกรดอะมิโนของ phosphorylase ไกลโคเจนGlu190A, Arg60A และ Lys191A ที่เกี่ยวข้องในการโต้ตอบกับ CP320626 ได้ พันธะไฮโดรเจนที่เกิดขึ้นระหว่างกลุ่ม carbonyl ของ Glu190A – NH อินโดลแหวนเป็นบริจาคพันธะไฮโดรเจนเป็นพันธะไฮโดรเจนให้เป็นผู้รับระหว่างศูนย์ cationic Arg60A และ anionic ศูนย์ CP320626 การโต้ตอบไฟฟ้าสถิตที่ถูกสร้างขึ้นPrathipati et al.รายงานว่า การโต้ตอบนายกเทศมนตรีระหว่าง CP320626 และเอนไซม์นี้เป็นแบบโต้ตอบระหว่างแหวนหอมอินโดลและสารตกค้างแบบเช่น Pro229, Trp189 และ Trp67 ซึ่งเป็นตัวแทนโดยคุณลักษณะเหนียวเหนอะหนะบนอินโดล-ring1.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลองและการสนทนา
Docking ของสารโมเลกุลขนาดเล็กเข้าไปในเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันของการรับและการประเมินความสัมพันธ์ผูกพัน
ซับซ้อนเป็นส่วนสำคัญของกระบวนการออกแบบยาเสพติดโครงสร้างพื้นฐาน AutoDock Vina เป็นโอเพนซอร์ส
โปรแกรมสำหรับการค้นพบยาเสพติดเชื่อมต่อโมเลกุลและการตรวจคัดกรองเสมือนจริงที่นำเสนอความสามารถในการ multicore สูง
ประสิทธิภาพการทำงานและเพิ่มความแม่นยำและความสะดวกในการใช้งาน TOF พารามิเตอร์ที่เลือกไว้สำหรับเชื่อมต่อสามารถตัดสินโดย
ความสามารถในการเชื่อมต่อของเครื่องมือในการทำซ้ำโหมดผูกพันของแกนด์โปรตีนเมื่อโครงสร้างของแกนด์โปรตีน
ที่ซับซ้อนเป็นที่รู้จักกัน เกณฑ์ที่ใช้มักจะเป็นรากที่อะตอมทั้งหมดหมายถึงตารางค่าความเบี่ยงเบน (RMSD) ระหว่าง
ตำแหน่งของ docked และสังเกต crystallographically ตำแหน่งผูกพันแกนด์และประสบความสำเร็จมักจะ
ได้รับการยกย่องว่าเป็นน้อยกว่า2Å9
.
ในการศึกษานี้แกนด์พื้นเมือง CP320626 ( 5-chloro-1H-indole-2-คาร์บอกซิกรด [1- (4 fluorbenzyl) -2- (4-
hydroxypiperidin-1yl) -2-oxoethyl] เอไมด์) สารนี้ได้รับการระบุว่าเป็นสารยับยั้งที่มีศักยภาพของมนุษย์ตับ
ไกลโคเจนโฟส CP320626 ยังเป็นตัวยับยั้งที่มีศักยภาพของมนุษย์ไกลโคเจนในกล้ามเนื้อโฟส.
Oikonomakos et al, โฮล์มโครงสร้างพื้นฐานของกลไกการยับยั้งการ CP320626 โดยมุ่งมั่น
ที่ซับซ้อนของไกลโคเจนในกล้ามเนื้อกระต่ายกับโฟ
CP3206261 รูปที่ 2 แสดงให้เห็นว่ารูปแบบของการมีปฏิสัมพันธ์
ระหว่าง CP320626 และมีผลผูกพันเว็บไซต์ของไกลโคเจนโฟส กรดอะมิโนตกค้างของไกลโคเจนโฟ
ซึ่งมีส่วนร่วมในการมีปฏิสัมพันธ์กับ CP320626 เป็น Glu190A, Arg60A และ Lys191A พันธบัตรไฮโดรเจนถูกเกิดขึ้น
ระหว่างกลุ่มคาร์บอนิลของ Glu190A เป็นใบเสร็จพันธะไฮโดรเจนและ -NH ของแหวน indole เป็นผู้บริจาคพันธะไฮโดรเจน.
ระหว่างใจกลางประจุบวกของ Arg60A และศูนย์ประจุลบของ CP320626, ปฏิสัมพันธ์ไฟฟ้าสถิตที่ถูกสร้างขึ้น.
Prathipati et al, รายงานว่าการปฏิสัมพันธ์ระหว่างนายกเทศมนตรี CP320626 และเอนไซม์ที่มีปฏิสัมพันธ์กับน้ำ
ระหว่างแหวน indole หอมและสารตกค้างไม่ชอบน้ำเช่น Pro229, Trp189 และ Trp67 ซึ่งเป็นตัวแทน
จากคุณลักษณะที่ไม่ชอบน้ำบน
indole-ring1