เอทานอลสามารถผลิตได้จากวัตถุดิบทางการเกษตร แบ่งได้เป็น 3 ประเภทใหญ่ๆ คือ
วัตถุดิบประเภทแป้ง, วัตถุดิบประเภทน้ำตาล, เศษวัสดุที่เป็นเซลลูโลส โดยที่วัตถุดิบประเภทแป้งและเซลลูโลสจะถูกย่อยด้วยกรดหรือเอนไซม์ให้เป็นน้ำตาลก่อน แต่วัตถุดิบประเภทที่เป็นน้ำตาลอยู่แล้วสามารถนำไปใช้หมักได้เลย ระยะเวลาในการหมักเพื่อให้ได้เอทานอลจะประมาณ 48 ชั่วโมงจะได้เอทานอลที่มีความเข้มข้น 8-12 % โดยปริมาตร
จุลินทรีย์ที่สามารถผลิตเอทานอลได้มีหลายชนิดแต่ ยีสต์ ก็ถูกนำมาใช้ผลิตเอทานอลอย่างแพร่หลายเพราะสามารถเจริญเติบโตได้เร็วและมีปริมาณมาก แต่ในปัจจุบันนักวิทยาศาสตร์พบว่า แบคทีเรีย สายพันธุ์ Zymomonas mobilis มีความสามารถในการผลิตเอทานอลได้ดีกว่ายีสต์มาก เช่น ระยะเวลาในการหมักสั้นกว่าประมาณ 3-4 เท่าเมื่อใช้ปริมาตรน้ำตาลเท่ากัน ให้ผลเอทานอลใกล้เคียงกับทฤษฎี แต่ข้อด้อยกว่ายีสต์ก็คือแบคทีเรียใช้น้ำตาลได้แค่ 3 ชนิดคือ กลูโคส ฟรุกโตส ซูโครส แต่ยีสจะสามารถใช้น้ำตาลได้หลากหลายกว่าแบคทีเรีย แต่เพื่อให้แบคทีเรียสามารถใช้ประโยชน์ได้เยอะขึ้นดังนั้นจึงมีการแก้ไขทาง genrtic engineering เพื่อปรับปรุงสายพันธุ์ให้มีคุณสมบัต้ที่ดีขึ้นคือ สามารถใช้น้ำตาลได้หลากหลายและทนต่อสภาวะที่ไม่เหมาะสมได้ดีขึ้น