Sequence alignment, data partitioni

Sequence alignment, data partitioning and model selection

Sequences of all genes were proofread and assembled with the DNA analysis package DNASTAR Lasergene Seqman and EditSeq version 7.1 (DNAStar Inc., Madison, WI). Alignment of protein-coding sequences (COI, Cyt b and Rag2) was conducted using Clustal X 1.83 [21] with default settings, after which the DNA sequences were translated to amino acids residues with the software MEGA 5.0 [22] to test for the absence of premature stop codons or indels, and subsequently checked by eye to maximize positional homology. For 16S ribosomal genes, the alignment was initially performed using the program MUSCLE [23] with default parameters and also further revised by eye. All sequences obtained in this study were deposited in GenBank database (Table S1 for accession numbers). For each fragment, after alignment, basic compositional information was estimated with the software MEGA 5.0 [22].

We partitioned the dataset into two, three, four, five, six, seven or ten partitions based on multiple partitioning strategies (see Table 1 for partition identities). The best fitting evolutionary model of each partition in all data partitioning strategies using Bayesian information criteria (BIC; [24]) was determined with the software jModeltest version 2.1.2 [25] (selection of the 88 candidate substitution models) and Kakusan4 [26] (selection of the 56 candidate substitution models). BIC was chosen to select a model because of its high accuracy and precision [27] and its tendency to select simpler models than AIC [28]–[30]. We also compared the nonpartitioned, proportional and separate models [31] on each partition using Treefinder [32] in Kakusan4 [26].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับตำแหน่ง พาร์ทิชันข้อมูล และรูปแบบการเลือกลำดับของยีนทั้งหมดถูกอ่านตรวจทาน และประกอบด้วยแพคเกจการวิเคราะห์ดีเอ็นเอ DNASTAR Lasergene Seqman EditSeq เวอร์ชัน 7.1 (DNAStar Inc. เมดิสัน WI) จัดลำดับรหัสโปรตีน (COI, Cyt b และ Rag2) ได้ดำเนินการด้วย Clustal X 1.83 [21] เริ่มต้นการตั้งค่า การที่ลำดับดีเอ็นเอถูกแปลตกกรดอะมิโนกับซอฟต์แวร์ 5.0 MEGA [22] การทดสอบสำหรับการขาดงานหยุดก่อนวัย codons หรือ indels และตรวจสอบตาขยาย homology ตำแหน่งในเวลาต่อมา สำหรับยีน 16S ribosomal ตำแหน่งเริ่มดำเนินการด้วยโปรแกรมกล้ามเนื้อ [23] พารามิเตอร์เริ่มต้น และยังเพิ่มเติม แก้ไข โดยตา ลำดับทั้งหมดที่ได้รับในการศึกษานี้ได้ฝากใน GenBank ฐานข้อมูล (ตาราง S1 สำหรับหมายเลขทะเบียน) สำหรับแต่ละส่วน หลังจากจัดตำแหน่ง ข้อมูลพื้นฐาน compositional ได้ประมาณ ด้วยซอฟแวร์ 5.0 MEGA [22]เราแบ่งชุดข้อมูลสอง สาม สี่ ห้า หก เจ็ด หรือสิบพาร์ติชันโดยใช้กลยุทธ์การแบ่งพาร์ติชันหลาย (ดูตารางที่ 1 สำหรับพาร์ติชันข้อมูล) ส่วนที่เหมาะสมรูปแบบวิวัฒนาการของแต่ละพาร์ทิชันพาร์ทิชันโดยใช้ทฤษฎีข้อมูลเกณฑ์ (BIC กลยุทธ์ข้อมูลทั้งหมด [24]) กำหนด ด้วยรุ่น jModeltest ซอฟต์แวร์ 2.1.2 [25] (เลือกรุ่น 88 ผู้แทน) และ Kakusan4 [26] (เลือกรุ่น 56 ผู้แทน) เลือกให้เลือกรูปแบบจำลองของความแม่นยำสูง และความแม่นยำ [27] และแนวโน้มของการเลือกรูปแบบที่เรียบง่ายมากกว่า BIC AIC [28] – [30] เราเทียบรูปแบบ nonpartitioned สัดส่วน และแยก [31] แต่ละพาร์ติชันที่ใช้ Kakusan4 Treefinder [32] [26]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การจัดเรียงลำดับการแบ่งข้อมูลและการเลือกรูปแบบลำดับของยีนทั้งหมดถูกพิสูจน์อักษรและประกอบกับแพคเกจการวิเคราะห์ดีเอ็นเอ DNASTAR Lasergene Seqman และ EditSeq รุ่น 7.1 (DNAStar อิงค์ Madison, WI) การจัดลำดับโปรตีนเข้ารหัส (COI, Cyt และ Rag2 ข) ได้รับการดำเนินการโดยใช้ Clustal X 1.83 [21] ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้นหลังจากที่ดีเอ็นเอถูกแปลเป็นกรดอะมิโนตกค้างกับซอฟต์แวร์ MEGA 5.0 [22] ในการทดสอบสำหรับ กรณีที่ไม่มีการหยุด codons ก่อนวัยอันควรหรือ indels และการตรวจสอบภายหลังจากตาเพื่อเพิ่มตำแหน่งที่คล้ายคลึงกัน สำหรับยีน 16S โซมอล, การจัดตำแหน่งได้ดำเนินการในขั้นต้นโดยใช้โปรแกรมกล้ามเนื้อ [23] กับพารามิเตอร์เริ่มต้นและที่แก้ไขเพิ่มเติมโดยตา ลำดับทั้งหมดที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้ได้ถูกนำไปฝากไว้ในฐานข้อมูล GenBank (ตารางที่ S1 สำหรับหมายเลขภาคยานุวัติ) สำหรับแต่ละส่วนหลังจากการจัดตำแหน่งข้อมูลพื้นฐาน compositional เป็นที่คาดกันกับร็อคซอฟแวร์ 5.0 [22]. เราแบ่งชุดข้อมูลที่เป็นสองสามสี่ห้าหกเจ็ดหรือสิบพาร์ทิชันขึ้นอยู่กับกลยุทธ์การแบ่งพาร์ทิชันหลาย ๆ (ดูตารางที่ 1 สำหรับ อัตลักษณ์ของพาร์ทิชัน) รูปแบบที่เหมาะสมวิวัฒนาการที่ดีที่สุดของแต่ละพาร์ทิชันในกลยุทธ์ทั้งหมดแบ่งข้อมูลโดยใช้เกณฑ์ข้อมูลแบบเบย์ (BIC; [24]) ถูกกำหนดด้วยซอฟต์แวร์เวอร์ชั่น 2.1.2 jModeltest [25] (การเลือกผู้สมัครทดแทนรุ่น 88) และ Kakusan4 [26 ] (การเลือกของรุ่นทดแทนผู้สมัคร 56) BIC ก็เลือกที่จะเลือกรูปแบบเพราะมีความแม่นยำสูงและความแม่นยำ [27] และมีแนวโน้มที่จะเลือกรูปแบบที่ง่ายกว่าเอไอซี [28] - [30] นอกจากนี้เรายังเทียบ nonpartitioned รูปแบบสัดส่วนและแยก [31] ในแต่ละพาร์ติชันโดยใช้ Treefinder [32] ใน Kakusan4 [26]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การลำดับข้อมูล และลำดับการเลือกแบบจำลอง

ของยีนพิสูจน์อักษรและประกอบกับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอและแพคเกจ dnastar lasergene seqman editseq รุ่น 7.1 ( dnastar อิงค์ , Madison , WI ) การเรียงตัวของลำดับรหัสโปรตีน ( ผม cyt , B และ rag2 ) จำนวน clustal x 1.83 [ 21 ] ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้นหลังจากที่ลำดับดีเอ็นเอที่ถูกแปลให้กรดอะมิโนที่ตกค้างด้วยซอฟแวร์ร็อค 5.0 [ 22 ] เพื่อทดสอบการขาดซิสหยุดคลอดก่อนกำหนดหรือ indels และต่อมาตรวจตาเพื่อเพิ่มตำแหน่งเป็น . 16S ไรโบโซมอล สำหรับยีนส์ แนวแรกโดยใช้กล้ามเนื้อ [ โปรแกรม ] กับค่าเริ่มต้นและสามารถเพิ่มเติม แก้ไข โดยตาทั้งหมดที่ได้รับในการศึกษาครั้งนี้คือ ลำดับไว้ในฐานข้อมูลขนาด ( ตาราง S1 สำหรับหมายเลขภาคยานุวัติ ) สำหรับแต่ละส่วน ตามแนว ข้อมูลส่วนประกอบพื้นฐานประมาณกับซอฟแวร์ร็อค 5.0 [ 22 ] .

เราแบ่งข้อมูลเป็นสอง , สาม , สี่ , ห้า , หก , เจ็ดหรือสิบหลายพาร์ทิชันพาร์ทิชันตามกลยุทธ์ ( ดูจากตารางพาร์ทิชัน 1 ตัว )ดีที่สุดที่เหมาะสมของแต่ละพาร์ทิชันในวิวัฒนาการรูปแบบข้อมูลทั้งหมดแบ่งกลยุทธ์โดยใช้เกณฑ์ข้อมูลเบ ( BIC ; [ 24 ] ) ถูกกำหนดด้วยซอฟต์แวร์ jmodeltest รุ่น 2.1.2 [ 25 ] ( คัดเลือกจากผู้สมัครทดแทนรุ่น ) และ kakusan4 [ 26 ] ( เลือกผู้สมัครทดแทนรุ่น 56 )บิ๊กถูกเลือกเพื่อเลือกรูปแบบเพราะมีความถูกต้องสูงและความแม่นยำ [ 27 ] และแนวโน้มที่จะเลือกรุ่นง่ายกว่า AIC [ 28 ] - [ 30 ] เรายังเทียบ nonpartitioned รูปร่างสมส่วน และแยกรูปแบบ [ 31 ] ในแต่ละพาร์ทิชันโดยใช้ treefinder [ 32 ] ใน kakusan4 [ 26 ]