2.4. Population structureWe assesse

2.4. Population structure
We assessed population structure using both classical FST calculations
as well as an Analysis of Molecular Variance (AMOVA). We
estimated genetic differentiation among all populations and between
pairs of populations with FST (Weir and Cockerham, 1984; calculated
by Arlequin) using 95% confidence limits. In addition, we performed an
Analysis of Molecular Variance (AMOVA) using the software package
Arlequin (Schneider et al., 2000).We first analyzed the complete data set
in order to uncover any differences between the island of Bangkulu and
the remainder of the samples. This allowed for comparison between the
current microsatellite data set and the mitochondrial DNA data set of
Bernardi and Vagelli (2004).Then we conducted a further analysis using
the second data set that only included samples from the island of
Bangkulu. Finally, in order to test for isolation by distance in the samples
from Bangkulu, we conducted a MANTEL test using linear pairwise FST
values and pairwise distance (km) among adult samples as implemented
in GENEPOP (10,000 permutations). We conducted two MANTEL tests,
one with just the Pka 06 locus and one with both loci (Pka 06 and Pka 11)
and applied them to the whole island of Bangkulu, and then to the east
coast and to the west coast, independently (populations Bak 6 to Bak11).
Sample sizes were not large enough in the remainder of the Archipelago
to perform such a test at that scale.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 โครงสร้างประชากรเราประเมินโครงสร้างประชากรที่ใช้ทั้งการคำนวณ FST คลาสสิกเช่นเดียวกับการวิเคราะห์ความแปรปรวนโมเลกุล(การ AMOVA) เราคาดความแตกต่างทางพันธุกรรมของประชากรทั้งหมดและระหว่างคู่ของประชากรที่มีFST (เวียร์และคอร์เกอร์แฮม 1984; คำนวณโดยArlequin) โดยใช้ขีด จำกัด ของความเชื่อมั่น 95% นอกจากนี้เราดำเนินการวิเคราะห์ความแปรปรวนของโมเลกุล (AMOVA) โดยใช้แพคเกจซอฟต์แวร์ Arlequin (ชไนเดอ et al., 2000) เป็นครั้งแรกเราวิเคราะห์ข้อมูลที่สมบูรณ์ตั้งเพื่อที่จะค้นพบความแตกต่างระหว่างเกาะBangkulu และส่วนที่เหลือของตัวอย่าง นี้ได้รับอนุญาตสำหรับการเปรียบเทียบระหว่างชุดข้อมูลไมโครปัจจุบันและข้อมูลยลดีเอ็นเอชุดของBernardi และ Vagelli (2004) จากนั้นเราได้ทำการวิเคราะห์ต่อไปโดยใช้ข้อมูลชุดที่สองที่รวมเฉพาะตัวอย่างจากเกาะBangkulu ในที่สุดเพื่อที่จะทดสอบการแยกจากทางไกลในกลุ่มตัวอย่างจาก Bangkulu เราดำเนินการทดสอบโดยใช้ MANTEL FST คู่เชิงเส้นค่าและระยะทางคู่(กม.) ในหมู่ผู้ใหญ่เป็นตัวอย่างที่นำมาใช้ในGENEPOP (10,000 พีชคณิต) เราดำเนินการทดสอบสอง MANTEL, หนึ่งมีเพียง PKA 06 สถานที่และเป็นหนึ่งเดียวกับตำแหน่งทั้งสอง (PKA 06 และ PKA 11) และนำพวกเขาไปทั้งเกาะ Bangkulu และจากนั้นไปทางทิศตะวันออกชายฝั่งทะเลและชายฝั่งตะวันตกอิสระ(ประชากร บาก 6 Bak11). ขนาดตัวอย่างไม่ได้มีขนาดใหญ่พอในส่วนที่เหลือของหมู่เกาะที่จะดำเนินการทดสอบดังกล่าวในระดับที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . โครงสร้างประชากร
เราประเมินโครงสร้างประชากร โดยใช้ทั้งคลาสสิกการคำนวณ f
รวมถึงการวิเคราะห์ความแปรปรวน ( ANOVA ) โมเลกุล . เรา
ประมาณความแตกต่างทางพันธุกรรมของประชากรทั้งหมด และระหว่าง
คู่ของประชากรกับ f ( ฝายและแฮม , 1984 ; คำนวณ
โดย arlequin ) ใช้ขีดจำกัดความเชื่อมั่น 95% นอกจากนี้ เราทำการ
การวิเคราะห์ความแปรปรวน ( ANOVA ) โดยใช้โมเลกุลแพคเกจซอฟต์แวร์
arlequin ( ชไนเดอร์ et al . , 2000 ) เราแรกวิเคราะห์ข้อมูลเสร็จสมบูรณ์ชุด
เพื่อค้นพบความแตกต่างระหว่างเกาะเบงกูลู และ
ส่วนที่เหลือของตัวอย่าง นี้ได้รับอนุญาตสำหรับการเปรียบเทียบระหว่างชุดข้อมูลชนิด
ปัจจุบันและข้อมูลดีเอ็นเอชุด
bernardi และ vagelli ( 2004 )แล้วเราทำการวิเคราะห์ต่อไปโดยใช้
2 ชุดข้อมูลที่ประกอบด้วยตัวอย่างจากเกาะ
เบงกูลู . สุดท้าย เพื่อทดสอบการแยกโดยระยะทางในตัวอย่าง
จากเบงกูลู เราทำการทดสอบ Mantel โดยใช้ค่าคู่ f
เส้นคู่ ระยะทาง ( กม. ) ระหว่างผู้ใหญ่ตัวอย่างดำเนินการใน genepop
( 10000 ชุลมุน ) เราทำการทดสอบ
สองหิ้ง ,หนึ่ง มีเพียงตนและหนึ่งที่มีทั้งความ 06 โลไซ ( pKa 0.6 และ pKa 11 )
และประยุกต์ให้ทั้งเกาะของเบงกูลู และจากนั้น ไปยังชายฝั่งตะวันออก
และชายฝั่งตะวันตก ได้อย่างอิสระ ( ประชากรบัก 6 bak11 ) .
ขนาดตัวอย่างไม่ใหญ่พอในส่วนที่เหลือของ หมู่เกาะ
แสดงการทดสอบดังกล่าวในมาตรา