2.4. RAPD analysis of the isolatesT

2.4. RAPD analysis of the isolates
Twenty RAPD primers of OPC decamer series (OPC1–
OPC20) were screened to obtain informative and reproducible
RAPD primers for the 30 isolates of tested endophytes. Ampli-
fication reaction was carried out in a total volume of 25 ll
reaction mixtures containing 1 ll DNA (23–25 ng), 10
buffer
(2.5 ll), 25 mM Mgcl2 (2.5 ll), 10 mM dNTPs (0.5 ll), 10 pm/
ll RAPD primer (2.5 ll) and 1 lM Taq DNA polymerase
(Fermentas, Lithuania). The conditions for Polymerase Chain
Reaction for RAPD amplification was 95 C for 5 min, 45
cycles of 95 C for 1 min, 36 C for 1 min, 72 C for 2 min
and final 72 C for 8 min. The amplified products were separated
in 1.5% agarose gel at constant 80 V in 1
TAE buffer.
A binary matrix was generated for all the bands present in each
strain, using ‘1’ for the presence of an amplicon, and ‘0’ for its
absence. The computer program numerical taxonomy and
multivariate analysis system NTSYS-PC (version 170) was
used to analyze the binary matrix of all the 30 isolates of the
tested endophytes. Jaccard Similarity Coefficient was clustered
and unweighted pair-group method with arithmetic average
(UPGMA) was selected to generate a dendogram using the
SAHN clustering program.
3.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4. RAPD แยกวิเคราะห์ไพรเมอร์ RAPD ยี่สิบของ OPC decamer ชุด (OPC1 –OPC20) คัดเพื่อขอรับข้อมูล และจำลองไพรเมอร์ RAPD สำหรับแยก 30 ของ endophytes ผ่านการทดสอบ Ampli-ปฏิกิริยา fication ถูกดำเนินในไดรฟ์ข้อมูลทั้งหมด 25 llส่วนผสมของปฏิกิริยาที่ประกอบด้วย ll 1 ดีเอ็นเอ (23 – 25 ng), บัฟเฟอร์ 10(2.5 ll), 25 มม. Mgcl2 (2.5 ll), dNTPs 10 มม. (0.5 ll), 10 pm /จะรองพื้น RAPD (2.5 ll) และ 1 lM Taq DNA พอลิเมอเรส(Fermentas ลิทัวเนีย) เงื่อนไขสำหรับพอลิเมอเรสเชนปฏิกิริยาสำหรับขยาย RAPD คือ 95 C 5 นาที 45รอบของ 95 C สำหรับ 1 นาที 36 C สำหรับ 72 C, 1 นาที 2 นาทีและสุดท้าย 72 C สำหรับ 8 นาที ผลิตภัณฑ์ขยายแยกตัว1.5% agarose เจที่ 80 V คงที่ใน 1 TAE บัฟเฟอร์สร้างเมทริกซ์ไบนารีสำหรับวงดนตรีที่นำเสนอในแต่ละความเครียด การใช้ '1' สำหรับการปรากฏตัวของการ amplicon และ '0' สำหรับการการขาดงาน อนุกรมวิธานเชิงตัวเลขของโปรแกรมคอมพิวเตอร์ และการวิเคราะห์ตัวแปรพหุระบบ NTSYS-เครื่องคอมพิวเตอร์ (ฉบับที่ 170)ใช้ในการวิเคราะห์เมตริกซ์ไบนารีของทั้งหมด 30 แยกของการทดสอบ endophytes สัมประสิทธิ์ความเหมือน Jaccard clusteredและ unweighted คู่กลุ่มวิธีเฉลี่ยเลขคณิตเลือกเพื่อสร้างได้โดยใช้ dendogram (UPGMA)SAHN ระบบคลัสเตอร์โปรแกรม3

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 การวิเคราะห์ดีเอ็นเอของเชื้อ
ยี่สิบดีเอ็นเอไพรเมอร์ของ OPC decamer Series (OPC1-
OPC20) ได้รับการคัดเลือกจะได้รับข้อมูลและทำซ้ำ
ไพรเมอร์อาร์เอพี 30 ไอโซเลท endophytes ทดสอบ ตะแกรง
ปฏิกิริยาการตรวจได้ดำเนินการในปริมาณรวมทั้งสิ้น 25 LL
ผสมปฏิกิริยาที่มีดีเอ็นเอ 1 LL (23-25 NG), 10? บัฟเฟอร์
(2.5 LL), 25 มม MgCl2 (2.5 LL), 10 มิลลิ dNTPs (0.5 LL), 10 PM /
LL ดีเอ็นเอไพรเมอร์ (2.5 LL) และ LM 1 Taq DNA Polymerase
(Fermentas ลิทัวเนีย) เงื่อนไขสำหรับลูกโซ่ Polymerase Chain
Reaction สำหรับอาร์เอพีขยายเป็น 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที, 45
รอบจาก 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที 36 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที
และครั้งสุดท้าย 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 8 นาที ผลิตภัณฑ์ขยายถูกแยกออก
ในเจล agarose 1.5% คงที่ 80 V 1? TAE บัฟเฟอร์.
เมทริกซ์ไบนารีถูกสร้างขึ้นสำหรับวงดนตรีทั้งหมดที่มีอยู่ในแต่ละ
สายพันธุ์โดยใช้ '1' สำหรับการปรากฏตัวของ amplicon และ '0' สำหรับ
กรณีที่ไม่มี โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ตัวเลขอนุกรมวิธานและ
การวิเคราะห์หลายตัวแปรระบบ NTSYS-PC (รุ่น 170) ถูก
ใช้ในการวิเคราะห์เมทริกซ์ไบนารีทั้งหมด 30 ไอโซเลทของ
endophytes ทดสอบ Jaccard คล้ายคลึงกันค่าสัมประสิทธิ์ถูกคลัสเตอร์
และวิธีการที่ทั้งคู่ไม่ได้ชั่งกลุ่มที่มีค่าเฉลี่ยเลขคณิต
(UPGMA) ได้รับเลือกให้สร้าง dendogram โดยใช้
โปรแกรมการจัดกลุ่มซาห์น.
3