Next-Generation Sequencing Technolo

Next-Generation Sequencing Technologies for Diversity
of Microalgae
Next-generation sequencing technologies have recently inspired
almost all life science studies using techniques, such
as full genome sequencing (de novo sequencing and resequencing),
amplicon sequencing, transcriptome sequencing,
and metagenomics. NGS techniques with pyrosequencing
generate much higher throughput data, by which millions to
billions of sequencing reactions take place at the same time,
in small reaction volumes (Metzker 2010; Nowrousian
2010). Table 4 summarizes the NGS technologies available
and their major features. In field sample studies, NGS technologies
are facilitating the gathering of DNA data from
both environmental DNA and PCR products amplified from
environmental DNA. These NGS applications differ from
the clone library method because they do not require the
cloning of template DNA into bacterial vectors; alternatively,
DNA templates are bound to substrates and amplified by
PCR to generate clonal representatives, and hence no cloning
bias is imposed for metagenomics (e.g., Shendure and Ji
2008; Metzker 2010). In addition, the number of sequence
reads by the NGS methods have been extremely high,
revealing a high diversity of microbes that were not detected
from clone library methods (Stoeck et al. 2010).
The development of NGS has made it possible to directly
sequence a huge number of genomic fragments extracted from
environmental samples (Rothberg and Leamon 2008), hence
making NGS a potential tool for the identification and detection
of microbes from environmental samples (Medinger et al.
2010). In 2006, Edwards et al. (2006) published, for the first
time, sequences of environmental samples generated with the
chip-based pyrosequencing developed by 454 Life Sciences.
NGS techniques have enabled the discovery of novel genes
from environmental samples for the massive characterization
of functional genes and enabled study of the metagenomic
diversity of unculturable bacteria and archaea in various

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับถัดไปสร้างเทคโนโลยีสำหรับความหลากหลายของ Microalgaeลำดับถัดไปสร้างเทคโนโลยีได้แรงบันดาลใจล่าสุดศึกษาวิทยาศาสตร์เกือบทั้งหมดใช้เทคนิค เช่นเป็นกลุ่มเต็มที่ลำดับเบส (de novo ลำดับเบส และ resequencing),amplicon ลำดับ ลำดับเบส transcriptomeและ metagenomics NGS เทคนิค pyrosequencing ด้วยสร้างข้อมูลอัตราความเร็วสูง โดยที่ล้านบาทพันลำดับปฏิกิริยาเกิดขึ้นในเวลาเดียวกันในปฏิกิริยาเล็กไดรฟ์ (Metzker 2010 Nowrousian2010) 4 ตารางสรุปใช้ NGS เทคโนโลยีและคุณสมบัติที่สำคัญของพวกเขา ในฟิลด์ตัวอย่างศึกษา เทคโนโลยี NGSจะอำนวยความสะดวกในการรวบรวมข้อมูลดีเอ็นเอจากขยายผลิตภัณฑ์ DNA และ PCR ทั้งสิ่งแวดล้อมจากสิ่งแวดล้อมดีเอ็นเอ NGS โปรแกรมเหล่านี้แตกต่างจากวิธีโคลนไลบรารีได้เนื่องจากพวกเขาไม่ต้องการของดีเอ็นเอต้นแบบเป็นเวกเตอร์แบคทีเรีย หรือดีเอ็นเอแม่แบบจะถูกผูกไว้กับพื้นผิว และขยายโดยPCR เพื่อสร้างตัวแทน clonal และดังนั้นไม่มีโคลนความโน้มเอียงถูกกำหนดสำหรับ metagenomics (เช่น Shendure และจิ2008 Metzker 2010) นอกจากนี้ หมายเลขลำดับอ่าน โดยวิธี NGS ได้สูงมากเผยให้เห็นความหลากหลายสูงจุลินทรีย์ที่ตรวจไม่พบจากวิธีการไลบรารีโคลน (Stoeck et al. 2010)การพัฒนาของ NGS ได้ทำไปให้โดยตรงลำดับจำนวนมากของบางส่วนของ genomic ที่สกัดจากสิ่งแวดล้อมตัวอย่าง (Rothberg และ Leamon 2008), ดังนั้นNGS ทำให้เครื่องมือที่มีศักยภาพสำหรับรหัสและตรวจสอบจุลินทรีย์จากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม (Medinger et al2010) ในปี 2006 เอ็ดเวิร์ด et al. (2006) การเผยแพร่ สำหรับครั้งแรกเวลา ลำดับของตัวอย่างสิ่งแวดล้อมที่สร้างขึ้นด้วยการใช้ชิป pyrosequencing พัฒนา โดย 454 วิทยาศาสตร์สุขภาพNGS เทคนิคได้ค้นพบยีนนวนิยายจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อมการจำแนกขนาดใหญ่ยีนที่ทำงานและศึกษา metagenomic เปิดใช้งานความหลากหลายของ unculturable แบคทีเรียและอาร์เคียในต่าง ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รุ่นต่อไปของเทคโนโลยีเพื่อความหลากหลายของสาหร่ายขนาดเล็ก

ลำดับรุ่นต่อไปเทคโนโลยีเพิ่งแรงบันดาลใจ
เกือบทุกชีวิตวิทยาศาสตร์ศึกษาโดยใช้เทคนิคเช่น
เต็มลำดับจีโนม ( de novo และลำดับ resequencing )

และการเรียงลำดับทราน ริปโตม , และ , เมตะจีโนมิก . ภาพหลุดด้วยเทคนิคไพโรซีเควนซิง
สร้างข้อมูล throughput ที่สูงมากโดย

ซึ่งล้านพันล้านลำดับปฏิกิริยาเกิดขึ้นในเวลาเดียวกัน
เล่มปฏิกิริยาเล็ก ( metzker 2010 nowrousian
2010 ) ตารางที่ 4 สรุปเทคเทคโนโลยีที่มีอยู่
และคุณสมบัติหลักของพวกเขา ในด้านตัวอย่างศึกษาเทคเทคโนโลยี
จะช่วยรวบรวมข้อมูลดีเอ็นเอจาก DNA PCR
ทั้งสิ่งแวดล้อมและผลิตภัณฑ์จากการเพิ่ม
ดีเอ็นเอด้านสิ่งแวดล้อมเหล่านี้แทนการใช้งานแตกต่างจาก
ห้องสมุดโคลนวิธี เพราะไม่ต้องการให้เป็นเวกเตอร์แม่แบบ
ดีเอ็นเอแบคทีเรีย ; หรือ
ดีเอ็นเอแม่แบบผูกกับพื้นผิว และขยายโดย
PCR เพื่อสร้างรูปแบบตัวแทน และดังนั้น จึงไม่มีการตั้งค่าถูกบังคับใช้สำหรับ
เมตะจีโนมิก ( เช่น shendure และจิ
metzker 2008 ; 2010 ) นอกจากนี้ ตัวเลขของลำดับ
โดยวิธีการอ่านแทนมีสูงมาก
เปิดเผยความหลากหลายสูงของจุลินทรีย์ที่ไม่พบ
จากวิธีการห้องสมุดโคลน ( stoeck et al . 2010 ) .
การพัฒนาเทคได้ทำให้มันเป็นไปได้ที่จะโดยตรง
ลำดับตัวเลขขนาดใหญ่ของชิ้นส่วนที่มีสารสกัดจาก
ตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ( และ รอธเบิร์กลีเมิ่น 2008 ) จึงเป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพสำหรับการแทน

และตัวตรวจจับของเชื้อจุลินทรีย์จากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ( medinger et al .
2010 ) ใน 2549 , เอ็ดเวิร์ด et al . ( 2006 ) ตีพิมพ์ครั้งแรก
, ลำดับตัวอย่างสิ่งแวดล้อมที่สร้างขึ้นด้วย
ชิปจากไพโรซีเควนซิงที่พัฒนาโดยชีวิต 454 วิทยาศาสตร์ เทคนิค
เทคได้เปิดใช้งานการค้นพบยีนใหม่

จากตัวอย่างสิ่งแวดล้อมสำหรับการขนาดใหญ่ของยีนที่ทํางานและเปิดการศึกษาความหลากหลายของแบคทีเรียอาร์เคียและเมตาจีโนมิค
unculturable ในต่าง ๆ