BackgroundTo gain insight into the

Background
To gain insight into the molecular diversity of antimicrobial peptides and proteins in the oyster Crassostrea gigas, we characterized and compared the sequence polymorphism of the antimicrobial peptides (AMPs), Cg-Defensins (Cg-Defs) and Cg-Proline Rich peptide (Cg-Prp), and of the bactericidal permeability increasing protein, Cg-BPI. For that, we analyzed genomic and transcript sequences obtained by specific PCR amplification and in silico searches.

Results
High diversification among the three antimicrobial effectors was evidenced by this polymorphism survey. On the basis of sequence phylogenies, each AMP aggregates into clearly defined groups of variants and is the product of a multigenic family displaying a variety of gene structures. In contrast, Cg-bpi forms a single group and is encoded by a single gene copy. Moreover, we identified for both AMPs several genetic mechanisms of diversification such as recombination, parallel mutations leading to phylogenetic homoplasy and indel events. In addition, the non synonymous to synonymous substitutions ratio by codon (dN/dS) revealed several negatively and positively selected sites for both AMPs, suggesting that directional selection pressures have shaped their sequence variations.

Conclusions
This study shows for the first time in a mollusc that antimicrobial peptides and proteins have been subject to distinct patterns of diversification and we evidence the existence of different evolutionary routes leading to such sequence variability.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

พื้นหลังเพื่อให้ได้รับความเข้าใจในความหลากหลายระดับโมเลกุลของเปปไทด์ต้านจุลชีพและโปรตีนใน gigas Crassostrea หอยนางรมที่เราโดดเด่นและเปรียบเทียบความแตกต่างลำดับของเปปไทด์ต้านจุลชีพ (แอมป์) Cg-defensins (CG-Defs) และ CG-Proline ที่อุดมไปด้วยเปปไทด์ (Cg -Prp) และการซึมผ่านของเชื้อแบคทีเรียที่เพิ่มขึ้นโปรตีน Cg-BPI
เพื่อที่เราวิเคราะห์ลำดับจีโนมและหลักฐานที่ได้จากการขยาย PCR ที่เฉพาะเจาะจงในการค้นหาและ silico. ผลการกระจายความเสี่ยงสูงในสามเอฟเฟคยาต้านจุลชีพเป็นหลักฐานโดยการสำรวจความแตกต่างนี้ บนพื้นฐานของ phylogenies ลำดับแต่ละ AMP มวลรวมเป็นกลุ่มที่กำหนดไว้อย่างชัดเจนของสายพันธุ์และเป็นผลิตภัณฑ์ของครอบครัว multigenic แสดงความหลากหลายของโครงสร้างยีน ในทางตรงกันข้าม Cg-bpi รูปแบบกลุ่มเดียวและมีการเข้ารหัสโดยสำเนายีนเดียว นอกจากนี้เรายังระบุกลไกทางพันธุกรรมแอมป์ทั้งหลายของความหลากหลายเช่นการรวมตัวกันกลายพันธุ์ขนานที่นำไปสู่ ​​homoplasy สายวิวัฒนาการและเหตุการณ์ Indel นอกจากนี้ที่ไม่ตรงกันกับอัตราส่วนแทนความหมายเหมือนกันโดย codon (DN / DS) เปิดเผยหลายเว็บไซต์ในเชิงลบและเลือกในเชิงบวกสำหรับแอมป์ทั้งชี้ให้เห็นว่าแรงกดดันเลือกทิศทางมีรูปรูปแบบลำดับของพวกเขา. สรุปผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นเป็นครั้งแรกในหอยที่เปปไทด์ต้านจุลชีพและโปรตีนได้รับอาจมีรูปแบบที่แตกต่างกันไปของความหลากหลายและเรามีหลักฐานการดำรงอยู่ของเส้นทางวิวัฒนาการที่แตกต่างกันที่นำไปสู่ความแปรปรวนลำดับดังกล่าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลัง
เพื่อให้ได้ข้อมูลเชิงลึกในความหลากหลายของโมเลกุลเปปไทด์ต้านจุลชีพ และโปรตีนในหอยนางรมกรามดำ Crassostrea ศึกษาเราลักษณะและเปรียบเทียบลำดับเบสของเปปไทด์ต้านจุลชีพ ( แอมป์ ) , CG ดีเฟ็นซิน ( CG defs ) และ CG การรวย เปปไทด์ ( CG ช่วย ) และการซึมผ่านของแบคทีเรียเพิ่มโปรตีน , CG BPI . สำหรับที่เราวิเคราะห์จีโนม และหลักฐานที่ได้จากการขยาย PCR ที่เฉพาะเจาะจงและลำดับในการค้นหาสำหรับการกระจายความเสี่ยงสูง


ระหว่างสามสารต้านจุลชีพอีกครั้งหนึ่งเป็น evidenced โดยนี้ - แบบสำรวจ บนพื้นฐานของ phylogenies ลำดับ ,ซึ่งในแต่ละกลุ่มแบ่งกลุ่มของสายพันธุ์ และเป็นผลิตภัณฑ์ของ multigenic ครอบครัวแสดงความหลากหลายของโครงสร้างของยีน ในทางตรงกันข้าม , CG BPI รูปแบบกลุ่มเดียว และจะถูกเข้ารหัสโดยสำเนาของยีนเดี่ยว นอกจากนี้ เราระบุทั้งแอมป์หลายกลไกของการกระจายเช่นพันธุกรรม recombinationการกลายพันธุ์แบบขนานที่นำไปสู่วิวัฒนาการและเหตุการณ์ homoplasy INDEL . นอกจากนี้ ไม่พ้องต่อการทดแทนพ้องโดย codon ( DN / DS ) เปิดเผยในเว็บไซต์มีหลายและเลือกทั้งแอมป์บอกว่าแรงกดดันการเลือกทิศทางมีรูปการเปลี่ยนแปลงลำดับของพวกเขา


สรุปการศึกษานี้แสดงให้เห็นเป็นครั้งแรกในสัตว์จำพวกหอยและปลาหมึกว่าเปปไทด์ต้านจุลชีพ และโปรตีนที่ได้รับอาจแตกต่างกันและรูปแบบของวิสาหกิจเราหลักฐานการดำรงอยู่ของเส้นทางที่นำไปสู่วิวัฒนาการที่แตกต่างกันเช่นลำดับความผันแปร