A comprehensive proteome of leaf ru

A comprehensive proteome of leaf rust haustoria, comprising
1192 proteins, is presented. Focus has so far mainly been
on the transcriptome [16, 33, 35, 38] and on using bioinformatics
to identify effector proteins based on their known key
features [34]. Here proteome data are presented from highly
purified haustoria. The advantages of investigating the proteome
rather than the transcriptome are that protein abundances
are measured directly—eliminating the need to correlate
transcript and protein levels—and that most PTMs can
be identified by MS. This research will facilitate future work
on effector proteins as it reports proteins directly obtained
from haustoria. It will also enable comparative proteomics
between haustoria from different races of leaf rust, or between
rust species, because the antibodies react to haustoria
from a wide range of species. Using haustoria from races or
species for which complete genome sequences are available
will enable researchers to pinpoint subtle proteome differences
if custom, race-specific databases are used. Research
on rust is complicated by the fact that it is an obligate parasite,
and obtaining comparative samples (e.g. different developmental
stages) from a single race is impossible. Obtaining
a comparative datasets between races will further highlight
effector protein candidates, since these differ in abundance
and composition between races.
The authors thank J. Chong, B. McCallum, X. Wang, C.
Hiebert, G. Bakkeren, and F. You. This project was funded by
a grant from Agriculture and Agrifood Canada to C.R., and a
grant from TUBITAK to A.G.
The authors have declared no conflict of interest

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Proteome ครอบคลุมของสนิมใบ haustoria ประกอบด้วยโปรตีน 1192 แสดง โฟกัสได้เพื่อให้ห่างไกลส่วนใหญ่รับtranscriptome [16, 33, 35, 38] และใช้ bioinformaticsระบุโปรตีน effector อิงตามคีย์ของพวกเขารู้จักคุณลักษณะ [34] นี่ proteome จะแสดงข้อมูลจากสูงhaustoria บริสุทธิ์ ข้อดีของการตรวจ proteome การแทน transcriptome ร้านโปรตีนวัดโดยตรงโดยไม่ต้องเชื่อมโยงเสียงบรรยายและโปรตีนระดับ — และที่มากที่สุด PTMsระบุ โดย MS งานวิจัยนี้จะอำนวยความสะดวกในการทำงานในอนาคตในโปรตีน effector เป็นรายงานโปรตีนได้โดยตรงจาก haustoria นอกจากนี้ก็ยังจะช่วยเปรียบเทียบรตีโอมิกส์ระหว่าง haustoria จากเชื้อชาติต่าง ๆ ของสนิมใบ หรือระหว่างเกิดสนิมพันธุ์ เพราะแอนตี้การตอกกลับ haustoriaจากความหลากหลายของสายพันธุ์ ใช้ haustoria จากการแข่งขัน หรือสายพันธุ์ซึ่งมีลำดับพันธุสมบูรณ์จะช่วยให้นักวิจัยที่ระบุละเอียด proteome ความแตกต่างถ้ามีใช้ฐานข้อมูลที่กำหนดเอง การแข่งขันเฉพาะ งานวิจัยสนิมจะซับซ้อนที่ โดยความจริงที่มันเป็นปรสิตเป็น obligateและขอรับตัวอย่างเปรียบเทียบ (แตกต่างกันเช่นพัฒนาการระยะ) จากเดียวแข่งไม่ การได้รับชุดข้อมูลเปรียบเทียบระหว่างการแข่งขันจะเน้นเพิ่มเติมผู้สมัคร effector โปรตีน ตั้งแต่เหล่านี้แตกต่างกันมากมายและองค์ประกอบระหว่างการแข่งขันผู้เขียนขอขอบคุณ J. Chong, B. McCallum, X. Wang, cHiebert, G. Bakkeren และ F. คุณ โครงการนี้ได้รับการสนับสนุนให้เกษตรและแคนาดา Agrifood ซีอาร์ และการให้จาก TUBITAK A.G.ผู้เขียนมีประกาศของบริษัทฯ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีนที่ครอบคลุมของ haustoria ใบสนิมประกอบ
1192 โปรตีนจะนำเสนอ โฟกัสได้รับเพื่อให้ห่างไกลส่วนใหญ่
ในยีน [16, 33, 35, 38] และในการใช้ชีวสารสนเทศ
เพื่อแจ้ง effector โปรตีนบนพื้นฐานสำคัญของพวกเขาเป็นที่รู้จัก
คุณสมบัติ [34] นี่คือข้อมูลที่เป็นโปรตีนจะถูกนำเสนอจากสูง
haustoria บริสุทธิ์ ข้อดีของการตรวจสอบโปรตีน
มากกว่ายีนที่ปริมาณโปรตีน
ที่วัดโดยตรงไม่จำเป็นต้องมีความสัมพันธ์
หลักฐานและระดับโปรตีนและที่ PTMs ส่วนใหญ่สามารถ
ระบุได้โดย MS การวิจัยครั้งนี้จะอำนวยความสะดวกในการทำงานในอนาคต
ใน effector โปรตีนเป็นโปรตีนจะรายงานได้รับโดยตรง
จาก haustoria นอกจากนี้ยังจะช่วยให้โปรตีนเปรียบเทียบ
ระหว่าง haustoria จากเผ่าพันธุ์ที่แตกต่างกันของใบสนิมหรือระหว่าง
สายพันธุ์สนิมเพราะแอนติบอดีตอบสนองต่อการ haustoria
จากหลากหลายของสายพันธุ์ ใช้ haustoria จากเผ่าพันธุ์หรือ
สายพันธุ์ที่ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ที่มีอยู่
จะช่วยให้นักวิจัยสามารถระบุความแตกต่างของโปรตีนที่ลึกซึ้ง
ถ้ากำหนดเองฐานข้อมูลการแข่งขันเฉพาะมีการใช้ งานวิจัย
เกี่ยวกับการเกิดสนิมมีความซับซ้อนโดยข้อเท็จจริงที่ว่ามันเป็นปรสิตหนี้บุญ
และได้รับตัวอย่างเปรียบเทียบ (เช่นการพัฒนาที่แตกต่างกัน
ขั้นตอน) จากการแข่งขันเดียวเป็นไปไม่ได้ ได้รับ
ชุดข้อมูลเปรียบเทียบระหว่างการแข่งขันต่อไปจะเน้น
ผู้สมัครโปรตีน effector ตั้งแต่เหล่านี้แตกต่างกันในความอุดมสมบูรณ์
และองค์ประกอบระหว่างเชื้อชาติ.
ผู้เขียนขอขอบคุณเจปากช่องบีแม็กคอล, เอ็กซ์วังซี
Hiebert กรัม Bakkeren และเอฟคุณ . โครงการนี้ได้รับทุนสนับสนุน
ทุนจากเกษตรและ Agrifood แคนาดา CR และ
ทุนจากการ TUBITAK เอจี
ผู้เขียนได้ประกาศความขัดแย้งไม่มี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โปรตีนที่ครอบคลุมของใบสนิม haustoria ประกอบด้วยตอนนี้โปรตีน คือแสดง โฟกัสได้ไกลเป็นหลักในทราน ริปโตม [ 16 , 33 , 35 , 38 ] และใช้รสนเพื่อระบุโปรตีน ( ตามรู้ คีย์คุณสมบัติ [ 34 ] ที่นี่ข้อมูลที่จะแสดงจากโปรตีนสูงhaustoria บริสุทธิ์ ข้อดีของการตรวจสอบโปรตีนแทนที่จะเป็นโปรตีน abundances ทราน ริปโตมวัดได้โดยตรง ไม่ต้องมีความสัมพันธ์ใบแสดงผลการศึกษา และระดับโปรตีนและ ptms ที่สุดสามารถถูกระบุโดยคุณงานวิจัยนี้จะอำนวยความสะดวกในการทำงานในอนาคตกับโปรตีนเป็นโปรตีน ( รายงานโดยตรงได้จาก haustoria . มันยังสามารถแสดงเปรียบเทียบระหว่าง haustoria จากเชื้อชาติของสนิมใบ หรือระหว่างสนิมชนิด เพราะแอนติบอดีตอบสนองต่อ haustoriaจากหลากหลายชนิด การใช้ haustoria จากการแข่งขันหรือลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ชนิดที่มีอยู่จะช่วยให้นักวิจัยสามารถระบุความแตกต่างของสีสัน โปรตีนถ้าที่กำหนดเองฐานข้อมูลเฉพาะการแข่งขันที่ใช้ การวิจัยในรัสมีความซับซ้อนโดยความจริงที่ว่ามันเป็นหรือปรสิตและได้รับตัวอย่างเปรียบเทียบ ( เช่นที่แตกต่างกันพัฒนาขั้นตอน ) จากการแข่งขันเดี่ยว มันเป็นไปไม่ได้ ขอรับการเปรียบเทียบข้อมูลระหว่างการแข่งขันต่อไปจะเน้นโปรตีน ( ผู้สมัครตั้งแต่เหล่านี้แตกต่างกันในความอุดมสมบูรณ์และองค์ประกอบระหว่างการแข่งขันผู้เขียนขอขอบคุณเจ ชอง พ. เสริม , X . วัง . . .bakkeren ฮีเบิร์ต , G , F . คุณ โครงการนี้ได้รับการสนับสนุนโดยทุนจากการเกษตรและเกษตรแคนาดา C.R . , และเงินอุดหนุนจาก tubitak เพื่อท่านผู้เขียนได้ประกาศว่า ไม่มีความขัดแย้งของผลประโยชน์