Monitoring complex bacterial commun

Monitoring complex bacterial communities using culture-independent molecular techniques: application to soil environment
Over the last decade, important advances in molecular biology led to the development of culture-independent approaches to describing bacterial communities. These new strategies, based on the analysis of DNA directly extracted from environmental samples, circumvent the steps of isolation and culturing of bacteria, which are known for their selectivity leading to a non-representative view of the extent of bacterial diversity. This review provides an overview of the potentials and limitations of some molecular approaches currently used in microbial ecology. Examples of applications to the study of indigenous soil microbial community illustrate the feasibility and the power of such approaches.

Keywords

bacterial community; soil; molecular biology; DNA; genetic diversity; genetic structure
Abbreviations
ARDRA, amplified ribosomal DNA restriction analysis; DGGE, denaturing gradient gel electrophoresis; PCR, polymerase chain reaction; RAPD, random amplified polymorphic DNA; RISA, ribosomal intergenic spacer analysis; TGGE, temperature gradient gel electrophoresis; T-RFLP, terminal-restriction fragment length polymorphism

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจสอบชุมชนแบคทีเรียที่ซับซ้อนโดยใช้เทคนิคโมเลกุลอิสระวัฒนธรรม: เพื่อสิ่งแวดล้อมดินกว่าทศวรรษที่ผ่านมา อณูชีววิทยาสำคัญก้าวนำการพัฒนาวัฒนธรรมอิสระวิธีการอธิบายชุมชนที่แบคทีเรีย กลยุทธ์เหล่านี้ใหม่ ตามการวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่สกัดโดยตรงจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อม หลีกเลี่ยงขั้นตอนแยกและ culturing ของแบคทีเรีย ซึ่งเป็นที่รู้จักในวิธีของพวกเขาไปดูไม่ใช่ตัวแทนของขอบเขตของความหลากหลายของแบคทีเรีย บทความนี้แสดงภาพรวมของการศักยภาพและข้อจำกัดของวิธีบางโมเลกุลที่ใช้ในระบบนิเวศวิทยาจุลินทรีย์ ตัวอย่างของโปรแกรมประยุกต์เพื่อการศึกษาของชุมชนจุลินทรีย์พื้นดินแสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้ที่และเป็นแนวทางดังกล่าวคำสำคัญชุมชนแบคทีเรีย ดิน อณูชีววิทยา ดีเอ็นเอ ความหลากหลายทางพันธุกรรม โครงสร้างทางพันธุกรรมคำย่อARDRA ขยายการวิเคราะห์ ribosomal ดีเอ็นเอจำกัด DGGE, denaturing electrophoresis เจลไล่ระดับสี PCR ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส อาร์เอพีดี DNA เอาต์ polymorphic สุ่ม สะ เป็นตัวเว้นวรรค intergenic ribosomal วิเคราะห์ TGGE อุณหภูมิเจ electrophoresis T-RFLP โพลิมอร์ฟิซึมยาวส่วนเทอร์มินัลจำกัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การตรวจสอบชุมชนแบคทีเรียที่ซับซ้อนโดยใช้เทคนิคโมเลกุลวัฒนธรรมอิสระ:
การประยุกต์ใช้กับสภาพแวดล้อมดินกว่าทศวรรษที่ผ่านมาความก้าวหน้าที่สำคัญในทางชีววิทยาโมเลกุลนำไปสู่การพัฒนาวิธีการเพาะเลี้ยงอิสระที่จะอธิบายชุมชนแบคทีเรีย เหล่านี้กลยุทธ์ใหม่บนพื้นฐานของการวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่สกัดโดยตรงจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อมหลีกเลี่ยงขั้นตอนของการแยกและเพาะเลี้ยงแบคทีเรียซึ่งเป็นที่รู้จักสำหรับการเลือกของพวกเขาที่นำไปสู่มุมมองที่ไม่ใช่ตัวแทนของขอบเขตของความหลากหลายของแบคทีเรีย รีวิวนี้ให้ภาพรวมของศักยภาพและข้อ จำกัด ของวิธีการโมเลกุลบางอย่างที่ใช้อยู่ในปัจจุบันในระบบนิเวศของจุลินทรีย์ ตัวอย่างของการใช้งานเพื่อการศึกษาของชุมชนพื้นเมืองของจุลินทรีย์ดินแสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้และการใช้พลังงานของวิธีการดังกล่าว. คำชุมชนแบคทีเรีย ดิน; อณูชีววิทยา; ดีเอ็นเอ; ความหลากหลายทางพันธุกรรม; โครงสร้างทางพันธุกรรมย่อARDRA, ไรโบโซมขยายข้อ จำกัด การวิเคราะห์ดีเอ็นเอ DGGE, denaturing ข่าวคราวการไล่ระดับสี; PCR ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอ; ดีเอ็นเอดีเอ็นเอ polymorphic สุ่มขยาย; RISA วิเคราะห์ spacer โซมอล intergenic; TGGE ลาดอุณหภูมิข่าวคราว; T-RFLP สถานี-ข้อ จำกัด ระยะเวลาในส่วนความแตกต่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การตรวจสอบแบคทีเรียที่ซับซ้อนโดยใช้วัฒนธรรมชุมชนเป็นอิสระโมเลกุลเทคนิค : โปรแกรม

สภาพแวดล้อมดินกว่าทศวรรษที่ผ่านมา ความก้าวหน้าที่สำคัญในการศึกษาชีววิทยาระดับโมเลกุล นำไปสู่การพัฒนาวัฒนธรรมอิสระ วิธีการอธิบายชุมชนแบคทีเรีย กลยุทธ์ใหม่นี้ จากการวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่สกัดได้จากตัวอย่างสิ่งแวดล้อมหลีกเลี่ยงขั้นตอนการแยกและการเพาะเลี้ยงแบคทีเรีย ซึ่งเป็นที่รู้จักกันของพวกเขาสามารถนำตัวแทน ไม่ใช่มุมมองของขอบเขตของความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรีย บทความนี้จะให้ภาพรวมของศักยภาพและข้อจำกัดของวิธีการที่ใช้ในปัจจุบันในบางโมเลกุลนิเวศวิทยาของจุลินทรีย์ตัวอย่างของการประยุกต์ใช้เพื่อการศึกษาของชุมชนพื้นเมืองของจุลินทรีย์ดินแสดงให้เห็นถึงความเป็นไปได้และพลังของวิธีเช่น .



ของคำหลักชุมชน ; ดิน ; ชีววิทยาระดับโมเลกุล ; ดีเอ็นเอ ; ความหลากหลายทางพันธุกรรม โครงสร้างพันธุกรรมย่อ

ardra การวิเคราะห์ดีเอ็นเอของไรโบโซมจำกัด ; การทดลองเจลี่ , ลาด ; PCR , ปฏิกิริยาลูกโซ่ ; อาร์เอพีดี ,Amplified Polymorphic DNA spacer ribosomal ; ลิซ่า การวิเคราะห์ส่า ; tgge อุณหภูมิลาดเจล ; t-rflp เทอร์มินัลจำกัด fragment length polymorphism