Another important factor that influ

Another important factor that influences NGS-related microbiota profiling is competition between different 16S rRNA molecules, resulting in unequal/preferential amplification rates for certain amplicon sequences. The result of competition can be an over- or underestimation of particular OTUs. For example, in our current experiments we utilized a synthetic community consisting of 20 bacterial species that are each present at an equimolar concentration of 5% of 16 S rRNA genes. MicPCR/NGS data showed an average 0.85-fold difference from the 5% OTU frequency expected in the synthetic community, with a maximum overestimation of 1.73-fold for Listeria monocytogenes and a maximum underestimation of 0.28-fold for Streptococcus pneumoniae (Fig. 2). In contrast, the OTU differences associated with PCR competition and traditional PCR/NGS were more extreme, yielding an average 0.65-fold difference in OTU frequency above the expected frequency, with an overestimated maximum of 2.31-fold for Bacteriodes vulgatus and an underestimated maximum of 0.04-fold for Helicobacter pylori. These findings are in agreement with the previously reported consistent overestimation of Bacteriodes spp. and underestimation of Helicobacter spp. in four different laboratories when investigating an identical synthetic communit

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อีกหนึ่งปัจจัยสำคัญที่มีผลต่อการสร้างโพรไฟล์ที่เกี่ยวข้องกับ NGS microbiota เป็นแข่งขันระหว่างต่าง 16S rRNA โมเลกุล ผลในอัตราไม่เท่ากัน/ต้องขยายบางลำดับ amplicon ผลการแข่งขันได้มากกว่า - การ underestimation OTUs เฉพาะ ตัวอย่าง ในการทดลองของเราปัจจุบัน เราใช้ชุมชนสังเคราะห์ที่ประกอบด้วยแบคทีเรีย 20 ชนิดที่แต่ละที่อยู่ที่มีความเข้มข้น equimolar 5% ของยีน S rRNA 16 MicPCR/NGS ข้อมูลแสดงให้เห็นความแตกต่าง 0.85-fold เฉลี่ยจากความถี่ OTU 5% คาดว่าในชุมชนสังเคราะห์ กับ overestimation สูงสุดของ 1.73-fold ออลิ monocytogenes และ underestimation สูงสุดของ 0.28-fold สำหรับอุณหภูมิ pneumoniae (Fig. 2) ในทางตรงกันข้าม OTU แตกต่างเกี่ยวข้องกับการแข่งขัน PCR และ PCR NGS ดั้งเดิมถูกมากมาก ผลผลิตมีความแตกต่าง 0.65-fold เฉลี่ย OTU ความถี่สูงกว่าความถี่ที่คาดหวัง มีเกิน overestimated 2.31-fold Bacteriodes vulgatus และสูงสุดเป็น underestimated 0.04-fold สำหรับ pylori กระเพาะ ผลการวิจัยเหล่านี้จะยังคง overestimation สอดคล้องรายงานก่อนหน้านี้ของโอ Bacteriodes และ underestimation กระเพาะโอใน 4 ห้องปฏิบัติการต่าง ๆ เมื่อตรวจสอบการ communit สังเคราะห์เหมือนกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อีกหนึ่งปัจจัยสำคัญที่มีผลต่อโปรไฟล์ microbiota NGS ที่เกี่ยวข้องกับการแข่งขันที่แตกต่างกันระหว่างโมเลกุล 16S rRNA ส่งผลให้ไม่เท่ากัน / อัตราการขยายสิทธิพิเศษสำหรับลำดับ amplicon บางอย่าง ผลของการแข่งขันสามารถเอาชนะหรือเบาของ Otus โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ยกตัวอย่างเช่นในการทดลองของเราในปัจจุบันเราใช้ชุมชนสังเคราะห์ประกอบด้วยแบคทีเรียชนิด 20 ที่มีแต่ละคนในปัจจุบันที่ความเข้มข้น equimolar 5% ของ 16 S ยีน rRNA MicPCR ข้อมูล / NGS แสดงให้เห็นว่าค่าเฉลี่ยความแตกต่างที่ 0.85 เท่าจากความถี่ 5% OTU คาดว่าในชุมชนสังเคราะห์ที่มีการประเมินค่าสูงสูงสุด 1.73 เท่าสำหรับเชื้อ Listeria monocytogenes และเบาสูงสุด 0.28 เท่าสำหรับ Streptococcus pneumoniae (รูปที่. 2) . ในทางตรงกันข้ามความแตกต่าง OTU ที่เกี่ยวข้องกับการแข่งขัน PCR แบบดั้งเดิมและ PCR / NGS ถูกมากขึ้นผลผลิตเฉลี่ยความแตกต่างที่ 0.65 เท่าในความถี่ OTU ข้างต้นความถี่ที่คาดว่าจะมีสูงสุดเกิน 2.31 เท่าสำหรับ vulgatus Bacteriodes และสูงสุดประเมินของ 0.04 เท่าสำหรับเชื้อ Helicobacter pylori การค้นพบเหล่านี้อยู่ในข้อตกลงกับการประเมินค่าสูงสอดคล้องรายงานก่อนหน้านี้ของเอสพีพี Bacteriodes และเบาของเอสพีพี Helicobacter ในสี่ห้องปฏิบัติการที่แตกต่างกันเมื่อสืบสวน communit สังเคราะห์ที่เหมือนกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อีกหนึ่งปัจจัยสำคัญที่มีอิทธิพลต่อการแข่งขันระหว่างผู้ที่เกี่ยวข้องกับไมโครไบโ ้าแทนเบส 16S rRNA โมเลกุลที่แตกต่างกัน ส่งผลให้อัตราการขยายไม่เท่ากัน / พิเศษสำหรับลำดับและบาง ผลของการแข่งขันจะเป็นมากกว่าหรือการการประเมินค่าต่ำไปโดยเฉพาะใน . ตัวอย่างเช่นในการทดลองของเราในปัจจุบันเราใช้สังเคราะห์ชุมชนประกอบด้วย 20 ชนิดที่เป็นแบคทีเรียแต่ละ ปัจจุบันที่ความเข้มข้น 5 % ๆ 16   s rRNA ยีน micpcr / เทคข้อมูลพบว่ามีความแตกต่าง 0.85-fold เฉลี่ยจาก 5 % otu ความถี่ที่คาดหวังในชุมชนสังเคราะห์ที่มีสูงสุดการประเมินมากเกินไปของ 1.73-fold สำหรับ monocytogenes Listeria และสูงสุดประเมินค่าต่ำกว่า 0 .28 พับ Streptococcus pneumoniae ( รูปที่ 2 ) ในทางตรงกันข้าม , otu ความแตกต่างที่เกี่ยวข้องกับการแข่งขันและ PCR PCR แทน / ดั้งเดิมเป็นมากขึ้นมาก ผลผลิตมีความแตกต่างเฉลี่ย 0.65-fold ใน otu ความถี่ข้างต้นคาดว่าความถี่ที่มี overestimated สูงสุด 2.31-fold สำหรับ bacteriodes vulgatus และประเมินสูงสุด 0.04-fold สำหรับ Helicobacter pylori .การค้นพบนี้จะสอดคล้องกับรายงานก่อนหน้านี้ที่สอดคล้องกันประเมินมากเกินไปของ bacteriodes spp . และประเมินค่าต่ำกว่าของ Helicobacter spp . ใน 4 ห้องปฏิบัติการ เมื่อสอบสวนอาเซียนสังเคราะห์เหมือนกัน