To characterize transcriptome diffe

To characterize transcriptome differences between WUS
domains within established SAMs and within cLRP we compared pWUS::mGFP5-ER cells in our experiment with WUSp SAM cells (Yadav et al., 2009). pWUS::mGFP5-
ER-associated DEGs with more than twofold difference in
expression comprised 1224 DEGs with elevated expression
in cLRP, compared with WUSp SAM, and 1452 DEGs with
lower expression (Table S14). GO analysis (Tables 1 and
S15) revealed the enrichment of various ‘response to stimuli’ terms, including the responses to hormones (ABA,
ethylene, cytokinin and auxin), which may reflect the exogenous hormones applied in our study. Differential over-representation of root versus shoot developmental terms
(Table 1) amongst DEGs from cLRP is consistent with
continuing conversion of the treated root tissues. Over-representation of the GO categories for meristem initiation,
and meristem structural organization amongst DEGs with lower expression in the WUS domain of cLRP, may also
reflect the transitional state of these organs.
Meristem initiation/organization includes targets interacting with WUS, or transcriptionally modulated by it. TOPLESS (TPL) and TOPLESS-RELATED 4 (TPR4) encode for
transcriptional co-repressors that interact with WUS (Kieffer
et al., 2006). Expression of TPL is enhanced by WUS (Busch
et al., 2010), and directly targets PLETHORA 1 and 2 (PLT1
and PLT2) genes (Smith and Long, 2010), which are master
regulators promoting basal/root fate (Aida et al., 2004; Galinha et al., 2007). Two other WUS-induced meristematic
genes, STM1 and a CYCLIN-DEPENDENT KINASE B2;1
(CDKB2;1) were also found to have lower expression in the
newly initiated WUS-reporter domain. CLV1 is a direct target of WUS, which represses CLV1 expression (Busch et al.,
2010). If factors that positively regulate the expression of
CLV1 within the SAM are absent in cLRP this might account
for the lower expression of CLV1 in the WUS domain of
these organs. As a shoot stem cell population, marked by
CLV3 reporter expression, has not developed at this time, it
is unsurprising that expression of other elements of the
WUS–CLV pathway have yet to be established, including
CLV1 and POLTERGEIST(POL) (Song et al., 2006).
Other interesting enriched biological processes amongst
DEGs with lower expression in cLRP included: non-coding
RNA processing, RNA methylation and histone modification. The establishment of a functional shoot stem cell
niche can be expected to involve coordinated regulation of
transcription, and the stability and functional output of
numerous interacting targets. The categories histone modification, RNA methylation and ncRNA categories may
include genes mediating these processes in initiating or
established SAMs that have yet to be upregulated in LRP.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การอธิบายลักษณะ WUS แตก transcriptomeโดเมนภายในก่อตั้ง SAMs และภายใน cLRP เราเปรียบเทียบเซลล์ pWUS::mGFP5 ER ในการทดสอบของเรามีเซลล์ WUSp SAM (Yadav et al. 2009) pWUS::mGFP5-เกี่ยวข้อง ER DEGs ที่แตกต่างกันสองเท่านิพจน์ประกอบด้วย DEGs 1224 ด้วยยกระดับใน cLRP เมื่อเทียบกับ WUSp SAM และ DEGs 1452 ด้วยต่ำกว่านิพจน์ (ตาราง S14) วิเคราะห์ไป (ตารางที่ 1 และS15) เผยเพิ่มคุณค่าต่าง ๆ 'เพื่อตอบสนองสิ่งเร้า' เงื่อนไข รวมทั้งการตอบรับฮอร์โมน (ABAเอทิลีน ทางการค้า และออกซิน), ซึ่งอาจสะท้อนฮอร์โมนภายนอกที่ใช้ในการศึกษาของเราได้ ส่วนที่แตกต่างเกินแสดงของรากกับเงื่อนไขการพัฒนาการถ่ายภาพ(ตาราง 1) ท่ามกลาง DEGs จาก cLRP ไม่สอดคล้องกับดำเนินการแปลงของเนื้อเยื่อรากรักษา แสดงเปอร์เซ็นต์ของประเภทไปสำหรับการเริ่มต้นเนื้อเยื่อปลายและเนื้อเยื่อปลายองค์กรโครงสร้างท่ามกลาง DEGs cLRP ล่างแสดงในโดเมน WUS ยังอาจแสดงสถานะการเปลี่ยนแปลงของอวัยวะเหล่านี้เนื้อเยื่อปลายเริ่มต้น/องค์กรมีเป้าหมายที่การโต้ตอบกับ WUS หรือ transcriptionally สันทัด โดยมัน เปลือย (TPL) และ 4 TOPLESS-RELATED (TPR4) การเข้ารหัสrepressors ร่วม transcriptional ที่โต้ตอบกับ WUS (Kiefferet al. 2006) ของ TPL มาพิเศษ WUS (Buschet al. 2010), และตรงเป้าหมายมากมาย 1 และ 2 (PLT1และ PLT2) ยีน (สมิธและยาว 2010), ซึ่งเป็นหลักหน่วยงานกำกับดูแลส่งเสริมชะตาแรกเริ่ม/ราก (Aida และ al. 2004 Galinha et al. 2007) สอง WUS-เหนี่ยวนำ meristematicยีน STM1 และ B2 ไคเนส CYCLIN ขึ้น 1(CDKB2; 1) นอกจากนี้ยังพบว่ามีนิพจน์ที่ต่ำในการเพิ่งเริ่มต้นโดเมน WUS-ข่าว CLV1 เป็นเป้าหมายโดยตรงของ WUS ซึ่ง represses CLV1 นิพจน์ (Busch et al.,2010) หากปัจจัยที่บวกควบคุมการแสดงออกของมี CLV1 ใน SAM ใน cLRP นี้อาจบัญชีสำหรับการแสดง CLV1 ในเมน WUS ของต่ำอวัยวะเหล่านี้ เป็นเซลล์ต้นกำเนิดประชากรยิง ทำเครื่องหมายด้วยไม่ได้มีพัฒนา CLV3 ข่าวนิพจน์ ตอนนี้ มันไม่น่าแปลกใจที่แสดงถึงองค์ประกอบอื่น ๆ ของการWUS-ส์เดินยังมีการจัดตั้ง รวมถึงCLV1 และ POLTERGEIST(POL) (เพลง et al. 2006)กระบวนการทางชีวภาพเข้มข้นอื่น ๆ น่าสนใจท่ามกลางDEGs ด้วยล่างใน cLRP ที่อยู่: ไม่มีการเขียนโค้ดประมวลผล RNA, RNA ปรับ และแก้ไขฮิสโตน จัดให้มีการถ่ายทำสเต็มเซลล์ช่องที่สามารถคาดหวังการประสานกฎระเบียบที่เกี่ยวข้องกับถอด เทป และความมั่นคง และแสดงผลการทำงานของเป้าหมาย interacting จำนวนมาก ปรับเปลี่ยนประเภทฮิสโตน RNA ncRNA และปรับประเภทอาจรวมยีนที่กระบวนการเหล่านี้ในการเป็นสื่อกลาง หรือสร้าง SAMs ที่ยังไม่ได้ที่จะ upregulated ใน LRP

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลักษณะความแตกต่างระหว่างยีน WUS
โดเมนภายในจัดตั้ง SAMs และภายใน cLRP เราเมื่อเทียบกับบวก :: เซลล์ mGFP5 เอ้อในการทดลองของเรากับเซลล์ WUSp SAM (ดัฟ et al., 2009) แถม :: mGFP5-
degs ER-เกี่ยวข้องกับความแตกต่างมากขึ้นกว่าสองเท่าใน
การแสดงออกประกอบด้วย degs 1224 มีการแสดงออกสูง
ใน cLRP เมื่อเทียบกับ WUSp SAM และ 1452 degs กับ
การแสดงออกที่ลดลง (ตารางที่ S14) วิเคราะห์ GO (ตารางที่ 1 และ
S15) เปิดเผยว่าการเพิ่มปริมาณของการตอบสนองต่อสิ่งเร้าต่างๆ 'เงื่อนไขการใช้บริการรวมทั้งการตอบฮอร์โมน (ABA ที่
เอทิลีนไซโตไคนิและออกซิน) ซึ่งอาจสะท้อนให้เห็นถึงฮอร์โมนจากภายนอกมาใช้ในการศึกษาของเรา ที่แตกต่างกันมากกว่าการเป็นตัวแทนของรากเมื่อเทียบกับการยิงแง่พัฒนาการ
(ตารางที่ 1) ในหมู่ degs จาก cLRP มีความสอดคล้องกับ
การแปลงอย่างต่อเนื่องของเนื้อเยื่อรากได้รับการรักษา มากกว่าการเป็นตัวแทนของประเภทไปสำหรับการเริ่มต้นเนื้อเยื่อ,
และเนื้อเยื่อองค์กรโครงสร้างหมู่ degs มีการแสดงออกที่ต่ำกว่าในโดเมน WUS ของ cLRP ก็อาจ
สะท้อนให้เห็นถึงสถานะในช่วงเปลี่ยนแปลงของอวัยวะเหล่านี้.
เนื้อเยื่อของการเริ่มต้น / องค์กรรวมถึงเป้าหมายการมีปฏิสัมพันธ์กับ WUS หรือมอดูเลต transcriptionally โดยมัน เปลือย (TPL) และ Topless-ที่เกี่ยวข้องกัน 4 (TPR4) เข้ารหัสสำหรับ
การถอดรหัสร่วม repressors ที่โต้ตอบกับ WUS (Kieffer
et al., 2006) การแสดงออกของทีพีแอลจะเพิ่มขึ้นโดย WUS (Busch
et al., 2010) และตรงเป้าหมายมากมายเหลือเฟือที่ 1 และ 2 (PLT1
และ PLT2) ยีน (สมิ ธ และยาว, 2010) ซึ่งเป็นหลัก
หน่วยงานกำกับดูแลส่งเสริมชะตากรรมพื้นฐาน / ราก (ไอด้า, et al ., 2004;. Galinha et al, 2007) สอง WUS ที่เกิดเจริญอื่น ๆ
ยีน STM1 และ cyclin ขึ้นอยู่กับบี 2 ไคเนส 1
(CDKB2 1) นอกจากนี้ยังพบว่ามีการแสดงออกที่ต่ำกว่าใน
โดเมน WUS-นักข่าวเริ่มต้นใหม่ CLV1 เป็นเป้าหมายโดยตรงของ WUS ซึ่ง represses แสดงออก CLV1 (Busch et al.,
2010) หากปัจจัยที่ควบคุมการแสดงออกในเชิงบวกของ
CLV1 ภายใน SAM จะไม่อยู่ใน cLRP นี้อาจบัญชี
สำหรับการแสดงออกล่างของ CLV1 ในโดเมน WUS ของ
อวัยวะเหล่านี้ ในฐานะที่เป็นประชากรถ่ายเซลล์ต้นกำเนิด, การทำเครื่องหมายโดย
การแสดงออก CLV3 นักข่าวไม่ได้พัฒนาในเวลานี้มัน
ไม่น่าแปลกใจว่าการแสดงออกขององค์ประกอบอื่น ๆ ของ
ทางเดิน WUS-CLV ยังไม่ได้รับการจัดตั้งขึ้นรวมทั้ง
CLV1 และ Poltergeist (Pol) (et เพลง .. อัล 2006)
อื่น ๆ ที่น่าสนใจกระบวนการทางชีวภาพที่อุดมหมู่
degs มีการแสดงออกที่ต่ำกว่าใน cLRP รวม: ไม่ใช่การเขียนโปรแกรม
การประมวลผลอาร์เอ็นเอ methylation อาร์เอ็นเอและการปรับเปลี่ยนสโตน สถานประกอบการของการถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดการทำงาน
เฉพาะที่สามารถคาดหวังที่จะเกี่ยวข้องกับการควบคุมการประสานงานของ
การถอดความและความมั่นคงและการส่งออกการทำงานของ
เป้าหมายการโต้ตอบมากมาย ประเภทการปรับเปลี่ยนสโตน, RNA methylation และหมวดหมู่ ncRNA อาจ
รวมถึงยีนไกล่เกลี่ยกระบวนการเหล่านี้ในการริเริ่มหรือ
จัดตั้ง SAMs ที่ยังไม่ได้รับ upregulated ใน LRP

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลักษณะความแตกต่างระหว่าง wus ทราน ริปโตมโดเมนภายในก่อตั้งขึ้นแซมและภายใน clrp เปรียบเทียบ pwus : : เซลล์ mgfp5 เอ้อในการทดลองของเรา กับ wusp แซมเซลล์ ( yadav et al . , 2009 ) pwus mgfp5 - : :เอ้อ ที่เกี่ยวข้อง degs ที่มีมากกว่าสองเท่า ความแตกต่างใน1153 degs ยกระดับการแสดงออกด้วยสีหน้า ประกอบด้วยใน clrp เมื่อเทียบกับ wusp แซม และตั้งแต่ degs กับการแสดงออกที่ลดลง ( ตารางที่ s14 ) ไปวิเคราะห์ ( ตารางที่ 1 และS15 ) เปิดเผยการตอบสนองสิ่งเร้าต่างๆ " เงื่อนไข " รวมถึงการตอบสนองต่อฮอร์โมน ( เอบีเอเอทิลีนและไซโตไคนินออกซิน ) ซึ่งอาจสะท้อนจากภายนอก ฮอร์โมนที่ใช้ในการศึกษาของเรา แตกต่างกว่าการเป็นตัวแทนของรากและยิงด้านพัฒนาการ( ตารางที่ 1 ) หมู่ที่ degs จาก clrp สอดคล้องกับต่อการแปลงในการรักษาราก เนื้อเยื่อ มากกว่าการไปรับน้องเนื้อเยื่อเจริญประเภท ,เนื้อเยื่อเจริญและโครงสร้างในหมู่ degs กับการแสดงออกลดลงใน wus โดเมนของ clrp , อาจแสดงสถานะของการเปลี่ยนอวัยวะเหล่านี้เนื้อเยื่อเจริญเริ่มต้น องค์กร รวมถึงเป้าหมายการโต้ตอบกับ wus หรือ transcriptionally ปรับโดยมัน การเปลือยอก ( TPL ) และ topless-related 4 ( tpr4 ) เข้ารหัสสำหรับลอง repressors CO ที่โต้ตอบกับ wus ( Kiefferet al . , 2006 ) การแสดงออกของ TPL จะเพิ่มโดย wus ( บุชet al . , 2010 ) และตรงเป้าหมาย ( plt1 ด้วย 1 และ 2plt2 ) และยีน ( สมิ ธและยาว 2010 ) ซึ่งเป็นหลักหน่วยงานส่งเสริมโชคชะตาแรกเริ่ม / ราก ( ไอดา et al . , 2004 ; galinha et al . , 2007 ) การ meristematic wus สองคนอื่น ๆยีน , stm1 และ B2 kinase cyclin-dependent ; 1( cdkb2 ; 1 ) พบว่ามีการแสดงออกลดลงในเพิ่งเริ่ม wus นักข่าวโดเมน clv1 เป็นเป้าหมายโดยตรงของ wus ซึ่งยาบ้าการแสดงออก clv1 ( บุช et al . ,2010 ) ถ้าปัจจัยบวกควบคุมการแสดงออกของclv1 ภายในแซมไม่อยู่ใน clrp นี้อาจบัญชีสำหรับการลดการแสดงออกของ clv1 ใน wus โดเมนของอวัยวะเหล่านี้ เป็นยิงต้นประชากรเซลล์ทำเครื่องหมายโดยclv3 ผู้สื่อข่าวการแสดงออกไม่ได้พัฒนาในเวลานี้เป็นแปลกใจเลยว่า การแสดงออกขององค์ประกอบอื่น ๆของwus – CLV ทางเดินยังได้รับการจัดตั้งขึ้น ได้แก่และ clv1 Poltergeist ( พล ) ( เพลง et al . , 2006 )ด้วยกระบวนการทางชีวภาพที่น่าสนใจอื่น ๆในหมู่degs ที่มีการแสดงออกลดลงใน clrp นะครับไม่รวม :การประมวลผล RNA methylation RNA และการปรับเปลี่ยนหมอกแดด . การยิงแบบเซลล์ต้นกําเนิดโพรงที่สามารถคาดหวังที่จะเกี่ยวข้องกับการประสานงานการควบคุมของถอดความและเสถียรภาพและการทำงานออกของมากมายกระทบเป้าหมาย ประเภทช่วยแก้ไข DNA methylation และ ncrna ประเภทอาจรวมถึงกระบวนการเหล่านี้ในการเริ่มต้นหรือการส่งผ่านยีนก่อตั้งขึ้นแซมที่ยังไม่ได้รับ upregulated ใน LRP .