DiscussionBased on an initial cryst

Discussion
Based on an initial crystallographic indication of
structural flexibility in a protein loop that lies adjacent to
the poliovirus polymerase active site and contacts the
RNA template strand in the EC structure, we hypothesized
that this structural element may play a key role in
the polymerase catalytic cycle. We designed a dozen
mutations to probe the function of specific residues
within the loop, solved their structures, and examined
their biochemical activities. The results indicate that this
loop can exist in two dominant orientations and that
mutations restricting loop flexibility result in translocation-deficient
polymerases. Together, the results lead
us to propose that conformational changes within this
loop play a role in mediating RNA translocation after
catalysis in picornaviral RNA-dependent RNA
polymerases.
The structures of 11 different mutants within
residues 288–292 suggest that this loop can exist
in two stable conformations where it is either tucked
into a pocket at the junction of the palm and fingers
domains (in) or flipped out toward the active site in
the palm domain (out). Closer inspection of the in
conformations reveals two orientations of Ser288
whose side chain can flip ≈150° through a combination
of a rotamer change and backbone movement.
This allows the serine hydroxyl group to point
up and away from the active site to interact with the
ring finger motif (in/up) or down toward the active site
to form a hydrogen bond with Asp238 (in/down). The
in/down conformation is homologous to that observed
in the apo 3Dpol structures from rhinovirus
[18] and coxsackievirus [19,20] and in the catalytically
active closed conformation of the poliovirus EC
[8,21]. The out conformation is the result of an ~ 5-Å

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำอธิบาย
จากตัวบ่งชี้ crystallographic เริ่มต้นของ
ความยืดหยุ่นของโครงสร้างในห่วงโปรตีนที่อยู่ติดกับ
โพลิเมอร์โปลิโอใช้งานเว็บไซต์และรายชื่อ
สาระแม่แบบอาร์เอ็นเอในโครงสร้าง EC เราตั้งสมมติฐาน
ว่าองค์ประกอบโครงสร้างนี้อาจมีบทบาทสำคัญใน
การเร่งปฏิกิริยาโพลิเมอร์วงจร . เราได้ออกแบบโหล
กลายพันธุ์การสอบสวนการทำงานของสารตกค้างที่เฉพาะเจาะจง
ภายในวงที่แก้ไขโครงสร้างของพวกเขาและการตรวจสอบ
กิจกรรมทางชีวเคมีของพวกเขา ผลการวิจัยพบว่า
ห่วงสามารถอยู่ในสองทิศทางที่โดดเด่นและ
การกลายพันธุ์ จำกัด ผลความยืดหยุ่นห่วงในการโยกย้ายขาด
polymerases ร่วมกันนำไปสู่ผล
ที่เราจะนำเสนอว่าการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างภายในนี้
ห่วงมีบทบาทในการไกล่เกลี่ยโยกย้าย RNA หลังจาก
ปฏิกิริยาใน picornaviral RNA RNA ขึ้นอยู่กับ
polymerases.
โครงสร้างของการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกัน 11 ภายใน
ตกค้าง 288-292 ชี้ให้เห็นว่าวงนี้สามารถอยู่
ในสอง conformations มั่นคงซึ่งจะมีการอย่างใดอย่างหนึ่งซุก
เข้าไปในกระเป๋าที่ชุมทางฝ่ามือและนิ้วมือ
โดเมน (เข้า) หรือพลิกออกไปใช้งานเว็บไซต์ใน
โดเมนปาล์ม (ออก) ตรวจสอบใกล้ชิดของใน
conformations เผยให้เห็นสองทิศทางของ Ser288
มีโซ่ข้างสามารถพลิก≈150°ผ่านการรวมกัน
ของการเปลี่ยนแปลง ROTAMER และการเคลื่อนไหวกระดูกสันหลัง.
นี้จะช่วยให้ซีรีนมักซ์พลังค์ที่จะชี้
ขึ้นและออกจากเว็บไซต์ที่ใช้งานในการโต้ตอบกับ
แหวน แม่ลายนิ้ว (ใน / ขึ้นไป) หรือลงไปที่เว็บไซต์ที่ใช้งาน
ในรูปแบบพันธะไฮโดรเจนกับ Asp238 (ใน / ลง)
ใน / ลงเป็นโครงสร้างคล้ายคลึงกับที่พบ
ในโครงสร้าง APO 3Dpol จาก rhinovirus
[18] และ coxsackievirus [19,20] และตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับ
โครงสร้างที่ปิดใช้งานของโปลิโอ EC
[8,21] โครงสร้างออกเป็นผลมาจาก ~ 5-A

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การอภิปราย
ตามข้อบ่งชี้ทางเริ่มต้นของความยืดหยุ่นในโครงสร้างโปรตีน

วงที่อยู่ติดกับการใช้งานเว็บไซต์ และโปลิโอไวรัสติดต่อ
rna โครงสร้างแม่แบบเกลียวใน EC เราตั้งสมมติฐาน
องค์ประกอบที่โครงสร้างนี้อาจมีบทบาทสำคัญในการเร่งปฏิกิริยา
วัฏจักร เราออกแบบการกลายพันธุ์โหล
จะตรวจสอบการทำงานของตกค้างเฉพาะ
ภายในวง แก้ไขโครงสร้างของพวกเขาและตรวจสอบ
กิจกรรมทางชีวเคมีของ ผลการศึกษาพบว่า วงนี้
สามารถอยู่ใน 2 เด่น ประเภทและ
การกลายพันธุ์ผลความยืดหยุ่นในการโยกย้ายที่ขาดห่วง
polymerases . เข้าด้วยกัน ผลลัพธ์ที่รอคอย
เราเสนอว่าการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างภายในวงนี้
มีบทบาทในขณะเคลื่อนย้ายหลังจาก
.ปฏิกิริยาใน picornaviral RNA ( RNA polymerases
.
โครงสร้างของสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน 11 ภายใน
ตกค้าง 288 – 292 แนะนำวงนี้สามารถอยู่ในโครงสร้างที่เสถียร
2 เป็นทั้งซุก
ในกระเป๋าที่แยกฝ่ามือและนิ้วมือ
โดเมน ( ) หรือพลิกไปทางเว็บไซต์ที่ใช้งานอยู่ใน
ปาล์มเมน ( ออก ) ตรวจสอบใกล้ชิดของใน
เผยสองประเภทของโครงสร้าง ser288
ที่มีโซ่ข้างสามารถพลิก≈ 150 เมตร ผ่านการรวมกันของการเปลี่ยนแปลงและ rotamer

นี้การเคลื่อนไหวกระดูกสันหลัง ช่วยยับยั้งกลุ่มไฮดรอกซิลจุด
ขึ้นและอยู่ห่างจากเว็บไซต์ที่ใช้งานเพื่อโต้ตอบกับ
แหวนแม่ลาย ( / ) หรือลงต่อ
เว็บไซต์งาน การสร้างพันธะไฮโดรเจนกับ asp238 ( / ลง )
ใน / ลงโครงสร้างคือความคล้ายคลึงกับที่พบในความ 3dpol โครงสร้าง

[ 18 ] และจากไรนอไวรัสคอกซากี่ไวรัส [ 19,20 ] และใน catalytically
งานปิดโครงสร้างของ [ EC
ไอโซบาร์ 8,21 ] จากรูปคือผลของ ~ 5 - •