To eliminate the undesirable contac

To eliminate the undesirable contacts including overlapping and close contact, a 10,000 step energy minimization was adopted. After this stage, a simulated NVT annealing stage that consisted of ten annealing cycles wherein the temperature was ramped from 300 K to 1000 K and back to 300 K in 20 K intervals during each cycle, with NVT-MD at each interval that lasted for 100 ps with a time step of 1.0 fs. This simulated annealing stage was then followed by another an NPT annealing pro- cedure. Generally, there are mainly two methods to judge the equilibrium: (1) temperature equilibrium,requiring that the standard deviation is less than 10%; (2) energy equilibrium, requiring that energy is constant or fluctuates up and down along the constant value. As showed in Figs. 2 and 3, the temperature and energy of the system met the above equilibrium standard, indicating that the system reached equilibrium during 1000 ps simulation time, but one never knows if the simulation was continued for another 1000 ps whether a new energy might not be reached, owing to the difficulty of minimising a long chain.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อกำจัดผู้ติดต่อไม่พึงปรารถนารวมทั้งการทับซ้อน และปิดติดต่อ ลดพลังงาน 10,000 ขั้นตอนที่ถูกนำมาใช้ หลังจากขั้นตอนนี้ NVT จำลองการหลอมขั้นที่สิบหลอมรอบนั้นถูกมพลัสอุณหภูมิ 300 K 1000 K และ 300 K ในช่วง 20 K ในแต่ละรอบ กับ MD NVT ในแต่ละช่วงเวลา ที่กินเวลาสำหรับ ps 100 1.0 fs ขั้นเวลาด้วย ขั้นตอนการหลอมนี้จำลองได้แล้วตาม ด้วยอีก NPT หลอม pro-cedure โดยทั่วไป มีสองส่วนใหญ่วิธีการตัดสินสมดุล: (1) อุณหภูมิสมดุล ต้องว่าส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานน้อยกว่า 10% (2) พลังงานสมดุล ต้องว่า พลังงานคง หรือผันผวนขึ้นลงตามค่าคง ตามพบว่าในมะเดื่อ. 2 และ 3 อุณหภูมิและพลังงานของระบบตามมาตรฐานสมดุลดังกล่าวข้างต้น แสดงให้เห็นว่า ระบบถึงสมดุลในช่วงเวลาการจำลอง 1000 ps แต่ใครไม่เคยรู้ว่าถ้าการจำลองได้อย่างต่อเนื่องอย่าง ps 1000 อีกว่าพลังงานใหม่อาจไม่สามารถเข้าถึง เนื่องจากความยากของการลดโซ่ยาว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อขจัดรายชื่อที่ไม่พึงประสงค์รวมทั้งรายชื่อผู้ติดต่อที่ทับซ้อนกันและปิดการลดพลังงาน 10,000 ขั้นตอนที่ถูกนำมาใช้ หลังจากขั้นตอนนี้จำลอง NVT ขั้นตอนการอบที่ประกอบด้วยสิบรอบหลอมนั้นอุณหภูมิที่ถูกเมาจาก 300 K 1000 K และกลับมาที่ 300 K 20 K ช่วงเวลาในแต่ละรอบมี NVT-MD ในแต่ละช่วงเวลาที่กินเวลานาน 100 PS ด้วยขั้นตอนเวลา 1.0 FS นี้ขั้นตอนการอบจำลองแล้วตามด้วยอีก NPT หลอมโปร cedure โดยทั่วไปมีสองส่วนใหญ่วิธีการที่จะตัดสินความสมดุล (1) สมดุลอุณหภูมิที่กำหนดว่าส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานน้อยกว่า 10%; (2) ความสมดุลพลังงานที่ต้องใช้พลังงานที่เป็นค่าคงที่หรือลดลงขึ้นและลงตามค่าคงที่ ตามที่แสดงในมะเดื่อ 2 และ 3, อุณหภูมิและการใช้พลังงานของระบบได้พบกับมาตรฐานความสมดุลดังกล่าวข้างต้นแสดงให้เห็นว่าระบบถึงความสมดุลระหว่าง 1000 เวลา PS จำลอง แต่ไม่เคยรู้ว่าการจำลองได้อย่างต่อเนื่องอีก 1,000 PS ไม่ว่าจะเป็นพลังงานใหม่อาจจะไม่สามารถเข้าถึงได้ เนื่องจากความยากลำบากของการลดห่วงโซ่ยาว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกำจัดที่ไม่พึงประสงค์ รวมทั้งติดต่อและติดต่อกัน 10 , 000 ก้าว พลังงาน การใช้ หลังจากขั้นตอนนี้ จำลอง nvt อบเวทีจำนวน 10 รอบ ซึ่งอุณหภูมิการหลอมสร้างจาก 300 K 1000 K และกลับไป 300 K ในช่วงเวลา 20 K ในแต่ละรอบด้วย nvt-md ในแต่ละช่วงเวลาที่ lasted 100 PS กับเวลาก้าวสำหรับ FS . การจำลองการอบเหนียวขั้นนี้แล้วตามด้วยอีก ปชส. อบโปร - cedure . โดยทั่วไปมีอยู่สองส่วนใหญ่เป็นวิธีการตัดสินสมดุล ( 1 ) สมดุลอุณหภูมิที่ต้องการความเบี่ยงเบนมาตรฐานคือน้อยกว่า 10% ( 2 ) สมดุลพลังงานที่ให้พลังงานคงที่หรือผันผวนขึ้นลงตามราคาคงที่ ที่พบในผลมะเดื่อ . 2 และ 3 มีอุณหภูมิและพลังงานของระบบได้มาตรฐานสมดุลข้างต้นแสดงให้เห็นว่าระบบถึงสมดุลระหว่าง 1000 PS จำลองเวลา แต่ใครจะไปรู้ว่าจำลองออกมาอย่างต่อเนื่องอีก 1000 PS ไม่ว่าพลังงานใหม่อาจจะไม่สามารถเข้าถึงได้ เพราะความยากของการลดโซ่ยาว