Screening of PKS genes in Oryza ruf

Screening of PKS genes in Oryza rufipogon culturable
endophytic fungi
Among those 24 isolates, KS domain was detected by KAF1/
KAR1 (5) or KAF1/KAR2 (4) in nine isolates. The KS positive
fungi belong to Aspergillus (1), Penicillium (1), Phoma (1), Dendryphiella
(1), Sarocladium (1), Fusarium (1), Leptosphaerulina (1), Trichoderma
(1), and Chaetomium (1) in order Sordariales (1),
Eurotiales (2), Hypocreales (3), and Pleosporales (3). BLAST analysis
(Table 3) indicated that the KS sequences of the isolates
DX-FOF1, DX-FOL1, DX-FOF2, DX-FOS3, DX-FOR3, DX-FOF4,
DX-FOS5, DX-FOL6, and DX-FOL7 showed 59 %e93 % sequence
similarity to the closest relative in the database. These KS sequences
exhibited novelty because of their relatively low similarity
to their closest relatives. Most of the Oryza rufipogon G.
endophytic fungal KS sequences have type I PKS sequences
as identified by phylogenetic analysis (Fig 2).
Discussion
Endophytic fungi are ubiquitous in the plant kingdom; present
in almost all plant species studied to date, and their phylogenetic
diversity has been reported in various forms to describe
their interaction with the plant host or their geographical variation
(Strobel & Daisy 2003; Huang et al. 2008, 2009). Endophytic
fungi have been attracting increasing attention
because of their ecological relevance and potential of yielding
metabolites with diverse structures and biological functions
(Strobel 2003; Gunatilaka 2006; Aly et al. 2010; Abdel-Motaal
et al. 2010). Significant portions of endophytic isolates are
mitosporic or anamorphic; these isolates consist of sterile mycelia
and are consequently limited in using a traditional
morphology-based identification (Promputtha et al. 2005;
Crous et al. 2009). At present, using ribosomal DNA (rDNA) sequences
has become one of the most useful techniques in fungal
identification; the ITS regions can also be successfully used
in fungal taxonomy because they are fairly diverse and vary
between species within the genus (Guo et al. 2001, 2003;
Promputtha et al. 2005; Wang et al. 2005, 2008, 2011).
In this study, we report the diversity of culturable endophytic
fungi for the first time in Oryza rufipogon G. from natural
populations at a nature reserve in Dongxiang County, Jiangxi
Province, China. A total of 229 strains were isolated, cultured
and categorised, then 24 representative fungal morphotypes
were used to further identified based on phylogenetic analysis
using rDNA-ITS sequences. The endophytic fungi obtained
from the tissues of leaves, stems, and roots of O. rufipogon G.
represented a phylogenetically diverse array of fungal taxa.
A total of 229 endophytic fungal strains were authenticated
19 genera in seven orders of Ascomycota. Unidentified Pleosporales,
Phoma, Cladosporium, and Penicillium were the frequent
genera in the culturable endophytic fungal community, con-
firming that a few species are frequent colonisers and yet
a majority of the groups are infrequent inhibitors in grasses
and other plants in temperate and subtropical regions
(Huang et al. 2001; Li et al. 2005; Sanchez M
arquez
et al. 2007,
2008; Guimaraes et al. 2008; Wang et al. 2011). The most frequent
species was the strain unidentified Pleosporales spp. DXFOF3
(26/229), but the most closely related strains in GenBank
record belonged to the unclassified Didymellaceae sp.
(AB734792, 99 % similarity), unclassified Pleosporales sp.
(JN116677, 99 % similarity), and Leptosphaerulina chartarum
(KJ398148, 99 % similarity) (Table 2). Although belonged to different
genus, all of them were from the order Pleosporales. Further,
the phylogenetic analysis result base on the present
Genbank database also suggests the strain could be grouped
into the order Pleosporales (Fig 1). Because of the similar circumstance
during the identification strains DX-FOL5 and
DX-FOR1 (Table 2, Fig 1), both of them were preliminary grouped
into the order Pleosporales and may be undescribed taxa.
Nevertheless, the Blast analysis showed the most closely related
strains in GenBank record with the strain DX-FOL4
were Periconia sp. (KP689199, 99 % similarity) and Dothideomycetes
sp. (JQ759885, 99 % similarity), belonged to two different
class Sordariomycetes and Dothideomycetes respectively. In the
meanwhile, the phylogenetic analysis result base on the present
Genbank database indicate the strain could be grouped
into the order Pleosporales from class Dothideomycetes (Fig 1),
so the strain DX-FOL4 was preliminary only grouped into the
class Dothideomycetes.
The third frequently observed species was Cladosporium cladosporioides
(KC329631), which is a plant pathogen of wheat
(Jacyno et al. 1993). Cladosporium cladosporioides is a common
endophytic fungus that has been reported in many plants
and is the dominant strain gained from common rice (Oryza
sativa L.) (Naik et al. 2009; Wang et al. 2011; Zhang et al. 2010). Q4
Most of the endophytic fungal strains in this study have
been reported as plant-associated fungi. For examples, the
strain DX-FOL3 had 99 % identity to Paraphaeosphaeria michotii
isolated from Phragmites leaves in Osaka, Japan by Fukuhara
(2002), and the strain DX-FOL1 was closely related to Penicillium
citreonigrum isolated from common rice (O. sativa L.)
(Rosa et al. 2010). We also found that many of the endophytic
fungi in this study were phytopathogens, which could be an
example of latent pathogenicity of endophytic fungi (Photita
et al. 2004; Sanchez
et al. 2007).
To our knowledge, Chaetomium, Dendryphiella, Leptosphaerulina,
Paraphaeosphaeria, Sarocladium, unidentified Dothideomycetes,
and unidentified Pleosporales have never been reported
as endophytic fungi from common rice (O. sativa L.)
(Gutierrez
et al. 2010; Laskar et al. 2012) and wild rice (Yuan
et al. 2010a, 2010b, 2011; Petrovic et al. 2013). Yuan et al.
(2010b, 2011) observed abundant fungi from stem and root of
wild rice (Oryza granulate) in Yunnan Province, China, and
most of the fungal isolates were Ascomycota fungi. Similarly,
the endophytic fungi obtained in this study from O. rufipogon
G. were all authenticated in phylum Ascomycota (Table 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การคัดกรองของยีน PKS ใน Oryza rufipogon culturableเชื้อรา endophyticหมู่ที่ 24 ล KS โดเมนถูกตรวจพบ โดย KAF1 /KAR1 (5) หรือ KAF1/KAR2 (4) ในการแยก 9 KS บวกเป็นเชื้อรา Aspergillus (1), Penicillium (1), Phoma (1) Dendryphiella(1), Sarocladium (1), Fusarium (1), Leptosphaerulina (1) Trichoderma(1), และ Chaetomium (1) ลำดับ Sordariales (1),Eurotiales (2), Hypocreales (3), และ Pleosporales (3) วิเคราะห์ระเบิด(ตาราง 3) แสดงที่ลำดับ KS ของการแยกDX FOF1, DX-FOL1, DX FOF2, DX-FOS3, DX FOR3, DX-FOF4DX FOS5, DX FOL6 และ DX FOL7 พบว่า 59% e93% ลำดับคล้ายคลึงกับญาติใกล้ชิดในฐานข้อมูล ลำดับนี้ KSจัดแสดงนวัตกรรมเนื่องจากความคล้ายคลึงกันของพวกเขาค่อนข้างต่ำให้ญาติที่ใกล้ชิดของพวกเขา ส่วนใหญ่ Oryza rufipogon กรัมชนิดมีลำดับ KS เชื้อรา endophytic ฉัน PKS ลำดับระบุว่า โดยวิเคราะห์ phylogenetic (ฟิก 2)สนทนาเชื้อรา endophytic เป็นอาณาจักรพืช ปัจจุบันในสปีชีส์พืชเกือบทั้งหมดที่ศึกษาวัน และการ phylogeneticความหลากหลายมีการรายงานในรูปแบบต่าง ๆ เพื่ออธิบายการโต้ตอบกับโฮสต์พืชหรือการเปลี่ยนแปลงทางภูมิศาสตร์ของพวกเขา(Strobel และเดซี่ 2003 หวง et al. 2008, 2009) Endophyticเชื้อรามีการดึงดูดความสนใจเพิ่มขึ้นระบบนิเวศความเกี่ยวข้องและศักยภาพของผลผลิตของพวกเขาmetabolites ที่ มีโครงสร้างที่หลากหลายและหน้าที่ทางชีวภาพ(Strobel 2003 ปี 2006 Gunatilaka Al. ร้อยเอ็ด Aly 2010 Abdel Motaalร้อยเอ็ด al. 2010) เป็นส่วนสำคัญของแยก endophyticmitosporic หรือ anamorphic แยกเหล่านี้ประกอบด้วย mycelia กอซมีจำกัดดังนั้นในการใช้แบบดั้งเดิมรหัสตามสัณฐานวิทยา (Promputtha et al. 2005ระยะก่อน et al. 2009) ในปัจจุบัน โดยใช้ลำดับดีเอ็นเอ (rDNA) ribosomalได้กลายเป็นหนึ่งในเทคนิคที่มีประโยชน์มากที่สุดในเชื้อรารหัส ภูมิภาคของเรียบร้อยแล้วใช้ในระบบเชื้อราเนื่องจากพวกเขาจะค่อนข้างหลากหลาย และแตกต่างกันไประหว่างพันธุ์ภายในพืชสกุล (กัว et al. 2001, 2003Promputtha et al. 2005 วัง et al. 2005, 2008, 2011)ในการศึกษานี้ เราได้รายงานความหลากหลายของ culturable endophyticเชื้อราเป็นครั้งแรกใน Oryza rufipogon กรัมจากธรรมชาติประชากรในธรรมชาติในเขต Dongxiang เจียงซีจังหวัด ประเทศจีน จำนวน 229 สายพันธุ์ถูกแยก อ่างและจัดให้ แล้ว 24 ตัวแทนเชื้อรา morphotypesใช้ในการระบุเพิ่มเติม ตามวิเคราะห์ phylogeneticใช้ rDNA เป็นลำดับ เชื้อรา endophytic ที่ได้รับจากเนื้อเยื่อ ของใบ ลำต้น รากของโอ rufipogon กรัมแทนอาร์เรย์ phylogenetically หลากหลายของเชื้อรา taxaได้รับรองความถูกต้องของสายพันธุ์เชื้อรา endophytic 229สกุล 19 ใน Ascomycota เจ็ดใบสั่ง ไม่ PleosporalesPhoma, Cladosporium และ Penicillium ได้พบบ่อยสกุล culturable endophytic เชื้อราชุมชน คอน-ยืนยันไม่กี่ชนิดใช้บ่อย colonisers และยังส่วนใหญ่ของกลุ่มจะไม่ inhibitors ในหญ้าและพืชอื่น ๆ ในภูมิภาคแจ่ม และสำรอง(หวง et al. 2001 Li et al. 2005 M ซาน arquez et al. 20072008 Al. ร้อยเอ็ด Guimaraes 2008 วัง et al. 2011) บ่อยที่สุดสายพันธุ์เป็นสายพันธุ์โอ Pleosporales ไม่ DXFOF3(26/229), แต่สายพันธุ์ใน GenBank ที่สัมพันธ์อย่างใกล้ชิดคอร์ดอยู่กับ sp Didymellaceae ไม่ได้แยกประเภท(AB734792 คล้าย 99%), ไม่ได้แยกประเภท Pleosporales sp(JN116677 คล้าย 99%), และ Leptosphaerulina chartarum(KJ398148 คล้าย 99%) (ตารางที่ 2) แม้ว่าที่อยู่อื่นสกุล พวกเขาทั้งหมดได้จากใบสั่ง Pleosporales เพิ่มเติมผลการวิเคราะห์ phylogenetic พื้นฐานในปัจจุบันฐานข้อมูล Genbank ยังแนะนำสายพันธุ์สามารถจัดกลุ่มใบสั่ง Pleosporales (ฟิก 1) เนื่องจากสถานการณ์คล้ายกันในระหว่างการระบุสายพันธุ์ DX FOL5 และDX-FOR1 (2, 1 ฟิกตาราง), ทั้งสองอย่างได้เบื้องต้นจัดลงในใบสั่ง Pleosporales และอาจ undescribed taxaอย่างไรก็ตาม วิเคราะห์ระเบิดแสดงให้เห็นว่าเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดมากที่สุดเงียใน GenBank คอร์ดพันธุ์ DX-FOL4Periconia sp. (KP689199 คล้าย 99%) และ Dothideomycetes(JQ759885 คล้าย 99%), sp.เป็นสมาชิกสองแตกต่างกันคลา Sordariomycetes และ Dothideomycetes ตามลำดับ ในในขณะเดียวกัน วิเคราะห์ phylogenetic ผลพื้นฐานในปัจจุบันGenbank ฐานข้อมูลบ่งชี้ว่า สามารถจัดกลุ่มสายพันธุ์ลงในใบสั่ง Pleosporales จากคลาส Dothideomycetes (ฟิก 1),ดังนั้นสายพันธุ์ DX FOL4 ได้เบื้องต้น เท่านั้นแบ่งออกเป็นการคลา Dothideomycetesที่สามมักจะสังเกตชนิดถูก Cladosporium cladosporioides(KC329631), ซึ่งเป็นการศึกษาพืชข้าวสาลี(Jacyno et al. 1993) Cladosporium cladosporioides เป็นการทั่วไปเชื้อรา endophytic ที่รายงานในพืชและเป็นสายพันธุ์หลักที่ได้จากข้าวทั่วไป (Oryzaซา L.) (Naik et al. 2009 วัง al. et 2011 Zhang et al. 2010) ไตรมาสที่ 4มีทั้งสายพันธุ์เชื้อรา endophytic ในการศึกษานี้การรายงานเป็นเชื้อราที่เกี่ยวข้องกับพืช ตัวอย่าง การต้องใช้ DX FOL3 ได้ 99% ตัวตน Paraphaeosphaeria michotiiแยกต่างหากจากใบ Phragmites ในโอซาก้า ญี่ปุ่นโดยฮิราโนะ(2002), และพันธุ์ DX FOL1 มีสัมพันธ์ใกล้ชิดกับ Penicilliumแยกต่างหากจากข้าวทั่วไป (โอซา L.) citreonigrum(โรร้อยเอ็ด al. 2010) เรายังพบว่าจำนวนมากที่ endophyticเชื้อราในการศึกษานี้ได้ phytopathogens ซึ่งอาจเป็นการตัวอย่างของ pathogenicity แฝงอยู่ของเชื้อรา endophytic (Photitaร้อยเอ็ด al. 2004 ซาน et al. 2007)ความรู้ของเรา Chaetomium, Dendryphiella, LeptosphaerulinaParaphaeosphaeria, Sarocladium, Dothideomycetes ไม่ได้ระบุและ Pleosporales ไม่เคยมีการรายงานเป็นเชื้อรา endophytic จากข้าวทั่วไป (โอซา L.)(Gutierrez et al. 2010 Laskar et al. 2012) และข้าวป่า (หยวนร้อยเอ็ด al. 2010a, 2010b, 2011 Petrovic et al. 2013) ยวน et al(2010b, 2011) สังเกตเชื้อรามากมายจากก้านและรากป่าข้าว (Oryza เม็ดเป็นเมล็ด) ในมณฑลยูนนาน จีน และส่วนใหญ่การแยกเชื้อราเชื้อรา Ascomycota ได้ ในทำนองเดียวกันเชื้อรา endophytic ที่ได้รับในการศึกษานี้จากโอ rufipogonกรัมมีทั้งหมดรับรองความถูกต้องในไฟลัม Ascomycota (ตารางที่ 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การคัดกรองของยีน PKS ใน Oryza rufipogon culturable
เชื้อราเอนโดไฟท์ในบรรดา 24 ไอโซเลทโดเมน KS ถูกตรวจพบโดย KAF1 / KAR1 (5) หรือ KAF1 / KAR2 (4) ในเก้าสายพันธุ์ บวก KS เชื้อราเป็นเชื้อรา Aspergillus (1), Penicillium (1), Phoma (1), Dendryphiella (1), Sarocladium (1), เชื้อรา Fusarium (1), Leptosphaerulina (1), เชื้อรา Trichoderma (1) และ Chaetomium (1 ) เพื่อ Sordariales (1), Eurotiales (2), Hypocreales (3) และ Pleosporales (3) การวิเคราะห์ระเบิด(ตารางที่ 3) ชี้ให้เห็นว่าลำดับ KS ของเชื้อDX-FOF1 DX-FOL1 DX-FOF2 DX-FOS3 DX-FOR3 DX-FOF4, DX-FOS5 DX-FOL6 และ DX-FOL7 แสดงให้เห็นว่า 59% ตามลำดับ E93% คล้ายคลึงกันกับญาติสนิทในฐานข้อมูล KS ลำดับเหล่านี้แสดงให้เห็นความแปลกใหม่เพราะความคล้ายคลึงกันที่ค่อนข้างต่ำของพวกเขาจะเป็นญาติสนิทของพวกเขา ส่วนใหญ่ของ Oryza rufipogon จีเอนโดไฟท์ลำดับKS เชื้อรามีประเภทฉัน PKS ลำดับที่ระบุไว้โดยการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ(รูปที่ 2). การอภิปรายเชื้อราเอนโดไฟต์ที่แพร่หลายในอาณาจักรพืช ปัจจุบันในเกือบทุกสายพันธุ์พืชที่ศึกษาวันที่และสายวิวัฒนาการของพวกเขามีความหลากหลายที่ได้รับรายงานในรูปแบบต่างๆเพื่ออธิบายการมีปฏิสัมพันธ์กับโฮสต์พืชหรือการเปลี่ยนแปลงทางภูมิศาสตร์(Strobel & เดซี่ 2003. Huang et al, 2008, 2009) เอนโดไฟท์เชื้อราได้รับการเพิ่มขึ้นดึงดูดความสนใจเนื่องจากมีความเกี่ยวข้องในระบบนิเวศของพวกเขาและศักยภาพของผลผลิตสารที่มีโครงสร้างที่มีความหลากหลายทางชีวภาพและฟังก์ชั่น(Strobel 2003; Gunatilaka 2006. อาลี et al, 2010; Abdel-Motaal. et al, 2010) ส่วนที่สําคัญของเชื้อเอนโดไฟท์เป็นmitosporic หรือ anamorphic; สายพันธุ์เหล่านี้ประกอบด้วยเส้นใยผ่านการฆ่าเชื้อและจะถูก จำกัด ดังนั้นในการใช้แบบดั้งเดิมประจำตัวประชาชนตามลักษณะทางสัณฐานวิทยา(Promputtha et al, 2005;.. Crous et al, 2009) ในปัจจุบันการใช้ดีเอ็นเอไรโบโซม (rDNA) ลำดับได้กลายเป็นหนึ่งในเทคนิคที่มีประโยชน์มากที่สุดในเชื้อราประจำตัว; ภูมิภาคอยนอกจากนี้ยังสามารถใช้ประสบความสำเร็จในอนุกรมวิธานเชื้อราเพราะพวกเขาจะค่อนข้างมีความหลากหลายและแตกต่างกันระหว่างสายพันธุ์ที่อยู่ในสกุล(Guo et al, 2001, 2003. Promputtha et al, 2005;. วัง et al, 2005, 2008, 2011).. ใน การศึกษาครั้งนี้เรารายงานหลากหลายของเอนโดไฟท์ culturable เชื้อราเป็นครั้งแรกใน Oryza rufipogon กรัมจากธรรมชาติประชากรในธรรมชาติสำรองในDongxiang มณฑลเจียงซีประเทศจีน ทั้งหมด 229 สายพันธุ์ที่แยกได้เพาะเลี้ยงและจัดหมวดหมู่แล้ว24 morphotypes เชื้อราตัวแทนถูกนำมาใช้เพื่อระบุต่อไปขึ้นอยู่กับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการโดยใช้rDNA-ITS ลำดับ เชื้อราเอนโดไฟท์ที่ได้รับจากเนื้อเยื่อของใบลำต้นและรากของ O. rufipogon กรัมเป็นตัวแทนของความหลากหลายphylogenetically แท็กซ่าเชื้อรา. ทั้งหมด 229 สายพันธุ์ของเชื้อราเอนโดไฟท์ได้รับการรับรองความถูกต้อง19 จำพวกเจ็ดในคำสั่งของ Ascomycota ไม่ปรากฏชื่อ Pleosporales, Phoma, Cladosporium, Penicillium และเป็นบ่อยจำพวกในชุมชนเชื้อราเอนโดไฟท์culturable, จะประกอบด้วยกระชับไม่กี่ชนิดที่มีcolonizers บ่อยและยังส่วนใหญ่ของกลุ่มที่จะยับยั้งไม่บ่อยนักในหญ้าและพืชอื่นๆ ในเขตอบอุ่นและเขตร้อน(Huang et al, 2001;. Li et al, 2005;. Sanchez M arquez et al, 2007?. 2008; Guimaraes et al, 2008;.. วัง et al, 2011) บ่อยที่สุดสายพันธุ์เป็นสายพันธุ์ที่ไม่ปรากฏชื่อ Pleosporales เอสพีพี DXFOF3 (26/229) แต่สายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดมากที่สุดใน GenBank บันทึกเป็นของ Didymellaceae SP ไม่เป็นความลับ. (AB734792 คล้ายคลึงกัน 99%) ไม่เป็นความลับ Pleosporales Sp. (JN116677 คล้ายคลึงกัน 99%) และ Leptosphaerulina chartarum (KJ398148 99 ความคล้ายคลึงกัน%) (ตารางที่ 2) แม้ว่าจะเป็นที่แตกต่างกันประเภททั้งหมดของพวกเขามาจากการสั่งซื้อ Pleosporales นอกจากนี้ฐานผลการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการในปัจจุบันฐานข้อมูลGenbank ยังแสดงให้เห็นความเครียดสามารถแบ่งออกเป็นคำสั่งPleosporales (รูปที่ 1) เพราะสถานการณ์ที่คล้ายกันในช่วงสายพันธุ์ประจำตัว DX-FOL5 และ DX-พนักงานสำหรับ 1 (ตารางที่ 2 รูปที่ 1) ทั้งสองของพวกเขาถูกเบื้องต้นจัดกลุ่มเข้ามาเพื่อPleosporales และอาจจะ undescribed แท็กซ่า. อย่างไรก็ตามการวิเคราะห์ระเบิดพบมากที่สุดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ในบันทึก GenBank กับความเครียด DX-FOL4 เป็น Periconia SP (KP689199 คล้ายคลึงกัน 99%) และ Dothideomycetes SP (JQ759885 คล้ายคลึงกัน 99%) เป็นสองแตกต่างกันSordariomycetes ชั้นเรียนและ Dothideomycetes ตามลำดับ ในขณะที่ฐานผลการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการในปัจจุบันฐานข้อมูลGenbank บ่งบอกถึงความเครียดสามารถแบ่งออกเป็นคำสั่งPleosporales จากชั้น Dothideomycetes (รูปที่ 1) เพื่อให้สายพันธุ์ DX-FOL4 เป็นเบื้องต้นจัดกลุ่มเดียวที่เข้าสู่ระดับDothideomycetes. ที่สามที่พบบ่อย ชนิดที่สังเกตคือ Cladosporium cladosporioides (KC329631) ซึ่งเป็นเชื้อโรคพืชข้าวสาลี(Jacyno et al. 1993) Cladosporium cladosporioides เป็นเรื่องธรรมดาเชื้อราเอนโดไฟท์ที่ได้รับรายงานในพืชหลายชนิดและสายพันธุ์ที่โดดเด่นที่ได้จากข้าวทั่วไป(Oryza sativa L. ) (Naik et al, 2009;. วัง et al, 2011;.. Zhang et al, 2010) ไตรมาสที่ 4 ส่วนใหญ่ของสายพันธุ์ของเชื้อราเอนโดไฟท์ในการศึกษานี้ได้รับรายงานว่าเป็นเชื้อราพืชที่เกี่ยวข้อง สำหรับตัวอย่างที่สายพันธุ์ DX-FOL3 มีตัวตน 99% ที่จะ Paraphaeosphaeria michotii ที่แยกได้จากใบ Phragmites ในโอซากาประเทศญี่ปุ่นโดย Fukuhara (2002) และสายพันธุ์ DX-FOL1 ถูกต้องเกี่ยวข้องกับ Penicillium citreonigrum ที่แยกได้จากข้าวทั่วไป (O. sativa L .) (Rosa et al. 2010) นอกจากนี้เรายังพบว่าหลายของเอนโดไฟท์เชื้อราในการศึกษาครั้งนี้มี phytopathogens ซึ่งอาจจะเป็นตัวอย่างของโรคที่ซ่อนเร้นของเชื้อราเอนโดไฟท์(Photita et al, 2004;.. Sanchez et al, 2007). เพื่อความรู้ของเรา Chaetomium, Dendryphiella, Leptosphaerulina , Paraphaeosphaeria, Sarocladium, ไม่ปรากฏชื่อ Dothideomycetes, และ Pleosporales ไม่ปรากฏชื่อไม่เคยได้รับรายงานเป็นเชื้อราเอนโดไฟท์จากข้าวทั่วไป(O. sativa L. ) (เตีย et al, 2010;?.. Laskar et al, 2012) และข้าวป่า (หยวนet al, 2010a, 2010b, 2011. Petrovic et al, 2013) หยวน et al. (2010b 2011) สังเกตเชื้อราที่อุดมสมบูรณ์จากลำต้นและรากของป่าข้าว (Oryza เม็ด) ในมณฑลยูนนานประเทศจีนและส่วนใหญ่ของสายพันธุ์ของเชื้อราเป็นเชื้อราAscomycota ในทำนองเดียวกันเชื้อราเอนโดไฟท์ที่ได้รับในการศึกษาจาก O. rufipogon นี้กรัม ทุกคนรับรองความถูกต้องในไฟลัม Ascomycota (ตารางที่ 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การคัดกรอง pks ยีนในข้าว rufipogon culturable

ในบรรดา 24 แยกราเอนโดไฟต์ ) โดเมนที่ถูกตรวจพบโดย kaf1 /
kar1 ( 5 ) หรือ kaf1 / kar2 ( 4 ) ในเก้าของเชื้อ KS บวก
เป็นของ Aspergillus เชื้อรา Penicillium ( 1 ) ( 1 ) โฟมา ( 1 ) dendryphiella
( 1 ) sarocladium ( 1 ) ฟิวซาเรียม ( 1 ) ( 1 ) leptosphaerulina เชื้อรา
( 1 ) และรา ( 1 ) เพื่อ sordariales ( 1 )
eurotiales ( 2 )hypocreales ( 3 ) และ pleosporales ( 3 )
วิเคราะห์ระเบิด ( ตารางที่ 3 ) พบว่าลำดับของสายพันธุ์ )
dx-fof1 dx-fol1 dx-fof2 dx-fos3 , , , , dx-fof4 dx-for3 dx-fos5 dx-fol6
, , , , dx-fol7 59 % และมี e93 %
ความคล้ายคลึงกับลำดับญาติใกล้ในฐานข้อมูล เหล่านี้มีความแปลกใหม่ เพราะ KS ลำดับ

ความเหมือนของพวกเขาค่อนข้างต่ำจะใกล้เคียงของพวกเขาที่สุดของข้าว rufipogon G .
ราเชื้อรา KS อนุกรมมีประเภท pks ลำดับ
ตามที่ระบุโดยการวิเคราะห์ phylogenetic ( รูปที่ 2 )

ราเป็นอภิปรายทั่วไปในพืช อาณาจักร ปัจจุบัน
ในเกือบทุกพืช เพื่อให้วันที่และความหลากหลาย
ของพวกเขาได้รับการรายงานในรูปแบบต่าง ๆเพื่ออธิบาย
ของพวกเขามีปฏิสัมพันธ์กับเจ้าของโรงงาน หรือการเปลี่ยนแปลงทางภูมิศาสตร์
( สโตรเบิล&เดซี่ 2003 ; Huang et al . 2008 , 2009 ) ราเอนโดไฟต์ที่แยกได้ดึงดูดความสนใจเพิ่มขึ้น

เพราะความเกี่ยวข้องทางนิเวศวิทยาและศักยภาพของสารที่มีโครงสร้างหลากหลายด้วย

และฟังก์ชันทางชีวภาพ ( สโตรเบิล 2003 ; gunatilaka 2006 ; Aly et al . 2010 ; เดล motaal
et al . 2010 )ส่วนที่สำคัญของราเอนโดไฟต์ที่แยกเป็น
mitosporic หรือจอกว้าง เหล่านี้สามารถประกอบด้วยเส้นใยหมัน
และจึง จำกัด ในลักษณะการใช้แบบดั้งเดิมตาม
( promputtha et al . 2005 ;
ครูส et al . 2009 ) ปัจจุบันการใช้ไรโบโซมอลดีเอ็นเอ ( rDNA ) ลำดับ
ได้กลายเป็นหนึ่งในเทคนิคที่มีประโยชน์มากที่สุดในการจำแนกเชื้อรา
;ของภูมิภาคยังสามารถใช้ประสบความสำเร็จ
ในอนุกรมวิธานเชื้อราเพราะพวกเขาจะค่อนข้างหลากหลาย และแตกต่างกัน
ระหว่างสายพันธุ์ภายในสกุล ( Guo et al . 2001 , 2003 ;
promputtha et al . 2005 ; Wang et al . 2005 , 2008 , 2011 ) .
ในการศึกษานี้เรารายงานความหลากหลายของราเอนโดไฟต์ที่แยก culturable
ครั้งแรกในข้าว rufipogon จากประชากรธรรมชาติ
ที่ธรรมชาติสำรองใน Dongxiang County
จังหวัดเจียงซี , จีน ทั้งหมด 229 สายพันธุ์ แยกหมวดหมู่ และเพาะเลี้ยง
แล้ว 24 ตัวแทนเชื้อรา morphotypes
ถูกใช้เพื่อเพิ่มเติม ระบุตามชนิดของมัน ซึ่งใช้
การวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ เชื้อราเอนโดไฟท์ได้
จากเนื้อเยื่อของใบ ลำต้น และรากของ O rufipogon G .
แสดงอาร์เรย์มีความหลากหลายของเชื้อรา
phylogenetically ซ่า .ทั้งหมด 229 ราเชื้อราสายพันธุ์ รับรอง
19 สกุลในคำสั่งของโคไมโคตาเจ็ด มี pleosporales
โฟมา , พฤติกรรม , และ Penicillium เป็นบ่อย
สกุลใน culturable ราเชื้อราชุมชน คอน -
เฟิร์มว่าไม่กี่ชนิด แต่บ่อย colonisers
ส่วนใหญ่ของกลุ่มโปรตีนในหญ้า
ไม่บ่อยนักและพืชอื่น ๆ ในภูมิภาคอบอุ่นและเขตร้อน
( Huang et al . 2001 ; Li et al . 2005 ; ซานเชส M
arquez
et al . 2550
2008 ; Guimaraes et al . 2008 ; Wang et al . 2011 ) ที่พบบ่อยที่สุด คือ สายพันธุ์ที่
ชนิด pleosporales spp . dxfof3
( 26 / 229 ) แต่ส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสายพันธุ์ที่พบ
บันทึกเป็นของ Unclassified didymellaceae sp .
( ab734792 99% ความเหมือน )แยกประเภท pleosporales sp .
( jn116677 99% ความเหมือน ) และ leptosphaerulina chartarum
( kj398148 99% ความเหมือน ) ( ตารางที่ 2 ) แม้เป็นของที่แตกต่างกัน
สกุล เหล่านั้นทั้งหมดได้จากคำสั่ง pleosporales . ต่อไป
ฐานการวิเคราะห์ phylogenetic พบในฐานข้อมูลปัจจุบัน
ยังชี้ให้เห็นความเครียดสามารถจัดกลุ่ม
เข้าไปเพื่อ pleosporales ( ตารางที่ 1 )เพราะในสถานการณ์ที่คล้ายกันในการจำแนกสายพันธุ์

dx-for1 และ dx-fol5 ( ตาราง 2 ตารางที่ 1 ) ทั้งสองเบื้องต้นจัดกลุ่ม
เข้าไปเพื่อ pleosporales และอาจเป็น undescribed ซ่า .
แต่การวิเคราะห์ระเบิด พบมากที่สุดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
สายพันธุ์พบบันทึกกับความเครียด dx-fol4
periconia sp . ( คือ kp689199 99% ความเหมือน ) และ dothideomycetes
sp .( jq759885 99% ความเหมือน ) เป็นของสองคลาสที่แตกต่างกันและ sordariomycetes
dothideomycetes ตามลำดับ ใน
ในขณะเดียวกันฐานการวิเคราะห์ phylogenetic พบในฐานข้อมูลปัจจุบัน
บ่งบอกถึงความเครียดจะถูกจัดกลุ่มในการสั่งซื้อ pleosporales
จากห้อง dothideomycetes ( ตารางที่ 1 ) ,
ดังนั้นเมื่อย dx-fol4 ถูกแบ่งออกเป็นคลาสเบื้องต้นเท่านั้น

dothideomycetes .3 ชนิด คือ มักสังเกตพฤติกรรม cladosporioides
( kc329631 ) ซึ่งเป็นพืชเชื้อโรคของข้าวสาลี
( jacyno et al . 1993 ) พฤติกรรม cladosporioides เป็นสามัญ
ราเชื้อราที่ได้รับการรายงานในพืชหลายชนิดและสายพันธุ์
จะเด่นที่ได้รับจากทั่วไปข้าว
sativa L . ) ( โดย et al . 2009 ; Wang et al . 2011 ; Zhang et al . 2010 ) Q4
ที่สุดของราเอนโดไฟท์สายพันธุ์เชื้อราในการศึกษานี้ได้ถูกรายงานว่าเป็นพืชที่
เชื้อรา สำหรับตัวอย่าง ,
เมื่อย dx-fol3 ได้ 99% ระบุว่าจะ paraphaeosphaeria michotii
ที่แยกได้จากใบก่อนในโอซาก้าประเทศญี่ปุ่นโดยฟุคุฮาระ
( 2002 ) , และความเครียด dx-fol1 คือเกี่ยวข้องกับ Penicillium
citreonigrum แยกจากข้าวทั่วไป ( O . sativa L . )
( Rosa et al . 2010 )นอกจากนี้เรายังพบว่าหลายของราเอนโดไฟท์ในการศึกษาครั้งนี้ phytopathogens

ซึ่งอาจจะเป็นตัวอย่างของการแฝงของราเอนโดไฟต์ ( photita
et al . 2004 ; ซานเชส
et al . 2007 ) .
ของเราความรู้ , Chaetomium dendryphiella leptosphaerulina paraphaeosphaeria
, , , ,
dothideomycetes sarocladium ไม่ปรากฏชื่อ , และยังไม่เคยมีรายงานการพบ pleosporales
เป็นราเอนโดไฟต์จากทั่วไปข้าว ( O . sativa L . )
( Gutierrez
et al . 2010 ; อธิบาย et al . 2012 ) และข้าวป่า ( หยวน
et al . 2010a 2010b , 2011 ; เปโตรวิซ et al . 2013 ) หยวน et al .
( 2010b 2011 ) พบชุกชุม เชื้อราจากลำต้นและรากของข้าวที่
ป่า ) ในมณฑลยูนนาน ประเทศจีน และ
ส่วนใหญ่ของเชื้อราไอโซเลทโคไมโคตารา โดย
เชื้อราเอนโดไฟท์ที่ได้ศึกษาจาก . rufipogon
G มีความถูกต้องในไฟลัมโคไมโคตา ( โต๊ะ 1