JH2–2, E. faecium RM58, Lactobacill

JH2–2, E. faecium RM58, Lactobacillus plantarum, Enterococcus
hirae, Carnobacterium divergens IO8, T. halophilus,
and Lb. curvatus HSCC 1736, CTC 6677, CTC 6513, HSCC
1737 (access numbers: CAH04395, ABQ53170, ABM55261,
BAD93616, CAI39170, CAI39169, BAE02560, BAE02559,
ABC68277, and AAQ73505). All the latter have different food
origins (wine, dairy, and meat) except for E. faecalis V583,
which has a clinical origin. The same genetic organization has
been found in all the available sequences: a gene encoding a
protein that shows similarity with tyrosil t-RNA synthetases
(tyrS), tdc, the gene encoding the transporter (tyrP), and a gene
encoding a Na+/H+ antiporter (Fig. 2).
The deduced amino acid sequences of tdc from the different
LAB strains show great similarity. Indeed, the phylogenetic tree
shows the degree of these similarities to be little different to
species-related similarity (Fig. 3).
The ornithine decarboxylase (odc) cluster is the most simple
decarboxylase cluster since it involves only the decarboxylase
(speF) and the transporter gene (potE). In LAB this gene cluster
has been identified in Lactobacillus 30A (AA64830) and O. oeni
(Marcobal et al., 2004). Genome analysis projects have also
identified this cluster in Lactobacillus gasseri, Lactobacillus
acidophilus, Lactobacillus salivarius, Lactobacillus jhonsonii,
Lactobacillus herlveticus, and Lactobacillus delbrueckii ATCC
11842 and BAA 365 (Access numbers: NP965822, YP535038,
YP001577954, ABJ61155, YP618646, and ABJ59110).
The lysine decarboxylase (cdc) cluster in E. coli has been
much studied, and is formed by the decarboxylase cadA and
transporter gene cadB, together with a third gene encoding for
a regulatory protein (cadC) (Fig. 2) (Meng and Bennett, 1992).
Although BA are mainly produced by decarboxylation reactions,
pustrescine can be synthesized from agmatine by the
agmatine deiminase pathway. Agmatine deiminase and arginine
deiminase are analogous pathways with similar genetic
organizations, while the arginine deiminase pathway is widely
distributed in LAB. A number of LAB that produce putrescine
by the agmatine deiminase pathway have been detected (Lucas
et al., 2007). Beside this, Enterococcus faecalis putrescine producer
strains have been described (Ll´acer et al., 2006); and our
group has recently identified several putrescine producer Lactococcus
lactic strains (unpublished results). Four genes encoding
an agmatine deiminase (AgDI), a putrescine transcarbamylase,
a carbamate kinase, and an amino acid transporter take part in
this pathway. Transcription of this operon is under the control
of the AguR regulator encoded by aguR. Given the similarity
between the arginine and agmatine pathways it might be hypothesized
that the AgDI pathway arose from a duplication of
the ADI pathway, followed by changes in the specificities of
the encoded enzymes. However, recent results suggest that the
enzymes of the AgDI pathway evolved independently (Ll´acer
et al., 2006), as shown by the specificity of the exchanger proteins

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

JH2-2, E. faecium RM58 แลคโตบาซิลลัส plantarum, Enterococcushirae, Carnobacterium divergens IO8 ต. halophilusปอนด์ curvatus HSCC ค.ศ. 1736, CTC 6677, CTC 6513, HSCC และ1737 (เข้าถึงหมายเลข: CAH04395, ABQ53170, ABM55261BAD93616, CAI39170, CAI39169, BAE02560, BAE02559ABC68277 และ AAQ73505) ทุกหลังมีอาหารแตกต่างกันกำเนิด (ไวน์ นม และเนื้อ) ยกเว้น faecalis E. V583ซึ่งมีต้นกำเนิดทางคลินิก มีองค์กรทางพันธุกรรมเหมือนกันถูกพบในลำดับที่มีทั้งหมด: เข้ารหัสยีนโปรตีนที่แสดงคล้ายคลึงกับ tyrosil synthetases t-อาร์เอ็นเอ(tyrS), ทีดีซี ยีนเข้าขนส่ง (tyrP), และยีนเข้านา + /mts H + antiporter (Fig. 2)ลำดับกรดอะมิโน deduced ของทีดีซีจากที่อื่นห้องปฏิบัติการสายพันธุ์แสดงความคล้ายคลึงกันมาก แน่นอน ต้นไม้ phylogeneticแสดงระดับของความเหมือนเหล่านี้แตกต่างไปเล็กน้อยสายพันธุ์เกี่ยวข้องคล้ายคลึง (Fig. 3)คลัสเตอร์ ornithine decarboxylase (odc) เป็นเรื่องง่ายมากที่สุดdecarboxylase คลัสเตอร์เนื่องจากเกี่ยวข้องกับเฉพาะ decarboxylase(speF) และการขนส่งยีน (potE) ในห้องปฏิบัติการคลัสเตอร์ยีนนี้มีการระบุในแลคโตบาซิลลัส 30A (AA64830) และโอ oeni(Marcobal et al., 2004) โครงการการวิเคราะห์จีโนมมีระบุคลัสเตอร์นี้ใน gasseri แลคโตบาซิลลัส แลคโตบาซิลลัสsalivarius acidophilus แลคโตบาซิลลัส แลคโตบาซิลลัส jhonsoniiแลคโตบาซิลลัส herlveticus และ delbrueckii แลคโตบาซิลลัส ATCC11842 และบา 365 (เข้าถึงหมายเลข: NP965822, YP535038YP001577954, ABJ61155, YP618646, and ABJ59110).The lysine decarboxylase (cdc) cluster in E. coli has beenmuch studied, and is formed by the decarboxylase cadA andtransporter gene cadB, together with a third gene encoding fora regulatory protein (cadC) (Fig. 2) (Meng and Bennett, 1992).Although BA are mainly produced by decarboxylation reactions,pustrescine can be synthesized from agmatine by theagmatine deiminase pathway. Agmatine deiminase and argininedeiminase are analogous pathways with similar geneticorganizations, while the arginine deiminase pathway is widelydistributed in LAB. A number of LAB that produce putrescineby the agmatine deiminase pathway have been detected (Lucaset al., 2007). Beside this, Enterococcus faecalis putrescine producerstrains have been described (Ll´acer et al., 2006); and ourgroup has recently identified several putrescine producer Lactococcuslactic strains (unpublished results). Four genes encodingan agmatine deiminase (AgDI), a putrescine transcarbamylase,a carbamate kinase, and an amino acid transporter take part inthis pathway. Transcription of this operon is under the controlof the AguR regulator encoded by aguR. Given the similaritybetween the arginine and agmatine pathways it might be hypothesizedthat the AgDI pathway arose from a duplication ofthe ADI pathway, followed by changes in the specificities ofthe encoded enzymes. However, recent results suggest that theenzymes of the AgDI pathway evolved independently (Ll´aceret al., 2006), as shown by the specificity of the exchanger proteins

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

JH2-2 อี faecium RM58, Lactobacillus plantarum, Enterococcus
hirae, Carnobacterium divergens IO8, halophilus
ตันและปอนด์ curvatus HSCC 1736, CTC 6677, CTC 6513, HSCC
1737 (ตัวเลขการเข้าถึง: CAH04395, ABQ53170, ABM55261,
BAD93616, CAI39170, CAI39169, BAE02560, BAE02559,
ABC68277 และ AAQ73505) ทุกหลังมีอาหารที่แตกต่างต้นกำเนิด (ไวน์, นมและเนื้อ) ยกเว้นอี faecalis V583, ซึ่งมีต้นกำเนิดทางคลินิก องค์กรทางพันธุกรรมเดียวกันได้ถูกพบในลำดับที่มีอยู่ทั้งหมด: ยีนเข้ารหัสโปรตีนที่แสดงให้เห็นถึงความคล้ายคลึงกันกับsynthetases tyrosil เสื้ออาร์เอ็นเอ(tyrS) TDC, ยีนขนส่งที่ (tyrP) และยีนเข้ารหัสนา+ / H + Antiporter (รูปที่. 2). ลำดับกรดอะมิโน deduced ของ TDC ที่แตกต่างจากสายพันธุ์LAB แสดงความคล้ายคลึงกันดี อันที่จริง phylogenetic ต้นไม้แสดงให้เห็นถึงระดับของความคล้ายคลึงกันเหล่านี้ที่จะแตกต่างกันเล็กน้อยเพื่อความคล้ายคลึงกันชนิดที่เกี่ยวข้องกับ(รูปที่. 3). decarboxylase ornithine (ODC) คลัสเตอร์ที่ง่ายที่สุดกลุ่มdecarboxylase เพราะมันเกี่ยวข้องกับการเพียง decarboxylase (speF) และ ยีนขนส่ง (พจน์) ในห้องปฏิบัติการกลุ่มยีนนี้มีการระบุในแลคโตบาซิลลัส 30A (AA64830) และโอ oeni (Marcobal et al., 2004) โครงการการวิเคราะห์จีโนมยังได้ระบุกลุ่มนี้ใน gasseri แลคโตบาซิลลัส, Lactobacillus acidophilus, salivarius แลคโตบาซิลลัส, jhonsonii แลคโตบาซิลลัส, herlveticus แลคโตบาซิลลัสและ Lactobacillus delbrueckii ATCC 11842 และ BAA 365 (ตัวเลขการเข้าถึง: NP965822, YP535038, YP001577954, ABJ61155, YP618646 และ ABJ59110) decarboxylase ไลซีน (CDC) ในกลุ่มเชื้อ E. coli ได้รับการศึกษามากและจะเกิดขึ้นโดยdecarboxylase Cada และขนส่งยีนcadB ร่วมกับยีนที่สามสำหรับโปรตีนที่กำกับดูแล(CADC) (รูป. 2) (เม้งและเบนเน็ตต์ , 1992). แม้ว่าบริติชแอร์เวย์มีการผลิตส่วนใหญ่โดยปฏิกิริยา decarboxylation, pustrescine สามารถสังเคราะห์จาก Agmatine โดยทางเดินAgmatine deiminase deiminase Agmatine และอาร์จินีdeiminase มีทางเดินคล้ายกับพันธุกรรมคล้ายองค์กรในขณะที่เดินdeiminase อาร์จินีที่มีการใช้กันอย่างแพร่หลายกระจายในLAB จำนวน LAB ที่ผลิต putrescine โดยทางเดิน Agmatine deiminase ที่ได้รับการตรวจพบ (ลูคัสet al., 2007) นอกจากนี้ Enterococcus faecalis putrescine ผลิตสายพันธุ์ที่ได้รับการอธิบาย(Ll'acer et al, 2006.); และเรากลุ่มมีการระบุเมื่อเร็ว ๆ นี้ผู้ผลิตหลาย putrescine Lactococcus สายพันธุ์แลคติก (ผลที่ไม่ถูกเผยแพร่) สี่ยีนAgmatine deiminase (AgDI) ซึ่งเป็น transcarbamylase putrescine, ไคเนสคาร์บาเมและลำเลียงกรดอะมิโนมีส่วนร่วมในทางเดินนี้ ถอดความจาก operon นี้อยู่ภายใต้การควบคุมของหน่วยงานกำกับดูแลAgur เข้ารหัสโดย Agur ได้รับความคล้ายคลึงกันระหว่างอาร์จินีและทางเดิน Agmatine มันอาจจะตั้งสมมติฐานว่าทางเดินAgDI เกิดขึ้นจากการทำสำเนาของทางเดินADI ตามด้วยการเปลี่ยนแปลงในความจำเพาะของเอนไซม์ที่เข้ารหัส อย่างไรก็ตามผลที่ผ่านมาชี้ให้เห็นว่าเอนไซม์ในทางเดิน AgDI การพัฒนาอิสระ (Ll'acer et al., 2006) ที่แสดงโดยเฉพาะเจาะจงของโปรตีนแลกเปลี่ยนที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

jh2 – 2 , E . จาก rm58 Lactobacillus plantarum , เอ็นเทโรค็อกคัส
hirae carnobacterium divergens , io8 ต. halophilus
ปอนด์ , และ hscc curvatus 1736 CTC 6677 CTC 6513 hscc
, 374 ( การเข้าถึงหมายเลข : cah04395 abq53170 abm55261 bad93616
, , , , cai39169 cai39170 bae02560 bae02559 , , , ,
abc68277 และ aaq73505 ) ทุกหลังมีต้นกำเนิดอาหาร
แตกต่างกัน ( ไวน์ นม และเนื้อสัตว์ ) ยกเว้น E . faecalis v583
,ซึ่งมีต้นกำเนิดทางคลินิก องค์กรทางพันธุกรรมเดียวกันได้
ถูกพบในทั้งหมดของลำดับ : ยีนโปรตีนที่แสดงความเหมือนด้วย

( tyrs tyrosil t-rna synthetases การเข้ารหัส ) , TDC , ยีนขนส่งการเข้ารหัส ( tyrp ) และยีน
การเข้ารหัส na / H antiporter ( รูปที่ 2 ) .
กรดอะมิโนสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของผลิตภัณฑ์จากแล็บ
แสดงความเหมือน แน่นอน
phylogenetic ต้นไม้แสดงระดับของความคล้ายคลึงกันเหล่านี้จะแตกต่างกันเล็กน้อย

ชนิดที่คล้ายคลึงกัน ( รูปที่ 3 )
ออร์นิทีนดีคาร์บอกซิเลส ( ODC ) คลัสเตอร์คลัสเตอร์ใช้ง่ายที่สุด เพราะมันเกี่ยวข้องกับเท่านั้น

( ใช้ spef ) และขนส่งยีน ( โปเต้ ) ในแลปนี้กลุ่มยีน
ถูกระบุใน Lactobacillus 30A ( aa64830 ) และ O oeni
( marcobal et al . ,2004 ) โครงการการวิเคราะห์จีโนมยังระบุกลุ่มนี้ใน Lactobacillus gasseri

, Lactobacillus acidophilus , Lactobacillus salivarius , Lactobacillus jhonsonii
, Lactobacillus herlveticus และ Lactobacillus delbrueckii ATCC
11842 BAA 365 ( การเข้าถึงและตัวเลข np965822 yp535038 yp001577954 abj61155
, , , , yp618646 และ abj59110 )
ซีนดีคาร์บอกซิเลส ( CDC ) ในกลุ่ม E . coli ได้รับ
มาก ) และมีรูปแบบโดยการใช้คาด้าและ
cadb ขนส่งยีน ร่วมกับ 3 ยีนสำหรับโปรตีนกฎระเบียบ (
cadc ) ( รูปที่ 2 ) ( เมิงและ เบนเน็ตต์ , 1992 ) .
ถึงแม้ว่าบาผลิตส่วนใหญ่โดยปฏิกิริยาดีคาร์บอกซิเลชัน
, pustrescine สามารถสังเคราะห์จาก agmatine ด้วย
agmatine deiminase เส้นทาง deiminase
agmatine และอาร์จินินdeiminase มีแนวทางคล้ายคลึงกับองค์กรทางพันธุกรรม
คล้ายกัน ในขณะที่อาร์ deiminase ทางเดินกว้างขวาง
กระจายในแล็บ จำนวนห้องปฏิบัติการที่
putrescine ผลิตโดย agmatine deiminase ทางเดินได้ถูกตรวจพบ ( ลูคัส
et al . , 2007 ) ข้างนี้ เอ็นเทโรค็อกคัส faecalis putrescine โปรดิวเซอร์
สายพันธุ์ได้ถูกอธิบายไว้ ( จะใหม่ Acer et al . , 2006 )
; และกลุ่มนี้ได้ระบุหลาย putrescine โปรดิวเซอร์
แลคติกสายพันธุ์แลคโตค คัส ( ประกาศผล ) สี่ยีน
เป็น agmatine deiminase การเข้ารหัส ( agdi ) ,
transcarbamylase putrescine , เมต ไคเนส และลำเลียงกรดอะมิโนมีส่วนร่วมใน
ตรงทางเดินนี้ การถอดความของโอเปอรอนนี้อยู่ภายใต้การควบคุมของอากูร์
เข้ารหัสโดยอากูร์ . ระบุความคล้ายคลึงกัน
และระหว่าง อาร์ agmatine ทางเดินอาจจะตั้งสมมติฐาน
ว่าเกิดขึ้นจาก agdi เส้นทางซ้ำซ้อน
ทางเดินซึ่งตามมาด้วยการเปลี่ยนแปลงใน -
เข้ารหัส เอนไซม์ อย่างไรก็ตาม ผลการวิจัยล่าสุดแสดงให้เห็นว่าเอนไซม์ของวิถี agdi
พัฒนาอิสระ ( จะใหม่ Acer
et al . , 2006 ) , ที่แสดงโดยเฉพาะเจาะจงของโปรตีนเครื่องแลกเปลี่ยนความร้อน