Modern cultivated sugarcane is a co

Modern cultivated sugarcane is a complex aneuploid polyploid with an estimated genome size of 3000 Mb. Although most traits in sugarcane show complex inheritance, a rust locus showing monogenic inheritance has been documented. In order to facilitate cloning of the rust locus, we have constructed a bacterial artificial chromosome (BAC) library for the cultivar R570. The library contains 103,296 clones providing 4.5 sugarcane genome equivalents. A random sampling of 240 clones indicated an average insert size of 130 kb allowing a 98% probability of recovering any specific sequence of interest. High-density filters were gridded robotically using a Genetix Q-BOT in a 4 × 4 double-spotted array on 22.5-cm2 filters. Each set of five filters provides a genome coverage of 4x with 18,432 clones represented per filter. Screening of the library with three different barley chloroplast gene probes indicated an exceptionally low chloroplast DNA content of less than 1%. To demonstrate the library’s potential for map-based cloning, single-copy RFLP sugarcane mapping probes anchored to nine different linkage groups and three different gene probes were used to screen the library. The number of positive hybridization signals resulting from each probe ranged from 8 to 60. After determining addresses of the signals, clones were evaluated for insert size and HindIII-fingerprinted. The fingerprints were then used to determine clone relationships and assemble contigs. For comparison with other monocot genomes, sugarcane RFLP probes were also used to screen a Sorghum bicolor BAC library and two rice BAC libraries. The rice and sorghum BAC clones were characterized for insert size and fingerprinted, and the results compared to sugarcane. The library was screened with a rust resistance RFLP marker and candidate BAC clones were subjected to RFLP fragment matching to identify those corresponding to the same genomic region as the rust gene.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทันสมัยปลูกอ้อยเป็น polyploid aneuploid ซับซ้อน ด้วยขนาดจีโนมประมาณ 3000 Mb แม้ลักษณะส่วนใหญ่ในอ้อยแสดงสืบทอดซับซ้อน โลกัสโพลที่สนิมที่แสดงสืบทอด monogenic มีการจัด เพื่ออำนวยความสะดวกของโลกัสโพลสนิม เราจะสร้างรีโครโมโซมเทียมแบคทีเรีย (บัค) สำหรับ cultivar R570 รีประกอบด้วย 103,296 โคลนให้ 4.5 อ้อยกลุ่มเทียบเท่า สุ่มตัวอย่างที่สุ่มของโคลน 240 ระบุการแทรกเฉลี่ยจำนวน 130 kb ให้ความน่าเป็น 98% กู้ลำดับใดเฉพาะที่น่าสนใจ ตัวกรอง high-density gridded robotically ใช้ BOT-Q ที่ Genetix ในแบบ 4 × 4 ด่างสองอาร์เรย์บนกรอง 22.5 cm2 ได้ แต่ละชุดของตัวกรองห้าให้ความครอบคลุมกลุ่มของ 4 x พร้อมแสดงต่อกรองโคลน 18,432 คัดกรองของไลบรารีมีข้าวบาร์เลย์ต่าง ๆ 3 คลอโรพลาสต์ยีนคลิปปากตะเข้ระบุเนื้อหาดีเอ็นเอมีคลอโรพลาสต์ล้ำต่ำน้อยกว่า 1% แสดงให้เห็นถึงศักยภาพของไลบรารีสำหรับแผนที่ตามโคลน คลิปปากตะเข้แมปเดียวสำเนา RFLP อ้อยยึดเก้ากลุ่มเชื่อมโยงต่าง ๆ และคลิปปากตะเข้ยีนแตกต่างกันสามใช้จอรี จำนวนสัญญาณการ hybridization บวกที่เกิดจากแต่ละโพรบที่อยู่ในช่วงจาก 8 ไป 60 หลังจากการกำหนดที่อยู่ของสัญญาณ โคลนได้ค่าขนาดแทรก และพิมพ์ลายนิ้ว มือ HindIII แล้วก็ลายนิ้วมือที่จะกำหนดความสัมพันธ์ของโคลน และรวบรวม contigs สำหรับเปรียบเทียบกับอื่น ๆ genomes monocot คลิปปากตะเข้ RFLP อ้อยถูกยังใช้จอรีข้าวฟ่างบัค bicolor และสองข้าวบัคไลบรารี ข้าวและข้าวฟ่างโคลนบัคได้ลักษณะการแทรกขนาด และพิมพ์ลายนิ้วมือ ผลการเปรียบเทียบกับอ้อย รีถูกฉาย ด้วยเครื่องหมาย RFLP ต้านทานสนิม และโคลนผู้สมัครบัคถูกต้อง RFLP ส่วนตรงกับการระบุผู้ที่สอดคล้องกับภูมิภาค genomic เดียวเป็นยีนสนิม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โมเดิร์นที่ปลูกอ้อยเป็น polyploid aneuploid ที่ซับซ้อนที่มีขนาดจีโนมประมาณ 3000 Mb แม้ว่าลักษณะมากที่สุดในอ้อยแสดงมรดกที่ซับซ้อนทางเดินสนิมการแสดงมรดก monogenic ได้รับการรับรอง เพื่ออำนวยความสะดวกสถานที่โคลนสนิมที่เราได้สร้างแบคทีเรียโครโมโซมเทียม (BAC) ห้องสมุดสำหรับพันธุ์ R570 ห้องสมุดที่มี 103,296 โคลนให้เทียบเท่าจีโนมอ้อย 4.5 การสุ่มตัวอย่างแบบสุ่ม 240 โคลนระบุขนาดแทรกเฉลี่ย 130 กิโลไบต์ช่วยให้มีความน่าจะเป็น 98% ของการกู้คืนลำดับใด ๆ เฉพาะที่น่าสนใจ ตัวกรองความหนาแน่นสูงถูก gridded robotically ใช้ Genetix Q-ธ ปท 4 × 4 อาร์เรย์สองครั้งที่เห็นเกี่ยวกับการกรอง 22.5 cm2 ตั้งห้าตัวกรองแต่ละคนให้ความคุ้มครองจีโนมของ 4x กับ 18,432 โคลนเป็นตัวแทนต่อตัวกรอง การคัดกรองของห้องสมุดที่มีสามข้าวบาร์เลย์ที่แตกต่างกันคลอโรฟิวส์ยีนที่ระบุเนื้อหาดีเอ็นเอ chloroplast ต่ำเป็นพิเศษน้อยกว่า 1% แสดงให้เห็นถึงศักยภาพของห้องสมุดสำหรับการโคลนตามแผนที่สำเนาเดียว RFLP ยานสำรวจทำแผนที่อ้อยยึดกับเก้ากลุ่มที่แตกต่างกันและเชื่อมโยงสาม probes ยีนที่แตกต่างกันถูกนำมาใช้ไปยังหน้าจอห้องสมุด จำนวนของการผสมพันธุ์สัญญาณบวกที่เกิดจากแต่ละสอบสวนตั้งแต่ 8 ถึง 60 หลังจากการพิจารณาที่อยู่ของสัญญาณที่ได้รับการประเมินโคลนขนาดแทรกและ HindIII-พิมพ์ลายนิ้วมือ ลายนิ้วมือแล้วถูกนำมาใช้ในการกำหนดความสัมพันธ์โคลนและประกอบ contigs สำหรับการเปรียบเทียบกับจีโนมของใบเลี้ยงเดี่ยวอื่น ๆ probes RFLP อ้อยยังถูกนำมาใช้ไปยังหน้าจอห้องสมุดข้าวฟ่างบัคและสองห้องสมุดข้าวบัค ข้าวและข้าวฟ่างโคลนบัคมีลักษณะขนาดและพิมพ์ลายนิ้วมือแทรกและผลที่เมื่อเทียบกับอ้อย ห้องสมุดคือการคัดเลือกที่มีเครื่องหมายต้านทานสนิม RFLP และผู้สมัครโคลนบัคถูกยัดเยียดให้ส่วน RFLP จับคู่เพื่อระบุผู้ที่สอดคล้องกับภูมิภาคเดียวกับจีโนมของยีนสนิม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปลูกอ้อยเป็นคนทันสมัยในส aneuploid ซับซ้อนกับจีโนมขนาดโดยประมาณ 3 , 000 MB ถึงแม้ว่าลักษณะส่วนใหญ่ในอ้อยแสดงมรดกที่ตนพบการกระจายตัว สนิมแสดงมรดกได้รับการบันทึกไว้ เพื่อความสะดวกในการโคลนสนิมความเชื่อ เราจะสร้างโครโมโซมเทียมของแบคทีเรีย ( BAC ) ห้องสมุดสำหรับพันธุ์ r570 . ห้องสมุดมี 103 ,พวกโคลนให้ 4.5 ไร่อ้อย ( เทียบเท่า . สุ่ม 240 โคลนพบว่ามีขนาดโดยเฉลี่ย 130 กิโล ใส่ให้ 98% ความน่าจะเป็นของการกู้คืนใด ๆลำดับเฉพาะของดอกเบี้ย ตัวกรองความหนาแน่นสูงคือ gridded robotically ใช้ genetix q-bot ใน 4 × 4 คู่เห็นเรย์บนตัวกรอง 22.5-cm2 . แต่ละชุดของห้าตัวกรองมีจีโนมที่ครอบคลุม 4 กับ 18พวกโคลนแสดงต่อเครื่องกรอง การคัดกรองของห้องสมุดที่แตกต่างกันสามข้าวบาร์เลย์คลอโรพลาสต์ สารเคมีพบว่ามีคลอโรพลาสต์ดีเอ็นเอต่ำเป็นพิเศษปริมาณน้อยกว่า 1 % เพื่อแสดงให้เห็นถึงศักยภาพของห้องสมุดตามแผนที่โคลน , คัดลอก RFLP probes เดี่ยวอ้อยแผนที่ยึดโยงที่แตกต่างกันสามในเก้ากลุ่มยีนที่แตกต่างกันถูกใช้ไปยังหน้าจอห้องสมุดจำนวนของสัญญาณที่เกิดจากแต่ละตัวบวก ( ตั้งแต่ 8 ถึง 60 หลังจากการกำหนดที่อยู่ของสัญญาณ , โคลนและประเมินขนาดแทรก - จีโนม . ลายนิ้วมือถูกใช้เพื่อกำหนดความสัมพันธ์ของโคลนและประกอบสูง . สำหรับการเปรียบเทียบกับจีโนมพืชใบเลี้ยงเดี่ยวอื่นๆอ้อย RFLP probes ยังใช้หน้าจอข้าวฟ่างบัคห้องสมุดและสองห้องสมุดบั๊กข้าว ข้าว ข้าวฟ่างโคลน BAC มีลักษณะขนาดแทรกและจีโนมและการเปรียบเทียบกับอ้อยห้องสมุดฉายกับต้านทานสนิม RFLP marker และผู้สมัครโคลน BAC ถูกทำให้ตรงกัน : ระบุผู้ที่สอดคล้องกับภูมิภาคจีโนมเหมือนสนิม ยีน