Putative genes were located in the

Putative genes were located in the assembly by structural annotation with
MAKER2 (Holt and Yandell, 2011), which combined both bowhead
118 Cell Reports 10, 112–122, January 6, 2015 ª2015 The Authors
transcriptomes with comparative and de novo prediction methods including
BLASTX, Exonerate, SNAP, Genemark, and Augustus. In addition to the
RNA-seq data, the entire SwissProt database and the draft proteome of dolphin
were used as input to the comparative methods. Repetitive elements
were found with RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/). The complete
set of MAKER input parameters, including training sets used for the
de novo prediction methods, are listed in Supplemental Folder 2. In total,
22,672 protein-coding genes were predicted with an average length of 417
(median 307) amino acid residues.
The RNA-seq data from seven adult bowhead tissues described above
were then mapped to the genome: FastQC (http://www.bioinformatics.
babraham.ac.uk/projects/fastqc/) was used for quality control to make sure
that data of all seven samples was of acceptable quality. STAR (Dobin
et al., 2013) was used to generate genome files from the bowhead assembly
and to map the reads to the bowhead genome with 70.3% of reads mapping,
which is in line with other results including those in the minke whale (Yim
et al., 2014). To count the reads overlapping genes, we used ReadCounter
(van Dam et al., 2015). The results obtained from all seven samples were
combined into a single file describing the number of nonambiguously mapping
reads for each gene (full results in Supplemental Folder 1). Of the
22,672 predicted protein-coding genes, 89.5% had at least ten reads mapping
and 97.5% of predicted genes had at least one read mapping to them,
which is again comparable to other genomes like the minke whale genome
(Yim et al., 2014).
To allow the identification of orthologous relationships with bowhead proteins,
all cow protein sequences were downloaded from Ensembl (Flicek
et al., 2013). Cow was initially used because it is the closest relative to the bowhead
with a high-quality annotated genome available. First, BLASTP (105
)
was used to find the best hit in the cow proteome for every predicted bowhead
protein, and then the reciprocal best hit for each cow protein was defined as an
ortholog. In addition, human and mouse orthologs from the OPTIC pipeline
(see below) were used to assign predicted gene symbols to genes and proteins.
A total of 15,831 bowhead genes have a putative gene symbol based
on these predictions. Homologs in minke whale and dolphin were also derived
and are available on our bowhead genome portal.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Putative ยีนที่อยู่ในแอสเซมบลี โดยอธิบายโครงสร้างด้วยMAKER2 (โฮลต์และ Yandell, 2011), ซึ่งรวมทั้ง bowhead118 เซลล์รายงาน 10, 112-122, 6 มกราคม 2015 ª2015 ผู้เขียนtranscriptomes วิธีทำนายเปรียบเทียบและ de novo ที่รวมถึงBLASTX, Exonerate, SNAP, Genemark และ Augustus นอกอาร์เอ็นเอลำดับข้อมูล ฐานข้อมูล SwissProt ทั้งหมด และ proteome ร่างของปลาโลมาได้ใช้เป็นข้อมูลการเปรียบเทียบวิธีการ องค์ประกอบที่ซ้ำ ๆพบกับ RepeatMasker (ส่วน http://www.repeatmasker.org/) สมบูรณ์ชุดของเครื่องป้อนพารามิเตอร์ รวมถึงชุดฝึกที่ใช้สำหรับการวิธีการทำนาย novo de ตั้งอยู่ใน 2 โฟลเดอร์เพิ่มเติม รวมมีทำนายยีนโปรตีนรหัส 22,672 มีความยาวเฉลี่ยของ 417ตกค้าง (มัธยฐาน 307) กรดอะมิโนข้อมูลลำดับอาร์เอ็นเอจากเนื้อเยื่อ bowhead ผู้ใหญ่เจ็ดที่อธิบายไว้ข้างต้นแล้วถูกแมปกับกลุ่ม: FastQC (ส่วน http://www.bioinformaticsbabraham.ac.uk/projects/fastqc/) ใช้สำหรับการควบคุมคุณภาพเพื่อให้แน่ใจข้อมูลทั้งหมดตัวอย่างที่ 7 มีคุณภาพยอมรับได้ ดาว (Dobinร้อยเอ็ด al., 2013) ถูกใช้เพื่อสร้างแฟ้มจีโนมจากแอสเซมบลี bowheadและ เพื่อแม็ปการอ่านแบบการจีโนม bowhead 70.3% ของผู้อ่านการแม็ปซึ่งเป็นตามผลลัพธ์อื่น ๆ รวมถึงวาฬ minke (จิรพัฒน์ร้อยเอ็ด al., 2014) จำนวนผู้อ่านซ้อนยีน เราใช้ ReadCounter(คันเขื่อน et al., 2015) ผลได้รับจากตัวอย่างที่ 7 ทั้งหมดได้รวมเป็นแฟ้มเดียวอธิบายหมายเลขของการแม็ป nonambiguouslyการอ่านในแต่ละยีน (เต็มรูปแบบผลลัพธ์ใน 1 โฟลเดอร์เพิ่มเติม) ของ22,672 คาดการณ์รหัสโปรตีนยีน 89.5% มีราคาน้อยสิบอ่านแมป97.5% ของคาดการณ์มีการแม็ปอ่านน้อยไปซึ่งเป็นอีกเทียบได้กับ genomes อื่น ๆ เช่นกลุ่มปลาวาฬ minke(จิรพัฒน์ร้อยเอ็ด al., 2014)ให้ระบุความสัมพันธ์ใน orthologous กับ bowhead โปรตีนลำดับโปรตีนวัวทั้งหมดถูกดาวน์โหลดจาก Ensembl (Flicekร้อยเอ็ด al., 2013) ใช้วัวครั้งแรกเนื่องจากมีความใกล้ชิดสัมพันธ์กับ bowheadมีคุณภาพใส่คำอธิบายประกอบมีจีโนม แรก BLASTP (10 5)ใช้ในการค้นหาตีดีที่สุดใน proteome วัวทุก bowhead คาดการณ์โปรตีน และส่วนกลับสุดตีวัวโปรตีนแต่ละถูกกำหนดเป็นการortholog นอกจากนี้ มนุษย์ และเมาส์ orthologs จากแสง(ดูด้านล่าง) ถูกใช้ในการกำหนดสัญลักษณ์คาดการณ์ยีนยีนและโปรตีนจำนวน 15,831 bowhead ยีนมียีน putative สัญลักษณ์ตามในการคาดการณ์เหล่านี้ นอกจากนี้ยังถูกมา homologs ในปลาโลมาและปลาวาฬ minkeและจะพร้อมใช้งานบนเว็บไซต์ของเรา bowhead จีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยีนสมมุติอยู่ในการชุมนุมโดยมีคำอธิบายประกอบโครงสร้าง
MAKER2 (โฮลท์และ YANDELL 2011) ซึ่งรวมทั้ง bowhead
118 เซลล์รายงาน 10, 112-122, 6 มกราคม 2015
ª2015กลุ่มผู้รานเปรียบเทียบกับโนโวและวิธีการรวมทั้งการคาดการณ์
BLASTX , พ้น, SNAP, Genemark และออกัส นอกจากนี้ยังมีข้อมูล RNA-หมายเลขฐานข้อมูล SwissProt ทั้งหมดและร่างโปรตีนของปลาโลมาถูกนำมาใช้เป็นข้อมูลเพื่อการเปรียบเทียบ องค์ประกอบซ้ำที่พบกับ RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/) สมบูรณ์ชุดป้อนพารามิเตอร์ MAKER รวมทั้งการฝึกอบรมชุดที่ใช้สำหรับโนโววิธีการทำนายที่ระบุไว้ในโฟลเดอร์เพิ่มเติม2. รวม22,672 ยีนโปรตีนเข้ารหัสถูกคาดการณ์ที่มีความยาวเฉลี่ยของ 417 (เฉลี่ย 307) กรดอะมิโนข้อมูล RNA-หมายเลขเจ็ดจากเนื้อเยื่อ bowhead ผู้ใหญ่ที่อธิบายข้างต้นถูกแมปแล้วจีโนม: FastQC (http:. //www.bioinformatics babraham.ac.uk/projects/fastqc/) ถูกนำมาใช้สำหรับการควบคุมคุณภาพเพื่อให้แน่ใจว่าข้อมูลทั้งเจ็ดของกลุ่มตัวอย่างมีคุณภาพได้รับการยอมรับ STAR (Dobin et al., 2013) ถูกใช้ในการสร้างไฟล์จีโนมจากการชุมนุม bowhead และแผนที่อ่านเพื่อจีโนม bowhead กับ 70.3% ของการอ่านการทำแผนที่ซึ่งสอดคล้องกับผลอื่นๆ รวมทั้งผู้ที่อยู่ในวาฬมิงค์ (ยิ้มet al., 2014) นับยีนอ่านที่ทับซ้อนกันเราใช้ ReadCounter (รถตู้เขื่อน et al., 2015) ผลที่ได้รับจากทั้งเจ็ดตัวอย่างที่ถูกรวมกันเป็นไฟล์เดียวอธิบายจำนวนของการทำแผนที่ nonambiguously อ่านสำหรับแต่ละยีน (ผลเต็มรูปแบบในโฟลเดอร์เพิ่มเติม 1) ของ22672 ที่คาดการณ์ยีนโปรตีนเข้ารหัส 89.5% มีอย่างน้อยสิบอ่านการทำแผนที่และ97.5% ของยีนที่คาดการณ์ไว้อย่างน้อยหนึ่งอ่านการทำแผนที่ให้กับพวกเขาซึ่งเป็นอีกครั้งที่เปรียบได้กับจีโนมอื่นๆ เช่นจีโนมวาฬมิงค์(ยิ้ม et al., 2014). หากต้องการให้มีการระบุความสัมพันธ์กับโปรตีน orthologous bowhead ที่ลำดับโปรตีนวัวทั้งหมดถูกดาวน์โหลดจากEnsembl (Flicek et al., 2013) วัวถูกนำมาใช้ครั้งแรกเพราะมันเป็นญาติใกล้ชิดกับ bowhead กับจีโนมที่มีคุณภาพสูงข้อเขียนที่มีอยู่ ครั้งแรก BLASTP (10? 5) ถูกใช้ในการหาที่ดีที่สุดในการตีโปรตีนวัวทุกคาดการณ์ bowhead โปรตีนแล้วซึ่งกันและกันตีที่ดีที่สุดสำหรับโปรตีนวัวแต่ละคนถูกกำหนดให้เป็นortholog นอกจากนี้มนุษย์และ orthologs เมาส์จากท่อแก้วนำแสง(ดูด้านล่าง) ถูกนำมาใช้ในการกำหนดสัญลักษณ์ที่คาดการณ์ยีนยีนและโปรตีน. รวม 15,831 ยีน bowhead มีสัญลักษณ์ยีนสมมุติตามการคาดการณ์เหล่านี้ homologs ในวาฬมิงค์และปลาโลมายังได้มาและมีอยู่บนพอร์ทัลจีโนมของเราbowhead

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การแสดงออกยีนอยู่ในหมายเหตุประกอบโดยโครงสร้างด้วย
maker2 ( โฮลท์ และแยนเดิล , 2011 ) ซึ่งรวมรายงานทั้ง bowhead
118 มือถือ 10 , 112 – 122 , 6 มกราคม 2015 ª 2015 ผู้เขียน
transcriptomes กับเปรียบเทียบและทำนายอีกครั้งรวมทั้งวิธีการ blastx exonerate
, , snap , genemark , และ ออกุสตัส นอกจาก
rna seq ข้อมูลทั้ง swissprot ฐานข้อมูลและร่างของโลมา
โปรตีนถูกใช้เป็นอินพุตวิธีการเปรียบเทียบ
องค์ประกอบซ้ำพบกับ repeatmasker ( http : / / www.repeatmasker . org / ) ที่สมบูรณ์ชุดของพารามิเตอร์การป้อนข้อมูล
เครื่อง รวมถึงการฝึกการใช้ชุดสำหรับ
อีกครั้งใช้วิธีการระบุไว้ในโฟลเดอร์เพิ่มเติม 2 โดย
22การเข้ารหัสยีนโปรตีนจึงคาดการณ์กับระยะเวลาเฉลี่ยของ 417
( median 307 ) กรดที่ตกค้าง . .
rna seq ข้อมูลจากเจ็ดผู้ใหญ่ bowhead เนื้อเยื่อที่อธิบายข้างต้น
เป็นแมปไปยังจีโนม : fastqc ( http : / / www.bioinformatics .
babraham . ac.uk / โครงการ / fastqc / ) คือใช้สำหรับการควบคุมคุณภาพ เพื่อให้แน่ใจว่าข้อมูลทั้งหมด 7
จำนวนคุณภาพที่ยอมรับได้ ดาว ( dobin
et al . ,2013 ) ถูกใช้เพื่อสร้างไฟล์จีโนมจากสภา bowhead
และแผนที่ อ่านไป bowhead จีโนมด้วยเหตุผล ( อ่านการทำแผนที่
ซึ่งสอดคล้องกับผลลัพธ์อื่น ๆรวมทั้งในมิงก์ปลาวาฬ ( ยิ้ม
et al . , 2010 ) นับอ่านยีนที่ทับซ้อนกัน เราใช้ readcounter
( เขื่อน et al . , 2015 ) ผลลัพธ์ที่ได้จากจำนวนทั้งหมด 7
รวมไว้ในไฟล์เดียวที่อธิบายถึงจำนวนของ nonambiguously การทำแผนที่
อ่านแต่ละยีน ( เต็มผลในโฟลเดอร์เพิ่มเติม 1 ) ของ
22672 คาดการณ์การเข้ารหัสยีนโปรตีนลดลง ร้อยละ 10 และร้อยละ 97.5 อ่านแผนที่
ทำนายยีนมีอย่างน้อยหนึ่งอ่านแผนที่พวกเขา
ซึ่งเป็นอีกครั้งเปรียบได้กับจีโนมอื่น ๆเช่น วาฬมิงก์ (
( ยิ้ม et al . ,
2014 )ให้ระบุความสัมพันธ์ orthologous bowhead โปรตีน , โปรตีนวัวเป็นลำดับ
ทั้งหมดดาวน์โหลดได้จาก ensembl ( flicek
et al . , 2013 ) วัวก็เริ่มใช้ เพราะมันใกล้ที่สุด เมื่อเทียบกับ bowhead
ที่มีคุณภาพสูงบันทึกย่อจีโนมของ แรก blastp ( 10  5
)
พบตีดีที่สุดในวัวทุกโปรตีนโปรตีนทำนาย bowhead
,แล้วตีซึ่งกันและกันดีที่สุดวัวแต่ละโปรตีนถูกกำหนดเป็น
ortholog . นอกจากนี้ มนุษย์และเมาส์ orthologs จาก
ท่อใยแก้วนําแสง ( ดูด้านล่าง ) ถูกใช้เพื่อกำหนดสัญลักษณ์ทำนายยีนยีนและโปรตีน .
รวม 15831 bowhead ยีนยีนซึ่งมีสัญลักษณ์ตาม
การคาดการณ์เหล่านี้ โฮโมลอกส์ในปลาวาฬมิงก์และปลาโลมายังได้มา
และมีอยู่ใน bowhead จีโนมของพอร์ทัล