RT-PCR assays have beendeveloped an

RT-PCR assays have beendeveloped and widely used for the detection and identification of viruses of pear, apple and other fruit trees (Candresse et al.,1995; Rowhani et al., 1995; Kinard et al., 1996; Jelkmann andKeim-Konrad, 1997; MacKenzie et al., 1997; Kummert et al., 1998;Malinowski et al., 1998; Nemchinov et al., 1998; Singh, 1998; James,1999; Klerks et al., 2001; Menzel et al., 2002; Mathioudakis et al.,2008; Komorowska et al., 2010). The high specificities and sequencecomplementarities of primers are very important for the effectivedetection of viruses by different RT-PCR protocols. The molecularcharacteristics of three viruses ACLSV, ASGV and ASPV have beenextensively studied, and it is found that these viruses may havehigh genetic diversity (Magome et al., 1997; Komorowska et al.,2010, 2011; Mathioudakis et al., 2010; Hong et al., 2012), whichmay cause differential serological and biological properties. Amongthese viruses, ASPV is the mostly variable. Our previous studies alsoshowed that ACLSV isolates from sandy pear grown in China weremolecularly and serologically divergent (Song et al., 2011). The rela-tively high divergence of viral genomes often results in the failure ofRT-PCR and leads to false negative results (Nemchinov et al., 1995,1998; Malinowski, 2005; Komorowska et al., 2010). Therefore, theprimers used in RT-PCR should be designed to match the most con-served sequences in the genome of each virus. On the other hand,although the RT-PCR assays are used most widely for the detec-tion of plant viruses due to their high sensitivity, the applicationof individual protocol adapted for each virus to the same sample istime, labour and cost expensive for routine diagnosis. The develop-ment of the polyvalent PCR-based assays using primers targetingconserved regions of viral genomes has allowed the simultaneousdetection of a number of different viruses in a single PCR assay, suchas the detections of potyviruses (Langeveld et al., 1991), viruses ofthree viral genera in the family Flexiviridae (Foissac et al., 2005), andclostero- and viti-viruses of the grapevine (Saldarelli et al., 1998).Multiplex RT-PCR (mRT-PCR) using several pairs of primers spe-cific for the genomes of targeted pathogens in one reaction allowsrapid and sensitive detection and differentiation of a variety ofpathogens simultaneously in a single assay (Nassuth et al., 2000;Saade et al., 2000; Ito et al., 2002; Menzel et al., 2002; Roy et al.,2005; Sánchez-Navarro et al., 2005; Hassan et al., 2006; Li et al.,2012), which greatly reduces cost and increases efficiency of viralsurveys. Previously, Menzel et al. (2002) reported that four appleviruses ACLSV, ASGV, APSV and ApMV (Apple mosaic virus) fromone extract could be detected by two multiplex RT-PCR assays, ofwhich each was used for two viruses. Hassan et al. (2006) devel-oped a pentaplex reverse-transcription polymerase chain reaction(Pentaplex RT-PCR) for the simultaneous detection of four pomefruit viruses ASPV, ASGV, ACLSV and ApMV. However, those assayswere mainly optimized by using virus-infected apple materials, andthe developed assays frequently failed in the detection of thoseviruses in pear trees. The high divergence of viruses, together withthe inference of high contents of polysaccharide and polyphenolcomponents in pear tissues, has impeded to apply these RT-PCR-based methods for efficient detection of viruses infecting peartrees

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตรวจ RT-PCR ได้ beendeveloped และใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการตรวจสอบและบัตรประจำตัวของไวรัสของแอปเปิ้ลลูกแพร์และผลไม้อื่น ๆ (candresse et al, 1995;. rowhani et al, 1995;. kinard et al, 1996;. jelkmann andkeim-konrad , 1997; แม็คเคนซี่ et al, 1997;. Kummert และคณะ, 1998;. มาลีเนาสกี้และคณะ, 1998;. nemchinov และคณะ, 1998;. ซิงห์, 1998; james, 1999; klerks et al, 2001;. Menzel et al, , 2002;mathioudakis et al, 2008;.. Komorowska et al, 2010) ความจำเพาะสูงและ sequencecomplementarities ของไพรเมอร์ที่มีความสำคัญมากสำหรับ effectivedetection ของไวรัสโดยโปรโตคอล RT-PCR ที่แตกต่างกัน molecularcharacteristics สามไวรัส aclsv, asgv และ aspv ได้ศึกษา beenextensively และพบว่าไวรัสเหล่านี้อาจ havehigh ความหลากหลายทางพันธุกรรม (Magome et al, 1997.Komorowska et al, 2010, 2011;. mathioudakis et al, 2010;.. hong et al, 2012) ทำให้เกิดภูมิคุ้มกัน whichmay ความแตกต่างและคุณสมบัติทางชีวภาพ amongthese ไวรัส aspv เป็นตัวแปรส่วนใหญ่ ศึกษาก่อนหน้านี้ของเราที่ alsoshowed aclsv แยกจากลูกแพร์ทรายที่ปลูกในประเทศจีน weremolecularly และแตกต่าง serologically (เพลงและคณะ. 2011)ความแตกต่างสูงสัมพันธ์ลำดับของจีโนมของไวรัสที่มักจะส่งผลในความล้มเหลว ofrt-PCR และนำไปสู่​​ผลเชิงลบเท็จ (nemchinov et al,, 1995,1998. มาลีเนาสกี้ 2005. Komorowska et al, 2010) ดังนั้น theprimers ที่ใช้ใน RT-PCR ควรได้รับการออกแบบเพื่อให้ตรงมากที่สุดลำดับ con ให้บริการในจีโนมของแต่ละไวรัส ในทางกลับกันแม้ว่าการตรวจ RT-PCR ที่มีการใช้กันอย่างแพร่หลายมากที่สุดสำหรับ Detec-tion ของไวรัสพืชอันเนื่องมาจากความไวสูงของพวกเขาโปรโตคอลบุคคล applicationof เหมาะสำหรับแต่ละไวรัส ISTIME ตัวอย่างเดียวกันแรงงานและค่าใช้จ่ายราคาแพงสำหรับการวินิจฉัยตามปกติพัฒนาการของการตรวจ pcr ตาม polyvalent ใช้ไพรเมอร์ภูมิภาค targetingconserved ของจีโนมของไวรัสที่ได้รับอนุญาต simultaneousdetection จำนวนของไวรัสที่แตกต่างกันในการทดสอบ pcr เดียว, suchas การตรวจจับของ potyviruses (Langeveld และคณะ. 1991) ไวรัส ofthree จำพวกไวรัสใน flexiviridae ครอบครัว (Foissac และคณะ. 2005)andclostero และไวรัส viti ขององุ่น (saldarelli et al,., 1998). multiplex RT-PCR (MRT-PCR) โดยใช้หลายคู่ของไพรเมอร์เอสพีอี-cific กับจีโนมของเชื้อโรคที่กำหนดเป้​​าหมายใน allowsrapid ปฏิกิริยาและการตรวจสอบและความแตกต่างที่มีความสำคัญ ของความหลากหลาย ofpathogens พร้อมกันในการวิเคราะห์เดียว (nassuth et al, 2000;.. saade et al, 2000; อิโตะ et al, 2002;. Menzel et al, 2002.roy et al, 2005;.. Sánchez-วาร์ตอัล, 2005. hassan et al, 2006;. li et al, 2012) ซึ่งจะช่วยลดค่าใช้จ่ายและเพิ่มประสิทธิภาพของ viralsurveys ก่อนหน้านี้ Menzel et al, (2002) รายงานว่าสี่ appleviruses aclsv, asgv apsv และ apmv (ไวรัสแอปเปิ้ลโมเสค) สารสกัดจาก fromone สามารถตรวจพบโดยการตรวจสอง multiplex RT-PCR, ofwhich แต่ละที่ใช้สำหรับสองไวรัส และอัลฮัสซัน(2006) devel-OpEd pentaplex ย้อนกลับถอดความปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอร์ (pentaplex RT-PCR) สำหรับการตรวจสอบพร้อมกันของสี่ pomefruit ไวรัส aspv, asgv aclsv และ apmv แต่ assayswere ที่ดีที่สุดโดยส่วนใหญ่ใช้วัสดุที่แอปเปิ้ลที่ติดเชื้อไวรัส, andthe ตรวจพัฒนามักล้มเหลวในการตรวจสอบของ thoseviruses ต้นไม้ลูกแพร์ ความแตกต่างสูงของไวรัสร่วมกัน withthe ข้อสรุปของเนื้อหาสูงของ polysaccharide และ polyphenolcomponents ในเนื้อเยื่อลูกแพร์ได้ขัดขวางการใช้วิธี RT-PCR-based เหล่านี้มีประสิทธิภาพในการตรวจหาไวรัสติดไวรัส peartrees

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

มี beendeveloped assays RT-PCR และใช้สำหรับตรวจสอบและรหัสของไวรัสของลูกแพร์ แอปเปิ้ล และอื่น ๆ ต้นไม้ (Candresse และ al., 1995 Rowhani และ al., 1995 Kinard et al., 1996 Jelkmann andKeim Konrad, 1997 แมคและ al., 1997 Kummert และ al., 1998Malinowski et al., 1998 Nemchinov และ al., 1998 สิงห์ 1998 เจมส์ 1999 Klerks และ al., 2001 Menzel และ al., 2002 Mathioudakis et al., 2008 Komorowska et al., 2010) สูง specificities และ sequencecomplementarities ของไพรเมอร์สำคัญมากสำหรับ effectivedetection ของไวรัสโดยโปรโตคอล RT-PCR ที่แตกต่างกัน Molecularcharacteristics ไวรัสสาม ACLSV, ASGV และ ASPV มี beenextensively ที่ศึกษา และก็พบว่า ไวรัสนี้อาจ havehigh พันธุ (Magome et al., 1997 Komorowska et al., 2010, 2011 Mathioudakis et al., 2010 ฮ่องกง et al., 2012), whichmay ทำให้คุณสมบัติทางชีวภาพ และสภาวะที่แตกต่างกัน ไวรัส Amongthese, ASPV เป็นตัวแปรส่วนใหญ่ ของเราก่อนหน้านี้ศึกษา alsoshowed ที่ ACLSV ที่แยกได้จากลูกแพร์ทรายที่ปลูกในประเทศจีน weremolecularly และ serologically ขันติธรรม (เพลง et al., 2011) Divergence สูง rela-tively ของ genomes ไวรัสมักจะเกิดความล้มเหลว ofRT-PCR และนำไปสู่ผลลบเท็จ (Nemchinov et al., 1995,1998 Malinowski, 2005 Komorowska et al., 2010) ดังนั้น theprimers ใช้ RT-PCR ควรมาให้ตรงกับลำดับที่สุดคอนเสิร์ฟในจีโนมของไวรัสแต่ละ ในทางตรงข้ามแม้ assays RT-PCR ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับ detec-สเตรชันของไวรัสพืชเนื่องจากความไวสูง protocol แต่ละ applicationof ดัดแปลงสำหรับแต่ละไวรัสการ istime ตัวอย่างเดียวกัน แรงงาน และค่าใช้จ่ายราคาแพงสำหรับการวินิจฉัยประจำ พัฒนาติดขัดของ assays องค์กรการใช้ PCR polyvalent ใช้ไพรเมอร์ targetingconserved แคว้น genomes ไวรัสอนุญาต simultaneousdetection จำนวนไวรัสในตัวเดียว PCR assay, suchas detections ของ potyviruses (Langeveld et al., 1991), ไวรัส ofthree สกุลไวรัสในตระกูล Flexiviridae (Foissac et al., 2005), andclostero - และ viti-ไวรัสของ grapevine (Saldarelli et al., 1998)Multiplex RT-PCR (mRT-PCR) ใช้หลายคู่ไพรเมอร์ spe-cific genomes ของโรคเป้าหมายในปฏิกิริยาหนึ่ง allowsrapid และตรวจพบที่สำคัญและสร้างความแตกต่างของ ofpathogens ต่าง ๆ พร้อมในการทดสอบเดี่ยว (Nassuth et al., 2000Saade และ al., 2000 -อิโตะเอ็ด al., 2002 Menzel และ al., 2002 รอยเอ็ด al., 2005 Sánchez Navarro et al., 2005 Al. Hassan ร้อยเอ็ด 2006 Li et al., 2012), ซึ่งช่วยลดต้นทุน และเพิ่มประสิทธิภาพของ viralsurveys มากขึ้น ก่อนหน้านี้ Menzel et al. (2002) รายงานว่า 4 appleviruses ACLSV, ASGV, APSV และ ApMV (ไวรัสโมเสกแอปเปิ้ล) สารสกัดจาก fromone อาจพบสอง multiplex RT-PCR assays, ofwhich แต่ละใช้สำหรับ 2 ไวรัสได้ Hassan et al (2006) devel oped พอลิเมอเรส transcription กลับที่ pentaplex ลูกโซ่ปฏิกิริยา (Pentaplex RT-PCR) สำหรับการตรวจพบไวรัส pomefruit สี่ ASPV, ASGV, ACLSV และ ApMV พร้อม อย่างไรก็ตาม assayswere เหล่านั้นส่วนใหญ่สุด โดยใช้วัสดุแอปเปิ้ลไวรัส และ assays พัฒนามักล้มเหลวในการตรวจพบ thoseviruses ในต้นลูกแพร์ Divergence สูงของไวรัส พร้อมข้อเนื้อหาที่สูงของ polysaccharide และ polyphenolcomponents ในเนื้อเยื่อของลูกแพร์ มี impeded ใช้วิธี RT-PCR ตามมีประสิทธิภาพตรวจไวรัสติด peartrees

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

Rt - pcr assays มี beendeveloped และใช้กันอย่างแพร่หลายในการตรวจจับและการระบุตัวตนของไวรัสของสาลี่,แอปเปิลและผลไม้อื่นๆต้น( candresse et al . , 1995 ; rowhani et al ., 1995 ; kinard et al ., 1996 ; jelkmann และ keim-konrad , 1997 ;, Mackenzie Basin , et al ., 1997 ; kummert et al ., 1998 ; malinowski et al ., 1998 ; nemchinov et al ., 1998 ,สิงห์, 1998 ; james, 1999 ; klerks et al ., 2001 ; menzel et al ., 2002 ;mathioudakis et al . 2008 komorowska et al . 2010 ) sequencecomplementarities และ specificities สูงของ primers มีความสำคัญเป็นอย่างมากสำหรับ effectivedetection ของการติดไวรัสโดยโปรโตคอล Rt - pcr แตกต่างกัน molecularcharacteristics ของทั้งสามไวรัส aclsv asgv และ aspv มี beenextensively ศึกษาและพบว่าไวรัสเหล่านี้อาจ havehigh ความหลากหลายทางพันธุกรรม( Magome บนเส้นทางสาย et al . 1997komorowska et al ., 20102011 mathioudakis et al . 2010 ฮ่องกง et al . 2012 ) serological ที่แตกต่างทำให้เกิด whichmay และคุณสมบัติทาง ชีวภาพ . ไวรัส amongthese aspv เป็นที่ซึ่งส่วนใหญ่เป็นแบบปรับได้หลายระดับ การศึกษาของเราก่อนหน้าที่ aclsv alsoshowed แยกจากลูกแพร์หาดทรายโตขึ้นในจีนและ weremolecularly serologically ผิดแผกแตกต่างไป(เพลง et al . 2011 )หุ่นจำลอง rela สูง tively ของ genomes เป็นไวรัสมักจะส่งผลในการที่ ofrt - pcr และนำไปสู่ผลในทางลบความผิดพลาด( nemchinov et al . 1995,1998 malinowski 2005 komorowska et al . 2010 ) ดังนั้น theprimers ใช้ใน Rt - pcr ควรได้รับการออกแบบมาให้ตรงกับลำดับของ Con - จัดให้บริการมากที่สุดในยีนของไวรัสแต่ละ ในอีกด้านหนึ่งได้แม้ว่า assays Rt - pcr ที่มีการใช้อย่างกว้างขวางมากที่สุดสำหรับ detec - การของการติดไวรัสโรงงานเนื่องจากระดับความไวสูงของโปรโตคอลแบบเฉพาะรายที่มีการดัดแปลง applicationof สำหรับไวรัสแต่ละรายเพื่อสุ่มตัวอย่างถึงเวลาเดียวกันและมีต้นทุนแรงงานสำหรับการวินิจฉัยเป็นประจำที่พัฒนาการของที่ด้านหลังคือ Polyvalent ล็อบบี้บาร์ pcr ซึ่งใช้ assays โดยใช้ primers targetingconserved เขตพื้นที่ของร่องรอยของไวรัส genomes ได้อนุญาตให้ simultaneousdetection หมายเลขของไวรัสในที่เดียว pcr สอบ, suchas ที่ตอบรับของ potyviruses ( langeveld et al ., 1991 ),ไวรัส ofthree เอื้องเป็นไวรัสในครอบครัว flexiviridae ( foissac et al ., 2005 )andclostero - และ Viti - ไวรัสของเกรฟไวน์( saldarelli et al ., 1998 )แบบมัลติเพล็กซ์ Rt - pcr (รถไฟฟ้าใต้ดิน - pcr )โดยใช้หลายคู่ primers SPE Bar and Restaurant - cific สำหรับ genomes ของกลุ่มเป้าหมายเด็กนักเรียนในการตอบสนอง allowsrapid และที่สำคัญการตรวจจับและความแตกต่างของความหลากหลาย ofpathogens พร้อมกันในที่เดียวพยายาม( nassuth et al ., 2000 ; saade et al ., 2000 ;ใน et al ., 2002 ; menzel et al ., 2002 ;Roy et al . , 2005 ; sánchez - navarro et al ., 2005 ; Hassan et al ., 2006 ; LI et al . , 2012 )ซึ่งช่วยลดต้นทุนและเพิ่ม ประสิทธิภาพ การ viralsurveys . ก่อนหน้านี้ menzel et al . ( 2002 )รายงานว่าสี่ appleviruses aclsv asgv apsv และ apmv (ไวรัสโมซาอิคแอปเปิล) fromone แยกไม่สามารถได้รับการตรวจพบจากสอง ofwhich assays Rt - pcr แต่ละแบบมัลติเพล็กซ์ถูกใช้สำหรับสองไวรัส. Hassan et al .( 2006 )ได้ที่ถูกเนรเทศไปยังปฏิกิริยาลูกโซ่ polymerase ย้อนกลับ - การถอดสคริปต์ pentaplex ( pentaplex Rt - pcr )สำหรับการตรวจจับพร้อมกันที่สี่ไวรัส pomefruit aspv asgv aclsv และ apmv แต่ถึงอย่างไรก็ตาม assayswere ผู้ที่เป็นส่วนใหญ่ที่ปรับแต่งได้โดยใช้วัสดุและไดร์ฟแอปเปิลไวรัสที่ติดพัฒนา assays ล้มเหลวในการตรวจจับของ thoseviruses ในต้นสาลี่ที่พบ หุ่นจำลองสูงของการติดไวรัสร่วมกันลงความเห็นได้ลายทางของเนื้อหาระดับสูงของ polyphenolcomponents polysaccharide ในเนื้อเยื่อและลูกแพร์มีถูกขัดขวางในการใช้วิธีใดวิธีหนึ่ง Rt - pcr ซึ่งใช้สำหรับการตรวจจับเหล่านี้มี ประสิทธิภาพ ของการติดไวรัสให้ติด peartrees