Immune repertoires of T or B cells

Immune repertoires of T or B cells are very often studied by Complementary Determining Region 3 (CDR3) spectratyping. However, data obtained with this method is usually subject to a biased eye analysis. We developed recently the ISEApeaks software package to retrieve and handle peak data from automated sequencers, from which CDR3 spectratype data is obtained. We describe a general strategy for CDR3 spectratype analysis based on two new specific modules and multivariate statistics. The first module addresses the crucial problem of peak smoothing. The second is a toolbox for the analysis of CDR3 spectratypes, which includes perturbation computation, recurrent peak finding, expansion assessment and datamining. To illustrate our approach, we assessed the complex TCRB repertoire modifications induced by Plasmodium berghei ANKA (PbA) infection. This global and exhaustive repertoire analysis approach is of general interest for T- and B-lymphocyte repertoire studies and is currently used in human cohorts in various pathologies and during clinical trials.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Repertoires ภูมิคุ้มกันของเซลล์ B หรือ T ได้บ่อยนักศึกษา โดย spectratyping เสริมกำหนดภูมิภาค 3 (CDR3) อย่างไรก็ตาม ข้อมูลได้ ด้วยวิธีนี้ได้มักจะต้องวิเคราะห์ biased ตา เมื่อเร็ว ๆ นี้เราพัฒนาแพคเกจซอฟต์แวร์ ISEApeaks เพื่อดึงข้อมูล และจัดการกับข้อมูลสูงสุดจาก sequencers อัตโนมัติ ซึ่งได้รับข้อมูล spectratype CDR3 เราอธิบายกลยุทธ์ทั่วไปสำหรับโมดูลที่ใหม่สองและสถิติตัวแปรพหุการวิเคราะห์ spectratype CDR3 โมดูแรกปัญหาสำคัญของพีคที่ราบเรียบ ที่สองคือ เครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ของ CDR3 spectratypes ซึ่งรวมถึงคำนวณ perturbation ค้นหาการเกิดซ้ำสูง ประเมินขยาย และ datamining เพื่อแสดงวิธีการของเรา เราประเมินการซับซ้อน TCRB ละครแก้ไขที่เกิดจากการติดเชื้อพลาสโมเดียม berghei ANKA (PbA) วิธีการวิเคราะห์นี้ละครสากล และหมดแรงเป็น lymphocyte T และ B ละครศึกษาดอกเบี้ยทั่วไป และปัจจุบันมีใช้ในมนุษย์ cohorts ใน pathologies ต่าง ๆ และใน ระหว่างการทดลองทางคลินิก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

repertoires ภูมิคุ้มกันของเซลล์ T หรือ B มากมักจะมีการศึกษาโดยการกำหนดเสริมภาค 3 (CDR3) spectratyping แต่ข้อมูลที่ได้ด้วยวิธีนี้มักจะอยู่ภายใต้การวิเคราะห์ตาลำเอียง เมื่อเร็ว ๆ นี้เราได้พัฒนาแพคเกจซอฟต์แวร์ ISEApeaks เพื่อดึงและจัดการข้อมูลสูงสุดจาก sequencers อัตโนมัติจากข้อมูล spectratype CDR3 ได้ เราอธิบายกลยุทธ์ทั่วไปสำหรับการวิเคราะห์ spectratype CDR3 ขึ้นอยู่กับสองโมดูลใหม่ที่เฉพาะเจาะจงและสถิติหลายตัวแปร โมดูลแรกที่อยู่ในปัญหาสำคัญของยอดเขาที่ราบเรียบ ที่สองก็คือกล่องเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ของ spectratypes CDR3 ซึ่งรวมถึงการคำนวณก่อกวนกำเริบหายอดการประเมินการขยายตัวและ datamining เพื่อแสดงให้เห็นวิธีการของเราเราได้รับการประเมินที่ซับซ้อนแก้ไข TCRB เพลงที่เกิดจาก Plasmodium berghei ANKA การติดเชื้อ (PbA) วิธีการนี​​้จะวิเคราะห์เพลงทั่วโลกและครบถ้วนสมบูรณ์เป็นที่น่าสนใจสำหรับการศึกษาทั่วไป T-และ B-เม็ดเลือดขาวและละครที่จะใช้ในการผองเพื่อนมนุษย์ในโรคต่างๆและในระหว่างการทดลองทางคลินิกในปัจจุบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ภูมิคุ้มกัน repertoires t หรือ B เซลล์มักจะใช้ประกอบการกำหนดเขต 3 ( cdr3 ) spectratyping . อย่างไรก็ตาม ข้อมูลที่ได้ด้วยวิธีนี้มักจะขึ้นอยู่กับอคติตาการวิเคราะห์ เราพัฒนาเมื่อเร็ว ๆ iseapeaks แพคเกจซอฟต์แวร์เพื่อดึงข้อมูลและจัดการข้อมูลสูงสุดจากซีเควนเซอร์แบบอัตโนมัติ ซึ่ง cdr3 spectratype ข้อมูลดังกล่าวได้เราอธิบายกลยุทธ์ทั่วไปสำหรับการวิเคราะห์ spectratype cdr3 ตามโมดูลที่เฉพาะเจาะจงสองใหม่และสถิติหลายตัวแปร โมดูลแรกที่อยู่ปัญหาที่สำคัญของยอดเรียบ . ประการที่สองคือเครื่องมือสำหรับการวิเคราะห์ cdr3 spectratypes ซึ่งรวมถึงสมการการคำนวณ , การประเมินการขยายตัวและการกลับเป็นซ้ำสูงสุด , ดาต้าไมนิ่ง . แสดงให้เห็นถึงวิธีการของเราเราประเมินที่ซับซ้อน tcrb ละครดัดแปลงที่เกิดจากการ berghei แองคา ( PBA ) การติดเชื้อ นี้ทั่วโลกและข้อมูลการวิเคราะห์เพลงที่น่าสนใจทั่วไปสำหรับ T - บีเซลล์ละครการศึกษา และในปัจจุบันใช้ในมนุษย์ cohorts ในโรคต่างๆและระหว่างการทดลองทางคลินิก