As for our phylogenetic analysis, w

As for our phylogenetic analysis, we used PartitionFinder v1.1.0 (Lanfear et al., 2012) to select the best model of nucleotide substitution and the best partitioning scheme for our 37-taxon dataset after defining nine potential partitions (3 coding regions 3 codon positions). The best scheme again combined the data for the three genes in two partitions (codon positions 1 + 2 and codon position 3), with TrN+I+G identified as the best model of substitution for both partitions. Thus, for our BEAST runs we used the same parameter settings for each partition – Substitution Model = TN93; Base Frequencies = Estimated; Site Heterogeneity Model = Gamma (with 4 rate categories); Clock Model = Lognormal relaxed clock (uncorrelated) – and we allowed evolutionary rates and base frequencies to be unlinked between partitions. We assumed a Speciation: Yule Process model for the Tree Prior (which is generally appropriate for trees involving sequences from several species), used a randomly generated starting tree (subject to the monophyly constraints noted above), and specified a diffuse gamma prior distribution (with shape 0.001 and scale 1000) for the ucld.mean parameter

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic ของเรา เราใช้ PartitionFinder v1.1.0 (Lanfear et al., 2012) เพื่อเลือกรูปแบบสุดของแทนนิวคลีโอไทด์และดีสุดในการแบ่งพาร์ทิชันโครงร่างสำหรับชุดข้อมูลของเรา 37 taxon หลัง defining เก้าเป็นพาร์ติชัน (3 รหัสภูมิภาค 3 รหัสพันธุกรรมตำแหน่ง) แผนงานดีที่สุดรวมข้อมูลยีน 3 ในพาร์ติชันที่สอง (รหัสพันธุกรรมตำแหน่ง 1 + 2 และรหัสพันธุกรรมตำแหน่ง 3), อีก TrN + ฉัน + G identified เป็นรูปแบบแทนที่สำหรับพาร์ติชันทั้งสอง ดังนั้น สำหรับสัตว์ของเราทำงาน เราใช้ตั้งค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละพาร์ติชัน – ทดแทนรุ่น = TN93 พื้นฐานความถี่ =ประมาณ เว็บไซต์รุ่น Heterogeneity =แกมมา (มี 4 อัตราประเภท); นาฬิการุ่น = Lognormal นาฬิกา (uncorrelated) – ผ่อนคลาย และเราได้ราคาพิเศษวิวัฒนาการและความถี่พื้นฐานจะไม่ได้เชื่อมโยงระหว่างพาร์ติชัน เราถือว่าการเกิดสปีชีส์ใหม่: จำลองกระบวนการเทศกาลคริสต์มาสสำหรับต้นไม้ก่อน (ซึ่งเป็นที่เหมาะสมสำหรับต้นไม้ที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากหลายสายพันธุ์โดยทั่วไป), ใช้เป็นแผนภูมิเริ่มต้นสร้างขึ้นแบบสุ่ม (ขึ้นอยู่กับข้อจำกัด monophyly ที่ระบุข้างต้น), และ specified การกระจายก่อนแกมมา (มีรูปร่างเป็น 0.001 และขนาด 1000) สำหรับพารามิเตอร์ ucld.mean

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในฐานะที่เป็นสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของเราเราใช้ PartitionFinder v1.1.0 (Lanfear et al., 2012) เพื่อเลือกรุ่นที่ดีที่สุดของการทดแทนเบื่อหน่ายและโครงการแบ่งชุดข้อมูลที่ดีที่สุดสำหรับการ 37 แท็กซอนของเราหลังจากที่หนิงเด Fi เก้าพาร์ทิชันที่อาจเกิดขึ้น (3 ภูมิภาคเข้ารหัส 3 codon ตำแหน่ง) ที่ดีที่สุดของโครงการรวมกันอีกครั้งข้อมูลสำหรับสามยีนในสองพาร์ทิชัน (ตำแหน่ง codon 1 + 2 และตำแหน่ง codon 3) มี TrN + I + G การระบุเอ็ดไฟเป็นรูปแบบที่ดีที่สุดของการทดแทนสำหรับพาร์ทิชันทั้งสอง ดังนั้นสำหรับ BEAST ของเราทำงานที่เราใช้ในการตั้งค่าพารามิเตอร์เดียวกันสำหรับแต่ละพาร์ทิชัน - เปลี่ยนตัวรุ่น = TN93; ความถี่ฐาน = ประมาณ; เว็บไซต์เอกภาพรุ่น = แกมมา (มี 4 ประเภทอัตรา); นาฬิการุ่น = นาฬิกาผ่อนคลาย Lognormal (uncorrelated) - และเราได้รับอนุญาตให้อัตราการวิวัฒนาการและความถี่ฐานที่จะยกเลิกการเชื่อมโยงระหว่างพาร์ทิชัน เราสันนิษฐาน Speciation: เทศกาลคริสต์มาสแบบกระบวนการสำหรับต้นไม้ก่อน (ซึ่งโดยทั่วไปที่เหมาะสมสำหรับต้นไม้ที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากหลายสายพันธุ์) ใช้สร้างแบบสุ่มเริ่มต้น (ภายใต้ข้อ จำกัด monophyly ระบุไว้ข้างต้น) และที่ระบุไว้ ed แกมมากระจายกระจายก่อน ( ที่มีรูปร่างและขนาด 0.001 1000) สำหรับพารามิเตอร์ ucld.mean

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการวิเคราะห์ phylogenetic ของเรา เราใช้ partitionfinder v1.1.0 ( lanfear et al . , 2012 ) ที่จะเลือกรุ่นที่ดีที่สุดของการแทนที่นิวคลีโอไทด์และดีที่สุดสำหรับข้อมูลโครงการแบ่งหมวดหมู่ 37 ของเราหลังจากที่เดอจึงหนิงเก้าศักยภาพพาร์ทิชัน ( 3 รหัสภูมิภาค 3 รหัสตำแหน่ง )โครงการที่ดีที่สุดอีกครั้งรวมข้อมูลทั้ง 3 ยีนสองพาร์ทิชัน ( ตำแหน่งที่ 1 2 และ 3 รหัสตำแหน่ง codon ) กับ trn ชั้น G identi จึงเอ็ดเป็นรุ่นที่ดีที่สุดของชดเชยทั้งพาร์ทิชัน ดังนั้น สำหรับสัตว์ของเราวิ่งเราใช้การตั้งค่าพารามิเตอร์เดียวกันสำหรับแต่ละพาร์ทิชันเพื่อทดแทนรูปแบบฐานความถี่ = = tn93 ; ประมาณ ;เว็บไซต์ความหลากหลายรูปแบบ = แกมม่า ( 4 คะแนนประเภท ) ; นาฬิกานาฬิการูปแบบ = แบบผ่อนคลาย ( uncorrelated ) –และเราอนุญาตให้อัตราการวิวัฒนาการและความถี่ฐานที่จะยกเลิกการเชื่อมโยงระหว่างพาร์ทิชัน เราถือว่ากระบวนการรูปแบบชนิด : เทศกาลคริสต์มาสต้นไม้ก่อน ( ซึ่งโดยทั่วไปที่เหมาะสมสำหรับต้นไม้ที่เกี่ยวข้องกับลำดับจากหลายสายพันธุ์ )ใช้ที่สร้างขึ้นแบบสุ่มตั้งแต่ต้น ( ต้อง monophyly ข้อจำกัดที่ระบุไว้ข้างต้น ) และกาจึงเอ็ดเป็นกระจายแกมมาก่อนกระจาย ( มีรูปร่าง 0.001 และขนาด 1000 ) สำหรับ ucld.mean พารามิเตอร์