Source of peptidesThe amino acid se

Source of peptides
The amino acid sequence analysis of major accumulated peptides detected by SDS–PAGE was reported to be unsuccessful (11). Those results indicated that the N-termini of the peptides were blocked. It is well known that the N-terminal amino acid of rice glutelin is pyroglutamate (21), which prevents the Edman degradation. In this study, peptide samples were subjected to 2-D gel electrophoresis for peptide mass fingerprinting (PMF) analysis. Most of the major spots found in the two different digests (steamed rice grains and isolated PB with a high glucose content) were located at the same positions in the 2-D gel, although spot intensities differed (Fig. 2A, B). Spot d-1 was found only in the digest of the steamed rice grains. Although the reason for this difference is not clear, it is supposed that the isolated PB preparation did not have the same constituents as that of the steamed rice grains. Most of the higher-mass (25–30 kDa) peptides were found in the neutral-pI zone, whereas the peptides with a lower mass were localized in the high-pI zone. Thirteen major spots shown in Fig. 2A or 2B were analyzed by MALDI-TOF MS after in-gel digestion. As shown in Table 1, some peptides from spots a-1 to 8 and from spots b-1, 2, and 3 shared identical mass signals, indicating some identical sequences. A summary of the PMF database search is shown in Table 2. Spots b-1, 2, 3, and d matched glutelin with scores of 66, 61, 85, and 79, respectively, whereas spots a-1 to 8 matched unannotated proteins with scores ranging from 57 to 68. MS/MS of the peptide fragment having a mass of 1716.8 by PMF analysis from spot a-1 showed a high score, 112, for glutelin, assuming an N-terminal (Table 3). The identical mass fragment of 1716.8 found in spots a-1 to 8 indicated the identical N-terminal region of glutelin. We performed a theoretical calculation of the mass weights of fragments expected to be generated from the peptides derived from an in silico tryptic digest of all rice glutelins in the NCBI database. From this analysis, the 1663.8 fragment from spots b-1, 2, and 3 and the 1618.8 fragment from spot c-1 were matched to the calculated fragment masses of the N-terminal peptides of glutelins derived from different genes (Table 1). Although there were no direct evidence and adequate analysis, the obtained data suggest that the analyzed 13 major peptide spots in the 2-D gel were partially digested glutelin and that 12 of the 13 have the N-termini of the glutelin acidic subunits. These results indicate that the major source of these peptides is rice glutelin. It is indicated that the peptide of spot d-1 might not have the N-ternimal region of glutelin because the calculated mass weight data did not match the observed mass signals of d-1. The results of the 2-D gel electrophoresis showed that lower-molecular-weight peptides have higher pI values; the MALDI-TOF-MS results indicated that these observed peptides are a series of the digested rice glutelin acidic subunits. Because the C-terminal region of glutelin contains a large amount of a glutamic acid residue, these results and findings indicate that the C-terminal regions of glutelin are preferentially cut at the early digestion step. Although the reason for the accumulation of glutelin's N-terminal-containing peptides is unclear, it is supposed that the glutelin's N-terminal region may not be exposed on the molecular surface and that their structure may be hardly digested by the exogenous proteases of Aspergillus oryze at the initial digestion step of steamed rice grains.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แหล่งที่มาของเปปไทด์การวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนเปปไทด์สะสมสำคัญที่ตรวจพบ โดย SDS – หน้าเป็นรายงานที่จะไม่สำเร็จ (11) ผลลัพธ์ดังกล่าวระบุว่า N-เทอร์มินิของเปปไทด์ที่ถูกบล็อก เป็นที่รู้จักกันดีว่ากรดอะมิโน N-เทอร์มินัลของ glutelin ข้าว pyroglutamate (21), ซึ่งป้องกันการสลายตัวของ Edman ในการศึกษานี้ ตัวอย่างเพปไทด์ถูกต้องเจล 2 D electrophoresis ในมวลเพปไทด์ (PMF) วิเคราะห์ลายพิมพ์ จุดสำคัญส่วนใหญ่พบในสองแตก digests (นึ่งข้าว และแยกต่างหาก PB กับเนื้อหากลูโคสสูง) มีอยู่ที่ตำแหน่งเดิมในเจ 2-D แม้ว่าการปลดปล่อยก๊าซจุดแตกต่าง (Fig. 2A, B) จุด d-1 พบเฉพาะในการย่อยแป้งข้าว แม้ว่าสาเหตุความแตกต่างนี้ไม่ชัดเจน มันจะควรว่า PB เตรียมแยกไม่มี constituents เดียวกับแป้งข้าว ส่วนใหญ่ของเปปไทด์สูงมวล (25-30 kDa) พบในโซนปี่กลาง ในขณะที่เปปไทด์ที่ มีมวลต่ำที่เป็นภาษาท้องถิ่นในโซนสูงปี่ จุดสำคัญสิบสามลักษณะที่แสดงใน Fig. 2A 2B ถูกวิเคราะห์ โดย MS MALDI TOF หลังจากย่อยอาหารในเจล ดังแสดงในตารางที่ 1 เปปไทด์บาง จากจุดกไป 8 และ จากจุด b-1, 2 และ 3 ร่วมเหมือนสัญญาณโดยรวม แสดงลำดับบางเหมือนกัน บทสรุปของการค้นหาฐานข้อมูล PMF จะแสดงในตารางที่ 2 จุด b-1, 2, 3 และ d จับคู่ glutelin ด้วยคะแนน 66, 61, 85 และ 79 ตามลำดับ ในขณะที่จุดกไป 8 จับคู่โปรตีน unannotated กับคะแนนตั้งแต่ 57 ถึง 68 MS/MS ของเพปไทด์แยกส่วนมีมวลของ 1716.8 โดย PMF วิเคราะห์จากจุดกพบว่าคะแนนสูง 112, glutelin สมมติว่ามี N-เทอร์มินัล (ตาราง 3) ส่วนใหญ่เหมือนของ 1716.8 ที่พบในจุด a-1 เป็น 8 ระบุ glutelin ภูมิภาคสถานี N เหมือนกัน เราทำการคำนวณน้ำหนักมวลของชิ้นส่วนที่คาดว่าจะสร้างจากเปปไทด์ที่มาจาก silico การในทฤษฎีย่อย tryptic ของ glutelins ข้าวทั้งหมดในฐานข้อมูล NCBI จากการวิเคราะห์นี้ ส่วน 1663.8 จากจุด b-1, 2 และ 3 และส่วน 1618.8 จากจุด c-1 ถูกจับคู่กับส่วนคำนวณมวลของเปปไทด์ของเทอร์มินัล N ของ glutelins ที่ได้มาจากยีนแตกต่างกัน (ตารางที่ 1) แม้ว่าจะมีไม่มีหลักฐานโดยตรงและวิเคราะห์อย่างเพียงพอ ได้รับข้อมูลแนะนำว่า การวิเคราะห์ 13 หลักเพปไทด์ในเจ 2 D ได้บางส่วนเจ่า glutelin และ 12 ของ 13 มี N-เทอร์มินิของ subunits เปรี้ยว glutelin ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า แหล่งที่มาสำคัญของเปปไทด์เหล่านี้ข้าว glutelin เป็นระบุว่า เพปไทด์จุด d-1 อาจไม่มีภูมิภาค N ternimal ของ glutelin เนื่องจากข้อมูลน้ำหนักโดยรวมที่คำนวณได้ไม่ตรงกับสัญญาณโดยรวมพบ d-1 ผลลัพธ์ของ electrophoresis เจล 2 D พบว่า เปปไทด์ล่างโมเลกุลน้ำหนักมีค่า pI สูง ผลลัพธ์ MALDI TOF MS ระบุว่า เหล่านี้สังเกตเปปไทด์ยังมีการย่อยข้าว glutelin เปรี้ยว subunits เนื่องจากภูมิภาคสถานี C ของ glutelin ประกอบด้วยจำนวนมากตกค้างเป็นเมต ผลลัพธ์และผลการวิจัยเหล่านี้ระบุว่า ภูมิภาคสถานี C ของ glutelin โน้ตได้ถูกตัดในขั้นตอนการย่อยอาหารก่อน แม้ว่าเหตุผลของการสะสมของเปปไทด์ของ glutelin N-นัลประกอบด้วยไม่ชัดเจน ไม่ควรว่า ภูมิภาคของ glutelin N-เทอร์มินัลอาจไม่สามารถแสดงบนพื้นผิวโมเลกุล และที่ โครงสร้างอาจจะไม่ต้อง โดย proteases บ่อยของ Aspergillus oryze ในขั้นตอนการย่อยอาหารเริ่มต้นของข้าวธัญพืช

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แหล่งที่มาของเปปไทด์
ลำดับกรดอะมิโน เปปไทด์ ที่ตรวจพบโดยการวิเคราะห์หลักสะสม SDS และหน้ารายงานไม่สำเร็จ ( 11 ) ผลปรากฏว่า n-termini ของเปปไทด์ที่ถูกบล็อก . มันเป็นที่รู้จักกันดีว่ากรดอะมิโนกรดอะมิโนกลูเทลินเป็นข้าว pyroglutamate ( 21 ) ซึ่งช่วยป้องกันการย่อยสลาย edman . ในการศึกษานี้ตัวอย่างเปปไทด์ถูก 2-D gel electrophoresis ( PMF ) มวลของเปปไทด์รูปแบบการวิเคราะห์ ที่สุดของจุดที่สำคัญที่พบในที่แตกต่างกันสองย่อย ( ข้าวธัญพืช และแยก PB กับเนื้อหาน้ำตาลสูง ) อยู่ในตำแหน่งเดียวกันใน 2 มิติ เจล แม้ว่าความเข้มมีจุด ( รูปที่ 2A , B ) จุดที่ 1 คือ พบเฉพาะในย่อยของข้าวธัญพืชแม้ว่าเหตุผลที่แตกต่างนี้ไม่ชัด ก็คิดว่าการแยกตะกั่วไม่ได้มีองค์ประกอบที่เหมือนกันของข้าวธัญพืช ส่วนใหญ่ของมวลสูง ( 25 – 30 kDa ) เปปไทด์ที่พบในเขตพี เป็นกลาง ส่วนเปปไทด์ที่มีมวลต่ำเป็นภาษาท้องถิ่นในเขตพี สูง จุดที่แสดงในรูปที่ 13 หลัก2A 2B หรือวิเคราะห์โดย maldi-tof MS หลังจากในการย่อยอาหาร เจล ดังแสดงในตารางที่ 1 บางเปปไทด์จากจุด ก 8 และจากจุด B1 , 2 และ 3 ร่วมกันเหมือนมวลสัญญาณบ่งชี้บางอย่างที่เหมือนกันดังนี้ บทสรุปของระบบค้นหาฐานข้อมูลที่แสดงในตารางที่ 2 จุด B1 , 2 , 3 , และ D จับคู่กลูเทลินด้วยคะแนน 66 , 61 , 85 และ 79 ตามลำดับในขณะที่จุด A-1 8 ตรงกับโปรตีน unannotated ที่มีคะแนนตั้งแต่ 57 ถึง 68 MS / MS ของเปปไทด์ เบสมีมวลของ 1716.8 โดยการวิเคราะห์ระบบจากจุด กให้คะแนนสูง , 112 , กลูเทลิน สมมุติว่าเป็นกรดอะมิโน ( ตารางที่ 3 ) เหมือนมวลเบสของ 1716.8 พบในจุด A-1 8 ระบุภูมิภาคของกรดอะมิโนที่เหมือนกันของกลูเทลิน .เราได้ทำการคำนวณทางทฤษฎีของมวลน้ำหนักของชิ้นส่วนที่คาดว่าจะถูกสร้างขึ้นจากเปปไทด์ที่ได้มาจากอาหารสำหรับย่อยของ glutelins ข้าวทั้งหมดใน ncbi ฐานข้อมูล จากการวิเคราะห์ 1663.8 fragment จากจุด B1 , 2 , 3 และ 1 .8 ชิ้น จากจุด c-1 ถูกจับคู่เพื่อคำนวณส่วนมวลของเปปไทด์ได้ถูก glutelins มาจากยีนที่แตกต่างกัน ( ตารางที่ 1 ) แม้จะไม่มีหลักฐานโดยตรงและการวิเคราะห์อย่างเพียงพอข้อมูลแนะนำว่าแบบใหญ่ 13 จุดใน 2 มิติคือ เปปไทด์ เจลบางส่วนย่อยกลูเทลินและที่ 12 ของ 13 มี n-termini ของกลูเทลินหน่วยย่อยที่เป็นกรด . ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า แหล่งที่มาของเปปไทด์เหล่านี้คือข้าวกลูเทลิน .จากการทดลองพบว่าเปปไทด์ของจุดที่ 1 อาจจะไม่มีภาค n-ternimal ของกลูเทลินเพราะคำนวณมวลน้ำหนักข้อมูลไม่ตรงกับที่สังเกตสัญญาณของสื่อมวลชน 1 . ผลของ 2-D gel electrophoresis พบว่าโมเลกุลเปปไทด์มีสูงกว่า และราคาค่าการ maldi-tof-ms เหล่านี้สังเกตพบว่าเปปไทด์เป็นชุดของหน่วยย่อยข้าวกลูเทลินเปรี้ยว . เพราะพื้นที่ของกลูเทลินซึ่งมีปริมาณของกากกรดกลูตามิค ผลลัพธ์เหล่านี้และพบว่าภูมิภาคของกลูเทลินจะ preferentially ซึ่งตัดขั้นตอนการย่อยก่อนแม้ว่าเหตุผลของการสะสมของกลูเทลินเป็น n-terminal-containing เปปไม่ชัดเจน มันคิดว่าเป็นกรดอะมิโนกลูเทลินภูมิภาคอาจจะไม่สัมผัสบนพื้นผิวและโครงสร้างของโมเลกุลที่อาจจะไม่ค่อยเข้าใจ โดยทางภายนอกของ Aspergillus โอไรเซ่ที่เริ่มต้นการย่อยอาหารก้าวข้าวธัญพืช