and oriented contigs had a total le

and oriented contigs had a total length of 464 Mb. To estimate the
gene coverage of the assembly, 97,878 ESTs (59-EST: 49,991; 39-EST: 47,837; [33]) generated from a full-lengthA. pisumcDNA
library were mapped to the Acyr 1.0 assembly. Ninety-nine
percent of these EST sequences were mapped in Acyr 1.0, and
81% of the clones had both 59- and 39-ESTs mapping to the same
scaffold with appropriate separation distance and opposite
orientations. No sequences with high similarity to the,170,000
available ESTs were found in the unassembled reads, suggesting
that few protein-coding genes remain in the unassembled fraction
of the dataset.
GC content. The assembled regions of the pea aphid genome
have the lowest GC content of any insect genome sequenced to
date; at 29.6%, pea aphid GC content is 5.2% lower than that of
Apis melliferaat 34.8% [40]. Computed over all concatenated
transcripts pea aphid GC content averages 38.8% (SD= 8.4,
N= 37,994), a value similar to that ofApis mellifera(mean = 38.6%,
SD= 9.7,N= 17,182) (Table S2).
Gene model prediction. Prior to this project, less than 200
pea aphid genes had been sequenced. Thus, we performed
automated gene predictions to aid study of the pea aphid gene
repertoire. High-quality gene models with either partial or fulllength EST and/or protein homology support computed by
NCBI’s gene prediction pipeline serve as a core set of 10,249
protein-coding gene models and are integrated into the public
RefSeq databases at NCBI. Since the number of gene models with
EST or protein homology support is expected to be smaller than
the true number of protein-coding genes in the pea aphid genome,
additional gene models were calculated using six additional gene
prediction programs and combined, using GLEAN [41], into a
consensus set of 24,355 additional gene models (Table 1). When
compared to 2,089 exons of known origin and sequence, the
GLEAN consensus gene models contained the highest number of
bases overlapping the known exons. Other details of this
comparison are in Table S3, and a comparison of pea aphid
and other arthropod gene structures is shown in Table S4.
Ab initio prediction requires the detection of intron/exon
junctions based on rules observed from the major spliceosome
machinery. However, some introns are excised by the minor
spliceosome driven by the U12 small snoRNA, and these introns
are poorly predicted by ab initio algorithms. We identified 134
putative U12 introns in the pea aphid genome representing the
most identified in any insect. This high number of U12 introns
likely complicates ab initiogene modeling in the pea aphid.
The combined total of 34,604 gene predictions includes
unsupported ab initio models, partial gene models, and genes
incorrectly shown as duplicated in the Acyr_1.0 assembly (see
below). This estimate is likely, therefore, to exceed the true
number of protein-coding genes. Nevertheless, the combined set of
computational gene predictions provided a foundation for
subsequent analyses, including manual annotation of 2,010 genes.
Genome-based phylogeny, genome comparisons, and
gene phylogenies. We took advantage of the first genome for
a hemipteran species to perform a whole genome-based species
phylogeny of the insects. The resulting phylogeny, based on 197
genes with single copy orthologs, is congruent with previous
phylogenetic analyses [42] and places the pea aphid together with
Pediculus humanus, another member of the para-neoptera clade,
basal to the Holometabola (Figure 3). Comparing gene content
across this phylogeny revealed that the pea aphid shares 30%–
55% (e-value,10
23
) of its genes in its complete gene set with other
sequenced insects, with the highest overlap with Nasonia vitripennis
andTribolium castaneum(53% in both cases) (Figure 3). However,
37% of predicted pea aphid genes have no significant hits

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

และ contigs ที่มุ่งเน้นการมีความยาวรวม 464 เมกะไบต์ เพื่อประเมินความคุ้มครองยีน
จากการชุมนุม, 97878 ESTS (59-EST: 49991; 39-EST: 47837; [33]) ที่สร้างขึ้นจากเต็ม lengtha pisumcdna
ห้องสมุดถูกแมปไปยัง acyr 1.0 ประกอบ เก้าสิบเก้าเปอร์เซ็นต์
เหล่านี้วนเวียน EST ถูกแมปใน acyr 1.0 และ
81% ของโคลนมีทั้ง 59 - และ 39-ESTS เพื่อการทำแผนที่เดียวกัน
นั่งร้านที่มีการแยกระยะทางที่เหมาะสมและตรงข้ามกับการหมุน
วนเวียนอยู่กับความคล้ายคลึงกันสูงถึง 170,000
ESTS ใช้ได้ถูกพบอยู่ใน แต่อย่างใดอ่านบอกว่า
ยีนโปรตีนเข้ารหัสไม่กี่ยังคงอยู่ใน
เศษส่วนของข้อมูล แต่อย่างใด.
เนื้อหา GC ภูมิภาคประกอบของจีโนมเพลี้ยอ่อนถั่วเนื้อหา GC ต่ำที่สุดของจีโนมแมลงใด ๆ ได้ติดใจ

วัน; วันที่ 296%, เพลี้ยเนื้อหาถั่ว GC คือ 5.2% ต่ำกว่า
APIs melliferaat 34.8% [40] คำนวณทุกจิตบำบัด
ตัดแบ่งเพลี้ย GC เฉลี่ยเนื้อหาถั่ว 38.8% (SD = 8.4
n = 37,994) มูลค่าใกล้เคียงกันกับที่ ofapis mellifera (mean = 38.6%
SD = 9.7, n = 17,182) (ตารางที่ S2)
. ทำนายรูปแบบการแสดงออกของยีน ก่อนที่จะมีโครงการนี​​้น้อยกว่า 200
ยีนเพลี้ยอ่อนถั่วได้รับติดใจ ดังนั้นเราดำเนิน
การคาดการณ์ของยีนอัตโนมัติเพื่อช่วยในการศึกษาของยีนเพลี้ยอ่อนถั่วละคร
ที่มีคุณภาพสูงรูปแบบยีนกับทั้งบางส่วนหรือ fulllength EST และ / หรือการสนับสนุนที่คล้ายคลึงกันโปรตีนคำนวณโดย
ท่อทำนาย NCBI ของยีนทำหน้าที่เป็นชุดหลักของ 10,249
โปรตีนการเข้ารหัสรูปแบบของยีนและจะรวมอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะ
RefSeq ที่ NCBI ตั้งแต่จำนวนของรูปแบบยีนที่มี
EST หรือการสนับสนุนที่คล้ายคลึงกันโปรตีนที่คาดว่าจะมีขนาดเล็กกว่า
จำนวนที่แท้จริงของการเข้ารหัสโปรตีนยีนในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่ว
รูปแบบยีนที่เพิ่มขึ้นได้รับการคำนวณโดยใช้หกยีนเพิ่มเติม
โปรแกรมการทำนายและทำงานร่วมกันโดยใช้รวบรวม [41] เข้าไป ชุด
ฉันทามติจาก 24,355 รูปแบบยีนเพิ่มเติม (ตารางที่ 1) เมื่อเทียบกับ
2089 exons ของแหล่งกำเนิดที่รู้จักและลำดับ
รวบรวมรูปแบบการแสดงออกของยีนที่มีความเห็นเป็นเอกฉันท์จำนวนสูงสุดของฐานที่ทับซ้อนกัน
exons รู้จัก รายละเอียดอื่น ๆ ของการเปรียบเทียบ
นี้อยู่ในตาราง S3 และการเปรียบเทียบของ
เพลี้ยถั่วและโครงสร้างอื่น ๆ ยีน arthropod ก็แสดงให้เห็นในตารางที่ S4.
ทำนายเริ่มแรกต้องมีการตรวจสอบขของ intron / เอกซ์ซอน junctions
ตามกฎสังเกตได้จาก spliceosome สำคัญ
เครื่องจักร อย่างไรก็ตามintrons บางส่วนจะตัดทิ้งโดยผู้เยาว์
spliceosome ขับเคลื่อนด้วย U12 เล็ก snoRNA และ introns เหล่านี้
จะคาดการณ์ไม่ดีโดย AB ขั้นตอนวิธีการเริ่มแรก เราระบุ 134
สมมุติ U12 introns ในจีโนมของเพลี้ยอ่อนถั่วแทน
ส่วนใหญ่ยึดติดในแมลงใด ๆ นี้จำนวนมาก U12 introns
น่าจะมีความซับซ้อนการสร้างแบบจำลอง AB initiogene ในเพลี้ยอ่อนถั่ว.
รวม 34,604 รวมถึงการคาดการณ์ของยีน
AB ได้รับการสนับสนุนรูปแบบเริ่มแรกแบบจำลองบางส่วนของยีนและยีนที่แสดง
ไม่ถูกต้องเป็นซ้ำในการชุมนุม acyr_1.0 (ดู
ด้านล่าง) ประมาณการนี​​้อาจเป็นไปได้ดังนั้นเพื่อเกินจำนวน
ที่แท้จริงของยีนโปรตีนเข้ารหัส- อย่างไรก็ตามชุดรวมของการคาดการณ์
ยีนคำนวณให้รากฐานสำหรับการวิเคราะห์ที่ตามมา
รวมทั้งบันทึกย่อคู่มือ 2,010 ยีน.
เชื้อชาติจีโนมที่ใช้การเปรียบเทียบจีโนมและ
phylogenies ยีน เราใช้ประโยชน์จากจีโนมแรกสำหรับ
hemipteran สายพันธุ์ที่จะดำเนินการทั้งจีโนมตามสายพันธุ์เชื้อชาติ
ของแมลง เชื้อชาติที่เกิดขึ้นเมื่อ 197
ยีนเดียวกับสำเนา orthologs เป็นสอดคล้องกับหน้าที่การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ
[42] และสถานที่เพลี้ยอ่อนถั่วร่วมกับ
Pediculus humanus,สมาชิกอีกคนหนึ่งของ clade พารา neoptera
รากฐาน holometabola (รูปที่ 3) เปรียบเทียบ
เนื้อหายีนข้ามเชื้อชาตินี้เผยให้เห็นว่าหุ้นเพลี้ยถั่ว 30% - 55%
(e-value, 10
23
) ของยีนในยีนสมบูรณ์ตั้งกับคนอื่น ๆ แมลงติดใจ
มีการซ้อนทับกันมากที่สุดกับ nasonia vitripennis
andtribolium castaneum (53% ในทั้งสองกรณี) (รูปที่ 3) แต่
37% ของยีนที่คาดการณ์ไว้เพลี้ยอ่อนถั่วมีเพลงฮิตอย่างไม่มีนัยสำคัญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

และแนว contigs มีความยาวรวม 464 Mb การประเมินการ
ยีนความครอบคลุมของแอสเซมบลี 97,878 ESTs (59-EST: 49,991; 39-EST: 47,837 [33]) สร้างขึ้นจากเต็ม-lengthA pisumcDNA
ไลบรารีถูกแมปกับแอสเซมบลี Acyr 1.0 ไนน์ตี้ไนน์
เปอร์เซ็นต์ของ EST ลำดับเหล่านี้ถูกแมปใน Acyr 1.0 และ
81% ของโคลนได้ทั้ง 59 - และ 39-ESTs แม็ปไปเหมือนกัน
นั่งร้านห่างจากแยกที่เหมาะสมและตรงกันข้ามกับ
แนว ลำดับไม่ มีความคล้ายคลึงกันสูงไป 170, 000
ESTs ว่างพบอ่าน unassembled แนะนำ
ที่บางรหัสโปรตีนยีนอยู่ในเศษ unassembled
ของชุดข้อมูล
GC เนื้อหา ภูมิภาคประกอบของจีโนม aphid ชัญ
มีเนื้อหา GC ต่ำสุดของกลุ่มแมลงใดเรียงลำดับการ
วัน ที่ 296% ถั่ว aphid GC เนื้อหาเป็น 5.2% ต่ำกว่าที่ของ
Apis melliferaat 34.8% [40] คำนวณทั้งหมดรับการรวม
เนื้อหา aphid GC ดอกอัญชัญใบแสดงผลหาค่าเฉลี่ย 38.8% (SD = 8.4,
N = 37,994), ค่าคล้ายกับ mellifera ที่ ofApis (ค่าเฉลี่ย = 9.7, N = 17,182 38.6%,
SD=) (ตาราง S2)
คาดเดารูปแบบยีน ก่อนหน้านี้โครงการ น้อยกว่า 200
ชัญ aphid ยีนมีการเรียงลำดับ ดังนั้น เราทำ
อัตโนมัติคาดคะเนยีนเพื่อช่วยศึกษายีน aphid ชัญ
ละคร คำนวณแบบจำลองคุณภาพสูงยีน ด้วยบางส่วนหรือ fulllength EST หรือโปรตีน homology สนับสนุนโดย
ไปป์ไลน์การทำนายยีนของ NCBI เสิร์ฟเป็นชุดหลัก 10, 249
รหัสโปรตีนรูปแบบยีนและมีรวมอยู่ในสาธารณะ
RefSeq ฐานที่ NCBI ตั้งแต่หมายเลขรุ่นยีนด้วย
สนับสนุน homology EST หรือโปรตีนจะคาดว่าจะมีขนาดเล็กกว่า
จำนวนรหัสโปรตีนยีนในจีโนม aphid ดอกอัญชัญ จริง
รูปแบบยีนเพิ่มเติมถูกคำนวณโดยใช้ยีนเพิ่มเติม 6
ทายโปรแกรม และ รวม การใช้ GLEAN [41], เป็น
มติชุดรุ่น 24,355 ยีนเพิ่มเติม (ตารางที่ 1) เมื่อ
เมื่อเทียบกับ exons 2,089 มารู้จักและลำดับ การ
รุ่น GLEAN มติยีนประกอบด้วยจำนวนสูงสุด
ฐานซ้อน exons รู้จัก รายละเอียดอื่น ๆ ของ
เปรียบเทียบอยู่ใน S3 ตาราง และการเปรียบเทียบของ aphid ชัญ
และอื่น ๆ โครงสร้างยีนสัตว์ขาปล่องจะแสดงในตาราง S4.
Ab initio ทำนายต้องตรวจของ intron/exon
junctions ตามกฎสังเกตจาก spliceosome สำคัญ
เครื่องจักร อย่างไรก็ตาม introns บางมี excised โดยเยาว์
spliceosome ขับเคลื่อน ด้วย snoRNA เล็ก U12 และ introns เหล่านี้
จะทำนาย โดย ab initio อัลกอริทึมงาน เราระบุ 134
putative U12 introns ในถั่ว aphid กลุ่มตัวแทน
สุดระบุในแมลงใด ๆ จำนวน U12 introns สูง
อาจ complicates initiogene ab สร้างโมเดลในถั่ว aphid
จำนวน 34 รวมกันรวมถึงคาดคะเนยีน 604
สนับสนุน ab initio รุ่น รูปแบบยีนบางส่วน และยีน
ถูกแสดงเป็นซ้ำในแอสเซมบลี Acyr_1.0 (ดู
ด้านล่าง) ประเมินนี้มีแนวโน้ม ดังนั้น เกินความจริง
หมายเลขของรหัสโปรตีนยีน อย่างไรก็ตาม รวมชุด
คาดคะเนคำนวณยีนให้รากฐาน
ต่อมาวิเคราะห์ รวมทั้งคำอธิบายด้วยตนเอง 2010 พลังงานยีน
phylogeny ตามจีโนม เปรียบเทียบจีโนม และ
phylogenies ยีน เราเอาประโยชน์ของกลุ่มแรกสำหรับ
ชนิด hemipteran ชนิดทั้งจีโนมการทำ
phylogeny ของแมลง Phylogeny ผลลัพธ์ ตาม 197
ยีน มีสำเนาเดียว orthologs มีแผงกับก่อนหน้านี้
phylogenetic วิเคราะห์ [42] และวาง aphid ชัญกัน
Pediculus humanus สมาชิกอื่นของ clade พารา neoptera,
โรคการ Holometabola (รูปที่ 3) เปรียบเทียบเนื้อหายีน
ข้าม phylogeny นี้เปิดเผยว่า aphid ชัญหุ้น 30% –
55% (ค่า e, 10
23
) ของยีนของยีนสมบูรณ์ตั้งกันใน
เรียงลำดับแมลง กับทับซ้อนสูงสุดด้วย Nasonia vitripennis
andTribolium castaneum (53% ในทั้งสองกรณี) (3 รูป) อย่างไรก็ตาม,
37% ของคาดการณ์ชัญ aphid ยีนมีปริมาณไม่สำคัญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

contigs ตามแบบตะวันออกและมีความยาวทั้งสิ้น 464 MB ในการประเมินการครอบคลุม
ยีนของชุดที่ 97,878 ESTS ครั้ง( 59 - Est 49,991 39 - Est 47,837 [ 33 ])ที่สร้างจากแบบเต็ม lengtha . pisumcdna
ไลบรารีที่ถูกถูกแม็ปกับไคลเอ็นต์ 1.0 ชุด acyr ได้ เก้าสิบเก้า
%ของซีเควนซ์ของ Est เหล่านี้ได้ถูกแม็ปกับไคลเอ็นต์ใน acyr 1.0 และ
81% ของโคลนที่มีการทำแผนที่ 59 - และ 39 - ESTS ครั้งเดียวกันทั้งที่
กำหนดทิศทางนั่งร้านด้วยระยะห่างการแยกที่เหมาะสมและอยู่ตรงข้ามกับ
) ซีเควนซ์ของไม่มีความละม้ายคล้ายคลึงกับระดับสูงเพื่อ the, 170,000
ESTS ครั้งจัดให้บริการก็พบว่าใน unassembled อ่านที่แนะนำ
ที่ยีนโปรตีน - การเข้ารหัสไม่กี่ยังคงอยู่ในเศษ unassembled ที่
ของ dataset .เนื้อหา
GC เขตพื้นที่ที่ประกอบของเพลี้ยถั่วลันเตาที่ยีน
มีเนื้อหาเฉพาะรุ่น GC ต่ำสุดของแมลงอักษรเรียงลำดับ\ยีนใดๆในการ
วันที่ 296 เนื้อหาเฉพาะรุ่น GC เพลี้ยถั่วลันเตา%เป็น 5.2% ต่ำกว่า melliferaat
API 34.8% [ 40 ]ที่ คำนวณค่าใช้จ่ายเป็น SMS แบบต่อเนื่องมากกว่าทั้งหมด
ทรานสคริปท์ถั่วลันเตาเพลี้ยเฉพาะรุ่น GC เนื้อหาเฉลี่ย 38.8% ( SD = 8.4 ,
N = 37,994 ),ค่าเหมือนกับว่า ofapis mellifera (หมายถึง= 38.6 นิ้ว%,
SD = 9.7 , N = 17,182 )(โต๊ะ: 2 )..
ยีนรุ่นการทำนาย. ก่อนกับโครงการนี้ไม่น้อยกว่า 200 ยีนตัวเพลี้ย
ถั่วลันเตาได้รับการเรียงซีเควนซ์ ดังนั้นเราจึงดำเนินการ
ตามมาตรฐานการทำนายยีนโดยอัตโนมัติที่จะช่วยในการศึกษายีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตา
ซึ่งจะช่วยแสดงละครได้. คุณภาพ สูงหรือพันธุวิศวกรรมรุ่นที่มีทั้งบางส่วนหรือ fulllength Est และ/หรือโปรตีนลักษณะซึ่งเทียบเคียงกันได้การสนับสนุนโดยคำนวณ
ncbi ของยีนทำหน้าที่เป็นการทำนายท่อที่ Core ตั้งค่าของ 10,249
โปรตีน - การเข้ารหัสรุ่นยีนและได้รับการผนวกรวมเข้าไปในที่สาธารณะ
refseq ฐานข้อมูลที่ ncbi . เนื่องจากจำนวนของรุ่นยีนพร้อมด้วย
ตามมาตรฐานโปรตีนหรือ Est การสนับสนุนลักษณะซึ่งเทียบเคียงกันได้คาดว่าจะมีขนาดเล็กกว่าจำนวนจริง
ซึ่งจะช่วยให้การตัดต่อยีนโปรตีน - การเข้ารหัสในยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่
รุ่นยีนเพิ่มเติมโดยคำนวณโดยใช้หกโปรแกรมยีน
ซึ่งจะช่วยเพิ่มการคาดการณ์และรวมการใช้เก็บข้าว[ 41 ]ในตั้งค่า
ฉันทามติของ 24,355 รุ่นยีนเพิ่มเติม(ตารางที่ 1 ) เมื่อ
เมื่อเทียบกับ 2,089 exons ของที่มีชื่อเสียงที่มาและตามลำดับ
เก็บข้าวตกรุ่นฉันทามติยีนที่มีอยู่จำนวนมากที่สุดของ
ฐานทับซ้อนกัน exons ที่มีชื่อเสียง รายละเอียดอื่นๆของโรงแรมแห่งนี้
ซึ่งจะช่วยในการเปรียบเทียบมีโต๊ะ 3 , S ,และการเปรียบเทียบของถั่วลันเตาเพลี้ย
ซึ่งจะช่วยและอื่นๆ arthropod ยีนมีโครงสร้างที่แสดงในตาราง 4 ,.
AB มาแต่ต้นการทำนายต้องการให้การตรวจจับ intron / exon
ทางแยกตามกฎสังเกตจากที่สำคัญ spliceosome
เครื่องจักร. แต่ถึงอย่างไรก็ตามintrons บางห้องมี excised โดยเล็กน้อย
spliceosome ที่ขับเคลื่อนโดย U 12 ขนาดเล็ก snorna และ introns
เหล่านี้คาดว่าจะได้ไม่ดีนักโดยอัลกอริธึมมาแต่ต้น เราพบว่า introns 134
สมมุติ U 12 ในยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่เป็นตัวแทน
ส่วนใหญ่ระบุว่าในแมลงที่ได้ จำนวนสูงนี้ของ 12 introns U
อาจมีความสลับซับซ้อนการสร้างแบบจำลอง initiogene AB ในตัวเพลี้ยถั่วลันเตาที่.
รวมกัน 34604 ทำนายยีนรวมถึง
รุ่นมาแต่ต้นที่ไม่สนับสนุนรูปแบบยีนบางส่วนและยีน
ไม่ถูกต้องแสดงเป็นซ้ำใน acyr_ 1.0 ชุด(โปรดดูด้านล่าง
) การประเมินนี้มีแนวโน้มดังนั้นในการให้บริการที่เกินความจริง
หมายเลขของยีนโปรตีน - การเข้ารหัส แต่ถึงอย่างไรก็ตามตั้งค่ารวมของการทำนายยีน
ซึ่งจะช่วยให้ประมวลผลพื้นฐานสำหรับ
ซึ่งจะช่วยวิเคราะห์ใน ภายหลัง รวมถึงคำอธิบายประกอบด้วยตนเอง 2phylogeny 010 ยีน.
ยีน - ใช้การเปรียบเทียบยีนและ phylogenies
ยีน. เราจะได้ประโยชน์จากยีนที่เป็นครั้งแรกสำหรับสายพันธุ์ hemipteran
ซึ่งจะช่วยในการดำเนินการทั้งหมดยีนซึ่งใช้สายพันธุ์
phylogeny ของแมลง phylogeny ส่งผลให้ที่ใช้: 197
ยีนพร้อมด้วย orthologs สำเนาเดียวทับกันสนิทด้วยก่อนหน้า
phylogenetic วิเคราะห์[ 42 ]และสถานที่เพลี้ยถั่วลันเตาที่พร้อมด้วย humanus
pediculusสมาชิกรายอื่นของ clade Para - neoptera ที่
ของฐานเพื่อ holometabola (รูปที่ 3 ) การเปรียบเทียบยีนเนื้อหา
ข้ามนี้ phylogeny เปิดเผยว่าถั่วลันเตาเพลี้ยหุ้น 30% -
55% ( e - value, 10 ~ 23
)ของยีนที่ทำให้ยีนในชุดอื่นๆด้วยอักษรเรียงลำดับ\
แมลง,ที่สูงที่สุดสองส่วนทับซ้อนกันพอดีกับ nasonia vitripennis
andtribolium castaneum ( 53% ทั้งในบางกรณี)(รูปที่ 3 ) แต่ถึงอย่างไรก็ตาม
37% ของยีนตัวเพลี้ยถั่วลันเตาคาดว่าไม่มีผลอย่างมีนัยสำคัญ