AbstractBackground: The extent of l

Abstract
Background: The extent of linkage disequilibrium (LD) between molecular markers impacts genome-wide
association studies and implementation of genomic selection. The availability of high-density single nucleotide
polymorphism (SNP) genotyping platforms makes it possible to investigate LD at an unprecedented resolution. In
this work, we characterised LD decay in breeds of beef cattle of taurine, indicine and composite origins and
explored its variation across autosomes and the X chromosome.
Findings: In each breed, LD decayed rapidly and r2 was less than 0.2 for marker pairs separated by 50 kb. The LD
decay curves clustered into three groups of similar LD decay that distinguished the three main cattle types. At short
distances between markers (< 10 kb), taurine breeds showed higher LD (r2 = 0.45) than their indicine (r2 = 0.25) and
composite (r2 = 0.32) counterparts. This higher LD in taurine breeds was attributed to a smaller effective population
size and a stronger bottleneck during breed formation. Using all SNPs on only the X chromosome, the three cattle
types could still be distinguished. However for taurine breeds, the LD decay on the X chromosome was much
faster and the background level much lower than for indicine breeds and composite populations. When using only
SNPs that were polymorphic in all breeds, the analysis of the X chromosome mimicked that of the autosomes.
Conclusions: The pattern of LD mirrored some aspects of the history of breed populations and showed a sharp
decay with increasing physical distance between markers. We conclude that the availability of the HD chip can be
used to detect association signals that remained hidden when using lower density genotyping platforms, since LD
dropped below 0.2 at distances of 50 kb.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อพื้นหลัง: ขอบเขตของความเชื่อมโยง disequilibrium (LD) ระหว่างโมเลกุลเครื่องหมายได้ส่งผลกระทบต่อทั้งจีโนมการศึกษาความสัมพันธ์และการใช้งานของ genomic เลือก ความพร้อมของนิวคลีโอไทด์เดี่ยว high-densityแพลตฟอร์ม genotyping โพลีมอร์ฟิซึม (SNP) ทำให้สามารถตรวจสอบ LD ที่ละเอียดเป็นประวัติการณ์ ในงานนี้ เราโรค LD ผุในสายพันธุ์ของวัวเนื้อของต้นกำเนิด taurine, indicine และคอมโพสิต และสำรวจการเปลี่ยนแปลงใน autosomes และโครโมโซม Xค้นพบ: ในแต่ละสายพันธุ์ LD ผุอย่างรวดเร็ว และ r2 ถูกน้อยกว่า 0.2 สำหรับคู่เครื่องหมายคั่น ด้วย 50 kb LDเส้นโค้งผุจับกลุ่มเป็นกลุ่มคล้ายผุ LD ที่โดดเด่นชนิดปศุสัตว์หลักสาม ในระยะสั้นความยาวมากกว่าระหว่างเครื่องหมาย (< 10 kb), สายพันธุ์ลูกผสม taurine พบ LD สูง (r2 = 0.45) กว่า indicine ของพวกเขา (r2 = 0.25) และคอมโพสิต (r2 =$ 0.32) คู่กัน LD นี้สูงขึ้นในสายพันธุ์ taurine ถูกบันทึกประชากรขนาดเล็กมีประสิทธิภาพขนาดและคอแข็งในระหว่างการก่อตัวของสายพันธุ์ ใช้ SNPs ทั้งหมดเท่าโครโมโซมเอกซ์ วัวสามชนิดยังแตกต่าง อย่างไรก็ตาม สำหรับสายพันธุ์ taurine ผุ LD บนโครโมโซม X มีมากเร็ว และระดับพื้นมากต่ำกว่าสายพันธุ์ indicine และประชากรโดยรวม เมื่อใช้เท่านั้นSNPs ที่ polymorphic ในทุกสายพันธุ์ การวิเคราะห์โครโมโซม X mimicked ที่ autosomes การสรุป: รูปแบบของ LD สะท้อนบางแง่มุมประวัติศาสตร์สายพันธุ์ประชากร และพบคมชัดเสื่อมสลาย ด้วยการเพิ่มระยะห่างทางกายภาพระหว่างเครื่องหมาย เราสรุปว่า ความพร้อมของชิป HD สามารถใช้ตรวจหาการเชื่อมโยงสัญญาณที่ยังคงซ่อนอยู่เมื่อใช้แพลตฟอร์มต่ำความหนาแน่น genotyping ตั้งแต่ LDลดลงต่ำกว่า 0.2 ที่ระยะทาง 50 kb

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
พื้นหลัง: ขอบเขตของความสมดุลการเชื่อมโยง (LD) ระหว่างผลกระทบโมเลกุลจีโนมทั้ง
การศึกษาการเชื่อมโยงและการดำเนินการของการเลือกจีโนม ความพร้อมของความหนาแน่นสูงเดี่ยวเบื่อหน่าย
polymorphism (SNP) แพลตฟอร์ม genotyping ทำให้มันเป็นไปได้ที่จะตรวจสอบ LD ที่ความละเอียดเป็นประวัติการณ์ ใน
งานนี้เรามีลักษณะผุ LD ในสายพันธุ์ของโคเนื้อของทอรีน, indicine และต้นกำเนิดคอมโพสิตและ
สำรวจการเปลี่ยนแปลงทั่ว autosomes และโครโมโซม X.
ผลการวิจัย: ในแต่ละสายพันธุ์, LD ผุได้อย่างรวดเร็วและถูก r2 น้อยกว่า 0.2 สำหรับคู่เครื่องหมายแยกออกจากกัน 50 กิโลไบต์ LD
เส้นโค้งการสลายตัวของคลัสเตอร์เป็นสามกลุ่มของการสลายตัว LD ที่คล้ายกันที่โดดเด่นวัวสามประเภทหลัก ในระยะสั้น
ระยะทางระหว่างเครื่องหมาย (<10 กิโลไบต์) พันธุ์ทอรีนที่แสดงให้เห็น LD สูงกว่า (r2 = 0.45) มากกว่า indicine ของพวกเขา (r2 = 0.25) และ
คอมโพสิต (r2 = 0.32) ลูกน้อง นี้ LD ที่สูงขึ้นในสายพันธุ์ทอรีนถูกนำมาประกอบกับจำนวนประชากรที่มีประสิทธิภาพที่มีขนาดเล็ก
และขนาดขวดแข็งแกร่งในระหว่างการก่อพันธุ์ ใช้ SNPs ทั้งหมดเพียงโครโมโซม X ทั้งสามวัว
ชนิดยังอาจจะประสบความสำเร็จ แต่สำหรับสายพันธุ์ทอรีน, ผุ LD บนโครโมโซม X ได้มาก
ขึ้นเร็วขึ้นและระดับพื้นหลังต่ำกว่าสำหรับสายพันธุ์ indicine และประชากรคอมโพสิต เมื่อใช้เพียง
SNPs ที่เป็น polymorphic ในทุกสายพันธุ์, การวิเคราะห์โครโมโซมเลียนแบบของ autosomes.
สรุป: รูปแบบของ LD สะท้อนบางแง่มุมของประวัติศาสตร์ของประชากรพันธุ์และแสดงให้เห็นที่คมชัด
สลายตัวทางกายภาพกับระยะทางที่เพิ่มขึ้นระหว่างเครื่องหมาย เราสรุปได้ว่าความพร้อมของชิป HD ที่สามารถ
ใช้ในการตรวจจับสัญญาณสมาคมที่ยังคงซ่อนอยู่เมื่อใช้แพลตฟอร์ม genotyping ความหนาแน่นต่ำตั้งแต่ LD
ลดลงต่ำกว่า 0.2 ที่ระยะทาง 50 กิโล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลังนามธรรม
: ขอบเขตของการเชื่อมโยงการเก็บน้ำ ( LD ) ระหว่างการศึกษาผลกระทบ genome-wide
เครื่องหมายโมเลกุลและการดำเนินงานของสมาคมการสร้าง . ความพร้อมของความหนาแน่นสูง polymorphism ( SNP ) นิวคลีโอไทด์เดี่ยว
ส่งเสริมแพลตฟอร์มที่ทำให้มันเป็นไปได้ที่จะตรวจสอบ LD ที่ละเอียดมากเป็นประวัติการณ์ ใน
งานนี้เราลักษณะ LD สลายในสายพันธุ์โคเนื้อของ Taurine , อินดิซีนและคอมโพสิตและกำเนิดของการเปลี่ยนแปลงใน autosomes
สํารวจและโครโมโซม X .
ส่วนในแต่ละพันธุ์ , LD ผุอย่างรวดเร็วและ R2 มีค่าน้อยกว่า 0.2 สำหรับเครื่องหมายคู่แยกจากกันโดย 50 KB LD
ผุเส้นโค้งแบบออกเป็น 3 กลุ่มที่คล้ายกัน LD ผุที่โดดเด่นสามโคหลักประเภท
ที่สั้น ๆระยะทางระหว่างเครื่องหมาย ( < 10 KB ) , Taurine พันธุ์สูงกว่า LD ( R2 = 0.45 ) กว่าพวกอินดิซีน ( R2 = 0.25 ) และ
คอมโพสิต ( R2 = 0.32 ) คู่ . นี้สูงกว่า LD นพันธุ์ประกอบกับมีขนาดเล็กที่มีประสิทธิภาพและแข็งแกร่งขนาดประชากร
คอขวดในการพัฒนาสายพันธุ์ ใช้ snps บนเฉพาะโครโมโซมเพศ ประเภทสามโค
ยังโดดเด่นอย่างไรก็ตามสำหรับ taurine พันธุ์ LD ผุบนโครโมโซม X มาก
ได้เร็วขึ้นและพื้นหลังในระดับที่ต่ำกว่าสำหรับอินดิซีนสายพันธุ์ผสม และประชากร เมื่อใช้เพียง
snps ที่ polymorphic ในพันธุ์ , การวิเคราะห์ของ X โครโมโซม mimicked ที่ของ autosomes .
สรุปรูปแบบของ LD สะท้อนบางแง่มุมของประวัติศาสตร์ประชากรของสายพันธุ์และมีคม
การสลายตัวทางกายภาพเพิ่มระยะห่างระหว่างเครื่องหมาย เราสรุปได้ว่า ความพร้อมของ HD ชิปสามารถใช้ตรวจจับสัญญาณ
สมาคมที่ยังคงซ่อนอยู่ เมื่อใช้ความหนาแน่นต่ำส่งเสริมแพลตฟอร์ม ตั้งแต่ LD
ลดลงต่ำกว่า 0.2 ที่ระยะ 50 KB