Residual feed intake (RFI) is a mea

Residual feed intake (RFI) is a measure of the efficiency of animals in feed utilization. The accuracies of GEBV for RFI could be improved by increasing the size of the reference population. Combining RFI records of different breeds is a way to do that. The aims of this study were to 1) develop a method for calculating GEBV in a multibreed population and 2) improve the accuracies of GEBV by using SNP associated with RFI. An alternative method for calculating accuracies of GEBV using genomic BLUP (GBLUP) equations is also described and compared to cross-validation tests. The dataset included RFI records and 606,096 SNP genotypes for 5,614 Bos taurus animals including 842 Holstein heifers and 2,009 Australian and 2,763 Canadian beef cattle. A range of models were tested for combining genotype and phenotype information from different breeds and the best model included an overall effect of each SNP, an effect of each SNP specific to a breed, and a small residual polygenic effect defined by the pedigree. In this model, the Holsteins and some Angus cattle were combined into 1 “breed class” because they were the only cattle measured for RFI at an early age (6–9 mo of age) and were fed a similar diet. The average empirical accuracy (0.31), estimated by calculating the correlation between GEBV and actual phenotypes divided by the square root of estimated heritability in 5-fold cross-validation tests, was near to that expected using the GBLUP equations (0.34). The average empirical and expected accuracies were 0.30 and 0.31, respectively, when the GEBV were estimated for each breed separately. Therefore, the across-breed reference population increased the accuracy of GEBV slightly, although the gain was greater for breeds with smaller number of individuals in the reference population (0.08 in Murray Grey and 0.11 in Hereford for empirical accuracy). In a second approach, SNP that were significantly (P < 0.001) associated with RFI in the beef cattle genomewide association studies were used to create an auxiliary genomic relationship matrix for estimating GEBV in Holstein heifers. The empirical (and expected) accuracy of GEBV within Holsteins increased from 0.33 (0.35) to 0.39 (0.36) and improved even more to 0.43 (0.50) when using a multibreed reference population. Therefore, a multibreed reference population is a useful resource to find SNP with a greater than average association with RFI in 1 breed and use them to estimate GEBV in another breed.

Please view the pdf by using the Full Text (PDF) link under 'View' to the left.
Copyright © 2014. American Society of Animal Science.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ส่วนที่เหลือจากอาหารบริโภค (RFI) เป็นการวัดประสิทธิภาพของการใช้ประโยชน์อาหารสัตว์ Accuracies ของ GEBV สำหรับ RFI สามารถปรับปรุงได้ โดยการเพิ่มขนาดของประชากรอ้างอิง รวมระเบียน RFI ของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันคือ วิธีการ จุดมุ่งหมายของการศึกษานี้ ได้ 1) พัฒนาวิธีการคำนวณ GEBV ในประชากร multibreed 2) ปรับปรุง accuracies ของ GEBV โดย SNP ที่เกี่ยวข้องกับ RFI อีกวิธีสำหรับการคำนวณ accuracies ของ GEBV ใช้ genomic BLUP (GBLUP) สมการยังอธิบาย และเปรียบเทียบการทดสอบตรวจสอบข้าม ชุดข้อมูลรวมระเบียน RFI และศึกษาจีโนไทป์ SNP 606,096 สัตว์ราศีพฤษภบอส 5,614 heifers โฮลชไตน์ 842 และออสเตรเลีย 2,009 และวัวเนื้อ 2,763 ที่แคนาดา ทดสอบหลากหลายรูปแบบในการรวมข้อมูลลักษณะทางพันธุกรรมและ phenotype จากสายพันธุ์ที่แตกต่างกัน และแบบสุดรวมผลรวมของแต่ละ SNP ลักษณะพิเศษของ SNP แต่ละเฉพาะสายพันธุ์ และผลเหลือ polygenic เล็กกำหนด โดยเลือด ในรุ่นนี้ บางวัว Angus และ Holsteins ได้รวมเป็น 1 "ชั้นในสายพันธุ์" เนื่องจากพวกเขาถูกวัวควายเท่านั้นที่วัด RFI ตั้งแต่เด็ก (6-9 mo อายุ) และได้เลี้ยงอาหารที่คล้ายกัน เฉลี่ยรวมความถูกต้อง ($ 0.31), ประเมิน โดยการคำนวณความสัมพันธ์ระหว่าง GEBV และฟีจริงหาร ด้วยรากของ heritability ประเมินในการทดสอบตรวจสอบข้าม 5-fold ถูกใกล้ที่คาดไว้โดยใช้สมการ GBLUP (0.34) เฉลี่ยรวม และคาด accuracies คำ 0.30 $ 0.31 ตามลำดับ เมื่อ GEBV ที่ถูกประเมินในแต่ละสายพันธุ์แยกต่างหาก ดังนั้น ข้ามสายพันธุ์อ้างอิงประชากรเพิ่มความถูกต้องของ GEBV เล็กน้อย ถึงแม้ว่ากำไรมากขึ้นสำหรับสายพันธุ์ที่มีขนาดเล็กบุคคลในประชากรอ้างอิง (0.08 ในเทา Murray) และ 0.11 ในเฮริฟอร์ดความประจักษ์ขึ้น ในวิธีที่สอง SNP ที่อย่างมีนัยสำคัญ (P < 0.001) เกี่ยวข้องกับ RFI ในวัวเนื้อ genomewide สมาคมศึกษาใช้ในการสร้างเมทริกซ์การสัมพันธ์เสริม genomic สำหรับการประเมิน GEBV ในโฮลชไตน์ heifers ประจักษ์ (และคาด) ความถูกต้องของ GEBV ใน Holsteins เพิ่มขึ้นจาก 0.33 (0.35) 0.39 (0.36) และปรับปรุงยิ่งไป 0.43 (0.50) เมื่อใช้ประชากรอ้างอิง multibreed ดังนั้น ประชากรอ้างอิง multibreed เป็นทรัพยากรที่มีประโยชน์หา SNP กับมากขึ้นกว่าสมาคมเฉลี่ยกับ RFI ใน 1 สายพันธุ์ และใช้ในการประเมิน GEBV เป็นสายพันธุ์อื่น Please view the pdf by using the Full Text (PDF) link under 'View' to the left.Copyright © 2014. American Society of Animal Science.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ปริมาณอาหารที่กินเหลือ (RFI) เป็นตัวชี้วัดประสิทธิภาพของการใช้สัตว์ในอาหาร ความถูกต้องของ GEBV สำหรับ RFI อาจจะดีขึ้นโดยการเพิ่มขนาดของประชากรอ้างอิง รวมบันทึก RFI สายพันธุ์ที่แตกต่างกันเป็นวิธีที่จะทำเช่นนั้น จุดมุ่งหมายของการศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ 1) พัฒนาวิธีการคำนวณ GEBV ในประชากร multibreed และ 2) การปรับปรุงความถูกต้องของ GEBV โดยใช้ SNP ที่เกี่ยวข้องกับ RFI วิธีทางเลือกสำหรับการคำนวณความถูกต้องของการใช้จีโนม GEBV BLUP (GBLUP) สมการอธิบายไว้ยังและเมื่อเทียบกับการทดสอบการตรวจสอบข้าม รวมชุดข้อมูลที่บันทึก RFI และ 606,096 ยีน SNP สำหรับ 5614 Bos taurus สัตว์รวมทั้งสาวโฮล 842 และ 2009 ของออสเตรเลียและ 2763 โคเนื้อแคนาดา ช่วงของรูปแบบที่ได้รับการทดสอบสำหรับการรวมจีโนไทป์และฟีโนไทป์ข้อมูลจากสายพันธุ์ที่แตกต่างกันและรูปแบบที่ดีที่สุดรวมถึงผลกระทบโดยรวมของแต่ละ SNP, ผลกระทบของ SNP ที่เฉพาะเจาะจงกับแต่ละสายพันธุ์และผล polygenic ขนาดเล็กที่เหลือกำหนดโดยสายเลือด ในรูปแบบนี้และบาง Holsteins วัวแองกัสถูกรวมกันเป็น 1 "สายพันธุ์ที่ระดับ" เพราะพวกเขาเป็นวัวเพียงวัด RFI ในวัยเด็ก (6-9 เดือนอายุ) และได้รับการเลี้ยงดูอาหารที่คล้ายกัน ความถูกต้องเชิงประจักษ์เฉลี่ย (0.31) ประมาณโดยการคำนวณความสัมพันธ์ระหว่าง phenotypes GEBV ที่เกิดขึ้นจริงและหารด้วยรากที่สองของพันธุกรรมประมาณ 5 เท่าการทดสอบการตรวจสอบข้ามที่อยู่ใกล้กับที่คาดว่าจะใช้สมการ GBLUP (0.34) ความถูกต้องเชิงประจักษ์และคาดว่าจะเฉลี่ยอยู่ที่ 0.30 และ 0.31 ตามลำดับเมื่อ GEBV ประมาณสำหรับสายพันธุ์ที่แยกจากกัน ดังนั้นประชากรอ้างอิงข้ามสายพันธุ์ที่เพิ่มขึ้นถูกต้องของ GEBV เล็กน้อยแม้ว่ากำไรได้มากขึ้นสำหรับสายพันธุ์ที่มีขนาดเล็กที่มีจำนวนของบุคคลในประชากรอ้างอิง (0.08 ในสีเทาเมอเรย์และ 0.11 ในเฮียร์เพื่อความถูกต้องเชิงประจักษ์) ในแนวทางที่สอง, SNP อย่างมีนัยสำคัญ (P <0.001) ที่เกี่ยวข้องกับ RFI ในการเลี้ยงโคเนื้อ genomewide ศึกษาสมาคมถูกนำมาใช้ในการสร้างความสัมพันธ์ของจีโนมเมทริกซ์เสริมสำหรับการประเมิน GEBV ในโคโฮล เชิงประจักษ์ (และคาดว่า) ความถูกต้องของ GEBV ภายใน Holsteins เพิ่มขึ้นจาก 0.33 (0.35) 0.39 (0.36) และการปรับปรุงมากขึ้นเพื่อ 0.43 (0.50) เมื่อใช้ประชากรอ้างอิง multibreed ดังนั้นประชากรอ้างอิง multibreed เป็นทรัพยากรที่มีประโยชน์ที่จะหา SNP ที่มีมากกว่าความสัมพันธ์กับ RFI เฉลี่ยใน 1 สายพันธุ์และใช้พวกเขาในการประมาณการ GEBV ในสายพันธุ์อื่น. กรุณาดูไฟล์ PDF โดยใช้ข้อความแบบเต็ม (PDF) เชื่อมโยงภายใต้ 'ดู 'ไปทางซ้าย. ลิขสิทธิ์© 2014 สังคมอเมริกันสัตวศาสตร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ปริมาณอาหารที่กินเหลือ ( RFI ) คือ การวัดประสิทธิภาพของการใช้สัตว์ในอาหารสัตว์ ความถูกต้องของ gebv สำหรับ RFI สามารถปรับปรุงโดยการเพิ่มขนาดของการอ้างอิงของประชากร รวมประวัติ RFI ของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันคือ วิธีที่จะทำการวิจัยครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อ 1 ) พัฒนาวิธีการคำนวณ gebv ใน multibreed ประชากร 2 ) ปรับปรุงความถูกต้องของ gebv โดยใช้ SNP ที่เกี่ยวข้องกับ RFI . วิธีคำนวณความถูกต้องของ gebv ใช้จีโนม blup ( gblup ) สมการยังอธิบายและเปรียบเทียบข้ามการทดสอบการตรวจสอบ ข้อมูลประวัติและน้ำหนักรวม RFI 606096 SNP สำหรับ 5คุณบอสราศีพฤษภสัตว์รวมทั้งพ่อและศึกษาตัว 2009 ออสเตรเลียและแคนาดารวมเนื้อโค ช่วงของแบบทดสอบรวมและข้อมูลที่มีพันธุกรรมจากสายพันธุ์ที่แตกต่างกันและรุ่นที่ดีที่สุด คือ ผลโดยรวมของแต่ละ SNP , ผลของ SNP เฉพาะแต่ละสายพันธุ์ และขนาดเล็กที่เหลือ polygenic ผลที่กำหนดโดยสายเลือด ในรูปแบบนี้การ holsteins และบางวัวแองกัสถูกรวมกันเป็น 1 " พันธุ์ชั้น " เพราะมีแค่วัววัด RFI ที่อายุต้น ( 6 – 9 โมของอายุ ) และได้รับอาหารที่คล้ายกัน ความถูกต้องเชิงประจักษ์ เฉลี่ยประมาณ 0.31 ) ด้วยการหาค่าความสัมพันธ์ระหว่าง gebv เกิดจริงหารด้วยรากที่สองของการประมาณการในการทดสอบการตรวจสอบผู้อื่น ครอสเป็นใกล้ที่คาดว่าใช้ gblup สมการ ( 0.34 ) มีความถูกต้องเชิงประจักษ์ และคาดว่าเป็น 0.30 และ 0.31 ตามลำดับ เมื่อ gebv ประมาณแต่ละสายพันธุ์ที่แยกต่างหาก ดังนั้น ในประชากรอ้างอิงพันธุ์เพิ่มความถูกต้องของ gebv เล็กน้อย แม้ว่าจะได้รับมากขึ้นสำหรับสายพันธุ์ที่มีจำนวนขนาดเล็กของบุคคลในกลุ่มอ้างอิง ( 008 ใน Murray สีเทาและ 0.11 ใน Hereford ความถูกต้องเชิงประจักษ์ ) ในแนวทางที่สอง , SNP ที่อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( p < 0.001 ) ที่เกี่ยวข้องกับ RFI ในสมาคมโคเนื้อ genomewide การศึกษาถูกใช้เพื่อสร้างเมทริกซ์ความสัมพันธ์ที่มีการเสริม gebv ที่มีในตัว เชิงประจักษ์ ( คาดว่า ) ความถูกต้องของ gebv ภายใน holsteins เพิ่มขึ้น 0.33 ( 0.35 ) 0.39 ( 036 ) และการปรับปรุงมากขึ้น 0.43 ( 0.50 ) เมื่อใช้ multibreed อ้างอิงประชากร ดังนั้น multibreed อ้างอิงประชากรที่เป็นทรัพยากรที่มีประโยชน์ที่จะค้นหา SNP กับมากขึ้นกว่าสมาคมเฉลี่ยกับ RFI ใน 1 สายพันธุ์และใช้พวกเขาเพื่อประเมิน gebv ในสายพันธุ์อื่น

กรุณาดู PDF โดยใช้ข้อความเต็ม ( PDF ) การเชื่อมโยงภายใต้ ' มุมมอง ' ไปทางซ้าย
ลิขสิทธิ์© 2014สมาคมวิทยาศาสตร์อเมริกัน