In this work, we model the problem

In this work, we model the problem of mining quasi-bicliques from weighted viral-host protein-protein interaction network as a biclustering problem for identifying strong interaction modules. In this regard, a multiobjective genetic algorithm-based biclustering technique is proposed that simultaneously optimizes three objective functions to obtain dense biclusters having high mean interaction strengths. The performance of the proposed technique has been compared with that of other existing biclustering methods on an artificial data. Subsequently, the proposed biclustering method is applied on the records of biologically validated and predicted interactions between a set of HIV-1 proteins and a set of human proteins to identify strong interaction modules. For this, the entire interaction information is realized as a bipartite graph. We have further investigated the biological significance of the obtained biclusters. The human proteins involved in the strong interaction module have been found to share common biological properties and they are identified as the gateways of viral infection leading to various diseases. These human proteins can be potential drug targets for developing anti-HIV drugs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในงานนี้ เรารุ่นเสมือนเหมือง-bicliques จากเครือข่ายถ่วงน้ำหนักโฮสต์ไวรัสโปรตีนโปรตีนโต้ตอบปัญหาเป็นปัญหา biclustering สำหรับระบุโมดูลอันตรกิริยาอย่างเข้ม ในเรื่องนี้ เทคนิค multiobjective biclustering ตามขั้นตอนวิธีพันธุกรรมมีเสนอที่พร้อมปรับฟังก์ชันวัตถุประสงค์ 3 รับ biclusters หนาแน่นที่มีจุดแข็งสูงโต้ตอบหมายถึง ประสิทธิภาพของเทคนิคการนำเสนอได้ถูกเปรียบเทียบกับวิธี biclustering อื่น ๆ ที่มีอยู่ในข้อมูลการประดิษฐ์ ในเวลาต่อมา biclustering นำเสนอวิธีการใช้ข้อมูลของการคาดการณ์ และตรวจชิ้นโต้ตอบระหว่างชุดของโปรตีนเอชไอวี-1 และชุดโปรตีนมนุษย์เพื่อระบุโมดูลอันตรกิริยาอย่างเข้ม สำหรับนี้ ข้อมูลโต้ตอบทั้งหมดที่ถูกรับรู้เป็นกราฟสองส่วนบริบูรณ์ เราได้ตรวจสอบความสำคัญทางชีวภาพของ biclusters ได้รับเพิ่มเติม ตรวจพบโปรตีนมนุษย์ที่เกี่ยวข้องในโมดูลอันตรกิริยาอย่างเข้มร่วมทางชีวภาพคุณสมบัติทั่วไป และมีการตรวจพบเป็นเกตเวย์ของการติดเชื้อไวรัสที่นำไปสู่โรคต่าง ๆ โปรตีนเหล่านี้มนุษย์สามารถเป้าหมายยาเสพติดการพัฒนายาต้านเอชไอวี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในงานนี้เราจำลองปัญหาของการทำเหมืองแร่เสมือน bicliques จากไวรัสเป็นเจ้าภาพโปรตีนเครือข่ายปฏิสัมพันธ์ถ่วงน้ำหนักเป็นปัญหา biclustering สำหรับการระบุโมดูลปฏิสัมพันธ์ที่แข็งแกร่ง ในเรื่องนี้ทางพันธุกรรมขั้นตอนวิธีการที่ใช้เทคนิค biclustering multiobjective เสนอว่าพร้อมเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานของสามวัตถุประสงค์ที่จะได้รับ biclusters หนาแน่นสูงหมายความว่ามีจุดแข็งของการมีปฏิสัมพันธ์ ประสิทธิภาพการทำงานของเทคนิคที่นำเสนอได้รับเมื่อเทียบกับที่อื่น ๆ วิธีการที่มีอยู่ใน biclustering ข้อมูลเทียม ต่อมาวิธีการ biclustering ที่เสนอจะนำมาใช้ในการตรวจสอบประวัติของทางชีวภาพและการคาดการณ์การมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างชุดของเอชไอวี-1 โปรตีนและชุดของโปรตีนของมนุษย์ที่จะระบุโมดูลปฏิสัมพันธ์ที่แข็งแกร่ง นี้ข้อมูลการปฏิสัมพันธ์ทั้งหมดจะตระหนักว่าฝ่ายกราฟ เราได้ตรวจสอบต่อไปอย่างมีนัยสำคัญทางชีวภาพของ biclusters ได้ โปรตีนของมนุษย์ที่เกี่ยวข้องกับการมีปฏิสัมพันธ์ในโมดูลที่แข็งแกร่งมีการตรวจพบการแบ่งปันคุณสมบัติทางชีวภาพที่พบบ่อยและพวกเขาจะระบุว่าเป็นเกตเวย์ของการติดเชื้อไวรัสที่นำไปสู่​​โรคต่างๆ โปรตีนเหล่านี้มนุษย์สามารถเป้าหมายยาเสพติดที่มีศักยภาพในการพัฒนายาต้านเอชไอวี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

งานนี้เราจำลองปัญหาเหมืองแร่กึ่ง bicliques ถ่วงน้ำหนักโฮส ( 3 ) ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนจากไวรัสเครือข่ายที่เป็นปัญหาสำหรับการระบุ biclustering โมดูลปฏิสัมพันธ์ที่แข็งแกร่ง ในการนี้เทคนิค biclustering ตาม multiobjective ขั้นตอนวิธีทางพันธุกรรมจะเสนอพร้อมกันเพิ่มฟังก์ชันเป้าหมาย 3 ได้รับหนาแน่น biclusters มีจุดแข็งปฏิสัมพันธ์ หมายถึง สูง ประสิทธิภาพของเทคนิคที่นำเสนอได้รับการเปรียบเทียบกับของอื่น ๆที่มีอยู่ในข้อมูล biclustering วิธีการประดิษฐ์ ต่อมาเสนอให้ใช้วิธีการ biclustering ในบันทึกชีวภาพผ่านทำนายระหว่างชุดของโปรตีน HIV-1 และชุดของโปรตีนของมนุษย์ระบุโมดูลปฏิสัมพันธ์ที่แข็งแกร่ง นี้ ข้อมูลทั้งหมดจะตระหนักถึงการเป็นกราฟสองส่วน . เราได้ศึกษาความสำคัญทางชีวภาพของได้รับ biclusters .มนุษย์โปรตีนที่เกี่ยวข้องในโมดูลการปฏิสัมพันธ์ที่แข็งแกร่งได้รับการพบเพื่อแบ่งปันคุณสมบัติทางชีววิทยาทั่วไปและพวกเขาจะระบุว่าเป็นเกตเวย์ของไวรัสที่นำไปสู่โรคต่าง ๆ โปรตีนของมนุษย์เหล่านี้สามารถเป็นเป้าหมายของยาต้านเอชไอวีที่มีศักยภาพสำหรับการพัฒนายา