2.4. Sequencing and phylogenetic id

2.4. Sequencing and phylogenetic identification
Bacterial DNA sequencing and analysis were done using PCR
products, not real-time PCR products. PCR was performed in a 50 mL
reaction mixture containing 4 mL of 0.2 mM dNTP mixture, 1 mL of
10 mM forward primer (AGTTTGATC(A/C)TGGCTCAG; SigmaeAldrich),
1 mL of 10 mM reverse primer (GGACTAC(C/T/A)AGGGTATCTAAT;
SigmaeAldrich), and 10 mL of sample DNA. PCR was
carried out in a 2720 Thermal Cycler (Applied Biosystems, Foster
City, CA, USA) with initial denaturation at 95 C for 5 min, followed
by 35 amplification cycles consisting of denaturation at 94 C,
primer annealing at 50 C, and elongation at 72 C, each step lasting
for 30 s. Sequencing was performed using an ABI 3130xl Genetic
Analyzer with a BigDye sequencing kit (Applied Biosystems) with
forward primer or reverse primer. For identification, sequences
were compared with known bacterial sequences in official databases
using the BLAST program available at the National Center for
Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/).
3. Results
3.1. Population characteristics
Ninety-seven patients with FNEs in the Departments of Pediatrics,
the Department of Hematology, and the Department of
Respiratory Medicine at Kawasaki Medical School Hospital during
June 2012 to April 2014 were enrolled in this study. Blood samples
from 24 of the 97 patients showed positive results by blood culture
and/or nucleic acid amplification tests. The characteristics and
laboratory data of the 97 FNEs are listed in Table 1. The median age
of patients was 32 years (range, 1e72). Among the 97 FNEs, 82 were
admitted to the Department of Pediatrics, 11 to the Department of
Hematology, and 4 to the Department of Respiratory Medicine.
Ninety-three of the 97 FNEs (95.9%) had hematologic malignancies.
Mean white blood cell count and neutrophil count were
493 cells/mL (range, 10e4000) and 102 cells/mL (range, 0e861),
respectively. The mean duration from onset of FN to defervescence
was 4.2 days (range, 1e11).
3.2. Comparison of the rate of detection between blood culture and
the nucleic acid amplification test
Blood cultures were performed for all patients once or twice on
the first day of the febrile episode. Positive results including
Ta

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4 รหัสลำดับเบส และ phylogeneticทำการวิเคราะห์และจัดลำดับของดีเอ็นเอจากแบคทีเรียใช้ PCRผลิตภัณฑ์ ผลิตภัณฑ์ PCR ไม่จริง ทำ PCR ใน 50 มลประกอบด้วย 4 mL ส่วนผสม dNTP 0.2 mM, 1 mL ของส่วนผสมของปฏิกิริยา10 มม.ส่งสีรองพื้น (AGTTTGATC (บัญชี) TGGCTCAG SigmaeAldrich),mL 1 พื้นกลับ 10 มม. (GGACTAC (C/T/A) AGGGTATCTAATSigmaeAldrich), และ 10 มิลลิลิตรของตัวอย่างดีเอ็นเอ PCR ได้ดำเนินการในที่ 2720 ร้อน Cycler (Biosystems ใช้ ฟอสเตอร์เมือง CA, USA) กับ denaturation เริ่มต้นที่ 95 C สำหรับ 5 นาที ตามโดยรอบขยาย 35 ประกอบด้วย denaturation ที่ 94 Cรองพื้นการอบเหนียวที่ 50 C, elongation ที่ 72 C แต่ละขั้นตอนนานสำหรับลำดับ 30 s ได้ถูกดำเนินการโดยใช้การลักชัวรี่ 3130xl พันธุวิเคราะห์กับชุดลำดับ BigDye (Biosystems ใช้) ด้วยรองพื้นไปข้างหน้าหรือย้อนกลับพื้น รหัส ลำดับถูกเปรียบเทียบกับลำดับรู้จักแบคทีเรียในฐานข้อมูลอย่างเป็นทางการใช้โปรแกรมระเบิดว่างที่ศูนย์แห่งชาติข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)3. ผลลัพธ์3.1 ลักษณะประชากร97 FNEs ในแผนกกุมาร ผู้ป่วยแผนกโลหิต และภาควิชาแพทย์ระบบทางเดินหายใจโรงพยาบาลโรงเรียนแพทย์ของคาวาซากิในระหว่าง2555 มิถุนายน-2014 เมษายนถูกลงทะเบียนในการศึกษานี้ ตัวอย่างเลือดจาก 24 ของผู้ป่วย 97 พบผลบวก โดยเลือดวัฒนธรรมหรือทดสอบขยายกรดนิวคลีอิก ลักษณะ และห้องปฏิบัติการข้อมูลของ 97 FNEs อยู่ในตารางที่ 1 อายุมัธยฐานของผู้ป่วยเป็นปี 32 (ช่วง 1e72) ระหว่าง 97 FNEs, 82 ถูกในแผนกกุมาร 11 แผนกของโลหิต และ 4 กรมแพทย์ระบบทางเดินหายใจHematologic malignancies 90 สาม FNEs 97 (95.9%) ได้จำนวน neutrophil และนับจำนวนเม็ดเลือดขาวหมายถึง493 เซลล์/มล. (ช่วง 10e4000) และ 102 เซลล์/มล. (ช่วง 0e861),ตามลำดับ ช่วงเวลาเฉลี่ยจากเริ่มมีอาการของ FN defervescence4.2 วัน (ช่วง 1e11) ได้3.2 การเปรียบเทียบอัตราการตรวจระหว่างเลือดวัฒนธรรม และทดสอบขยายกรดนิวคลีอิกเลือดวัฒนธรรมดำเนินผู้ป่วยทั้งหมดครั้งเดียวหรือสองครั้งในวันแรกตอนไข้ ผลบวกรวมทั้งตา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 ลำดับและการระบุสายวิวัฒนาการ
ลำดับดีเอ็นเอของแบคทีเรียและการวิเคราะห์ถูกทำโดยใช้เทคนิค PCR
ผลิตภัณฑ์ไม่ได้แบบ real-time PCR ผลิตภัณฑ์ PCR ได้รับการดำเนินการใน 50 มล
ผสมปฏิกิริยาที่มี 4 มิลลิลิตร 0.2 มิลลิส่วนผสม dNTP, 1 มิลลิลิตรของ
10 มมไพรไปข้างหน้า (AGTTTGATC (A / C) TGGCTCAG; SigmaeAldrich)
1 มิลลิลิตรของ 10 มมไพรย้อนกลับ (GGACTAC (C / T /) AGGGTATCTAAT;
SigmaeAldrich) และ 10 มลของดีเอ็นเอตัวอย่าง PCR ได้รับการ
ดำเนินการในการระบายความร้อน 2,720 Cycler (Applied Biosystems, ฟอสเตอร์
ซิตี้, CA, USA) ด้วยการสูญเสียสภาพธรรมชาติเริ่มต้นที่ 95 C เป็นเวลา 5 นาทีตาม
35 รอบการขยายประกอบด้วย denaturation ที่ 94 C,
การหลอมไพรเมอร์ที่ 50 องศาเซลเซียสและการยืดตัว ที่ 72 C แต่ละขั้นตอนที่ยาวนาน
สำหรับ 30 วินาที ลำดับได้รับการดำเนินการโดยใช้ ABI 3130xl Genetic
Analyzer ได้กับชุดลำดับ BigDye (Applied Biosystems) ด้วย
ไพรเมอร์ไปข้างหน้าหรือย้อนกลับไพรเมอร์ สำหรับการระบุลำดับ
เปรียบเทียบกับลำดับของเชื้อแบคทีเรียที่รู้จักกันในฐานข้อมูลอย่างเป็นทางการ
โดยใช้โปรแกรมการระเบิดที่มีอยู่ในศูนย์แห่งชาติสำหรับ
ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/).
3 ผล
3.1 ลักษณะประชากร
ผู้ป่วยเก้าสิบเจ็ดกับ FNEs ในแผนกกุมารเวชศาสตร์
โลหิตวิทยากรมและกรม
แพทย์ระบบทางเดินหายใจที่โรงพยาบาลคาวาซากิโรงเรียนแพทย์ในช่วง
มิถุนายน 2012 เพื่อเมษายน 2014 ได้รับการคัดเลือกในการศึกษานี้ ตัวอย่างเลือด
จาก 24 ของผู้ป่วยที่ 97 แสดงให้เห็นผลในเชิงบวกจากวัฒนธรรมเลือด
และ / หรือการทดสอบกรดนิวคลีอิกขยาย ลักษณะและ
ข้อมูลห้องปฏิบัติการของ 97 FNEs มีการระบุไว้ในตารางที่ 1 อายุเฉลี่ย
ของผู้ป่วยอายุ 32 ปี (ช่วง 1e72) ในบรรดา 97 FNEs, 82 ได้รับการ
ยอมรับกับภาควิชากุมารเวชศาสตร์, 11 ต่อกรม
โลหิตวิทยาและ 4 ภาควิชาอายุรศาสตร์ทางเดินหายใจ.
เก้าสิบสาม 97 FNEs (95.9%) มีมะเร็งทางโลหิตวิทยา.
หมายถึงจำนวนเซลล์เม็ดเลือดขาว และ neutrophil นับเป็น
493 เซลล์ / มิลลิลิตร (ช่วง 10e4000) และ 102 เซลล์ / มิลลิลิตร (ช่วง 0e861)
ตามลำดับ ระยะเวลาเฉลี่ยจากการโจมตีของ FN จะ defervescence
เป็น 4.2 วัน (ช่วง 1e11).
3.2 การเปรียบเทียบอัตราของการตรวจสอบระหว่างวัฒนธรรมเลือดและ
กรดนิวคลีอิกขยายการทดสอบ
เลือดวัฒนธรรมได้ดำเนินการสำหรับผู้ป่วยทุกครั้งหรือสองครั้งใน
วันแรกของตอนไข้ ผลบวกรวมทั้ง
ตา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . ลำดับการวิวัฒนาการและการวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอแบคทีเรีย

เสร็จแล้วใช้ผลิตภัณฑ์ PCR ไม่เรียลไทม์ผลิตภัณฑ์ PCR ร่วมแสดงใน 50 ml
ปฏิกิริยาผสมที่ประกอบด้วย 4 มิลลิลิตร ผสม dntp 0.2 มม. 1 มล.
10 มม. forward primer ( agtttgatc ( A / C ) tggctcag ; sigmaealdrich )
1 ml รองพื้นย้อนกลับ 10 มม. ( ggactac ( C / T / A ) agggtatctaat ;
sigmaealdrich ) , และ 10 มิลลิลิตรของตัวอย่างดีเอ็นเอปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส
ดำเนินการใน 2720 รอบความร้อน ( Applied Biosystems ฟอสเตอร์
City , CA , USA ) กับการเริ่มต้น ( ที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที ตามด้วยการเพิ่มรอบ 3
ประกอบด้วย ( ที่ 94 c ,
รองพื้นอบอ่อนที่อุณหภูมิ 50 องศาเซลเซียส และความยาวที่ 72 C แต่ละก้าวที่ยั่งยืน
30 S . ลำดับการใช้อบิ 3130xl พันธุกรรม
วิเคราะห์ด้วย bigdye ลำดับชุด ( Applied Biosystems ) ด้วยไพรเมอร์รองพื้น
ไปข้างหน้าหรือย้อนกลับ . เพื่อกำหนดลำดับ
เปรียบเทียบกับรู้จักแบคทีเรียลำดับในฐานข้อมูลอย่างเป็นทางการ
ใช้ระเบิด โปรแกรมใช้ได้ที่ศูนย์
ข้อมูลชีวภาพแห่งชาติ ( http : / / www.ncbi . nlm . NIH . gov / ระเบิด / )
3 ผลลัพธ์
3.1 . ลักษณะประชากร
เก้าสิบเจ็ดผู้ป่วย fnes ในแผนกกุมารเวชศาสตร์
ภาควิชาโลหิตวิทยา และกรม
การหายใจที่โรงพยาบาลโรงเรียนแพทย์คาวาซากิใน
มิถุนายน 2012 เมษายน 2014 ลงทะเบียนเรียนในการศึกษานี้ ตัวอย่างเลือดจากผู้ป่วย
24 ของ 97 แสดงผลในเชิงบวกโดย
วัฒนธรรมเลือดและ / หรือทดสอบ การเพิ่มปริมาณกรดนิวคลีอิก . ลักษณะและ
ข้อมูลปฏิบัติการของ 97 fnes อยู่ในตารางที่ 1 อายุเฉลี่ยของผู้ป่วย
32 ปี ( ช่วง 1e72 ) ระหว่าง 97 fnes 82 ถูก
เข้าภาควิชากุมารเวชศาสตร์ , 11 กรม
โลหิตวิทยาและ 4 กรมของการหายใจ .
เก้าสิบสามของ 97 fnes ( 95.9 % ) มีเลือดมะเร็ง .
หมายถึงจำนวนเม็ดเลือดขาวและนิวโทรฟิล นับเป็น
ส่วนเซลล์ / มล. ( ช่วง 10e4000 ) และ 102 เซลล์ / มล. ( ช่วง 0e861 )
) ค่าเฉลี่ยของระยะเวลาจากการโจมตีขององค์การสหประชาชาติ เพื่อคือ
คือ 4.2 วัน ( ช่วง 1e11 )
2 . การเปรียบเทียบอัตราการเพาะเชื้อจากเลือด และระหว่าง

วัฒนธรรมกรดนิวคลีอิกขยายการทดสอบเลือดสำหรับผู้ป่วยทั้งหมดจำนวนครั้งหรือสองครั้งใน
วันแรกของตอนน . ผลลัพธ์ที่เป็นบวก รวมถึง
ตา