MethodsCharacterization of entire e

Methods
Characterization of entire eggs

The eggs SK1-1, SK1-2, SK1-3, SK1-4, SK1-6 and SK1-7 were scanned at the ID19 beamline of the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). They were scanned following a propagation phase contrast protocol (sample/detector distance of 990 mm) associated to a 51 keV monochromatic beam (double Si 111 monochromator) and a half-acquisition protocol [15]. The tomography was computed based on 3600 projections (2048 x 2048 pixels) of 2.5 seconds each over 360 degrees with a 5.06 microns isotropic voxel size. As the vertical field of view could not cover the full height of an egg, multiple scans were necessary for each specimen. The reconstructed volumes were stitched together to visualize the whole eggs and by optimizing the overall contrast (i.e. stretching the range of grey values from the 32 bit raw data into a 8 bit full range of values, avoiding too high levels of saturation). The three dimensional processing was performed using VG Studio MAX 2.1 (Volume Graphics, Heidelberg, Germany) following the segmentation protocol described in previous study [16]. Reconstruction of the skeleton from the 3D rendering was done first using bones from the oldest embryos (SK1-1, yellow bones in Figs 3–6) and completed by bones from the youngest embryo (SK1-2, green bones in Figs 3–6); Missing and incomplete bones were replaced by symmetrical rendering of their counterpart (red bones in Figs 3 and 4). Finally, cranial and post-cranial bones were printed in 3D using a Dimension Elite fused filament fabrication prototyper (Statasys, Eden Prairie, U.S.A), and used for our anatomic investigation as well as for a composite reconstruction. The 3D prototypes of most of the bones helped to visualize and describe their morphology but also to study the contacts between them. Based on the observation of the contact using the 3D prototypes, we produced a 3D rendering reconstruction of the skull, the mandible, the pectoral and pelvic girdle and a few vertebrae (Fig 2 and S3 Fig). The data reported in this paper are archived at the following database

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีการคุณสมบัติของไข่ทั้งหมดThe eggs SK1-1, SK1-2, SK1-3, SK1-4, SK1-6 and SK1-7 were scanned at the ID19 beamline of the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). They were scanned following a propagation phase contrast protocol (sample/detector distance of 990 mm) associated to a 51 keV monochromatic beam (double Si 111 monochromator) and a half-acquisition protocol [15]. The tomography was computed based on 3600 projections (2048 x 2048 pixels) of 2.5 seconds each over 360 degrees with a 5.06 microns isotropic voxel size. As the vertical field of view could not cover the full height of an egg, multiple scans were necessary for each specimen. The reconstructed volumes were stitched together to visualize the whole eggs and by optimizing the overall contrast (i.e. stretching the range of grey values from the 32 bit raw data into a 8 bit full range of values, avoiding too high levels of saturation). The three dimensional processing was performed using VG Studio MAX 2.1 (Volume Graphics, Heidelberg, Germany) following the segmentation protocol described in previous study [16]. Reconstruction of the skeleton from the 3D rendering was done first using bones from the oldest embryos (SK1-1, yellow bones in Figs 3–6) and completed by bones from the youngest embryo (SK1-2, green bones in Figs 3–6); Missing and incomplete bones were replaced by symmetrical rendering of their counterpart (red bones in Figs 3 and 4). Finally, cranial and post-cranial bones were printed in 3D using a Dimension Elite fused filament fabrication prototyper (Statasys, Eden Prairie, U.S.A), and used for our anatomic investigation as well as for a composite reconstruction. The 3D prototypes of most of the bones helped to visualize and describe their morphology but also to study the contacts between them. Based on the observation of the contact using the 3D prototypes, we produced a 3D rendering reconstruction of the skull, the mandible, the pectoral and pelvic girdle and a few vertebrae (Fig 2 and S3 Fig). The data reported in this paper are archived at the following database

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิธีแยกไข่


ทั้งไข่ sk1-1 sk1-2 sk1-3 sk1-4 , , , , และ sk1-6 sk1-7 ถูกสแกนที่ id19 บีมไลน์ของยุโรปรังสีซินโครตรอนสิ่งอำนวยความสะดวก ( esrf ) พวกเขาสแกนต่อการขยายพันธุ์สำปั้นโพรโทคอล ( ตัวอย่าง / เครื่องตรวจจับระยะทาง 990 มม. ) ที่เกี่ยวข้องกับ 51 เคฟ monochromatic คาน ( คู่ศรี 111 โมโนโครเมเตอร์ ) และครึ่งซื้อโปรโตคอล [ 15 ]การเอกซเรย์คอมพิวเตอร์ถูกคำนวณตามประมาณการ 3600 ( 2048 x 2048 พิกเซล ) 2.5 วินาทีแต่ละมากกว่า 360 องศากับตัว 5.06 ไมครอนว็อกเซลขนาด เป็นเขตแนวตั้ง มุมมองอาจไม่ครอบคลุมถึงความสูงเต็มรูปแบบของไข่ , สแกนหลาย จำเป็นสำหรับแต่ละตัวอย่าง การสร้างไดรฟ์ข้อมูลถูกเย็บติดเข้าด้วยกัน เห็นภาพไข่ทั้งหมดและโดยการเพิ่มความคมชัดโดยรวม ( เช่นยืดช่วงของสีเทาค่าจาก 32 บิตข้อมูลดิบให้เป็น 8 บิตแบบเต็มช่วงของค่าระดับที่สูงเกินไป หลีกเลี่ยงความอิ่มตัว ) สามมิติโดยใช้การประมวลผลเป็น VG Max สตูดิโอ 2.1 ( เสียงกราฟิก , ไฮเดลเบิร์ก , เยอรมนี ) ตามขั้นตอนที่อธิบายไว้ในการศึกษาก่อนหน้านี้ ) [ 16 ]สร้างโครงกระดูกจากการเรนเดอร์ทำครั้งแรกใช้กระดูกจากตัวอ่อนที่เก่าแก่ที่สุด ( sk1-1 เหลืองกระดูกในมะเดื่อ 3 – 6 ) และเสร็จสิ้นโดยกระดูกจากตัวอ่อนที่อายุน้อยที่สุด ( sk1-2 สีเขียว กระดูกในมะเดื่อ 3 – 6 ) ; หายไปและถูกแทนที่ด้วยการแสดงผลไม่สมบูรณ์กระดูกสมมาตรของคู่ของพวกเขา ( กระดูกแดง มะเดื่อ 3 และ 4 ) ในที่สุดกะโหลกศีรษะและกระดูกหลังของพิมพ์ 3 มิติโดยใช้มิติชั้นยอดผสมเส้นใยผลิต prototyper ( statasys , Eden Prairie , USA ) , และใช้ในการสืบสวน กายวิภาคตลอดจนการฟื้นฟูบูรณะคอมโพสิต 3D ต้นแบบของที่สุดของกระดูก ช่วยให้เห็นภาพและอธิบายลักษณะของพวกเขา แต่ยังเพื่อศึกษาการติดต่อระหว่างพวกเขาจากการสังเกตของผู้ติดต่อโดยใช้ 3D ต้นแบบ เราผลิต 3D การแสดงผลการฟื้นฟูของกะโหลก ขากรรไกรล่าง , หน้าอก และกระดูกเชิงกรานและกระดูกสันหลัง ( ตารางที่ 2 และ S3 บางกอก ) ข้อมูลรายงานในกระดาษนี้จะถูกเก็บในฐานข้อมูลต่อไปนี้