The Acetobacter reference strains and vinegar samples used in this study were obtained from the Bioresource Collection and Research Center (BCRC). The genomic DNA was extracted using the DNeasy kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) following the manufacturers’ instructions. The DNA concentration and purity were measured using an absorbance ratio of 260/280 nm and checked by agarose gel electrophoresis. Afterward, the partial fragments of tuf genes of Acetobacter strains were sequenced using consensus degenerate primers Tuf-F2 (50-ATGCC(N:anybase)CAGAC(N:anybase)CG(C/T)GA(G/A)CAC-30) and Tuf-R2 (50-CGGAA(G/A)TA(G/A) AACTG(C/T)GGACG-30) and aligned using the commercial computer program Vector NTI Version 9.0 (Invitrogen, San Diego, CA, USA). Phylogenetic trees were constructed with the PHYLIP computer program package [13] using the neighbor-joining method with genetic distances computed by using Kimura’s 2-parameter model [14,15]. The PCR oligonucleotide primer pair specific for A. aceti, SpeAceti-F1 (50-GGGCGATGAAATTCCGGTG-30) and SpeAceti-R2
สายพันธุ์อ้างอิง Acetobacter และตัวอย่างน้ำส้มสายชูที่ใช้ในการศึกษานี้ได้รับมาจากคอลเลกชัน Bioresource และศูนย์วิจัย (BCRC) ดีเอ็นเอ genomic ถูกสกัดโดยใช้ชุด DNeasy (Qiagen, Valencia, CA, USA) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ดีเอ็นเอเข้มข้นและความบริสุทธิ์ถูกวัดโดยใช้อัตราส่วน absorbance 260/280 nm และตรวจสอบ electrophoresis agarose เจ หลังจากนั้น ชิ้นส่วนบางส่วนของ tuf ที่ยีนของ Acetobacter สายพันธุ์ที่ถูกเรียงลำดับโดยใช้มติเสื่อมโทรมไพรเมอร์ Tuf-F2 (50-ATGCC(N:anybase)CAGAC(N:anybase)CG(C/T)GA(G/A)CAC-30) และ Tuf-R2 (50-CGGAA(G/A)TA(G/A) AACTG(C/T)GGACG-30) กจัดตำแหน่งโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์เชิงพาณิชย์เวกเตอร์ NTI รุ่น 9.0 (Invitrogen, San Diego, CA, USA) ต้นไม้ phylogenetic ถูกสร้างขึ้น ด้วย PHYLIP คอมพิวเตอร์โปรแกรมแพคเกจ [13] โดยใช้วิธีเข้าร่วมบ้าน มีระยะทางพันธุกรรมที่คำนวณ โดยใช้แบบจำลอง 2-พารามิเตอร์ของคิมุระโย [14,15] PCR oligonucleotide พื้นคู่เฉพาะสำหรับ A. aceti, SpeAceti-F1 (50-GGGCGATGAAATTCCGGTG-30) และ SpeAceti R2
การแปล กรุณารอสักครู่..
สายพันธุ์ Acetobacter อ้างอิงและตัวอย่างน้ำส้มสายชูที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ได้มาจากการเก็บทรัพยากรชีวภาพและศูนย์วิจัย (BCRC) ดีเอ็นเอที่ถูกสกัดโดยใช้ชุด DNeasy (Qiagen, วาเลนเซีย, CA, USA) ทำตามคำแนะนำของผู้ผลิต ความเข้มข้นของดีเอ็นเอและความบริสุทธิ์ถูกวัดโดยใช้อัตราการดูดกลืนแสงของ 260/280 นาโนเมตรและตรวจสอบโดย agarose เจลอิเล็ก ต่อจากนั้นชิ้นส่วนบางส่วนของยีน TUF สายพันธุ์ Acetobacter มีลำดับขั้นตอนโดยใช้ไพรเมอร์เลวฉันทามติ Tuf-F2 (50 ATGCC (n: anybase) CAGAC (n: anybase) บรรษัทภิบาล (C / T) จอร์เจีย (G / A) CAC-30 ) และ Tuf-R2 (50 CGGAA (G / A) TA (G / A) AACTG (C / T) GGACG-30) และสอดคล้องโดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ในเชิงพาณิชย์เวกเตอร์ NTI Version 9.0 (Invitrogen, ซานดิเอโก, CA, USA ) ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นด้วย PHYLIP แพคเกจโปรแกรมคอมพิวเตอร์ [13] โดยใช้วิธีเพื่อนบ้านเข้ากับระยะทางพันธุกรรมคำนวณโดยใช้คิมูระ 2 พารามิเตอร์แบบ [14,15] ไพรเมอร์ oligonucleotide PCR คู่ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ Aceti A. , SpeAceti-F1 (50 GGGCGATGAAATTCCGGTG-30) และ SpeAceti-R2
การแปล กรุณารอสักครู่..
โดย Acetobacter สายพันธุ์อ้างอิง และน้ำส้มสายชู กลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการวิจัยได้จากคอลเลกชัน และศูนย์วิจัยทรัพยากรชีวภาพ ( บาเซล ) ดีเอ็นเอจีโนมถูกสกัดโดยใช้ dneasy Kit ( QIAGEN , Valencia , CA , USA ) ต่อไปนี้ของผู้ผลิตแนะนำDNA ความเข้มข้นและความบริสุทธิ์มีการวัดการดูดกลืนแสงเท่ากับ 260 / 280 nm และตรวจสอบโดยกาโรสเจล หลังจากนั้น ชิ้นส่วนบางส่วนของไฮยีนของ Acetobacter สายพันธุ์นี้ใช้ฉันทามติเสื่อมสภาพ ไพรเมอร์ tuf-f2 ( 50-atgcc ( N : anybase ) cagac ( N :anybase ) CG ( C / T ) Ga ( G / A ) cac-30 ) และ tuf-r2 ( 50-cggaa ( G / A ) ตา ( G / A ) aactg ( C / T ) ggacg-30 ) และสามารถใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์เชิงพาณิชย์เวกเตอร์ NTI รุ่น 9.0 ( Invitrogen , San Diego , CA , USA ) ต้นไม้ซึ่งถูกสร้างขึ้นด้วยคอมพิวเตอร์ โปรแกรมสำเร็จรูป phylip [ 13 ] ใช้เพื่อนบ้านร่วมด้วยวิธีทางพันธุกรรมระยะทางคำนวณโดยใช้คิมูระเป็นสองแบบ [ 14,15 ]ร่วม ซึ่งไพรเมอร์คู่ที่เฉพาะเจาะจงเพื่อ ใช้ speaceti-f1 ( 50-gggcgatgaaattccggtg-30 , speaceti-r2
)
การแปล กรุณารอสักครู่..