Supercomputing Facility for Bioinfo

Supercomputing Facility for Bioinformatics &
Computational Biology, IIT Delhi
Tenders | Mail



About Us
Group
Archives
Contact Us




Research
Software Tools
Publications
Posters
Services
Collaborations
Tutorials
Bioinfomatics Links
Video
Photo Gallery




What are Promoters ?
A promoter is a regulatory region of DNA located upstream (towards the 5' region) of of a gene, providing a control point for regulated gene transcription.



The promoter contains specific DNA sequences that are recognized by proteins known as transcription factors. These factors bind to the promoter sequences, recruiting RNA polymerase, the enzyme that synthesizes the RNA from the coding region of the gene.

PROMOTER ELEMENTS

1. Core promoter - the minimal portion of the promoter required to properly initiate transcription

Transcription Start Site (TSS)
Approximately -34
A binding site for RNA polymerase
General transcription factor binding sites
2. Proximal promoter - the proximal sequence upstream of the gene that tends to contain primary regulatory elements

Approximately -250
Specific transcription factor binding sites
Difference between Eukaryotic and Prokaryotic Promoters

Prokaryotic promoters

In prokaryotes, the promoter consists of two short sequences at -10 and -35 positions upstream from the transcription start site.

The sequence at -10 is called the Pribnow box, or the -10 element, and usually consists of the six nucleotides TATAAT. The Pribnow box is absolutely essential to start transcription in prokaryotes.
The other sequence at -35 (the -35 element) usually consists of the six nucleotides TTGACA. Its presence allows a very high transcription rate.
Eukaryotic promoters

Eukaryotic promoters are extremely diverse and are difficult to characterize. They typically lie upstream of the gene and can have regulatory elements several kilobases away from the transcriptional start site. In eukaryotes, the transcriptional complex can cause the DNA to bend back on itself, which allows for placement of regulatory sequences far from the actual site of transcription. Many eukaryotic promoters, contain a TATA box (sequence TATAAA), which in turn binds a TATA binding protein which assists in the formation of the RNA polymerase transcriptional complex. The TATA box typically lies very close to the transcriptional start site (often within 50 bases).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คอมพิวติ้งสถานที่สำหรับชีวสารสนเทศ&
คำนวณชีววิทยา iit นิวเดลี
ชาวไร่ | เครื่องมืออีเมล




เกี่ยวกับเรากลุ่ม

คลังติดต่อเรา





งานวิจัยซอฟต์แวร์

โพสต์สิ่งพิมพ์

บริการสื่อ

บทเรียน เชื่อมโยง bioinfomatics

ภาพวิดีโอแกลเลอรี่




สิ่งที่ส่งเสริมการมีอะไรบ้าง
ผู้ก่อการเป็นภูมิภาคท​​ี่กฎระเบียบของ dna ตั้งอยู่ต้นน้ำ (ต่อ 5 'ภูมิภาค) ของยีนให้จุดควบคุมสำหรับการถอดรหัสยีนควบคุม.



ผู้ก่อการมีลำดับดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงว่าเป็นที่ยอมรับจากโปรตีนที่เรียกว่าถอดความปัจจัย . ปัจจัยเหล่านี้ผูกไว้กับลำดับก่อการสรรหาโพลิเมอร์,องค์ประกอบของเอนไซม์ที่สังเคราะห์อาร์เอ็นเอจากภาคการเข้ารหัสของยีน.



ก่อการ 1 ก่อการแกน - ส่วนที่น้อยที่สุดของโปรโมเตอร์ที่จำเป็นในการเริ่มต้นอย่างถูกต้องถอดความเว็บไซต์

ถอดความเริ่มต้น (TSS)

ประมาณ -34 เว็บไซต์ที่มีผลผูกพันสำหรับเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันโพลิเมอร์
ถอดความปัจจัยทั่วไป
2ใกล้เคียงก่อการ - ลำดับใกล้เคียงต้นน้ำของยีนที่มีแนวโน้มที่จะมีองค์ประกอบหลักของกฎระเบียบ


ประมาณ -250 ถอดความปัจจัยเฉพาะเว็บไซต์ที่มีผลผูกพัน
ความแตกต่างระหว่างผู้สนับสนุน eukaryotic และนิวเคลียส

สนับสนุนนิวเคลียส

ใน prokaryotes ก่อการประกอบด้วยสองสั้น ลำดับที่ -10 และ -35 ตำแหน่งต้นน้ำจากเว็บไซต์เริ่มต้นการถอดความ.

ลำดับที่ -10 ที่เรียกว่ากล่อง pribnow หรือองค์ประกอบ -10 และมักจะประกอบด้วยหกนิวคลีโอ tataat กล่อง pribnow เป็นอย่างที่จำเป็นในการเริ่มต้นการถอดความใน prokaryotes.
ลำดับอื่น ๆ ที่ -35 (องค์ประกอบ -35) มักจะประกอบด้วย ttgaca หกนิวคลีโอ แสดงตนช่วยให้อัตราการถอดความสูงมาก.
โปรโมเตอร์ eukaryotic

โปรโมเตอร์ eukaryotic มีความหลากหลายมากและเป็นเรื่องยากที่จะอธิบายลักษณะ พวกเขามักจะอยู่ต้นน้ำของยีนและสามารถมีองค์ประกอบหลาย kilobases กฎระเบียบออกจากเว็บไซต์ของการเริ่มต้นการถอดรหัส ในยูคาริโอ, ซับซ้อนอาจทำให้เกิดการถอดรหัสดีเอ็นเอจะโค้งงอกลับมาอยู่บนตัวของมันเองซึ่งจะช่วยให้สำหรับตำแหน่งของลำดับกำกับดูแลห่างไกลจากสถานที่จริงของการถอดความโปรโมเตอร์ eukaryotic จำนวนมากมีกล่อง tata (ลำดับ tataaa) ซึ่งจะผูกโปรตีน tata ซึ่งช่วยในการก่อตัวของโพลิเมอร์ที่ซับซ้อนการถอดรหัส กล่อง tata มักจะอยู่ใกล้กับสถานที่เริ่มต้นการถอดรหัส (มักจะภายใน 50 ฐาน).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Supercomputing สิ่งอำนวยความสะดวก Bioinformatics &
ชีววิทยาเชิงคำนวณ เดลีมุมไบ
ประมูล | จดหมาย



เกี่ยวกับเรา
กลุ่ม
เก็บ
ติดต่อ




วิจัย
เครื่องมือซอฟต์แวร์
สิ่ง
โปสเตอร์
บริการ
ความร่วมมือ
สอน
Bioinfomatics เชื่อมโยง
วิดีโอ
ภาพ




ก่อคืออะไร?
โปรโมเตอร์ที่เป็นภาคบังคับของดีเอ็นเอที่อยู่ต้นน้ำ (ไปทาง 5' ภูมิภาค) ของของยีน ให้จุดควบคุมสำหรับควบคุม transcription ของยีน


โปรโมเตอร์ที่ประกอบด้วยลำดับดีเอ็นเอเฉพาะซึ่งเป็นที่รู้จัก โดยโปรตีนที่เรียกว่า transcription ปัจจัย ปัจจัยเหล่านี้ผูกกับลำดับโปรโมเตอร์ อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส สรรหา เอนไซม์ที่อาร์เอ็นเอจากภูมิภาครหัสของยีน synthesizes

องค์โปรโมเตอร์

1 โปรโมเตอร์หลัก - ส่วนน้อยของโปรโมเตอร์ต้องถูกเริ่มต้น transcription

Transcription เริ่มต้นเว็บไซต์ (TSS)
ประมาณ-34
ไซต์ผูกในอาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส
transcription ทั่วไปปัจจัยรวมไซต์
2 โปรโมเตอร์ proximal - ลำดับ proximal ต้นน้ำของยีนที่มีแนวโน้มที่จะประกอบด้วยองค์ประกอบหลักที่กำกับดูแล

ประมาณ-250
transcription เฉพาะปัจจัยรวมไซต์
ความแตกต่างระหว่าง Eukaryotic ก่อ Prokaryotic

ก่อ Prokaryotic

ใน prokaryotes โปรโมเตอร์ที่ประกอบด้วยลำดับสองสั้นที่-10-35 ตำแหน่ง และต้นน้ำจากไซต์เริ่มต้น transcription

ลำดับที่ -10 เรียกว่ากล่อง Pribnow หรือองค์ประกอบ-10 และมักจะประกอบด้วยนิวคลีโอหกไทด์ TATAAT กล่อง Pribnow เป็นสิ่งจำเป็นจริง ๆ เริ่มต้น transcription ใน prokaryotes
ลำดับที่-35 (องค์ประกอบ-35) มักประกอบด้วยนิวคลีโอหกไทด์ TTGACA สถานะของตนได้เป็น transcription สูงมากอัตรา
ก่อ Eukaryotic

Eukaryotic ก่อมีมากหลากหลาย และยากต่อการกำหนดลักษณะ พวกเขาโดยทั่วไปขั้นต้นน้ำของยีนอยู่ และสามารถมีองค์ประกอบทาง kilobases หลายจากไซต์เริ่ม transcriptional ใน eukaryotes คอมเพล็กซ์ transcriptional สามารถทำให้ดีเอ็นเอดัดกลับมาเอง ซึ่งช่วยให้การจัดวางลำดับข้อบังคับจากเว็บไซต์จริงของราชบัณฑิตยสถาน ก่อ eukaryotic จำนวนมาก ประกอบด้วยกล่องทาทา (ลำดับ TATAAA), ซึ่งใช้ binds โปรตีนรวมเดินซึ่งช่วยในการก่อตัวของคอมเพล็กซ์ transcriptional อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส กล่องทาทาโดยทั่วไปอยู่มากใกล้กับเว็บไซต์เริ่มต้น transcriptional (มักจะอยู่ในฐาน 50) .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

( National Center for Supercomputing Applications )ส่วนอำนวยความสะดวกสำหรับโออินฟอร์เมติกส์,&
นวัตกรรมชีววิทยา, iit Delhi
ตามมาตรฐานทางอีเมล |




เกี่ยวกับเรากลุ่ม

การจัดเก็บข้อมูลผู้ติดต่อเรา





ตามมาตรฐานการวิจัย,เครื่องมือ,ซอฟท์แวร์

ตามมาตรฐานสิ่งพิมพ์โปสเตอร์

ตามมาตรฐานบริการร่วม

ตามมาตรฐานการสอน bioinfomatics L

ตามมาตรฐานวิดีโอถ่าย ภาพ Gallery
ตามมาตรฐาน



มีอะไรบ้าง?ส่งเสริม
แนะนำจากแพทย์ที่เป็นพื้นที่กฎระเบียบของดีเอ็นเอตั้งอยู่ต้นน้ำ(ต่อ 5 "พื้นที่)ของยีนที่จัดให้บริการจุดควบคุมในการถอดสคริปต์ยีนถูกควบคุม.



แนะนำจากแพทย์ที่มีลำดับของดีเอ็นเอที่เป็นที่รู้จักของโปรตีนที่เรียกกันว่าปัจจัยการถอดสคริปต์ ปัจจัยเหล่านี้ต้องเชื่อมโยงกับซีเควนซ์ของผู้ก่อการบริษัทที่รับสมัครคนงาน rna polymeraseเอนไซม์ที่ synthesizes rna ออกจากพื้นที่การเข้ารหัสของยีนที่.องค์ประกอบ



แนะนำจากแพทย์ 1 . Core แนะนำจากแพทย์ - ที่น้อยที่สุดส่วนของที่แนะนำจากแพทย์ที่จำเป็นสำหรับการเริ่มต้นการถอดสคริปต์อย่าง ถูกต้อง

การถอดสคริปต์ทั้งเริ่มไซต์( TSS )

ประมาณ - 34 ที่มีผลผูกพันทางเว็บไซต์สำหรับ rna polymerase
ทั่วไปมีผลผูกพันไซต์การถอดสคริปต์ปัจจัย
2 .proximal แนะนำจากแพทย์ - proximal ลำดับต้นน้ำของยีนที่มีแนวโน้มที่จะมีองค์ประกอบหลักกฎ ระเบียบ

ประมาณ -250
เฉพาะการถอดสคริปต์ปัจจัยมีผลผูกพันไซต์
ความแตกต่างระหว่าง eukaryotic และ prokaryotic ส่งเสริม

prokaryotic ส่งเสริม

ใน prokaryotes ,ที่แนะนำจากแพทย์ประกอบด้วยสองลำดับที่ - 10 - 35 บาท/ครั้งและตำแหน่งทวนน้ำจากการถอดสคริปต์ทั้งเริ่มเว็บไซต์.

ลำดับที่ - 10 เรียกว่า pribnow ที่ช่องทำเครื่องหมายหรือ - 10 ตัวและโดยปกติประกอบด้วยหกกว้างขวางที่ tataat ช่องทำเครื่องหมาย pribnow ที่เป็นสิ่งที่สำคัญอย่างยิ่งในการเริ่มต้นในการถอดสคริปต์ prokaryotes .
ตามลำดับอื่นๆที่ - 35 บาท/ครั้ง( - 35 บาท/ครั้งส่วน)โดยปกติแล้วประกอบด้วยหก ttgaca ที่กว้างขวาง การมีอยู่ของมันช่วยให้สูงมากการถอดสคริปต์ rate.promoters
eukaryotic ที่

ส่งเสริม eukaryotic จะมีความหลากหลายมากและเป็นเรื่องยากที่จะกำหนดลักษณะ โดยปกติแล้วจะอยู่ต้นน้ำของยีนได้และสามารถมีกฎระเบียบ kilobases อยู่ห่างออกไปหลายพื้นที่เริ่มจาก transcriptional ได้ ใน eukaryotes คอมเพล็กซ์ transcriptional อาจเป็นสาเหตุให้เกิดดีเอ็นเอที่จะงอกลับไปในตัวของมันเองซึ่งช่วยให้การวางตำแหน่งของซีเควนซ์ของกฎระเบียบอยู่ห่างจากสถานที่จริงจากการถอดสคริปต์ส่งเสริม eukaryotic จำนวนมากประกอบด้วยกล่องทาทายัง( tataaa ตามลำดับ)ซึ่งในการเชื่อมโยงกับโปรตีนมีผลผูกพันทาทายังซึ่งจะช่วยในการกำเนิดของคอมเพล็กซ์ transcriptional rna polymerase ได้ ช่องทำเครื่องหมายทาทายังซึ่งโดยทั่วไปจะอยู่เป็นอย่างมากอยู่ใกล้กับ transcriptional เริ่มเว็บไซต์(มักจะอยู่ใน 50 ฐาน).