2.3. Data analysis Analysis of 16S

2.3. Data analysis Analysis of 16S rRNA data was conducted using the microbial ecology community software program Mothur (http://www. mothur.org/wiki/Download_mothur) (Schloss et al., 2009). The reads were processed by removing tags and primers, only accepting reads with an average quality score above 20 and read lengths longer than 300 nt. Data analysis was carried out following the Schloss standard operating procedure (Schloss et al., 2009). Sample coverage, ACE richness estimators and Shannon diversity index were calculated at 97% similarity. A dendrogram describing the similarity of the samples was generated using Thetayc calculators. Sequences were classified using the greengene database and NCBI. A neighbor-joining phylogenetic tree of Cyanobacteria 16S rRNA genes was constructed in MEGA 4 using representative sequences at a 0.03 genetic distance (Tamura et al., 2007). Nearest relatives were retrieved from the NCBI database. A heatmap showing the relative number of sequences per sample for each operational taxonomic unit (OTU) was generated in iTol (Letunic and Bork, 2007). The relationship of environmental factors and the species composition of community (based on the relative abundance of top 250 OTUs) were analyzed by the constrained linear ordination technique redundancy analysis (RDA) using CANOCO v4.5 (Microcomputer Power, USA) and the BIOENV analysis provided in PRIMER 5 software (Primer-E Ltd, UK). RDA was used to test which of the environmental factors explain the majority of the variation in the bacterial/archaeal community composition (Monte Carlo permutation test, 1000 permutations) and show relationship between major bacterial families and environmental factors. The BIOENV analysis was applied to determine the correlation between the environmental factors and bacterial/archaeal communities with the application of a Spearman’s correlation coefficient.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. ข้อมูลวิเคราะห์วิเคราะห์ข้อมูล 16S rRNA ได้ดำเนินการโดยใช้โปรแกรมซอฟต์แวร์ในชุมชนนิเวศวิทยาจุลินทรีย์ Mothur (mothur.org/wiki/Download_mothur http://www.) (ลอทท์ et al., 2009) อ่านถูกประมวลผล โดยการเอาแท็ก และไพรเมอร์ เฉพาะ ยอมรับอ่าน มีคุณภาพมีค่าเฉลี่ยคะแนนเหนือ 20 และอ่านความยาวยาวกว่า 300 nt การวิเคราะห์ข้อมูลได้รับการดำเนินขั้นตอนการปฏิบัติการมาตรฐานลอทท์ (ลอทท์ et al., 2009) ตัวอย่างครอบคลุม ACE estimators ร่ำรวย และแชนนอนดัชนีความหลากหลายมีคำนวณที่คล้าย 97% Dendrogram ที่อธิบายความคล้ายคลึงกันอย่างถูกสร้างโดยใช้เครื่องคิดเลข Thetayc ลำดับที่ประเภทการใช้ฐานข้อมูล greengene และ NCBI เพื่อนบ้านร่วม phylogenetic ต้นไม้ของ Cyanobacteria 16S rRNA ถูกสร้างใน 4 เมใช้ตัวแทนลำดับที่ 0.03 ห่างทางพันธุกรรม (Tamura et al., 2007) ญาติถูกดึงมาจากฐานข้อมูล NCBI Heatmap ที่แสดงหมายเลขญาติลำดับต่อตัวอย่างสำหรับแต่ละหน่วยอนุกรมวิธานในการดำเนินงาน (OTU) ถูกสร้างใน iTol (Letunic และ Bork, 2007) ความสัมพันธ์ของปัจจัยแวดล้อมและองค์ประกอบชนิดของชุมชน (ตามมาย OTUs สุด 250 ญาติ) ได้วิเคราะห์ โดยการอบรมมีข้อจำกัดเชิงเทคนิคซ้ำวิเคราะห์ (RDA) โดยใช้ CANOCO v4.5 (ไฟฟ้าไมโครคอมพิวเตอร์ สหรัฐอเมริกา) และการวิเคราะห์ BIOENV ในซอฟต์แวร์ 5 สีรองพื้น (พื้นอี จำกัด สหราชอาณาจักร) RDA ใช้ในการทดสอบซึ่งปัจจัยสิ่งแวดล้อมส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในส่วนประกอบ แบคทีเรีย/archaeal ชุมชน (ทดสอบ Carlo มอนเรียงสับเปลี่ยน สับ 1000) อธิบาย และแสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวสำคัญแบคทีเรียและปัจจัยแวดล้อม วิเคราะห์ BIOENV ถูกใช้เพื่อกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยสิ่งแวดล้อมและชุมชน แบคทีเรีย/archaeal ด้วยสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์แบบ Spearman

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 การวิเคราะห์ข้อมูลการวิเคราะห์ข้อมูล 16S rRNA ได้ดำเนินการโดยใช้โปรแกรมซอฟแวร์ระบบนิเวศชุมชนจุลินทรีย์ Mothur (http: // www. mothur.org/wiki/Download_mothur) (. ปราสาท et al, 2009) อ่านที่ถูกประมวลผลโดยการเอาแท็กและไพรเมอร์เท่านั้นที่ยอมรับการอ่านด้วยคะแนนที่มีคุณภาพสูงกว่าค่าเฉลี่ย 20 และอ่านความยาวนานกว่า 300 เอ็นที การวิเคราะห์ข้อมูลได้ดำเนินการดังต่อไปนี้ขั้นตอนการดำเนินปราสาทมาตรฐาน (Schloss et al., 2009) ความคุ้มครองตัวอย่าง ACE ประมาณความมีชีวิตชีวาและดัชนีความหลากหลายแชนนอนจะถูกคำนวณที่คล้ายคลึงกัน 97% dendrogram อธิบายความคล้ายคลึงกันของกลุ่มตัวอย่างที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เครื่องคิดเลข Thetayc ถูกจัดลำดับโดยใช้ฐานข้อมูล greengene และ NCBI เพื่อนบ้านเข้าสู่ต้นไม้สายวิวัฒนาการของไซยาโนแบคทีเรียยีน 16S rRNA ถูกสร้างขึ้นใน MEGA 4 ลำดับโดยใช้ตัวแทนในระยะทางพันธุกรรม 0.03 (ทามูระ et al., 2007) ญาติที่ใกล้ที่สุดได้รับการเรียกข้อมูลจากฐานข้อมูล NCBI แสดงแผนที่ความร้อนจำนวนญาติลำดับต่อตัวอย่างสำหรับแต่ละหน่วยจัดหมวดหมู่ในการดำเนินงาน (OTU) ถูกสร้างขึ้นใน iTol (Letunic และบอร์ก 2007) ความสัมพันธ์ของปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมและองค์ประกอบของสายพันธุ์ของชุมชน (ขึ้นอยู่กับความอุดมสมบูรณ์ของญาติของด้านบน 250 Otus) ได้รับการวิเคราะห์โดยเทคนิคเชิงเส้นบวช จำกัด การวิเคราะห์ความซ้ำซ้อน (RDA) โดยใช้ CANOCO v4.5 (ไมโครคอมพิวเตอร์พาวเวอร์, USA) และการวิเคราะห์ BIOENV ที่ระบุไว้ในรองพื้น 5 ซอฟแวร์ (จำกัด รองพื้น-E, สหราชอาณาจักร) RDA ถูกใช้ในการทดสอบซึ่งในปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมอธิบายส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในองค์ประกอบชุมชนแบคทีเรีย / archaeal (ทดสอบการเปลี่ยนแปลง Monte Carlo 1000 พีชคณิต) และแสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวของเชื้อแบคทีเรียที่สำคัญและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม การวิเคราะห์ BIOENV ถูกนำมาใช้ในการกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมและชุมชนแบคทีเรีย / archaeal ด้วยการประยุกต์ใช้ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์สเปียร์แมนของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 การวิเคราะห์ข้อมูลของ 16S rRNA ข้อมูลจำนวนจุลินทรีย์ชุมชนระบบนิเวศซอฟต์แวร์โปรแกรม mothur ( http : / / www . mothur . org / wiki / download_mothur ) ( ปราสาท et al . , 2009 ) ที่อ่านถูกประมวลผลโดยการเอาแท็กและไพรเมอร์เท่านั้นยอมรับอ่านเฉลี่ยคะแนนคุณภาพสูงกว่า 20 อ่านความยาวยาวกว่า 300 NTการวิเคราะห์ข้อมูลได้ดำเนินการตามขั้นตอนการดำเนินงานมาตรฐาน ปราสาท ( ปราสาท et al . , 2009 ) ตัวอย่างครอบคลุม เอซและดัชนีความหลากหลาย ความประมาณ แชนนอน คำนวณที่ 97 % ความเหมือน เป็นพันธุกรรม อธิบายถึงความเหมือนกันของตัวอย่างที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ thetayc เครื่องคิดเลข ลำดับ จำแนกการใช้ greengene ฐานข้อมูลและ ncbi .เพื่อนบ้านร่วมเบส 16S rRNA phylogenetic ต้นไม้ที่มียีนที่ถูกสร้างขึ้นในเมกา 4 ใช้ตัวแทนลำดับที่ 0.03 ระยะห่างทางพันธุกรรม ( ทามูระ et al . , 2007 ) ญาติใกล้ชิด ncbi ถูกดึงจากฐานข้อมูล เป็น Heatmap แสดงหมายเลขลำดับญาติของกลุ่มตัวอย่างต่อสำหรับแต่ละหน่วยปฏิบัติการอนุกรมวิธาน ( otu ) ถูกสร้างขึ้นใน itol ( และ letunic บอร์ก , 2007 )ความสัมพันธ์ของปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมและองค์ประกอบชนิดของชุมชน ( ขึ้นอยู่กับความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์สูงสุด 250 ใน ) วิเคราะห์ข้อมูลด้วยเทคนิคการวิเคราะห์เชิงบังคับบวชซ้ำซ้อน ( RDA ) ใช้ canoco v4.5 ( สหรัฐอเมริกาอำนาจ ไมโครคอมพิวเตอร์และ bioenv ไว้ในซอฟต์แวร์การวิเคราะห์ไพรเมอร์ 5 ( primer-e จำกัด , UK )ควรใช้วิธีการทดสอบของปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่อธิบายส่วนใหญ่ของการเปลี่ยนแปลงในแบคทีเรีย / องค์ประกอบชุมชน archaeal ( การทดสอบมอนติคาร์โล 1000 เรียงสับเปลี่ยนพีชคณิต ) และแสดงความสัมพันธ์ระหว่างครอบครัวของสาขาและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมการวิเคราะห์ bioenv มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมและชุมชน archaeal แบคทีเรีย / กับการประยุกต์ใช้ของ Spearman correlation coefficient