Banding profiles generated by RAPD

Banding profiles generated by RAPD and SCoT primers were pooled into a data binary matrix based on the presence (1) or absence (0) of the selected band. Only clear, unambiguous, and reproducible bands amplified in both cases were considered for the scoring of the data. Smeared and weak bands were excluded. The ability of the primers to distinguish between individuals was accessed by calculating the resolving power (Rp) ( Prevost and Wilkinson, 1999) for both the markers. The function is deduced by the formula Rp = ΣIb where band informativeness, Ib = 1 − (2 × |0.5 − p|) and p is the proportion of individuals containing band I. Polymorphic information content (PIC) value was calculated using the formula PIC = 1 − Σpi2, where pi is the frequency of the ith allele ( Smith et al., 1997). The fit between the similarity matrix and the dendrogram was estimated from the cophenetic correlation coefficient (r) ( Sneath and Sokal, 1973). Genetic similarity based on Jaccard's coefficient was calculated using SimQual module and arranged into a similarity matrix. A dendrogram was constructed using a NTSYS version 2.20 software package ( Rohlf and Taxonomy, 1998) by following the UPGMA option of the SAHN module.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แถบค่าสร้างขึ้น โดยไพรเมอร์อาร์เอพีดีและสกอตแลนด์ถูกทางถูกพูเป็นเมทริกซ์ฐานสองตาม (1) หรือ (0) ของวงเลือกข้อมูล เฉพาะ วงใส ชัดเจน และจำลองขยายในทั้งสองกรณีถูกพิจารณาสำหรับคะแนนของข้อมูล มีแยกวงชัด และอ่อนแอ ความสามารถของไพรเมอร์ที่แยกความแตกต่างระหว่างบุคคลเข้าถึงได้ โดยการคำนวณพลังงาน resolving (Rp) (Prevost และ Wilkinson, 1999) สำหรับเครื่องหมายทั้งสอง ฟังก์ชันมี deduced โดย Rp สูตร = ΣIb ซึ่งวง informativeness, Ib =− 1 (2 × |0.5 − p|) และ p คือ สัดส่วนของบุคคลที่ประกอบด้วย Polymorphic ข้อมูลเนื้อหา (PIC) ค่าถูกคำนวณโดยใช้ PIC สูตร I. วง = Σpi2 − 1 ปี่อยู่ความถี่ของ allele ระยะ (Smith et al., 1997) พอดีระหว่างเมตริกซ์คล้าย dendrogram ถูกประเมินจากค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ cophenetic (r) (Sneath และ Sokal, 1973) มีคำนวณความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมโดยใช้สัมประสิทธิ์ของ Jaccard โดยใช้โมดูล SimQual และในเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน Dendrogram ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ NTSYS รุ่น 2.20 แพ็คเกจซอฟต์แวร์ (Rohlf และระบบภาษี 1998) โดยตัว UPGMA โม SAHN

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์แถบที่สร้างขึ้นโดย RAPD และไพรเมอร์ชาวสกอตถูกรวบรวมเป็นข้อมูลไบนารีเมทริกซ์อยู่บนพื้นฐานของการแสดงตน (1) หรือไม่มี (0) ของวงดนตรีที่เลือก ที่ชัดเจนเท่านั้นโปร่งใสและวงดนตรีที่ทำซ้ำได้ขยายในทั้งสองกรณีได้รับการพิจารณาสำหรับการให้คะแนนของข้อมูล ป้ายและวงดนตรีที่อ่อนแอได้รับการยกเว้น ความสามารถของไพรเมอร์ที่จะแยกแยะความแตกต่างระหว่างบุคคลถูกเข้าถึงโดยการคำนวณการแก้ปัญหาพลังงาน (รูเปียห์) (Prevost และวิลกินสัน, 1999) ทั้งเครื่องหมาย ฟังก์ชั่นที่มีการอนุมานโดยรูเปียห์สูตร = ΣIbที่ informativeness วง Ib = 1 - (2 × | 0.5 - พี |) p และเป็นสัดส่วนของประชาชนที่มีวง I. เนื้อหาข้อมูล Polymorphic (PIC) มูลค่าที่คำนวณโดยใช้สูตร PIC = 1 - Σpi2ที่ปี่คือความถี่ของอัลลีลที่ i จุด (. สมิ ธ , et al, 1997) แบบที่คล้ายคลึงกันระหว่างเมทริกซ์และ dendrogram ประมาณจากค่าส​​ัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ cophenetic (R) (Sneath และ Sokal, 1973) ความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมขึ้นอยู่กับค่าสัมประสิทธิ์ Jaccard ถูกคำนวณโดยใช้โมดูล SimQual และจัดเป็นเมทริกซ์ที่คล้ายคลึงกัน dendrogram ถูกสร้างขึ้นโดยใช้แพคเกจซอฟต์แวร์รุ่น NTSYS 2.20 (Rohlf และอนุกรมวิธาน, 1998) โดยทำตามตัวเลือก UPGMA โมดูลซาห์น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แถบโปรไฟล์ที่สร้างขึ้นโดยเทคนิค RAPD และหริภุญชัยโดยรวมเป็นข้อมูลไบนารีแบบขึ้นอยู่กับสถานะ ( 1 ) หรือขาด ( 0 ) ของกลุ่มที่เลือก เพียง ใส ชัดเจน และขยายวง ) ในทั้งสองกรณีมีการพิจารณาการให้คะแนนของข้อมูล ป้ายและวงดนตรีที่อ่อนแอถูกแยกออกความสามารถของวิธีที่จะแยกแยะระหว่างบุคคลถูกเข้าถึงได้โดยการคำนวณการแก้ปัญหาพลังงาน ( RP ) ( เพรโวสต์ และ วิลกินสัน , 1999 ) ทั้งสองเครื่องหมาย ฟังก์ชันจะอนุมานตามสูตร RP = Σ IB ที่วงดนตรีสารประโยชน์ , IB = 1 − ( − 2 × | 0.5 p | ) และ P คือ สัดส่วนของแต่ละบุคคลประกอบด้วยวงดนตรี .เนื้อหาข้อมูลที่มีค่า ( รูป ) คำนวณโดยใช้สูตรรูป = 1 −Σ pi2 ที่ พี คือ ความถี่ของอัลลีล ith ( Smith et al . , 1997 ) พอดีระหว่างความเหมือนของเมทริกซ์และพันธุกรรมจะคำนวณจากค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ ( r ) cophenetic ( สเนท และ Sokal , 1973 )ความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมโดยใช้ Jaccard คือคำนวณโดยใช้ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือน simqual โมดูล และจัดให้เป็นเมทริกซ์ เป็นพันธุกรรมที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้โปรแกรมสำเร็จรูป ( rohlf NTSYS เวอร์ชัน 2.20 และอนุกรมวิธาน , 1998 ) ตามวิธีตัวเลือกของ sahn โมดูล