To explore the role of mononucleoti

To explore the role of mononucleotide repeats in humans, we performed a computational analysis by integrating data from a number of relevant databases, including whole-genome sequences (27), Gene Expression Omnibus (GEO) data sets (28) and Agobinding sites (29). Six model organisms were used in our analysis: Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Rattus norvegicus, Mus musculus and Homo sapiens (Supplementary Table S1). The distribution frequency of mononucleotide repeats has previously been investigated by counting poly(dA:dT) tracts in double-stranded DNA (9). However, this previously used counting method might not be well suited to uncovering biological functions because it does not reflect the imbalance of A- and T-repeats between the two DNA strands. In this study, poly(dA:dT) tracts were counted separately as sense A- and sense T-repeats relative to the TSS.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การสำรวจบทบาทของ mononucleotide ซ้ำในมนุษย์ เราดำเนินการวิเคราะห์คำนวณ โดยนำข้อมูลจากฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ลำดับพันธุทั้งหมด (27), ชุดข้อมูลของรถโดยสารนิพจน์ยีน (GEO) (28) และเว็บไซต์ Agobinding (29) สิ่งมีชีวิตรุ่นหกถูกใช้ในการวิเคราะห์ของเรา: Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans แมลงวันทอง Rattus norvegicus, Mus musculus และตุ๊ด sapiens (เสริมตาราง S1) ความถี่การกระจายของการทำซ้ำ mononucleotide ได้ก่อนหน้านี้ถูกตรวจสอบ โดยการนับ poly(dA:dT) ซึ่งในสองครั้งที่ควั่น DNA (9) อย่างไรก็ตาม วิธีการตรวจนับใช้ก่อนหน้านี้อาจไม่เหมาะกับการทำงานทางชีวภาพ uncovering เพราะไม่สมดุลของ A - และ T-ทำซ้ำระหว่างเส้นดีเอ็นเอสองยิ่งขึ้นไม่ ในการศึกษานี้ poly(dA:dT) ซึ่งถูกนับแยกเป็นอัจฉริยะ A - และควรทำซ้ำ T สัมพันธ์ TSS

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อสำรวจบทบาทของซ้ำ mononucleotide ในมนุษย์ที่เราดำเนินการวิเคราะห์คำนวณโดยการบูรณาการข้อมูลจากจำนวนฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องรวมทั้งลำดับจีโนมทั้งหมด (27) การแสดงออกของยีนรถโดยสาร (GEO) ชุดข้อมูล (28) และเว็บไซต์ Agobinding (29 ) หกสิ่งมีชีวิตรูปแบบถูกนำมาใช้ในการวิเคราะห์ของเรา: Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, แมลงหวี่ melanogaster, Rattus norvegicus, เฮอกล้ามเนื้อและมนุษย์ปัจจุบัน (S1 ตารางเสริม) ความถี่ในการกระจายของซ้ำ mononucleotide ที่ได้รับการตรวจสอบก่อนหน้านี้โดยการนับโพลี (dA: dT) สถานที่ในดีเอ็นเอเกลียวคู่ (9) แต่วิธีนี้นับใช้ก่อนหน้านี้อาจจะไม่เหมาะกับการเปิดโปงการทำงานทางชีวภาพเพราะมันไม่ได้สะท้อนความไม่สมดุลของ A- และ T-ซ้ำระหว่างสองเส้นดีเอ็นเอ ในการศึกษานี้โพลี (dA: dT) สถานที่นับแยกเป็นความรู้สึกและความรู้สึก A- T-ซ้ำเทียบกับ TSS

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อศึกษาบทบาทของ mononucleotide ซ้ำรอยในมนุษย์ เราได้ทำการวิเคราะห์ คำนวณโดยการบูรณาการข้อมูลจากหลายฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้อง รวมถึงลำดับจีโนมทั้งหมด ( 27 ) , รถโดยสารการแสดงออกของยีน ( กอ ) ชุดข้อมูล ( 28 ) และ agobinding เว็บไซต์ ( 29 ) หกรูปแบบของสิ่งมีชีวิตใช้ในการวิเคราะห์ของเรา : Saccharomyces cerevisiae C ³แมลงวันทอง , , , norvegicus มัสและตัว , musculus Homo sapiens ( เสริมตาราง S1 ) การแจกแจงความถี่ของ mononucleotide ซ้ำก่อนหน้านี้ได้ถูกตรวจสอบ โดยการนับพอลิต้า : DT ) พบในคู่ stranded DNA ( 9 ) อย่างไรก็ตาม ก่อนหน้านี้เคยนับวิธีอาจไม่เหมาะกับการฟังก์ชันทางชีวภาพ เพราะมันไม่ได้เป็นfl ect ความไม่สมดุลของ - และ t-repeats ระหว่างดีเอ็นเอ 2 เส้น . การศึกษาพอลิต้า : DT ) ผืนถูกนับแยกเป็นอารมณ์และความรู้สึก t-repeats เทียบกับ TSS .