Oryza sativa is composed of two maj

Oryza sativa is composed of two major subspecies,
Indica and Japonica (both tropical and temperate) and
several ecotypes. Several efforts have been made to assess
the genetic diversity within Oryza sativa at both phenotypic
and molecular levels. To estimate genetic diversity
among Oryza species, several types of molecular markers,
particularly simple sequence repeats (SSR), have been used
(Yu et al. 2003; Hashimoto et al. 2004; Garris et al. 2005;
Thomson et al. 2007; Wen et al. 2009; Ishii et al. 2011,
Zhang et al., 2011). Polymorphisms in the SSR region are
considered the results of different replications of repeated
sequences, resulting in different sizes of the PCR products.
However, alleles with different sequences but having the
same length may yield ambiguous results of the phylogenetic
analysis. Sequencing SSR products can provide clear
information on the evolutionary history of these loci (Sunnucks
et al. 2000; Provan et al. 2004). Alternatively, singlestranded
conformation polymorphism (SSCP), a simple
and rapid method to determine sequence variation in a
large number of samples without expensive direct sequencing,
was proposed to use for genotyping and mapping
genetic diversity in crop plants (Kuhn et al., 2008). SSCP
is a very sensitive technique for the detection of single
point mutations between different DNA fragments (Grieu
et al. 2004; Muangprom et al. 2005). Recently, SSCP has
been used in crop studies, such as marker assisted selection
(Borchert and Hohe 2009), comparative genomics
(Castelblanco and Fregene 2006), phylogenetics (Rousseau-
Gueutin et al. 2009) and fitness effects of crop QTLs
(Baack et al. 2008). Furthermore, the recent availability of rice genome sequences provides the opportunity to select
genes/sequences distributed in the genome as SSCP
markers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Oryza ซาประกอบด้วยชนิดย่อยหลักสองIndica และ Japonica (ทั้งเขตร้อน และแจ่ม) และecotypes หลาย ได้ทำความพยายามต่าง ๆ ในการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในซา Oryza ในทั้งสองไทป์และระดับโมเลกุล การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมระหว่างพันธุ์ Oryza ชนิดต่าง ๆ ของเครื่องหมายโมเลกุลการใช้การทำซ้ำโดยเฉพาะลำดับ (SSR),(Yu et al. 2003 ฮาชิโมโตะ et al. 2004 Garris et al. 2005ทอมร้อยเอ็ด al. 2007 เหวินตี้ et al. 2009 Al. Ishii et 2011Zhang et al., 2011) มี polymorphisms ในภูมิภาค SSRพิจารณาผลของระยะต่าง ๆ ของการทำซ้ำลำดับ ในขนาดที่แตกต่างกันของผลิตภัณฑ์ PCRอย่างไรก็ตาม alleles มีลำดับที่แตกต่างกันแต่มีการความยาวอาจผลลัพธ์ชัดเจนของที่ phylogeneticวิเคราะห์ ลำดับเบส SSR ผลิตภัณฑ์สามารถให้ชัดเจนข้อมูลเกี่ยวกับประวัติวิวัฒนาการเหล่านี้ loci (Sunnucksร้อยเอ็ด al. 2000 Provan et al. 2004) หรือ singlestrandedconformation โพลีมอร์ฟิซึม (SSCP), เรียบง่ายและวิธีการอย่างรวดเร็วเพื่อกำหนดลำดับการเปลี่ยนแปลงในการจำนวนตัวอย่างโดยลำดับโดยตรงราคาแพงถูกเสนอชื่อให้ใช้ genotyping การแม็ปความหลากหลายทางพันธุกรรมในพืช (Kuhn et al., 2008) SSCPเป็นเทคนิคสำคัญมากตรวจครั้งเดียวชี้กลายพันธุ์ระหว่างชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน (Grieuร้อยเอ็ด al. 2004 Muangprom et al. 2005) ล่าสุด SSCP ได้ใช้ในการศึกษาพืช เช่นการเลือกเครื่องช่วยGenomics เปรียบเทียบ (Borchert และ Hohe 2009),วงศ์วานวิวัฒนาการ (Castelblanco และ Fregene 2006), (Rousseau-Gueutin et al. 2009) และออกกำลังกายลักษณะพิเศษของพืช QTLs(Baack et al. 2008) นอกจากนี้ ความพร้อมล่าสุดของข้าวจีโนมลำดับให้โอกาสในการเลือกยีน/ลำดับกระจายในจีโนมเป็น SSCPเครื่องหมาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Oryza sativa ประกอบด้วยสองชนิดย่อยที่สำคัญ
Indica และ Japonica (ทั้งเขตร้อนและเย็น) และ
กลุ่มพันธุ์หลาย ความพยายามของหลายคนได้รับการทำเพื่อประเมิน
ความหลากหลายทางพันธุกรรมภายใน Oryza sativa ทั้งฟีโนไทป์
และระดับโมเลกุล ที่จะประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรม
ในหมู่สายพันธุ์ Oryza หลายประเภทของเครื่องหมายโมเลกุล
ลำดับโดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เรียบง่ายซ้ำ (SSR) ได้ถูกนำมาใช้
(Yu et al, 2003;. ฮาชิโมโตะ et al, 2004;. Garris et al, 2005;.
ทอมสัน et al, 2007. เหวิน et al, 2009;.. อิชิ et al, 2011
. Zhang et al, 2011) ความหลากหลายในภูมิภาค SSR จะ
พิจารณาผลของการซ้ำที่แตกต่างกันของการทำซ้ำ
ลำดับส่งผลให้ในขนาดที่แตกต่างกันของผลิตภัณฑ์ PCR.
อย่างไรก็ตามอัลลีลที่มีลำดับที่แตกต่างกัน แต่มี
ระยะเวลาเดียวกันอาจให้ผลลัพธ์ที่ชัดเจนของสายวิวัฒนาการ
การวิเคราะห์ ผลิตภัณฑ์ SSR ลำดับสามารถให้ชัดเจน
ข้อมูลเกี่ยวกับประวัติศาสตร์วิวัฒนาการของตำแหน่งเหล่านี้ (Sunnucks
et al, 2000;. Provan et al, 2004). อีกทางเลือกหนึ่ง singlestranded
polymorphism โครงสร้าง (SSCP) ที่เรียบง่าย
และวิธีการอย่างรวดเร็วในการกำหนดรูปแบบลำดับใน
จำนวนมากของกลุ่มตัวอย่างโดยไม่ต้องเรียงลำดับโดยตรงที่มีราคาแพง
ได้เสนอที่จะใช้สำหรับ genotyping และการทำแผนที่
ความหลากหลายทางพันธุกรรมในพืช (Kuhn et al., 2008) . SSCP
เป็นเทคนิคที่มีความสำคัญมากในการตรวจหาเดียว
กลายพันธุ์จุดระหว่างดีเอ็นเอแตกต่างกัน (Grieu
et al, 2004;. Muangprom et al, 2005). เมื่อเร็ว ๆ นี้ SSCP ได้
ถูกนำมาใช้ในการศึกษาการเพาะปลูกเช่นเครื่องหมายเลือกช่วย
(Borchert และ Hohe 2009) ฟังก์ชั่นการเปรียบเทียบ
(Castelblanco และ Fregene 2006) phylogenetics (Rousseau-
Gueutin et al. 2009) และผลกระทบการออกกำลังกายของ QTLs พืช
(Baack et al. 2008) นอกจากนี้ความพร้อมล่าสุดของลำดับจีโนมข้าวมีโอกาสที่จะเลือก
ยีน / ลำดับกระจายในจีโนมเป็น SSCP
เครื่องหมาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้าวประกอบด้วยสองชนิดย่อยหลัก ,
3 ( ทั้งเขตร้อนและเขตอบอุ่น และญี่ปุ่น ) และ
หลายชุด . ความพยายามหลายได้รับการทำเพื่อประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในข้าว

ทั้งคุณสมบัติและระดับโมเลกุล การประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมของข้าวสายพันธุ์
, หลายประเภทของโมเลกุลเครื่องหมาย
ลำดับโดยเฉพาะอย่างยิ่งง่ายซ้ำ ( SSR ) , มีการใช้
( ยู et al . 2003 ; ฮาชิโมโตะ et al . 2004 ; แกร์ริส et al . 2005 ;
ทอมสัน et al . 2007 ; Wen et al . 2009 ; อิชิ et al . 2011
Zhang et al . , 2011 ) ความหลากหลายในภูมิภาคนี้ถือว่าได้รับผลแตกต่างกัน

ซ้ำซ้ำลำดับ เป็นผลในขนาดที่แตกต่างกันของผลิตภัณฑ์ PCR .
แต่ยีนที่มีลำดับต่างกัน แต่ก็มี
ความยาวเดียวกันอาจให้ผลไม่ชัดเจนผลของการวิเคราะห์ phylogenetic

ผลิตภัณฑ์ที่ได้รับการสามารถให้ข้อมูลชัดเจน
ประวัติศาสตร์วิวัฒนาการ loci เหล่านี้ ( sunnucks
et al . 2000 ; provan et al . 2004 ) อีกวิธีหนึ่งคือ singlestranded
conformation polymorphism ( ยีน ) , ง่ายและรวดเร็วเพื่อกำหนดลำดับวิธี

การเปลี่ยนแปลงในตัวเลขขนาดใหญ่ของคนโดยไม่มีการโดยตรงแพง
เสนอให้ใช้สำหรับการอ่านและการทำแผนที่
ความหลากหลายทางพันธุกรรมในพืชพืช ( คูน et al . , 2008 ) ยีน
เป็นเทคนิคที่ละเอียดอ่อนมากสำหรับตรวจหาการกลายพันธุ์
จุดเดียวระหว่างชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่แตกต่างกัน ( grieu
et al . 2004 ; muangprom et al . 2005 ) เมื่อเร็วๆ นี้ ได้ถูกใช้ในการศึกษา
ยีนพืช เช่น เครื่องหมาย
( borchert ช่วยเลือกและเปรียบเทียบลักษณะทางพันธุกรรม
hohe 2009 )( castelblanco และ fregene 2006 ) ไฟโลเจเนติก ( Rousseau --
gueutin et al . 2009 ) และ ฟิตเนส ผลของยีนพืช
( baack et al . 2008 ) นอกจากนี้ ความพร้อมล่าสุดของลำดับจีโนมข้าวมีโอกาสที่จะเลือก
ยีน / ลำดับการกระจายในจีโนมเป็นยีน
เครื่องหมาย