The microbiota of an animal's intes

The microbiota of an animal's intestinal tract plays a vital role in the animal's overall health. There is a surprising scarcity of information on the microbial diversity in the gut of livestock species such as cattle and swine. Here we describe a bacterial 16S-based tag–encoded FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP) method that we have developed as a high-throughput universal tool for bacterial diversity, epidemiology, and pathogen detection studies. This method will allow hundreds of samples to be run simultaneously but analyzed individually or as groups. To test this new methodology, we individually evaluated the bacterial diversity in the ileum of 21 pigs. Ubiquitous bacteria detected in the newly weaned pigs were Clostridium spp., Lactobacillus spp., and Helicobacter spp. Many of the pigs had surprisingly low concentrations of beneficial bacteria such as Bifidobacterium spp. Only four of the pigs were shown to be positive for Salmonella spp. using traditional culture methods. A total of eight pigs were bTEFAP positive for Salmonella spp., including all four of the pigs that had been culture positive. Two of the pigs sampled were also positive for Campylobacter spp. tentative identified as jejuni. Using rarefaction curves modeled with the Richards equation, we estimated the maximum number of unique species level (3% dissimilarity) operational taxonomic units in the ileum of these pigs. These predictions indicated that there may be as many as 821 different species associated with the ileum in pigs. Together these data indicate a powerful potential of this technology in food safety and epidemiological and bacterial diversity applications. Using bTEFAP, we can expect to gain a better understanding of how the microbiome of an animal contributes to its health and well-being.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Microbiota ของทางเดินลำไส้ของสัตว์มีบทบาทสำคัญในสัตว์โดยรวม ไม่น่าแปลกใจการขาดแคลนข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางชีวภาพจุลินทรีย์ในลำไส้พันธุ์ปศุสัตว์เช่นโคกระบือและสุกร ที่นี่เราอธิบายแบคทีเรียตาม 16S – เข้าป้าย FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP) วิธีการที่เราได้พัฒนาเป็นเครื่องมือสากลอัตราความเร็วสูงสำหรับแบคทีเรียหลากหลาย ระบาด และการศึกษาตรวจสอบศึกษา วิธีการนี้จะช่วยให้หลายร้อยตัวอย่างเหมือนกัน แต่วิเคราะห์รายบุคคล หรือ เป็นกลุ่ม การทดสอบวิธีการใหม่นี้ เราแยกประเมินความหลากหลายทางชีวภาพแบคทีเรียใน ileum ของสุกร 21 แบคทีเรียที่พบในสุกรใหม่ weaned แพร่หลายถูกเชื้อ Clostridium โอ โอแลคโตบาซิลลัส และกระเพาะโอ ของสุกรมีความเข้มข้นต่ำน่าแปลกใจของแบคทีเรียที่เป็นประโยชน์เช่น Bifidobacterium โอ 4 เท่าของสุกรได้แสดงเป็นค่าบวกสำหรับการใช้วิธีวัฒนธรรมโอซัล จำนวนสุกรที่แปด bTEFAP บวกสำหรับโอซัล รวมทั้งหมด 4 ของสุกรที่ได้รับวัฒนธรรมบวกได้ สองตัวอย่างสุกรมีค่าบวกสำหรับ Campylobacter โอแน่นอนเป็น jejuni เราใช้เส้นโค้ง rarefaction จำลองกับสมการริชาร์ด ประเมินจำนวนของชนิดเฉพาะระดับ (3% dissimilarity) อนุกรมวิธานหน่วยงานใน ileum ของสุกรเหล่านี้ คาดการณ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า อาจมีสายพันธุ์ต่าง ๆ จำนวน 821 ที่เกี่ยวข้องกับ ileum ในสุกร กันข้อมูลเหล่านี้บ่งชี้ศักยภาพประสิทธิภาพของเทคโนโลยีนี้ในความปลอดภัยของอาหารและการประยุกต์ใช้เชื้อแบคทีเรีย และความหลากหลาย ใช้ bTEFAP เราสามารถคาดว่าจะได้รับความเข้าใจของวิธี microbiome ของสัตว์รวมถึงสุขภาพความเป็นอยู่ที่ดี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

microbiota ของระบบทางเดินลำไส้ของสัตว์มีบทบาทสำคัญในสุขภาพโดยรวมของสัตว์ มีความขาดแคลนน่าแปลกใจของข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้ของสายพันธุ์ปศุสัตว์เช่นวัวและหมู ที่นี่เราจะอธิบายแบคทีเรีย 16S ตามแท็กเข้ารหัส FLX amplicon pyrosequencing (bTEFAP) วิธีการที่เราได้รับการพัฒนาเป็นเครื่องมือสากลสูงผ่านความหลากหลายของแบคทีเรียระบาดวิทยาและการศึกษาการตรวจหาเชื้อโรค วิธีการนี​​้จะช่วยให้หลายร้อยของกลุ่มตัวอย่างที่จะทำงานไปพร้อม ๆ กัน แต่การวิเคราะห์รายบุคคลหรือเป็นกลุ่ม เพื่อทดสอบวิธีการใหม่นี้เราเป็นรายบุคคลประเมินความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียใน ileum 21 หมู แบคทีเรียแพร่หลายตรวจพบในลูกสุกรหย่านมใหม่เป็น Clostridium spp. จากแลคโตบาซิลลัส spp. และเชื้อแบคทีเรีย Helicobacter spp หลายสุกรมีความเข้มข้นต่ำแปลกใจของแบคทีเรียที่มีประโยชน์เช่น Bifidobacterium spp เพียงสี่ของสุกรที่ได้แสดงให้เห็นว่าเป็นผลบวกต่อเชื้อ Salmonella spp โดยใช้วิธีการแบบดั้งเดิมวัฒนธรรม ทั้งหมดแปดสุกรมี bTEFAP เชื้อ Salmonella spp. รวมทั้งสี่ของสุกรที่ได้รับวัฒนธรรมในเชิงบวก สองสุกรตัวอย่างก็ยังบวกสำหรับ Campylobacter spp เบื้องต้นระบุว่าเป็น jejuni การใช้เส้นโค้งเจือถ่ายแบบกับสมริชาร์ดที่เราคาดจำนวนสูงสุดของระดับสปีชีส์ที่ไม่ซ้ำกัน (3% แตกต่างกัน) หน่วยอนุกรมวิธานในการปฏิบัติงาน ileum ของสุกรเหล่านี้ การคาดการณ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าอาจจะมีมากที่สุดเท่าที่ 821 สายพันธุ์ที่แตกต่างกันที่เกี่ยวข้องกับ ileum ในสุกร ร่วมกันข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นศักยภาพที่มีประสิทธิภาพของเทคโนโลยีนี้ในด้านความปลอดภัยของอาหารและระบาดวิทยาและการประยุกต์ใช้ความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรีย ใช้ bTEFAP เราสามารถคาดหวังที่จะได้รับความเข้าใจที่ดีของวิธี microbiome สัตว์ก่อให้เกิดสุขภาพและความเป็นอยู่ของตน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โดยไมโครไบโ ้าของสัตว์มีระบบย่อยอาหาร มีบทบาทสำคัญในสุขภาพโดยรวมของสัตว์ มีความขาดแคลนที่น่าแปลกใจของข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้ของสัตว์ ชนิด เช่น โคและสุกรที่นี่เราจะอธิบาย ( ตามป้าย ) และแบคทีเรียที่ flx ไพโรซีเควนซิง ( btefap ) วิธีการที่เราได้พัฒนาเป็นสากลเครื่องมือช่วยสำหรับความหลากหลายของแบคทีเรีย ระบาดวิทยา และศึกษาการตรวจหาเชื้อโรค วิธีนี้จะช่วยให้หลายร้อยตัวอย่างจะทำงานพร้อมกัน แต่วิเคราะห์เป็นรายบุคคลหรือเป็นกลุ่ม เพื่อทดสอบวิธีการใหม่นี้เราแบบประเมินความหลากหลายของแบคทีเรียในลำไส้ของสุกร Ubiquitous แบคทีเรียที่ตรวจพบในลูกสุกรหย่านมใหม่ ( Clostridium spp . , Lactobacillus spp . และ Helicobacter spp . หลายของหมูมีความเข้มข้นต่ำน่าแปลกใจของแบคทีเรียที่มีประโยชน์เช่น Bifidobacterium spp . เพียงสี่ของสุกร เป็นบวก สำหรับเชื้อ Salmonella spp .โดยใช้วิธีการที่วัฒนธรรมดั้งเดิม ทั้งหมดแปดตัวเป็นบวก btefap สำหรับ Salmonella spp . ทั้งสี่ของสุกรที่ได้รับวัฒนธรรมที่เป็นบวก สองตัวอย่างของสุกรยังเป็นบวกสำหรับประกวด ( เบื้องต้นระบุว่าเป็นเชื้อ . การใช้เส้นโค้งแบบ rarefaction สมกับ ริชาร์ดเราคาดว่าจำนวนสูงสุดของระดับสายพันธุ์พิเศษ ( 3 % จะ ) ปฏิบัติการอนุกรมวิธานหน่วยในลำไส้ของสุกรเหล่านี้ การคาดการณ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าอาจจะมีมากเท่าที่คุณสปีชีส์ที่แตกต่างกันที่เกี่ยวข้องกับส่วนในสุกร ด้วยข้อมูลเหล่านี้บ่งชี้ศักยภาพที่มีประสิทธิภาพของเทคโนโลยีนี้ในความปลอดภัยของอาหารและระบาดวิทยาและการประยุกต์ใช้ความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียการใช้ btefap เราสามารถคาดหวังที่จะได้รับความเข้าใจที่ดีขึ้นของวิธีการไมโครไบโของสัตว์ที่มีสุขภาพและความเป็นอยู่ของมัน